View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6593_low_4 (Length: 527)

Name: NF6593_low_4
Description: NF6593
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6593_low_4
NF6593_low_4
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (9-521)||(17451095-17451613)
chr6 (62-484)||(5241533-5241961)
chr6 (141-512)||(14825819-14826198)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (9-521)||(24432046-24432564)
chr1 (21-520)||(29990904-29991409)
chr1 (141-513)||(16502950-16503322)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (61-520)||(53016806-53017270)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (148-520)||(20669828-20670201)
chr4 (210-267)||(9666251-9666308)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (244-520)||(12544413-12544688)
chr7 (64-184)||(12546378-12546504)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (215-275)||(12618369-12618428)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 324; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 17451613 - 17451095
Alignment:
Q  9 acatcatcatttgaagtggatggaacatcggaaggggaagagagctcactagaagaacctgcatatgtgtcactattaaaatagtcaacatcagggttag 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17451613 acatcatcatttgaagtggatggaacatcggaaggggaagagagctcactagaagaacctgcatatgtgtcactattaaaatagtcaacatcagggttag 17451514  T
Q  109 taaataaaggagtggaag------gaattgaaacaaaatttgacgaggaagagaaaattatatgttcccaaaagacaacatgaagggaggtgcgaatgcg 202  Q
    ||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17451513 taaataaaggagtggaagtggacggaattgaaacaaaatttgacaaggaagagaacattttatgttcccaaaagacaacatgacgggaggtgcgaatgcg 17451414  T
Q  203 ttgagaaattggatcccaacatcgataacctttgtgtttagtgccataaccaagaaaacaacacagacgagcacgaggctcaagtttactatattcatgg 302  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| | | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| ||| |||    
T  17451413 ttgagaaatgggatcccaacatcgataacctttatgttcaataccataaccaagaaaacaacaaagacgggcacgaggctcaagtttagtatgttcgtgg 17451314  T
Q  303 ggctgaaggaggacaaaacacgcacaaccaagcaccttaagtgatttataatttggtgtagtgagataaagacgctcaaaaggagagacattaccaagga 402  Q
    || || |||||||||||||| |||||||||| |||||||||| | |||||||  ||||||||  | |||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  17451313 ggttggaggaggacaaaacaagcacaaccaaacaccttaagtaaattataatcaggtgtagtatggtaaagacgctcaaaaggagagatattaccaaaga 17451214  T
Q  403 cataagaagggagacgattgattgtatggacagcagtaagagcagcttcaccccaagcacgttctagacaagaggccgagattagcatgacacagactga 502  Q
     | | ||||| |||||||||||  | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| |||||| ||| ||| ||    
T  17451213 tagatgaaggaagacgattgataatgtggacagcagtaagagaagcttcaccccaagcacgttcaggacaagaggctgagataagcatggcacggacaga 17451114  T
Q  503 gtcaagaatgtgatgatgt 521  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  17451113 gtcaagaatgtgacgatgt 17451095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 62 - 484
Target Start/End: Original strand, 5241533 - 5241961
Alignment:
Q  62 agaacctgcatatgtgtcactattaaaatagtcaacatcagggttagtaaataaaggagtggaagga------attgaaacaaaatttgacgaggaagag 155  Q
    |||||||||||  |||||||||  ||||  ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |      |||||   ||| |||||| ||||||||    
T  5241533 agaacctgcatgcgtgtcactaggaaaaaggtcaacatcagggttagtaaagagaggagtggaagtagacgggattgacttaaactttgacaaggaagag 5241632  T
