View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6604_low_1 (Length: 842)

Name: NF6604_low_1
Description: NF6604
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6604_low_1
NF6604_low_1
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (10-805)||(2326660-2327454)
chr2 (53-805)||(2330375-2331126)
chr2 (31-805)||(2303105-2303878)
chr2 (20-805)||(2320806-2321591)
chr2 (10-760)||(2350726-2351475)
chr2 (33-805)||(2293492-2294263)
chr2 (33-805)||(2309823-2310594)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (16-805)||(41126687-41127478)
chr8 (217-351)||(26506749-26506883)
chr8 (217-330)||(26494725-26494838)
chr8 (67-183)||(26494893-26495009)
chr8 (374-448)||(26494607-26494681)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (153-200)||(55017070-55017117)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (68-189)||(15176287-15176408)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 728; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 728; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 2327454 - 2326660
Alignment:
Q  10 catcatcacggtgaattcaaatttttccgacaaatcgacatggccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattcc 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327454 catcaccacggtgaattcaaatttttctgacaaatcgacatggccaccctccggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattcc 2327355  T
Q  110 aaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcat 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327354 aaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattctcctaccagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcat 2327255  T
Q  210 ccttcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttagg 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327254 ccttcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttagg 2327155  T
Q  310 caccaaataaccattcaaaaccacatcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttc 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2327154 caccaaataaccattcaaaaccacatcatcgctcactgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacacttc 2327055  T
Q  410 aaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctccttt 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327054 aaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctccttctctacaacaccatcaccacccatgaactccctaatctcctgcacaagcctccttt 2326955  T
Q  510 gaacgtccgggtacttcaatcaaatttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaacca 609  Q
    ||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2326954 gaacgtccgggtacttc-accaaattcgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaacca 2326856  T
Q  610 tttcatcctcagtcaacttctgtttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatccacgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttactctc 709  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2326855 tttcatcctcagtcaacttccgtttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatccacgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttagtctc 2326756  T
Q  710 cttaacttgcttcctccctcttatcagctgaagcaaaacatcttcttgatctctacgcaacatcaacaattcctcccattttttacgcaacaaaat 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2326755 cttaacttgcttcctccctcttatcagcggaagcaaaacatcttcttgatctctacgcaacatcaacaattcctcccattgtttacgcaacaaaat 2326660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 53 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 2331126 - 2330375
Alignment:
Q  53 ccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattcttctat 152  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||      
T  2331126 ccaccctcgggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatgaagcaaagctaaattatatccaggacaaattctcctcc 2331027  T
Q  153 cagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctccca 252  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2331026 cagctccaaatggcatcatctttatctctttacttcctgtaatgtcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggcttaaattccattggatcctccca 2330927  T
Q  253 aacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattcaaaaccacatcatcgctcattgcatga 352  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||    
T  2330926 aacacgagggtccaaccccatctctgcaaccataaaattcaccgtcccatctttaggcaccaaataaccattcaaaaccacatcctcgctcactgcgtga 2330827  T
Q  353 ggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctcct 452  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2330826 ggcaacacgaaatgccctggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacgcacttcaaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctcct 2330727  T
Q  453 tctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcaatcaaatttgccataatccaatgca 552  Q
    ||| | || || |||| |||||||| |||||  ||||||||| ||||||| |||  |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||    
T  2330726 tctctccagcatcatcgccacccatcacctctgtaatctcctccacaagcttcccctgaacgtccgggtacttc-accaaattcgccataatccattgca 2330628  T
