View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6563_high_30 (Length: 342)

Name: NF6563_high_30
Description: NF6563
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6563_high_30
NF6563_high_30
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (1-333)||(34984820-34985152)
chr2 (43-328)||(27543568-27543853)
chr2 (5-328)||(27542498-27542823)
chr2 (1-328)||(27582893-27583221)
chr2 (5-328)||(34992777-34993103)
chr2 (1-326)||(27581387-27581710)
chr2 (1-328)||(34980376-34980705)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 34985152 - 34984820
Alignment:
Q  1 gtaattcaactagtttagttggacttatcttaatcaatgccttgtcccgagaagcttcaatctgcaaaccttgttcaaagacttccattgtatacattga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34985152 gtaattcaactagtttagttggacttatcttaatcaatgccttgtcccgagaagcttcaatctgcaaaccttgttcaaaaacttccattgtatacattga 34985053  T
Q  101 attttggtttcgacacaaatcaaaactaggtaaagtttgaagctctccaacttcaaccaacttaacaatctccaataatgttgcatcaacacagccaaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34985052 attttggtttcgacacaaatcaaaactaggtaaagtttgaagctctccaacttcaaccaacttaacaatctccaataatgttgcatcaacacagccaaat 34984953  T
Q  201 tgtttcaaatattcaaaatcatcgagaatttcgtacctatgttccttatgttgatgccatacattgttttctgcaattcctattttgcacagttcgttca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34984952 tgtttcaaatattcaaaatcatcgagaatttcgtacctatgttccctatgttgatgccatacattgttttctgcaattcctattttgcacagttcgttca 34984853  T
Q  301 tagctgaacgtgcacgatcaatgattttcttcg 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34984852 tagctgaacgtgcacgatcaatgattttattcg 34984820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 43 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 27543853 - 27543568
Alignment:
Q  43 tgtcccgagaagcttcaatctgcaaaccttgttcaaagacttccattgtatacattgaattttggtttcgacacaaatcaaaactaggtaaagtttgaag 142  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27543853 tgtcctgagaagcttcaatctgcaaaccatgtccaaaaacttccattgtgtacattggattttggtttcgacacaaatcaaaactaggtaaagtttgaag 27543754  T
Q  143 ctctccaacttcaaccaacttaacaatctccaataatgttgcatcaacacagccaaattgtttcaaatattcaaaatcatcgagaatttcgtacctatgt 242  Q
    |||||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27543753 ctctccaactccaagcaacctaacaatctccattaatgttgcatcaacccaaccaaattgtttcaaatattcaatatcatcgagaatttcgtacctatgt 27543654  T
Q  243 tccttatgttgatgccatacattgttttctgcaattcctattttgcacagttcgttcatagctgaacgtgcacgatcaatgatttt 328  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27543653 tccttatgttgatgtcatacattgttttctgcaaatcctattttgcacagttctttcatagctgaacgtgcaggatcaatgatttt 27543568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 5 - 328
Target Start/End: Original strand, 27542498 - 27542823
Alignment:
Q  5 ttcaactagtttagttggacttatcttaatcaatgccttgtcccgagaagcttcaatctgcaaaccttgttcaaagacttccattgtatacattgaattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||| ||||||| ||||    
T  27542498 ttcaactagtttagttggacttatcttaatcaatgccatgttccgaaaagcttcaatctgcaaaccttgtccaaaaactttcattgtgtacattggattt 27542597  T
Q  105 tggtttcgacacaaatcaaaactaggtaaagtttgaagctctccaacttcaaccaacttaacaatctccaataatgttgcatcaacacagccaaattgtt 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||| |  ||| ||||||    
T  27542598 tggtttcgacacaaatcaaaactaggtaaagtttaaaattctccaacttcaaccaacctattaatctccattaatgttgcatcaacccgaccatattgtt 27542697  T
Q  205 tcaaatattca--aaatcatcgagaatttcgtacctatgttccttatgttgatgccatacattgttttctgcaattcctattttgcacagttcgttcata 302  Q
    |||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||    
T  27542698 tcaaattttcaatatatcatcgagaatttcgtacctatgttccttatgttgatgccataaattgttttctggaagtcatattttgcatagttcgttcata 27542797  T
Q  303 gctgaacgtgcacgatcaatgatttt 328  Q
     || |||||||| |||||||||||||    
T  27542798 actaaacgtgcatgatcaatgatttt 27542823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 27583221 - 27582893
Alignment:
Q  1 gtaattcaactagtttagttggacttatcttaatcaa--tgccttgtcccgagaagcttcaatctgcaaaccttgttcaaagacttccattgtatacatt 98  Q
    |||||||| |||||||||||| || ||| ||||||||  |||| |||| |||||||||||||||  |||||||||| |||| | ||||||||| ||||||    
T  27583221 gtaattcatctagtttagttgaacatatattaatcaacatgccatgtctcgagaagcttcaatcaacaaaccttgtccaaaaatttccattgtgtacatt 27583122  T
Q  99 gaattttggtttcgacacaaatcaaaactaggtaaagtttgaagctctccaacttcaaccaacttaacaatctccaataatgttgcatcaacacagccaa 198  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||| |  ||||    
