View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF6594_low_37 (Length: 390)
Name: NF6594_low_37
Description: NF6594
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6594_low_37 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 6 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 24071024 - 24070663
Alignment:
| Q |
6 |
tggagtagcaaaggaggtgcagttttcagggtaccaacctctgaaatggtacacatggcccatggcatgctttacggatccaaacttttcagaacaaagg |
105 |
Q |
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|||| |||| ||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
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| T |
24071024 |
tggactagccaaggaggtgaagttttcagagtatcaacctctgaaatggtacacatggcccatggcatgctttacagatccaaacttttcagaacaaagg |
24070925 |
T |
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| Q |
106 |
attgagctcacaaaacccatctctttaatttatgttattgacgacattttcgatgttcacgggacattggatcaacttacaatattcacagatgctatta |
205 |
Q |
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| T |
24070924 |
attgagctcacaaaacccatctctttgatttatgttattgacgacattttcgatgttcacgggacattggatcaacttacaatattcacagatgctatta |
24070825 |
T |
|
| Q |
206 |
acaggtattaaattttgaacaaatatatacatctcatttgttagttaatacatacacacacacatatatacctgtgcatggatatacaaatattacattg |
305 |
Q |
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| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| |
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| T |
24070824 |
aaaggtattaaattttgaacaaatatatacatctcatttgttagttaatacatacacacacac--gtatacctctgcatggatatacaaattttatattg |
24070727 |
T |
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| Q |
306 |
atgtttcactatg---atacttactacgaaataaattttcattcaggtgggaaatcaatggcac |
366 |
Q |
| |
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|||| ||||| || | |||||||| ||||| | |||| ||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
24070726 |
atgtatcactctgactacacttactatgaaatgatttttgattcaggtgggaaatcactggcac |
24070663 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 6 - 366
Target Start/End: Original strand, 24079712 - 24080073
Alignment:
| Q |
6 |
tggagtagcaaaggaggtgcagttttcagggtaccaacctctgaaatggtacacatggcccatggcatgctttacggatccaaacttttcagaacaaagg |
105 |
Q |
| |
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|
|
| T |
24079712 |
tggactagccaaggaggtgaagttttcagagtatcaacctctgaaatggtacacatggcccatggcatgctttacagatccaaacttttcagaacaaagg |
24079811 |
T |
|
| Q |
106 |
attgagctcacaaaacccatctctttaatttatgttattgacgacattttcgatgttcacgggacattggatcaacttacaatattcacagatgctatta |
205 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
24079812 |
attgagctcacaaaacccatctctttgatttatgttattgacgacattttcgatgttcacgggacattggatcaacttacaatattcacagatgctatta |
24079911 |
T |
|
| Q |
206 |
acaggtattaaattttgaacaaatatatacatctcatttgttagttaatacatacacacacacatatatacctgtgcatggatatacaaatattacattg |
305 |
Q |
| |
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|
|
| T |
24079912 |
acaggtattaaattttgaacaaatatatacatctcatttgttagttaatacatatacacacac--gtatacctctgcatggatatacaaattttatattg |
24080009 |
T |
|
| Q |
306 |
atgtttcactatg---atacttactacgaaataaattttcattcaggtgggaaatcaatggcac |
366 |
Q |
| |
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|||| ||||| || | |||||||| ||||| | |||| ||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
24080010 |
atgtatcactctgactacacttactatgaaatgatttttgattcaggtgggaaatcactggcac |
24080073 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 16 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 28567572 - 28567228
Alignment:
| Q |
16 |
aaggaggtgcagttttcagggtaccaacctctgaaatggtacacatggcccatggcatgctttacggatccaaacttttcagaacaaaggattgagctca |
115 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28567572 |