Q  553 aagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttctgtttttccattggcaactccaa 652  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||| |||| |||   |||||||||||    
T  2330627 aagcggtggaagtagtatccgtgccaccgttcaaaaactccgaacaaagactaatcatttcatcctcactcaatttccgtttctcctgaggcaactccaa 2330528  T
Q  653 ctccaaaagtgtatccacgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttactctccttaacttgcttcctccctcttatcagctgaagcaaaacatct 752  Q
    ||||| ||| ||||| || || |||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||    
T  2330527 ctccataagagtatctacatacgaaacaacagtattaatattgttcaatctactctccttaacatgcttcctcgctcttatcagcggaagcagaacatct 2330428  T
Q  753 tcttgatctctacgcaacatcaacaattcctcccattttttacgcaacaaaat 805  Q
    ||||||||| || ||||| ||  ||| || ||||||  |||||||||||||||    
T  2330427 tcttgatctttaagcaacttcgccaactcatcccatcgtttacgcaacaaaat 2330375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 2303878 - 2303105
Alignment:
Q  31 tttttccgacaaatcgacatggccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaatta 130  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  2303878 tttttccgacaaatcaacatagccgccctctggaagcttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattctaaatggagcaaagctaaatta 2303779  T
Q  131 tatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggct 230  Q
      | | ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  2303778 agtgcaggacaaattctcctttcagcttcaaacggcatcatctttatctccttactccctgtaatgtcaaaattctcatccttccaaaacctttctggct 2303679  T
Q  231 taaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattcaaaac 330  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2303678 taaactccattggatcctcccaaacacgaggatcccaccccatctccgccagcatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccgttcaaaac 2303579  T
Q  331 cacatcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaag 430  Q
    |||||| ||  |||  || || ||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||     
T  2303578 cacatcctctttcaccgcgtgtggcaacagaaaatgccccggtggatgacgcctcaacccttccaaaacaacacatttcaaataccgaagtttctgcaat 2303479  T
Q  431 tcttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcaatc 530  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||    ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||| || || || |||||||| || |    
T  2303478 tcttcctctttcacttcctccttctctccattctcatcaccacccatcacctcccgaatctcctccacaagcctcctctgcacttctgggtactt-aacc 2303380  T
Q  531 aaatttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttct 630  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||| || ||| |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||| |||| |||||||      
T  2303379 aaattcgccataatccattgcaaagtagtggaagtagtatccgtcccaccattcagaaactctgaacaaagattaaccatttcattctcactcaactttc 2303280  T
Q  631 gtttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatccacgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttactctccttaacttgcttcctccctct 730  Q
    |||| |||   |||||||||||||| | ||| |||||  | || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  2303279 gtttctcctcgggcaactccaactctagaagagtatctgcatacgaaacaacagtattaacattgttcaatttactctccttaacttgtttcctcgctct 2303180  T
Q  731 tatcagctgaagcaaaacatcttcttgatctctacgcaacatcaacaattcctcccattttttacgcaacaaaat 805  Q
    ||||||| |||| | |||||| ||||||||  || | ||| |||| || |||| ||||   ||||||||||||||    
T  2303179 tatcagcggaagtagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactccttccatcggttacgcaacaaaat 2303105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 2321591 - 2320806
Alignment:
Q  20 gtgaattcaaatttttccgacaaatcgacatggccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagta 119  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  2321591 gtgaattcatctttttccgacaaatcaacatggccaccctccggaagctgccaattgaaattccaaaccaagttagccacaaaatattccaaatggagca 2321492  T
Q  120 aagctaaattatatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatccttcaaaaa 219  Q
    |||||||||||  ||| ||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2321491 aagctaaattaagtccgggacaaattctccttccagctccaaacggcatcatctttatctctttactccctataatatcaaaagtctcatccttcaaaaa 2321392  T
Q  220 cctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataa 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2321391 cctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatcccacgccatctccgacagcatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataa 2321292  T
Q  320 ccattcaaaaccacatcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatg-ccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccga 418  Q
    || |||||||||||||| ||  |||  |  || | |||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  2321291 ccgttcaaaaccacatcctctttcaccgtgtgtgccaacacaaaatgcccctggtggatgacgcctcatcccttccaaaaccacgcacttcaaatatcga 2321192  T
Q  419 agtttatgcaagtcttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccg 518  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||    |||||| | |||| ||||| | |||||||| |||||||||||  || || ||||    
T  2321191 agtttctgcaagttttcctctttcacttcctccttctctccattgtcatcactaaccatcacctcacgaatctcctccacaagcctcccctgcacttccg 2321092  T
Q  519 ggtacttcaatcaaatttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcct 618  Q
    |||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  2321091 ggtacttc-accaaattcgccataatccactgcaaagcagtggaagtagtatccgtcccaccgttcaaaaactccgaacaaagattaaccatttcattct 2320993  T
Q  619 cagtcaacttctgtttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatccacgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttactctccttaacttg 718  Q
    || |||||||  |||| |||   |||||||||||||| ||||| |||||  | || |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2320992 cactcaactttcgtttctcctcgggcaactccaactctaaaagagtatctgcatacgaaacaactgtattatcattgttcaatttactctccttaacttg 2320893  T
Q  719 cttcctccctcttatcagctgaagcaaaacatcttcttgatctctacgcaacatcaacaattcctcccattttttacgcaacaaaat 805  Q
    ||||||  ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||  || | ||| |||| || |||||||||   ||||||||||||||    
T  2320892 cttccttgctcttatcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactcctcccatcggttacgcaacaaaat 2320806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 760
Target Start/End: Complemental strand, 2351475 - 2350726
Alignment:
Q  10 catcatcacggtgaattcaaatttttccgacaaatcgacatggccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattcc 109  Q
    ||||| ||| ||||||||   ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2351475 catcaccacagtgaattcttgtttttccgacaaatcaacatgcccaccttctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattcc 2351376  T
Q  110 aaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcat 209  Q
    || || || ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| || | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||    
T  2351375 aagtgaagcaaagctaaattatatccgggacagattctcctaccaacaccaaatggcatcatctttatctctttactccccgtaatgtcaaatgtttcat 2351276  T
Q  210 ccttcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttagg 309  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  2351275 ccttcaaaaacctctctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatcccaccccatctctgccaccataaaattgaccgtcccatttttagg 2351176  T
Q  310 caccaaataaccattcaaaaccacatcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttc 409  Q
    |||||||||||| || |||| |||||| ||  |||  || || |||||||||  |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  2351175 caccaaataaccgttaaaaagcacatcctctgtcaccgcgtgtggcaacacattatgccccggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacatttc 2351076  T
Q  410 aaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctccttt 509  Q
    | ||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||| | ||   ||||||| |||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||    
T  2351075 agatacaaaagtttctgcaaatcttcctctttcacttccaccttctctccatttccatcacgacccatcacctccctaatctcgtccacaagcctccctt 2350976  T
Q  510 gaacgtccgggtacttcaatcaaatttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaacca 609  Q
    | ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2350975 gcacgtcggggtacttc-accaaatttgccataatccattgcaaagccgtggaagtagtatctatcccagcattcaaaaactctgaacaaagactaacca 2350877  T
Q  610 tttcatcctcagtcaacttctgtttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatccacgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttactctc 709  Q
    ||||||| ||| |||| ||| |||| ||    |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||  ||| ||||||||||| |||||||    
T  2350876 tttcatcttcactcaatttccgtttctcatcaggcaactccaactccaaaagagtatccacatacgaaactacagggttaacattgttcaatctactctc 2350777  T
Q  710 cttaacttgcttcctccctcttatcagctgaagcaaaacatcttcttgatc 760  Q
     ||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2350776 tttaacttgcttcctcgctctaatcagcggaagcaaaacatcttcttgatc 2350726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 2294263 - 2293492
Alignment:
Q  33 tttccgacaaatcgacatggccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaattata 132  Q
    |||||| |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||      
T  2294263 tttccgtcaaatcaacatgcccgccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaagttagccacaaaatattccaaatggagcaaagctaaattaag 2294164  T
Q  133 tcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggctta 232  Q
    ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2294163 tccgggacaaattcttcttccagctccaaacggcatcatctttatctctttacttcctgtaatgtcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggctta 2294064  T
Q  233 aactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattcaaaacca 332  Q
    |||||||  || |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  2294063 aactccaacgggtcctcccaaacacgaggatccaacgccatctccgccagcaagaaattcaccgtcccgtttttaggcaccaaataaccgtccaaaacca 2293964  T
Q  333 catcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtc 432  Q
    |||| ||  |||  || || ||||||  ||| | ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2293963 catcctctttcaccgcgtgtggcaacggaaatttccccggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttctgcaagtc 2293864  T