Q  156 aaaattatatgttcccaaaagacaacatgaagggaggtgcgaatgcgttgagaaattggatcccaacatcgataacctttgtgtttagtgccataaccaa 255  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||  | ||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5241633 aacattatatgttcccaaaagacaacatggcgagagatgcgaatgcgttgcgatattggatcccaacatcgataacctttgtgtttagttccataaccaa 5241732  T
Q  256 gaaaacaacacagacgagcacgaggctcaagtttactatattcatggggctgaaggaggacaaaacacgcacaaccaagcaccttaagtgatttataatt 355  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||     
T  5241733 gaaaacgacacagacgagcacgaggctcaagtttagtatactcatggggctgaaggaggacaaaacaagcacaaccaaacaccttgagtgatttataatc 5241832  T
Q  356 tggtgtagtgagataaagacgctcaaaaggagagacattaccaaggacataagaagggagacgattgattgtatggacagcagtaagagcagcttcaccc 455  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  |||   ||||||||||  || ||  |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5241833 tggtgtagtgagataaagatgctcaaaaggagagacgttaccaaatacagcggaagggagacagtttatcatatggacagcggtaagagcagcttcaccc 5241932  T
Q  456 caagcacgttctagacaagaggccgagat 484  Q
    ||||| |||| | |||||||||| |||||    
T  5241933 caagcgcgttttggacaagaggctgagat 5241961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 141 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 14826198 - 14825819
Alignment:
Q  141 tttgacgaggaagagaaaattatatgttcccaaaagacaacatgaagggaggtgcgaatgcgttgagaaattggatcccaacatcgataacctttgtgtt 240  Q
    |||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | ||  | ||||||| ||| || || || |||||||||||  ||||||||||||    
T  14826198 tttgacaaagaagagaacattatgtgttcccaaaagacaacatgacgagaaatacgaatgcattgggatatagggtcccaacatcggaaacctttgtgtt 14826099  T
Q  241 tagtgccataaccaagaaaacaacacagacgagcacgaggctcaagtttactatattcatggggctgaaggaggacaaaacacgcacaaccaagcacctt 340  Q
     | | |||||||| ||||||||||| ||| | ||||| ||||| |||||| ||||||||| ||  || || || |||||||| |||||| ||| ||||||    
T  14826098 catttccataacctagaaaacaacagagatgggcacgtggctctagtttagtatattcataggattggagaagaacaaaacaagcacaatcaaacacctt 14825999  T
Q  341 aagtgatttataat--------ttggtgtagtgagataaagacgctcaaaaggagagacattaccaaggacataagaagggagacgattgattgtatgga 432  Q
    |||||| || ||||         |||||||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||||||||| | || || |||||||| ||  | ||||    
T  14825998 aagtgaattgtaatctggtgtagtggtgtagtgtgatatagacgctcaaagggtgagacattaccaaggacagatgagggaagacgattaataatgtgga 14825899  T
Q  433 cagcagtaagagcagcttcaccccaagcacgttctagacaagaggccgagattagcatgacacagactgagtcaagaatg 512  Q
    || |||| |||   ||||||| ||||||||||||  |||||||||| ||||| |||||| |||  || || |||||||||    
T  14825898 caacagttagacatgcttcacaccaagcacgttcaggacaagaggctgagataagcatggcacgaacagaatcaagaatg 14825819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 9 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 24432564 - 24432046
Alignment:
Q  9 acatcatcatttgaagtggatggaacatcggaaggggaagagagctcactagaagaacctgcatatgtgtcactattaaaatagtcaacatcagggttag 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24432564 acatcatcatttgaagtggatggaacatcggaaggggaagagagctcactagaagaacctgcatatgtgtcactattaaaatagtcaacatcagggttag 24432465  T
Q  109 taaataaaggagtggaag------gaattgaaacaaaatttgacgaggaagagaaaattatatgttcccaaaagacaacatgaagggaggtgcgaatgcg 202  Q
    ||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24432464 taaataaaggagtggaagtggacggaattgaaacaaaatttgacaaggaagagaacattttatgttcccaaaagacaacatgacgggaggtgcgaatgcg 24432365  T