aaggaggtgaagttttcagggtatcaacctctgaaatggtacacatggcctatggcatgctttacagatccaaacttttcagaacaaaggattgagctca |
28567473 |
T |
|
| Q |
116 |
caaaacccatctctttaatttatgttattgacgacattttcgatgttcacgggacattggatcaacttacaatattcacagatgctattaacaggtatta |
215 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28567472 |
caaaacccatctctttaatttatgttattgacgacattttcgatgttcacgggacattggatcaacttacaatattcacagatgctattaacaggtattc |
28567373 |
T |
|
| Q |
216 |
aattttgaacaaatatatacatctcatttgttagttaatacatacacacacacatatatacctgtgcatggatatacaaatattacattgatgtttcact |
315 |
Q |
| |
|
||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
28567372 |
aattttgaataaatttatacatctcattagttagttaatacatac----------atatacctatgcaaagatatacaaatattacattgatgcttcact |
28567283 |
T |
|
| Q |
316 |
atgatacttactacgaaataaattttcattcaggtgggaaatcaatggcacagag |
370 |
Q |
| |
|
| |||||||||| ||||| | |||| |||||||||||||| || |||||||||| |
|
|
| T |
28567282 |
ctaatacttactatgaaatgatttttgattcaggtgggaaaccactggcacagag |
28567228 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 11 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 26315459 - 26315222
Alignment:
| Q |
11 |
tagcaaaggaggtgcagttttcagggtaccaacctctgaaatggtacacatggcccatggcatgctttacggatccaaacttttcagaacaaaggattga |
110 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26315459 |
tagccaaggaggtgaagttttcaggatatcaacctctgaaatggtacacatggcccatggcatgctttacagatccaaacttttcagaacaaaggattga |
26315360 |
T |
|
| Q |
111 |
gctcacaaaacccatctctttaatttatgttattgacgacattttcgatgttcacgggacattggatcaacttacaatattcacagatgctattaacagg |
210 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
26315359 |
gctcacaaaacctatctctttaatttatgttattgatgacattttcgatgttcacgggacattggatcaacttacaattttcacagacgctattaacagg |
26315260 |
T |
|
| Q |
211 |
tattaaattttgaacaaatatatacatctcatttgtta |
248 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||| |
|
|
| T |
26315259 |
tattaaattttgaataaatatatacatcttattagtta |
26315222 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 6 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 28574410 - 28574157
Alignment:
| Q |
6 |
tggagtagcaaaggaggtgcagttttcagggtaccaacctctgaaatggtacacatggcccatggcatgctttacggatccaaacttttcagaacaaagg |
105 |
Q |
| |
|
|||| |||| ||||||||| ||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28574410 |
tggactagccaaggaggtgaagttttcagagtatcaacctctaaaatggtacacatggcccatggcatgctttacagatccaaacttttcagaacaaagg |
28574311 |
T |
|
| Q |
106 |
attgagctcacaaaacccatctctttaatttatgttattgacgacattttcgatgttcacgggacattggatcaacttacaatattcacagatgctatta |
205 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |
|
|
| T |
28574310 |
attgagctcaccaaacctatctctctaatttatgtcattgatgacattttcgacgttcacgcgacattggatcaacttacaatattcacagacgctgtta |
28574211 |
T |
|
| Q |
206 |
acaggtattaaattttgaacaaatatatacatctcatttgttagttaatacata |
259 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| |
|
|
| T |
28574210 |
acaggtattcaattttgaataaatatatacatctcataatttagttaattcata |
28574157 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 6 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 28585609 - 28585391
Alignment:
| Q |
6 |
tggagtagcaaaggaggtgcagttttcagggtaccaacctctgaaatggtacacatggcccatggcatgctttacggatccaaacttttcagaacaaagg |
105 |
Q |
| |
|
|||| |||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28585609 |
tggactagccaaggaggtgaagttttcggggtatcaacctctcaaatggtacacatggcccatggcatgctttacagatccaaacttttcagaacaaagg |
28585510 |
T |
|
| Q |
106 |
attgagctcacaaaacccatctctttaatttatgttattgacgacattttcgatgttcacgggacattggatcaacttacaatattcacagatgctatta |
205 |
Q |
| |
|
|||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||| |
|
|
| T |
28585509 |
gttgaactcaccaaacctatctccttaatttatgttattgatgaccttttcgatgttcacgggacattggaccaacttacaatactcacagatgctgtta |
