View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6568_low_27 (Length: 234)

Name: NF6568_low_27
Description: NF6568
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6568_low_27
NF6568_low_27
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (1-219)||(1501362-1501580)
chr5 (7-107)||(25955959-25956059)
chr5 (1-106)||(38280266-38280371)
chr5 (7-107)||(42250116-42250216)
chr5 (1-108)||(7886354-7886461)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (1-107)||(496683-496789)
chr7 (1-108)||(11765706-11765813)
chr7 (11-109)||(7527267-7527365)
chr7 (7-108)||(2286457-2286558)
chr7 (7-107)||(25185932-25186032)
chr7 (1-107)||(48057692-48057798)
chr7 (1-107)||(42535207-42535313)
chr7 (7-100)||(23844642-23844735)
chr7 (7-108)||(31427259-31427362)
chr7 (52-108)||(4649481-4649537)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (7-107)||(52055147-52055247)
chr4 (1-107)||(1158248-1158354)
chr4 (1-86)||(49866671-49866756)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-107)||(13922185-13922291)
chr2 (1-104)||(11828960-11829063)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-102)||(3780352-3780453)
chr8 (7-107)||(4076943-4077043)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (1-108)||(49786392-49786499)
chr3 (7-113)||(47940820-47940926)
chr3 (2-107)||(8152977-8153084)
chr3 (4-107)||(29836766-29836868)
chr3 (1-107)||(8436889-8436995)
chr3 (7-101)||(48778972-48779066)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (1-107)||(20186834-20186940)
chr1 (1-107)||(30339636-30339742)
chr1 (1-107)||(51787272-51787378)
chr1 (7-107)||(43740406-43740506)
chr1 (43-85)||(9673004-9673046)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (7-107)||(33594518-33594618)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 1501362 - 1501580
Alignment:
Q  1 gaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  1501362 gaaagagaagagagacaaagtgtatatggggtctaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatggatctgcatgtatc 1501461  T
Q  101 accactcaaaattatgaaccacagtaacgaaatcttttgcacctgaagagggagctttattagagcctagaggatcctcaaacatcaaaatgatttgatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1501462 accactcaaaattatgaaccacagtaatgaaatcttttgcacctgaagagggagctttattagagcctagaggatcctcaaacatcaaaatgatttgatt 1501561  T
Q  201 caatgttgttacctttttt 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  1501562 caatgttgttacctttttt 1501580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 7 - 107
Target Start/End: Original strand, 25955959 - 25956059
Alignment:
Q  7 gaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatcaccact 106  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25955959 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaaatgtgtatgccacctatgagtgtgcatgtatcaccact 25956058  T
Q  107 c 107  Q
    |    
T  25956059 c 25956059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 106
Target Start/End: Original strand, 38280266 - 38280371
Alignment:
Q  1 gaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  38280266 gaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtataccacctatggatgtacatgtatc 38280365  T
Q  101 accact 106  Q
    ||||||    
T  38280366 accact 38280371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 7 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 42250216 - 42250116
Alignment:
Q  7 gaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatcaccact 106  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| || || |||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| ||  ||||  ||||||||||||||||||    
T  42250216 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaagccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtctatgtcatttatgggtgtgcatgtatcaccact 42250117  T
Q  107 c 107  Q
    |    
T  42250116 c 42250116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 7886461 - 7886354
Alignment:
Q  1 gaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatc 100  Q
    ||||| ||||||||||||| | | | |||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| | | |||||| |||    
T  7886461 gaaagggaagagagacaaaatatatgtgggatttaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctataagtatgcatgaatc 7886362  T
Q  101 accactca 108  Q
    ||||||||    
T  7886361 accactca 7886354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 79; Significance: 5e-37; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 496789 - 496683
Alignment:
Q  1 gaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  496789 gaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgtacatgtatc 496690  T
Q  101 accactc 107  Q
    |||||||    
T  496689 accactc 496683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 11765813 - 11765706
Alignment:
Q  1 gaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||  || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  11765813 gaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtcaaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgtacatgtatc 11765714  T
Q  101 accactca 108  Q
    ||||||||    
T  11765713 accactca 11765706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 11 - 109
Target Start/End: Original strand, 7527267 - 7527365
Alignment:
Q  11 agagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatcaccactcaa 109  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||    
T  7527267 agagacaaagtgtttatggagtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaatgaatatgcatgtatcacccctcaa 7527365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 7 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 2286558 - 2286457
Alignment:
Q  7 gaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatcaccact 106  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||| |||    
T  2286558 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaataggtgtgcatgtatcactact 2286459  T