Q  203 ttgagaaattggatcccaacatcgataacctttgtgtttagtgccataaccaagaaaacaacacagacgagcacgaggctcaagtttactatattcatgg 302  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| | | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| ||| |||    
T  24432364 ttgagaaatgggatcccaacatcgataacctttatgttcaataccataaccaagaaaacaacaaagacgggcacgaggctcaagtttagtatgttcgtgg 24432265  T
Q  303 ggctgaaggaggacaaaacacgcacaaccaagcaccttaagtgatttataatttggtgtagtgagataaagacgctcaaaaggagagacattaccaagga 402  Q
    || || |||||||||||||| |||||||||| |||||||||| | |||||||  ||||||||  | |||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  24432264 ggttggaggaggacaaaacaagcacaaccaaacaccttaagtaaattataatcaggtgtagtatggtaaagacgctcaaaaggagagatattaccaaaga 24432165  T
Q  403 cataagaagggagacgattgattgtatggacagcagtaagagcagcttcaccccaagcacgttctagacaagaggccgagattagcatgacacagactga 502  Q
     | | ||||| |||||||||||  | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| |||||| ||| |||  |    
T  24432164 tagatgaaggaagacgattgataatgtggacagcagtaagagaagcttcaccccaagcacgttcaggacaagaggctgagataagcatggcacggacaaa 24432065  T
Q  503 gtcaagaatgtgatgatgt 521  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  24432064 gtcaagaatgtgacgatgt 24432046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 21 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 29991409 - 29990904
Alignment:
Q  21 gaagtggatggaacatcggaaggggaagagagctcactagaagaacctgcatatgtgtcactattaaaatagtcaacatcagggttagtaaataaaggag 120  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  |  |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||  ||||  |||||||||  |||| ||||| |||||||    
T  29991409 gaagtggattgaacatcggaaggggttggaagctcactagaaaaacctgcatgtgtgttactaggaaaaaggtcaacatcgaggttcgtaaagaaaggag 29991310  T
Q  121 tggaagga------attgaaacaaaatttgacgaggaagagaaaattatatgttcccaaaagacaacatgaagggaggtgcgaatgcgttgagaaattgg 214  Q
    |||||| |      || ||   ||| |||||  |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||| || || |||||    
T  29991309 tggaagtagaaaggatcgagttaaactttgataaggaagagaacattatatgttcgcaaaagataacatgacgagaggtgcgaatgcgctgggatattgg 29991210  T
Q  215 atcccaacatcgataacctttgtgtttagtgccataaccaagaaaacaacacagacgagcacgaggctcaagtttactatattcatggggctgaaggagg 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29991209 atcccaacatcgataacctttgtgttcagtgtcataaccaagaaaacaacacagacgagcacgaggctcaagtttactatattcatggggctgaaggagg 29991110  T
Q  315 acaaaacacgcacaaccaagcaccttaagtgatttataatttggtgtagtgagataaagacgctcaaaaggagagacattaccaaggacataagaaggga 414  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  29991109 acaaaacacgcacaaccaaacaccttaagtgatttataatctggtgtagtgagataaagacgctcaaaaggagagacattaccaaggacataataaggga 29991010  T
Q  415 gacgattgattgtatggacagcagtaagagcagcttcaccccaagcacgttctagacaagaggccgagattagcatgacacagactgagtcaagaatgtg 514  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  29991009 gatgattgattatatggacagcagtaagagcagcttcaccccaagcacgttctggacaagaggccgagataagcatgacacagactgagtcaagaatgta 29990910  T
Q  515 atgatg 520  Q
    ||||||    
T  29990909 atgatg 29990904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 141 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 16503322 - 16502950
Alignment:
Q  141 tttgacgaggaagagaaaattatatgttcccaaaagacaacatgaagggaggtgcgaatgcgttgagaaattggatcccaacatcgataacctttgtgtt 240  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | |||   |||||||||||||| || || ||||||||||||| |||||||||||    