28585410 |
T |
|
| Q |
206 |
acaggtattaaattttgaa |
224 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28585409 |
acaggtattaaattttgaa |
28585391 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 6 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 28579461 - 28579261
Alignment:
| Q |
6 |
tggagtagcaaaggaggtgcagttttcagggtaccaacctctgaaatggtacacatggcccatggcatgctttacggatccaaacttttcagaacaaagg |
105 |
Q |
| |
|
|||| |||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28579461 |
tggactagccaaggaggtgaagttttctgggtatcaacctctcaaatggtacacatggcccatggcatgctttacagatccaaacttttcagaacaaagg |
28579362 |
T |
|
| Q |
106 |
attgagctcacaaaacccatctctttaatttatgttattgacgacattttcgatgttcacgggacattggatcaacttacaatattcacagatgctatta |
205 |
Q |
| |
|
|||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||| |
|
|
| T |
28579361 |
gttgaactcaccaaacctatctctttaatttatgttattgatgaccttttcgatgttcacgggacattggaccaacttacaatactcacagacgctgtta |
28579262 |
T |
|
| Q |
206 |
a |
206 |
Q |
| |
|
| |
|
|
| T |
28579261 |
a |
28579261 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 43 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 20616726 - 20616552
Alignment:
| Q |
43 |
cctctgaaatggtacacatggcccatggcatgctttacggatccaaacttttcagaac-aaaggattgagctcacaaaacccatctctttaatttatgtt |
141 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| ||||| |||| ||||| |||||||||| ||||| |||||| || ||||| || |
|
|
| T |
20616726 |
cctctgaaatggtacatgtggcccatggcatgttttacagatccatgtttttc-gaacgaaagggttgagctcaccaaaccaatctctctagtttatatt |
20616628 |
T |
|
| Q |
142 |
attgacgacattttcgatgttcacgggacattggatcaacttacaatattcacagatgctattaacaggtattaaa |
217 |
Q |
| |
|
||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
20616627 |
attgatgatattttcgatgttcacggaacattggatcaacttactctatttacagaagctgttaacaggtattaaa |
20616552 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 269 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 26315221 - 26315120
Alignment:
| Q |
269 |
atatatacctgtgcatggatatacaaatattacattgatgtttcactatgatacttactacgaaataaatt-ttcattcaggtgggaaatcaatggcaca |
367 |
Q |
| |
|
|||||||||| || | |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| | || || ||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
26315221 |
atatatacctttgaaaagatatacaaatattacattgattcttcactctgatacttacta-taaatgatttcttgattcaggtgggaaatcactggcaca |
26315123 |
T |
|
| Q |
368 |
gag |
370 |
Q |
| |
|
||| |
|
|
| T |
26315122 |
gag |
26315120 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 297 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 28585282 - 28585208
Alignment:
| Q |
297 |
attacattgatgtttcactatgatacttactacgaaataaatt-ttcattcaggtgggaaatcaatggcacagag |
370 |
Q |
| |
|
|||||| ||||| |||||| | |||||||||| ||||| | || |||||||||||||||||||| ||| |||||| |
|
|
| T |
28585282 |
attacactgatgcttcactctcatacttactatgaaatgatttcttcattcaggtgggaaatcactggaacagag |
28585208 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 64; Significance: 7e-28; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 40 - 171
Target Start/End: Original strand, 2601926 - 2602057
Alignment:
| Q |
40 |
caacctctgaaatggtacacatggcccatggcatgctttacggatccaaacttttcagaacaaaggattgagctcacaaaacccatctctttaatttatg |
139 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| || |||||| |
|
|
| T |
2601926 |
caaccactgaaatggtacatgtggcccatggtatgctttacagatccaagtttttcagaccaaaggattgagctcaccaaagttatctctctagtttatg |
2602025 |
T |
|
| Q |
140 |
ttattgacgacattttcgatgttcacgggaca |
171 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||| | |||||| |
|
|
| T |
2602026 |
ttattgatgacattttcgatgtttatgggaca |
2602057 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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