View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6567_low_24 (Length: 342)

Name: NF6567_low_24
Description: NF6567
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6567_low_24
NF6567_low_24
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (19-334)||(3008284-3008599)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (21-320)||(41898187-41898489)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (28-320)||(2414413-2414708)
chr1 (21-250)||(27204121-27204350)
chr1 (38-320)||(52985781-52986063)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (21-320)||(6723284-6723587)
chr4 (135-253)||(52709949-52710067)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (24-320)||(50060540-50060839)
chr3 (190-319)||(1533291-1533422)
[»] scaffold0118 (1 HSPs)
scaffold0118 (119-320)||(18028-18232)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (64-142)||(7813124-7813202)
chr6 (47-143)||(8597937-8598033)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 19 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 3008599 - 3008284
Alignment:
Q  19 atttgaccctgcatagtccgcatcagtgtatgcttcaagtcccacacttccattccgtttgaacaaaattcctcaacatggggttcctttcgaatattgc 118  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3008599 atttgaccctgcatagtccacatcagtgtatgcttcaattcccacacttccattccgtttgaacaaaattcctcaacatggggttcctttcgaatattgc 3008500  T
Q  119 acaattcgaagtgcggcttgtaaatgaatctcctttggttggtgcatgaattggctaactaagcttacagcaaaagcaacatcaggtctagtatgtgaca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||      
T  3008499 acaattcgaagtgcggcttgtaaatgaatctcctttggttggtgcatgaattggctgactaagcttacaacaaaagcaacatcaggtctagtatgtgatc 3008400  T
Q  219 ggtatacaagttttccgactaacctttgatacatttctttatcatctacaacatcttctgcatttcccaacatcgcatttggatcaattggtatacttgc 318  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||     
T  3008399 ggtatacaagcttgccgactaacctttgatacatttctttatcaactacaacttcttctgcatttcccaacttcacatttggatcaattggtgtacttgt 3008300  T
Q  319 agactttgatgatgtc 334  Q
    ||||||  ||||||||    
T  3008299 agacttgcatgatgtc 3008284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 21 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 41898489 - 41898187
Alignment:
Q  21 ttgaccctgcatagtccgcatcagtgtatgcttcaagtcccacacttccattccgtttgaacaaaattcctcaacatggggttcctttcgaatattgcac 120  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| || | | |||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||    
T  41898489 ttgaccctgcatagtccgcatcaatgcatgcttcaagtcccacacttccattcctttcgtaaaaaattcctctacctggggttcctttcaaatattgcac 41898390  T
Q  121 aattcgaagtgcggcttgtaaatgaatctcctttggttggtgcatgaattggctaactaagcttacagcaaaagcaacatcaggtctagtatgtgacagg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  41898389 aattcgaagtgcggcttgtaaatgaatctcctttggttggtgcatgaattggctgactaagtttacagcaaaagcaacatcaggtctagtatgtgagagg 41898290  T
Q  221 tatacaagttttccgactaacctttgatacatttctttatcatctacaacatc---ttctgcatttcccaacatcgcatttggatcaattggtatacttg 317  Q
    |||| ||| || |||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||   ||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  41898289 tatataagcttgccgactaaccttagatacatttctttattaactgcaacatcttcttctgcattccccaacttcacatttggatcaattggtgtacttg 41898190  T
Q  318 cag 320  Q
    |||    
T  41898189 cag 41898187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 28 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 2414708 - 2414413
Alignment:
Q  28 tgcatagtccgcatcagtgtatgcttcaagtcccacacttccattccgtttgaacaaaattcctcaacatggggttcctttcgaatattgcacaattcga 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2414708 tgcatagtccgcatcagtgtatgcttcaactcccacacttccattcctttcgaacaaaattcctctacctggggttcctttcaaatattgcacaattcga 2414609  T
Q  128 agtgcggcttgtaaatgaatctcctttggttggtgcatgaattggctaactaagcttacagcaaaagcaacatcaggtctagtatgtgacaggtatacaa 227  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  2414608 agtgcggcatgtaaatgaatctcctttgattggtgcatgaattggctaactaagcttacatcaaaagcaacatcaggtctagtatgtgagaggtatataa 2414509  T
