View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6604_low_3 (Length: 519)

Name: NF6604_low_3
Description: NF6604
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6604_low_3
NF6604_low_3
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (9-482)||(2326660-2327132)
chr2 (9-482)||(2330375-2330847)
chr2 (30-437)||(2350726-2351132)
chr2 (30-482)||(2303105-2303556)
chr2 (32-482)||(2320806-2321256)
chr2 (48-482)||(2293492-2293925)
chr2 (50-482)||(2309823-2310254)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (247-482)||(41126687-41126919)
chr8 (24-126)||(41127042-41127144)
chr8 (51-125)||(26494607-26494681)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 422; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 2327132 - 2326660
Alignment:
Q  9 acatcatcactcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagt 108  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327132 acatcatcgctcactgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagt 2327033  T
Q  109 cttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcaatca 208  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  2327032 cttcctctttcacttcctccttctctacaacaccatcaccacccatgaactccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcac-ca 2326934  T
Q  209 aatttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttctg 308  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2326933 aattcgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttccg 2326834  T
Q  309 tttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatccacgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttactctccttaacttgcttcctccctctt 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2326833 tttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatccacgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttagtctccttaacttgcttcctccctctt 2326734  T
Q  409 atcagctgaagcaaaacatcttcttgatctctacgcaacatcaacaattcctcccattttttacgcaacaaaat 482  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2326733 atcagcggaagcaaaacatcttcttgatctctacgcaacatcaacaattcctcccattgtttacgcaacaaaat 2326660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 9 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 2330847 - 2330375
Alignment:
Q  9 acatcatcactcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagt 108  Q
    ||||| || |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2330847 acatcctcgctcactgcgtgaggcaacacgaaatgccctggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacgcacttcaaataccgaagtttatgcaagt 2330748  T
Q  109 cttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcaatca 208  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || || |||| |||||||| |||||  ||||||||| ||||||| |||  |||||||||||||||||||  ||    
T  2330747 cttcctctttcacttcctccttctctccagcatcatcgccacccatcacctctgtaatctcctccacaagcttcccctgaacgtccgggtacttcac-ca 2330649  T
Q  209 aatttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttctg 308  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||| |    
T  2330648 aattcgccataatccattgcaaagcggtggaagtagtatccgtgccaccgttcaaaaactccgaacaaagactaatcatttcatcctcactcaatttccg 2330549  T
Q  309 tttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatccacgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttactctccttaacttgcttcctccctctt 408  Q
    ||| |||   |||||||||||||||| ||| ||||| || || |||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  2330548 tttctcctgaggcaactccaactccataagagtatctacatacgaaacaacagtattaatattgttcaatctactctccttaacatgcttcctcgctctt 2330449  T
Q  409 atcagctgaagcaaaacatcttcttgatctctacgcaacatcaacaattcctcccattttttacgcaacaaaat 482  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| || ||||| ||  ||| || ||||||  |||||||||||||||    
T  2330448 atcagcggaagcagaacatcttcttgatctttaagcaacttcgccaactcatcccatcgtttacgcaacaaaat 2330375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 30 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 2351132 - 2350726
Alignment:
Q  30 ggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctcct 129  Q
    |||||||||  |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||    
T  2351132 ggcaacacattatgccccggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacatttcagatacaaaagtttctgcaaatcttcctctttcacttccacct 2351033  T
Q  130 tctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcaatcaaatttgccataatccaatgca 229  Q
    ||| | ||   ||||||| |||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||    
T  2351032 tctctccatttccatcacgacccatcacctccctaatctcgtccacaagcctcccttgcacgtcggggtacttcac-caaatttgccataatccattgca 2350934  T
Q  230 aagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttctgtttttccattggcaactccaa 329  Q
    |||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| |||| ||    |||||||||||    
T  2350933 aagccgtggaagtagtatctatcccagcattcaaaaactctgaacaaagactaaccatttcatcttcactcaatttccgtttctcatcaggcaactccaa 2350834  T
Q  330 ctccaaaagtgtatccacgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttactctccttaacttgcttcctccctcttatcagctgaagcaaaacatct 429  Q
    ||||||||| |||||||| || ||||| ||||  ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||    
T  2350833 ctccaaaagagtatccacatacgaaactacagggttaacattgttcaatctactctctttaacttgcttcctcgctctaatcagcggaagcaaaacatct 2350734  T
Q  430 tcttgatc 437  Q
    ||||||||    
T  2350733 tcttgatc 2350726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 30 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 2303556 - 2303105