T  16503322 tttgacaaggaagagaacattatatgttcccaaaagacaacatgttgagagacacgaatgcgttgagatatcgggtcccaacatcgatgacctttgtgtt 16503223  T
Q  241 tagtgccataaccaagaaaacaacacagacgagcacgaggctcaagtttactatattcatggggctgaaggaggacaaaacacgcacaaccaagcacctt 340  Q
     ||| |||||||||||||||||||||| ||||| || | ||| ||||||| |||| || |||| |||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  16503222 cagtaccataaccaagaaaacaacacaaacgagtaccatgctaaagtttagtatactcttgggtctgaagaaggacaaaacaagcacaaccaaacacctt 16503123  T
Q  341 aagtgatttataatttggtgtagtgagataaagacgctcaaaaggagagacattaccaaggacataagaagggagacgattgattgtatggacagcagta 440  Q
    |||||| ||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| ||||||||| |||||||||| |||    
T  16503122 aagtgagttataatcttgtgtagtgaaataaagacgctcaaaaggagagacattaccaaggacagaggaagagaggcgattgattatatggacagcggta 16503023  T
Q  441 agagcagcttcaccccaagcacgttctagacaagaggccgagattagcatgacacagactgagtcaagaatgt 513  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||  ||| ||||| |||||  ||||| |||||||||||||||||||||    
T  16503022 agagcggcttcaccccaagcgcgttctgaacatgaggctgagatatgcatggcacagactgagtcaagaatgt 16502950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 61 - 520
Target Start/End: Original strand, 53016806 - 53017270
Alignment:
Q  61 aagaacctgcatatgtgtcactattaaaatagtcaacatcagggttagtaaataaaggagtggaagga------attgaaacaaaatttgacgaggaaga 154  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |      |||||   ||| |||||| |||||||    
T  53016806 aagaacctgcatgtgtgtcactaggaaaaaggtcaacatcagggttagtaaagagaggagtggaagtagacgggattgacttaaactttgacaaggaaga 53016905  T
Q  155 gaaaattatatgttcccaaaagacaacatgaagggaggtgcgaatgcgttgagaaattggatcccaacatcgataacctttgtgtttagtgccataacca 254  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||| ||| ||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  53016906 gaacattatatgttcccaaaagacaacatggcgagagatgc-aatgcgttgggatattggatcctaacatcgatagcctttgtgttaagtgccataacca 53017004  T
Q  255 agaaaacaacacagacgagcacgaggctcaagtttactatattcatggggctgaaggaggacaaaacacgcacaaccaagcaccttaagtgatttataat 354  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  53017005 agaaaacaacacagacgagcatgaggctcaagtttagtaaactcatggggttgaaggaggacaaaacaagcacaaccaaacaccttaagtgagttataat 53017104  T
Q  355 ttggtgtagtgagataaagacgctcaaaaggagagacattaccaaggacataagaagggagacgattgattgtatggacagcagtaagagcagcttcacc 454  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| || |||||||| |||||| |    
T  53017105 ttggtgtagtgagataaagacgctcaaaaggagagacattaccaaggacagaggaagggagacgattgattatatggactgcggtaagagcggcttcatc 53017204  T
Q  455 ccaagcacgttctagacaagaggccgagattagcatgacacagactgagtcaagaatgtgatgatg 520  Q
    ||||||  ||||| |||| ||||| ||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  53017205 ccaagcgtgttctggacacgaggctgagataagcatggcacggactgagtcaagaatgtgacgatg 53017270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 148 - 520
Target Start/End: Original strand, 20669828 - 20670201
Alignment:
Q  148 aggaagagaaaattatatgttcccaaaagacaacatgaagggaggtgcgaatgcgttgagaaattggatcccaacatcgataacctttgtgtttagtgcc 247  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||||| |||| | ||||    
T  20669828 aggaagagaacattatatgttcccaaaagacaacatgacgagagatgcgaatgcgctgagatattggatcctaacattgataacctttatgttcaatgcc 20669927  T
Q  248 ataaccaagaaaacaacacagacgagcacgaggctcaagtttactatattcatggggctgaaggaggacaaaacacgcacaaccaagcaccttaagtgat 347  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||    