Q  228 gttttccgactaacctttgatacatttctttatcatctacaacatc---ttctgcatttcccaacatcgcatttggatcaattggtatacttgcag 320  Q
    | || || ||||||||||||||||||||||||| | || |||||||   ||||||||| |||||| || ||||||||| ||||||| |||||||||    
T  2414508 gcttgccaactaacctttgatacatttctttattaactgcaacatcttcttctgcattccccaacttcacatttggattaattggtctacttgcag 2414413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 250
Target Start/End: Original strand, 27204121 - 27204350
Alignment:
Q  21 ttgaccctgcatagtccgcatcagtgtatgcttcaagtcccacacttccattccgtttgaacaaaattcctcaacatggggttcctttcgaatattgcac 120  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||    
T  27204121 ttgaccctgcatagtcagcataagtatatgcttcaagacccacacttccattctgtttgaacaaaattcctctacatggtgttcctttcaaatattgcac 27204220  T
Q  121 aattcgaagtgcggcttgtaaatgaatctcctttggttggtgcatgaattggctaactaagcttacagcaaaagcaacatcaggtctagtatgtgacagg 220  Q
    |||||| |||||  || ||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||| ||| |||||||  ||||  |||||||||||||||||||||| ||     
T  27204221 aattcggagtgcaactagtaaatgcatctcctttggtaggtgcatgacttggctgacttagcttactacaaagccaacatcaggtctagtatgtgataga 27204320  T
Q  221 tatacaagttttccgactaacctttgatac 250  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  27204321 tatataagtttgccgactaacctttgatac 27204350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 38 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 52986063 - 52985781
Alignment:
Q  38 gcatcagtgtatgcttcaagtcccacacttccattccgtttgaacaaaattcctcaacatggggttcctttcgaatattgcacaattcgaagtgcggctt 137  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||  ||||||||| |||  ||||| ||||||| || ||||||||||||| ||||||| | |||| | ||||| ||||    
T  52986063 gcatcagtatatgcttcaagtctcatgcttccattcagttcaaacaatattcctctacttggggttcctttcaaatattgaaaaatttggagtgcagctt 52985964  T
Q  138 gtaaatgaatctcctttggttggtgcatgaattggctaactaagcttacagcaaaagcaacatcaggtctagtatgtgacaggtatacaagttttccgac 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||  ||||    
T  52985963 gtaaatgaatctcctttggttggtgcatgaattggctgactaagcctacagcaaaggcaacatcaagtctagtatgtgataagtatataagtttgtcgac 52985864  T
Q  238 taacctttgatacatttctttatcatctacaacatcttctgcatttcccaacatcgcatttggatcaattggtatacttgcag 320  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |  ||| |||||||||||| | |||| |  || ||||||||||  || |||||||||    
T  52985863 taacctttgatacatttcgttatcaaccgcaatatcttctgcattcctcaactttacacttggatcaatcagtgtacttgcag 52985781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 175; Significance: 4e-94; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 21 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 6723587 - 6723284
Alignment:
Q  21 ttgaccctgcatagtccgcatcagtgtatgcttcaagtcccacacttccattccgtttgaacaaaattcctcaacatggggttcctttcgaatatt---- 116  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||| ||||||        
T  6723587 ttgactctgcatagtccgcatcagtgtatgcttcaagtccaacacttccattccgtttgaacaaaattcctctacttggagttcctttcaaatattaatt 6723488  T
Q  117 gcacaattcgaagtgcggcttgtaaatgaatctcctttggttggtgcatgaattggctaactaagcttacagcaaaagcaacatcaggtctagtatgtga 216  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||    
T  6723487 gaacaattcgaagtgcggcttgtaagtgaatctcctttgggtggtgcatgaattggctgactaagcttacatcaaaagcaaaatcaagtctagtaagtga 6723388  T
Q  217 caggtatacaagttttccgactaacctttgatacatttctttatcatctacaacatcttctgcatttcccaacatcgcatttggatcaattggtatactt 316  Q
     ||| ||| ||| || | ||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||| | |||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  6723387 taggcatataagcttgctgactaaccttttatacatttctttatcaactgcaacatcttctgcattcctcaacttcacatttggatcaattggtgtactt 6723288  T
Q  317 gcag 320  Q
    ||||    
T  6723287 gcag 6723284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 135 - 253
Target Start/End: Original strand, 52709949 - 52710067
Alignment:
Q  135 cttgtaaatgaatctcctttggttggtgcatgaattggctaactaagcttacagcaaaagcaacatcaggtctagtatgtgacaggtatacaagttttcc 234  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||| ||||| |||||||||||||||  ||| ||||||| |||||||  |||||       