Q  433 ttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcaatcaa 532  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||    ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||  || || || |||||||||| | |     
T  2293863 ttcctctttcacttcctccttctctccattttcatcaccacccatcacctcccgaatctcctccacaagcctcccctgcacttctgggtacttcact-ac 2293765  T
Q  533 atttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttctgt 632  Q
    ||| ||||||||||| ||||||   ||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||| ||    
T  2293764 attcgccataatccactgcaaactagtggaagtagtgtctgtcccaccgttcaaaaactctgaacaaagattaaccatttcattctcactcagcttccgt 2293665  T
Q  633 ttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatccacgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttactctccttaacttgcttcctccctctta 732  Q
    || |||   ||| |||| ||||| || || |||||  | || |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  2293664 ttctcctcaggccactctaactctaagagagtatctgcatatgaaacaacagtattaatattgttcaatttactctccttaacttgcttccttgctctta 2293565  T
Q  733 tcagctgaagcaaaacatcttcttgatctctacgcaacatcaacaattcctcccattttttacgcaacaaaat 805  Q
    ||||| |||||| |||||| ||||||||  || | ||| |||| || ||||||||||  ||||||||||||||    
T  2293564 tcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactcctcccattggttacgcaacaaaat 2293492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 2310594 - 2309823
Alignment:
Q  33 tttccgacaaatcgacatggccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaattata 132  Q
    |||||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||      
T  2310594 tttccgtcaaatcaacatgcccgccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagcaaagctaaattaag 2310495  T
Q  133 tcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggctta 232  Q
    ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2310494 tccgggacaaattcttcttccagctccaaacggcatcatctttatctctttacttcctggaatgacaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggctta 2310395  T
Q  233 aactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattcaaaacca 332  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  2310394 aactccaatgggtcctcccaaacacgacgatccaacgccatctccgccagaaagaaattcaccgtcccgtttttaggcaccaaataaccgtccaaaacca 2310295  T
Q  333 catcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtc 432  Q
    |||| ||  |||  || || ||||||  ||| | ||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  2310294 catcctctttcaccgcgtgtggcaacggaaatttccccgatggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacacttcaaataccaaagtttctgcaagtc 2310195  T
Q  433 ttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcaatcaa 532  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||    ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||  |  || || ||||||||| | ||     
T  2310194 ttcctctttcacttcctccttctctccattttcatcaccacccatcacctcccgaatctcctccacaagcctccccttcacttctgggtacttc-accac 2310096  T
Q  533 atttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttctgt 632  Q
    ||| ||||||||||| | ||||   ||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||| ||    
T  2310095 attcgccataatccactccaaactagtggaagtagtgtctgtcccaccgttcaaaaactctgaacaaagattaaccatttcattctcactcagcttccgt 2309996  T
Q  633 ttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatccacgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttactctccttaacttgcttcctccctctta 732  Q
    || |||   ||| |||| ||||| ||||| |||||  | || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  2309995 ttctcctcaggctactctaactctaaaagagtatctgcatatgaaacaacagtattaacattgttcaatttactctccttaacttgcttccttgctctta 2309896  T
Q  733 tcagctgaagcaaaacatcttcttgatctctacgcaacatcaacaattcctcccattttttacgcaacaaaat 805  Q
    ||||| |||||| |||||| ||||||||  || | ||| |||| || ||||||||||  |||||| |||||||    
T  2309895 tcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactcctcccattggttacgcgacaaaat 2309823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 198; Significance: 1e-107; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 16 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 41127478 - 41126687
Alignment:
Q  16 cacggtgaattcaaatttttccgacaaatcgacatggcca---ccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaa 112  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||| ||||  |||   |||||| ||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  41127478 cacggtgaattcagttttttccgacaaatcaacataaccagctccctctagaatcttccaattaaaattccagaccaaattagccacaaagtattccaaa 41127379  T
Q  113 tggagtaaagctaaattatatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatcct 212  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||    
T  41127378 tggagcaaagctaaattatatccaggacaaattctcctcccaactccaaacggcatcatctttatctctttagtcccggtaatatcaaaagcctcatcct 41127279  T
Q  213 tcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcac 312  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||| |||  ||| || ||||||||||||||||||||   | ||||||||||||     
T  41127278 tcaaaaacctttctggtttaaactccaatggatcttcccaaacactagggtccctccctatgtctgccaccatgaaattcactaccacatttttaggcag 41127179  T
Q  313 caaataaccattcaaaaccacatcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaa 412  Q
    ||| ||||| |  ||||||||||| ||  |||  ||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| | ||||||||||| ||||||||| | |    
T  41127178 caagtaaccgtcgaaaaccacatcctccttcaccgcatggggcaacacaaagtgccccggtgggtgacacctcagcccttccaaaatcacacactttaga 41127079  T
Q  413 taccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacc---tccctaatctcctgcacaagcctccttt 509  Q
    ||  | || || ||||||||||||||||| | |||||  |||| | ||   | |||| | || || |||   || |||||||||| |||||   |   ||    
T  41127078 tatggtaggttctgcaagtcttcctctttaatttccttattctcttcatttcgatcagcgccaatcacctgatctctaatctcctccacaattttgtctt 41126979  T
Q  510 gaacgtccgggtacttcaatcaaatttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaacca 609  Q
    | || |  || |||||| | |||||| ||||| ||||| || |  || ||||| || || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||    
T  41126978 gcacatgtggatacttc-accaaattagccatgatccactggagcgccgtggaggtcgtgtctgtgccagcattcaaaaactctgaacaaaggctgacca 41126880  T
Q  610 tttcatcctcagtcaacttctgtttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatccacgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttactctc 709  Q
    ||||||| ||| ||| |||  |||| |||   ||||||||||| |||||||| |||||  | |||||||||||| | ||    ||| ||||| | || ||    
T  41126879 tttcatcttcactcagcttgcgtttctcctcgggcaactccaattccaaaagagtatctgcataggaaacaacattgtt---tttgctcaatctcctttc 41126783  T
Q  710 cttaacttgcttcctccctcttatcagctgaagcaaaacatcttcttgatctctacgcaacatcaacaattcctcccattttttacgcaacaaaat 805  Q
    |||  ||| ||||||| ||||||| ||| |||| | |||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||  |||||| || |||||    
T  41126782 cttggcttccttcctcgctcttattagcggaagtagaacatcttcttgatcttttcgcaacttcaacaattcctcccatcgtttacggaataaaat 41126687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 217 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 26506883 - 26506749
Alignment:
Q  217 aaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaa 316  Q
    |||||| |||||||| ||  |||| ||||||||||||||||  |||||| |||| | |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||     
T  26506883 aaacctatctggcttgaatgccatgggatcctcccaaacacttggatcccacccaacctctgccaccataaaattaactgtcccatttttaggcaccaag 26506784  T
Q  317 taaccattcaaaaccacatcatcgctcattgcatg 351  Q
    ||||| || |||| |||||| ||| ||| ||||||    
T  26506783 taaccgttaaaaatcacatcctcggtcactgcatg 26506749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 217 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 26494838 - 26494725
Alignment:
Q  217 aaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaa 316  Q
    |||||| |||||||||||| || | ||||||||||||||    ||||| || || || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||     
T  26494838 aaacctctctggcttaaacaccgtaggatcctcccaaaccgttggatctaatcctatatctgccaccataaaattcacagtcccatttttaggcaccaag 26494739  T
Q  317 taaccattcaaaac 330  Q
    ||||||||||||||    
T  26494738 taaccattcaaaac 26494725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 67 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 26495009 - 26494893
Alignment:
Q  67 cttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggc 166  Q
    |||||| || || ||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |  || || |||||  | |||||||| || ||  | ||||||||||||    
T  26495009 cttccactcaaagttcaaaaccaaattagcaacaaagtattctaaatggagcattgccaatttataggcaggacaaatcctcctccctgctccaaacggc 26494910  T
Q  167 atcatcttgatctcttt 183  Q
    |||||||| ||||||||    
T  26494909 atcatctttatctcttt 26494893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 374 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 26494681 - 26494607
Alignment:
Q  374 ggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcc 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||  | | ||| | ||| ||||||||| ||||||||    
T  26494681 ggatgacgccttaacccttccaaaatcacagccttcaaatatggcaatttctccaaatcttcctctctcacttcc 26494607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 153 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 55017117 - 55017070
Alignment:
Q  153 cagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaa 200  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||    
T  55017117 cagcaccaaacggcatcatcttcatctctttagttcctgtaatatcaa 55017070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 68 - 189
Target Start/End: Original strand, 15176287 - 15176408
Alignment:
Q  68 ttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggca 167  Q
    ||||| || |||||| |||| ||||| || ||||| |||||||| || |  || ||||||  ||| || ||||| ||||| ||  | |||||||| ||||    
T  15176287 ttccactcaaaattcaaaacaaaattggcaacaaagtattccaagtgcaacaatgctaaaccatagccaggacacattctcctccctgctccaaatggca 15176386  T
Q  168 tcatcttgatctctttactccc 189  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  15176387 tcatctttatctctttactccc 15176408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University