T  20669928 ataaccaagaaaataacacagacgagcacgaggctcaagttttgtatattcatgcggctgaaggaggacaaaacaatcacaacaaaacaccttaagtgat 20670027  T
Q  348 ttataatttggtgtagtgagataaagacgctcaaaaggagagacattaccaaggacataagaagggagacgattgattgtatggacagcagtaagagcag 447  Q
    |||||||  |||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||| || ||||||||||     
T  20670028 ttataatccggtgtagtgagataaagtttctcaaagggagagacattaccaaggacagaggaagggagacaattgattatatggatagtagtaagagcat 20670127  T
Q  448 cttca-ccccaagcacgttctagacaagaggccgagattagcatgacacagactgagtcaagaatgtgatgatg 520  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||| | ||| ||||||||||  | |||||||||||||||| ||||    
T  20670128 cttcacccccaagcacgttctggacaagaggctgggataagcatgacacgaattgagtcaagaatgtgacgatg 20670201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 210 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 9666308 - 9666251
Alignment:
Q  210 attggatcccaacatcgataacctttgtgtttagtgccataaccaagaaaacaacaca 267  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||   || ||||||||||||| |||||||    
T  9666308 attggatcccaacaacgatatcctttgtgttccatgtcataaccaagaaagcaacaca 9666251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 105; Significance: 3e-52; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 244 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 12544688 - 12544413
Alignment:
Q  244 tgccataaccaagaaaacaacacagacgagcacgaggctcaagtttactatattcatggggctgaaggaggacaaaacacgcacaaccaagcaccttaag 343  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||| || |||||  ||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||||||| | || ||      
T  12544688 tgccataaccaagaaaacaacataggcgaccatgaggcgaaagtttagtatattcttggggttgaaggaggacaaaacaatcacaaccaaactccatata 12544589  T
Q  344 tgatttataatttggtgtagtgagataaagacgctcaaaaggagagacattaccaaggacataagaagggagacgattgattgtatggacagcagtaaga 443  Q
    | | ||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||    
T  12544588 taagttataatttggtgtagtgagatatagccgcccaaaaggagagacattaccaaggacagaggaagggagatgattgattatatgaacaacagtaaga 12544489  T
Q  444 gcagcttcaccccaagcacgttctagacaagaggccgagattagcatgacacagactgagtcaagaatgtgatgatg 520  Q
    || |||||| ||| ||   | ||| ||||||| || || || |||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  12544488 gcggcttca-ccctagtgtgatctggacaagatgctgaaataagcatggcacggactgagtcaagaatgtgacgatg 12544413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 64 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 12546504 - 12546378
Alignment:
Q  64 aacctgcatatgtgtcactattaaaatagtcaacatcagggttagtaaataaaggagtggaa------ggaattgaaacaaaatttgacgaggaagagaa 157  Q
    |||||||||| |||||||||  ||||||| | ||||| ||||||||||| | ||||||||||      ||||||||   ||| |||||| ||||||| ||    
T  12546504 aacctgcatacgtgtcactaggaaaatagccgacatcggggttagtaaaaagaggagtggaagttgagggaattgacttaaactttgacaaggaagaaaa 12546405  T
Q  158 aattatatgttcccaaaagacaacatg 184  Q
     |||||||||| |||||||||||||||    
T  12546404 cattatatgtttccaaaagacaacatg 12546378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 215 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 12618428 - 12618369
Alignment:
Q  215 atcccaacatcgataacctttgtgtttagtgccataaccaagaaaacaacacagacgagca 275  Q
    |||||||||| |||| | ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  12618428 atcccaacattgatatcatttgtgtttcgtgccataacc-agaaagcaacacaaacgagca 12618369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University