View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6563_low_3 (Length: 759)

Name: NF6563_low_3
Description: NF6563
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6563_low_3
NF6563_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-742)||(2580494-2581236)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 691; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 691; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 742
Target Start/End: Complemental strand, 2581236 - 2580494
Alignment:
Q  1 atcaagtgggttttgaggtttcgcaaattacaaggggtaattgtatgaagttacaatttcgg-ggtgattgatcatttactcaaatttaaagtttgaaag 99  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2581236 atcaagtgggttttaaggtttcgcaaattataaggggtaattgtatgaagttacaatttcggaggtgattgatcatttactcaaatttaaagtttgaaag 2581137  T
Q  100 aaaactttcaatattgaaagtattccttcaaaatgcaagttgacatgaaatattgttggccacgaacctttgcacatgtataggaactctacaaaaagga 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2581136 aaaactttcaatattgaaagtattccttcaaaatgtaagttgacatgaaatattgttggccacaaacctttgcacatgtataggaactctacaaaaagga 2581037  T
Q  200 gaagcttctagttgaaaaggtaaataagatggtggatgatcgaaattaatggcgtcaatgacagagtggtaatggtatatctgaaaacactttaaagctc 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2581036 gaagcttctagttgaaaaggtaaataagatggtggatgatcgaaattaatggcgtcaatgacagagtggtaatggtatatctgaaaacactttaaagctc 2580937  T
Q  300 atttcagcaacgttagataaatgggtaaagtatatattatagagtaactgggtaccttacaagtggcaaacataacttacataatgagtcctcataacag 399  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2580936 atatcagcaacgttggataaatgggtaaagtatatattatagagtaactgggtaccttacaagtggcaaacataacttacataatgagtccccataacag 2580837  T
Q  400 cgtacaatgagttaacgacctaaccatcttttagttgaaaatttgaaggcatcgacttagcatatatactcttcacaatatgatgaattggaatagtcca 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2580836 cgtacaatgagttaacgacctaaccatcttttagttgaaaatttgaaggcatcgacttagcatatatactcttcacaatatgatgaattggaatagtcca 2580737  T
Q  500 gtttgagactgcgattggattgaccaattgatgtttggtaatgtgtcgggacatgcttgatattgtttcgaaacagtttccactaagccagctgctcatt 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2580736 gtttgagactgcgattggattgaccaattcatgtttggtaatgtgtcgggacatgcttgatattgtttcgaaacagtttccactaagccagctgctcatt 2580637  T
Q  600 cggacatatggagctgacttacaatcataactgacttctagatgttattccagtggatcttatatctaagtcacgtatatgtgctttcacatgccctcaa 699  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  2580636 cggacatatggagctgacttacaatcataactgacttctagatgttattccagtagatcttatatctaagtcatgtatatgtgctttcacatgccctcga 2580537  T
Q  700 gttaggctacttagacttcgcaagctctaggccgctacttagt 742  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2580536 gttaggctacttagacttcgcaagctctaggccgctacttagt 2580494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University