Q  107 ca 108  Q
    ||    
T  2286458 ca 2286457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 7 - 107
Target Start/End: Original strand, 25185932 - 25186032
Alignment:
Q  7 gaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatcaccact 106  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||    
T  25185932 gaagagagataaagtatttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatgagtgtgcatgcatcaccact 25186031  T
Q  107 c 107  Q
    |    
T  25186032 c 25186032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 107
Target Start/End: Original strand, 48057692 - 48057798
Alignment:
Q  1 gaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  || ||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||  ||| ||||||||    
T  48057692 gaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaaatatgtatgccacctatgggtgtacatgtatc 48057791  T
Q  101 accactc 107  Q
    |||||||    
T  48057792 accactc 48057798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 107
Target Start/End: Original strand, 42535207 - 42535313
Alignment:
Q  1 gaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| | || |  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||    
T  42535207 gaaagagaagagagacaaagtgtttgtgggatataagacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatgagtgtacatatatc 42535306  T
Q  101 accactc 107  Q
    | |||||    
T  42535307 atcactc 42535313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 7 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 23844735 - 23844642
Alignment:
Q  7 gaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatc 100  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| ||||  |||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  23844735 gaagagagacaaagtgtttgtgaggtctagggcacatgtcacatgtttatgtggagatttgagtgtgtatgttacctatggatgtgcatgtatc 23844642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 7 - 108
Target Start/End: Original strand, 31427259 - 31427362
Alignment:
Q  7 gaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgc--cacctatgaatgtgcatgtatcacca 104  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || ||  | |||||||| || |||||| |||||||||| | |||||||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  31427259 gaagagagacaaagtgtttgtggagtctaaaccacatgtcacatatttatgcggaggtttaattatgtatgccacacctatggatgtgcatgtatcacca 31427358  T
Q  105 ctca 108  Q
    ||||    
T  31427359 ctca 31427362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 52 - 108
Target Start/End: Original strand, 4649481 - 4649537
Alignment:
Q  52 tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatcaccactca 108  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||    
T  4649481 tttatgtggagttttaaatgtgtatgccacttatgaatttgcatctatcaccactca 4649537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 77; Significance: 7e-36; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 7 - 107
Target Start/End: Original strand, 52055147 - 52055247
Alignment:
Q  7 gaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatcaccact 106  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52055147 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtagaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatcaccact 52055246  T
Q  107 c 107  Q
    |    
T  52055247 c 52055247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 107
Target Start/End: Original strand, 1158248 - 1158354
Alignment:
Q  1 gaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatc 100  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| | |||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||  |||||||||||||    
T  1158248 gaaagggaagagagacaaaatgtttgtagggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtacgccttctatcgatgtgcatgtatc 1158347  T
Q  101 accactc 107  Q
    | |||||    
T  1158348 atcactc 1158354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 49866756 - 49866671
Alignment:
Q  1 gaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatg 86  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| || |  |||||||| || ||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||    
T  49866756 gaaagagaagagagacaaagtgtttatgtggtctaagtcacatgtcacatatttgtgtgaaggtttaagcgtgtataccacctatg 49866671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 71; Significance: 3e-32; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 13922291 - 13922185
Alignment:
Q  1 gaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  || ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  13922291 gaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttacgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgtacatgtatc 13922192  T
Q  101 accactc 107  Q
    |||||||    
T  13922191 accactc 13922185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 11829063 - 11828960
Alignment:
Q  1 gaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatc 100  Q
    ||||||| |||||| |||||||||| |||||| ||||  |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  11829063 gaaagaggagagaggcaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatatttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgagtgtgcatgtctc 11828964  T
Q  101 acca 104  Q
    ||||    
T  11828963 acca 11828960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 70; Significance: 1e-31; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 102
Target Start/End: Original strand, 3780352 - 3780453
Alignment:
Q  1 gaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  3780352 gaaagggaagagagacaaagtgtttctcgggtttaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttgagtgtgtatgccacctatggatgtacatgtatc 3780451  T
Q  101 ac 102  Q
    ||    
T  3780452 ac 3780453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 7 - 107
Target Start/End: Original strand, 4076943 - 4077043
Alignment:
Q  7 gaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatcaccact 106  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||    
T  4076943 gaagagagacaaattgtttgtggggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtatgcatgtatcatcact 4077042  T
Q  107 c 107  Q
    |    
T  4077043 c 4077043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 49786499 - 49786392
Alignment:
Q  1 gaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||    
T  49786499 gaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatc 49786400  T
Q  101 accactca 108  Q
    ||| ||||    
T  49786399 accgctca 49786392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 7 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 47940926 - 47940820
Alignment:
Q  7 gaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatcaccact 106  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||| |||    
T  47940926 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaataggtgtgcatgtatcactact 47940827  T
Q  107 caaaatt 113  Q
    || ||||    
T  47940826 cataatt 47940820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 2 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 8153084 - 8152977
Alignment:
Q  2 aaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgc--atgtat 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||||  ||||||    
T  8153084 aaagagaagagagacaaagtgtttgtggagtctaggccacatgtcacatgtttatgtggaggtttaggtgtgtatgccacctataggtgtgcatatgtat 8152985  T
Q  100 caccactc 107  Q
    ||||||||    
T  8152984 caccactc 8152977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 4 - 107
Target Start/End: Original strand, 29836766 - 29836868
Alignment:
Q  4 agagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatcacc 103  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||| ||||  | |||| | || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29836766 agagaagagagacaaagt-tttgtggggtgtaggtcatatgttacatatttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgagtgtgcatgtatcacc 29836864  T
Q  104 actc 107  Q
    ||||    
T  29836865 actc 29836868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 107
Target Start/End: Original strand, 8436889 - 8436995
Alignment:
Q  1 gaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| || |  || |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||  ||| ||| ||||    
T  8436889 gaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaagacacgtgtcatatatttatgtagaggtttaaatgtgtatgccacctatgggtgtacatatatc 8436988  T
Q  101 accactc 107  Q
    |||||||    
T  8436989 accactc 8436995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 101
Target Start/End: Original strand, 48778972 - 48779066
Alignment:
Q  7 gaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatca 101  Q
    ||||||||| ||||||||||||| || ||| | |||||||| || |||||||||| |||||| || |||||||||||||   |||||||||||||    
T  48778972 gaagagagataaagtgtttatggagtctagaccacatgtcacatatttatgtggatgtttaaatgagtatgccacctataggtgtgcatgtatca 48779066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 67; Significance: 7e-30; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 107
Target Start/End: Original strand, 20186834 - 20186940
Alignment:
Q  1 gaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||    
T  20186834 gaaagagaagagagacaaagtgtttgtgggatctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatc 20186933  T
Q  101 accactc 107  Q
    |||||||    
T  20186934 accactc 20186940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 30339742 - 30339636
Alignment:
Q  1 gaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  || ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||    
T  30339742 gaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtagaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatc 30339643  T
Q  101 accactc 107  Q
    |||||||    
T  30339642 accactc 30339636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 51787378 - 51787272
Alignment:
Q  1 gaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||   || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  51787378 gaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctagagcacgtgtcacatgtttatgtgaaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgtacatgtatc 51787279  T
Q  101 accactc 107  Q
    |||||||    
T  51787278 accactc 51787272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 7 - 107
Target Start/End: Original strand, 43740406 - 43740506
Alignment:
Q  7 gaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatcaccact 106  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||| |||||| |||||||||||||||||| |||  | ||||| |||| |||| |||||||||    
T  43740406 gaagagagacaaagtgtttgtgaggtttaggccacatatcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgcatgtgatctatggatgttcatggatcaccact 43740505  T
Q  107 c 107  Q
    |    
T  43740506 c 43740506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 43 - 85
Target Start/End: Original strand, 9673004 - 9673046
Alignment:
Q  43 tgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctat 85  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9673004 tgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctat 9673046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 61; Significance: 2e-26; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 7 - 107
Target Start/End: Original strand, 33594518 - 33594618
Alignment:
Q  7 gaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatcaccact 106  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| ||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||    
T  33594518 gaagagagacaaagtatttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtgaaggtttaagtgtgtatgccaccaatggatgtgcatgtatcactact 33594617  T
Q  107 c 107  Q
    |    
T  33594618 c 33594618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University