T  27583121 ggattttggtttcgacacaaattaaaactaggtaaagtttgaagctctccaactccaaccaacctaacaatctccattgatgttgcatcaacccgaccaa 27583022  T
Q  199 attgtttcaaatattcaaaatcatcgagaatttcgtacctatgttccttatgttgatgccatacattgttttctgcaattcctattttgcacagttcgtt 298  Q
    ||||||||||||||| || || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| | | |||||||||||||| |     
T  27583021 attgtttcaaatattaaatattatcgagaatttcgtacttatgttccttatgttgatgccatacatt-tcttctgcaagttcaattttgcacagttctta 27582923  T
Q  299 catagctgaacgtgcacgatcaatgatttt 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27582922 catagctgaacgtgcacgatcaatgatttt 27582893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 5 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 34993103 - 34992777
Alignment:
Q  5 ttcaactagtttagttggacttatcttaatcaatgccttgtcccgagaagcttcaatctgcaaaccttgttcaaagacttccattgtatacattgaattt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| || ||| ||||  |||||| || |    
T  34993103 ttcaactagtttagttggacttatcttaatcaatgccatatcccgtgaaccttcaatctgcaaaccttgtccaaaaacgtcctttgttgacattggatct 34993004  T
Q  105 tggtttcgacacaaatcaaaactaggtaaagtttgaagctctccaacttcaaccaacttaacaatctccaataatgttgcatcaacacagccaaattgtt 204  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||    | ||||||||    
T  34993003 tggattcgacacgaatcaaaactaggcagtgtttgaagatctccaacttcaaccatcttaacaagctccattaatgatgcatcaacctgactaaattgtt 34992904  T
Q  205 tcaaatattcaaaatcatcgagaatttcgtacctatgttccttatgttgatgccatac---attgttttctgcaattcctattttgcacagttcgttcat 301  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  34992903 tcaaatattcaatattatcgagaatttcgtacctatgttccttatgttgatgccatacaggattgttttctgcaagtcctatcttgcacagttcgttcat 34992804  T
Q  302 agctgaacgtgcacgatcaatgatttt 328  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  34992803 agctgaacgtgcacaatcaatgatttt 34992777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 326
Target Start/End: Original strand, 27581387 - 27581710
Alignment:
Q  1 gtaattcaactagtttagttggacttatcttaatcaatgccttgtcccgagaagcttcaatctgcaaaccttgttcaaagacttccattgtatacattga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||  || ||||||||||  ||||||||| || | ||||||||||| |||||||     
T  27581387 gtaattcaactagtttagttggaattatcttaaccaatgccatgtcccacgaggcttcaatctataaaccttgtccagaaacttccattgtgtacattgg 27581486  T
Q  101 attttggtttcgacacaaatcaaaactaggtaaagtttgaagctctccaacttcaaccaacttaacaatctccaataatgttgcatcaacacagccaaat 200  Q
    |||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| |  ||||||    
T  27581487 attttgatttt--cacaaatcaaaactaggtaaagtttgaagctctccaacttcaaccaacctaataatctccattaatgttgcatcaacccgaccaaat 27581584  T
Q  201 tgtttcaaatattcaaaatcatcgagaatttcgtacctatgttccttatgttgatgccatacattgttttctgcaattcctattttgcacagttcgttca 300  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||||||||||||| |||||| |    
T  27581585 tgtttcaaatattcaatatcatggagaattttgtacctattgtccttatgttgatgccatacattattctctacaagtcctattttgcacaattcgttga 27581684  T
Q  301 tagctgaacgtgcacgatcaatgatt 326  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27581685 tagctgaacatgcacaatcaatgatt 27581710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 34980705 - 34980376
Alignment:
Q  1 gtaattcaactagtttagttggacttatcttaatcaatgccttgtcccgagaagcttcaatctgcaaaccttgttcaaagacttccattgtatacattga 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| | ||||||||| |||| |||||| ||||  ||||||     
T  34980705 gtaattcaactagtttagttggtcttatcttaatcaattccatgtcccgagaagcttcaatcggaaaaccttgtccaaaaacttcctttgttgacattgg 34980606  T
Q  101 attttggtttcgacacaaatcaaaactaggtaaagtttgaagctctccaacttcaaccaacttaacaatctccaataatgttgcatcaacacagccaaat 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||  | | ||| | |||||||||    | ||||    
T  34980605 attttgatttcgacacaaatcaaaactaggtatagtttcaagatctccaacttcaaccatcttaacaattgcaattaacgatgcatcaacctgactaaat 34980506  T
Q  201 tgtttcaaatattcaaaatcatcgagaatttcgtacctatgttccttatgttgatgccatac---attgttttctgcaattcctattttgcacagttcgt 297  Q
    |||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| |  ||| ||| ||||||| |    
T  34980505 tgtttcaaatattcaatataatcaagaatttcgtacctatgttccttatgttgatgccatacaggattgttttctgcaaat-gtatcttgtacagttcct 34980407  T
Q  298 tcatagctgaacgtgcacgatcaatgatttt 328  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34980406 tcatagttgaacgtgcacgatcaatgatttt 34980376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University