T  52709949 cttgtaaatgaatctcctttggttggtgcataaattgaccgactaagattacaacaaaagcaacatcagacctaatatgtgataggtatatcagtttgtt 52710048  T
Q  235 gactaacctttgatacatt 253  Q
     ||||||||||||||||||    
T  52710049 aactaacctttgatacatt 52710067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 130; Significance: 3e-67; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 24 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 50060839 - 50060540
Alignment:
Q  24 accctgcatagtccgcatcagtgtatgcttcaagtcccacacttccattccgtttgaacaaaattcctcaacatggggttcctttcgaatattgcacaat 123  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||  |||||||| ||||  ||||| || |||  || ||||| ||||||| ||||||| |||||    
T  50060839 accctgcatagtcagcatcagtatatgcttcaagtctcatgcttccatttcgttcaaacaatatccctttacctgggggtcctttcaaatattgaacaat 50060740  T
Q  124 tcgaagtgcggcttgtaaatgaatctcctttggttggtgcatgaattggctaactaagcttacagcaaaagcaacatcaggtctagtatgtgacaggtat 223  Q
    ||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  50060739 tcggagtgcagcttgtaagtgagtctcctttggttggtgcatgaattggctgactaagcttacaacaaatgcaacatcaggtctagtatgtgataagtat 50060640  T
Q  224 acaagttttccgactaacctttgatacatttctttatca---tctacaacatcttctgcatttcccaacatcgcatttggatcaattggtatacttgcag 320  Q
    | |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||   |  | | | ||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||    
T  50060639 ataagtttgccaactaacctttgatacatttccttatcaaccttaatatcctcttctgcattccccaactttacatttggatcaattggtgtacttgcag 50060540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 190 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 1533422 - 1533291
Alignment:
Q  190 aaaagcaacatcaggtctagtatgtgacaggtatacaagttttccgactaacctttgatacatttctttatcatctacaaca---tcttctgcatttccc 286  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| | || |||||   | || |||| |||||    
T  1533422 aaaagcaacatcagatctagtatgtgataggtatataagtttttcgactaaccttttatacatttctttattaactgcaacattttattatgca-ttccc 1533324  T
Q  287 aacatcgcatttggatcaattggtatacttgca 319  Q
    ||| || ||||||||||||||||  ||||||||    
T  1533323 aacttcacatttggatcaattggggtacttgca 1533291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0118
Description:

Target: scaffold0118; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 119 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 18232 - 18028
Alignment:
Q  119 acaattcgaagtgcggcttgtaaatgaatctcctttggttggtgcatgaattggctaactaagcttacagcaaaagcaacatcaggtctagtatgtgaca 218  Q
    |||||||| ||||| | |||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||| |||| |||| |||||||||||||||||| |    
T  18232 acaattcggagtgcagtttgttagtgaatctcctttggttggtgcatgagttggctgtctaagattacaacaaatgcaatatcaggtctagtatgtgata 18133  T
Q  219 ggtatacaagttttccgactaacctttgatacatttctttatca---tctacaacatcttctgcatttcccaacatcgcatttggatcaattggtatact 315  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||   |  | | | ||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||| ||||    
T  18132 agtatataagttttccgactaacctttgatacattttcttatcaaccttaataccctcttctgcattccccaaccttacatttggatcaattggtgtact 18033  T
Q  316 tgcag 320  Q
    |||||    
T  18032 tgcag 18028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 64 - 142
Target Start/End: Original strand, 7813124 - 7813202
Alignment:
Q  64 acttccattccgtttgaacaaaattcctcaacatggggttcctttcgaatattgcacaattcgaagtgcggcttgtaaa 142  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7813124 acttccattcctttcgaacaaaattcctctacgtggggttcctttcaaatattgcacatttcgaagtgcggcttgtaaa 7813202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 47 - 143
Target Start/End: Original strand, 8597937 - 8598033
Alignment:
Q  47 tatgcttcaagtcccacacttccattccgtttgaacaaaattcctcaacatggggttcctttcgaatattgcacaattcgaagtgcggcttgtaaat 143  Q
    ||||||||||||| || ||||||| |  |||  ||||||||||||| || |||||||| |||  |||| || ||||||| |||||| ||||||||||    
T  8597937 tatgcttcaagtctcatacttccactttgttcaaacaaaattcctctacctggggttcttttaaaataatgaacaattcaaagtgcagcttgtaaat 8598033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University