Alignment:
Q  30 ggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctcct 129  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2303556 ggcaacagaaaatgccccggtggatgacgcctcaacccttccaaaacaacacatttcaaataccgaagtttctgcaattcttcctctttcacttcctcct 2303457  T
Q  130 tctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcaatcaaatttgccataatccaatgca 229  Q
    ||| | ||    ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||| || || || |||||||| || |||||| ||||||||||| ||||    
T  2303456 tctctccattctcatcaccacccatcacctcccgaatctcctccacaagcctcctctgcacttctgggtactt-aaccaaattcgccataatccattgca 2303358  T
Q  230 aagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttctgtttttccattggcaactccaa 329  Q
    |||  |||||||||||||| || ||| |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||| |||| |||||||  |||| |||   |||||||||||    
T  2303357 aagtagtggaagtagtatccgtcccaccattcagaaactctgaacaaagattaaccatttcattctcactcaactttcgtttctcctcgggcaactccaa 2303258  T
Q  330 ctccaaaagtgtatccacgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttactctccttaacttgcttcctccctcttatcagctgaagcaaaacatct 429  Q
    ||| | ||| |||||  | || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| | ||||||     
T  2303257 ctctagaagagtatctgcatacgaaacaacagtattaacattgttcaatttactctccttaacttgtttcctcgctcttatcagcggaagtagaacatcc 2303158  T
Q  430 tcttgatctctacgcaacatcaacaattcctcccattttttacgcaacaaaat 482  Q
    ||||||||  || | ||| |||| || |||| ||||   ||||||||||||||    
T  2303157 tcttgatccttaagtaacttcaaaaactccttccatcggttacgcaacaaaat 2303105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 32 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 2321256 - 2320806
Alignment:
Q  32 caacacaaaatgccc-tggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctcctt 130  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2321256 caacacaaaatgcccctggtggatgacgcctcatcccttccaaaaccacgcacttcaaatatcgaagtttctgcaagttttcctctttcacttcctcctt 2321157  T
Q  131 ctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcaatcaaatttgccataatccaatgcaa 230  Q
    || | ||    |||||| | |||| ||||| | |||||||| |||||||||||  || || |||||||||||||  |||||| ||||||||||| |||||    
T  2321156 ctctccattgtcatcactaaccatcacctcacgaatctcctccacaagcctcccctgcacttccgggtacttcac-caaattcgccataatccactgcaa 2321058  T
Q  231 agcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttctgtttttccattggcaactccaac 330  Q
    ||| |||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||  |||| |||   ||||||||||||    
T  2321057 agcagtggaagtagtatccgtcccaccgttcaaaaactccgaacaaagattaaccatttcattctcactcaactttcgtttctcctcgggcaactccaac 2320958  T
Q  331 tccaaaagtgtatccacgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttactctccttaacttgcttcctccctcttatcagctgaagcaaaacatctt 430  Q
    || ||||| |||||  | || |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||| |||||| |    
T  2320957 tctaaaagagtatctgcatacgaaacaactgtattatcattgttcaatttactctccttaacttgcttccttgctcttatcagcggaagcagaacatcct 2320858  T
Q  431 cttgatctctacgcaacatcaacaattcctcccattttttacgcaacaaaat 482  Q
    |||||||  || | ||| |||| || |||||||||   ||||||||||||||    
T  2320857 cttgatccttaagtaacttcaaaaactcctcccatcggttacgcaacaaaat 2320806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 48 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 2293925 - 2293492
Alignment:
Q  48 ggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcac 147  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    ||||||    
T  2293925 ggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttctgcaagtcttcctctttcacttcctccttctctccattttcatcac 2293826  T
Q  148 cacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcaatcaaatttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtat 247  Q
    ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||  || || || |||||||||| | | ||| ||||||||||| ||||||   ||||||||||| |    
T  2293825 cacccatcacctcccgaatctcctccacaagcctcccctgcacttctgggtacttcact-acattcgccataatccactgcaaactagtggaagtagtgt 2293727  T
Q  248 ctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttctgtttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatccac 347  Q
    |||| ||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||| |||| |||   ||| |||| ||||| || || |||||  |    
T  2293726 ctgtcccaccgttcaaaaactctgaacaaagattaaccatttcattctcactcagcttccgtttctcctcaggccactctaactctaagagagtatctgc 2293627  T
Q  348 gtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttactctccttaacttgcttcctccctcttatcagctgaagcaaaacatcttcttgatctctacgcaac 447  Q
     || |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||  || | |||    
T  2293626 atatgaaacaacagtattaatattgttcaatttactctccttaacttgcttccttgctcttatcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaac 2293527  T
Q  448 atcaacaattcctcccattttttacgcaacaaaat 482  Q
     |||| || ||||||||||  ||||||||||||||    
T  2293526 ttcaaaaactcctcccattggttacgcaacaaaat 2293492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 50 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 2310254 - 2309823
Alignment:
Q  50 tggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcacca 149  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    ||||||||    
T  2310254 tggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacacttcaaataccaaagtttctgcaagtcttcctctttcacttcctccttctctccattttcatcacca 2310155  T
Q  150 cccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcaatcaaatttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatct 249  Q
    ||||| ||||||| |||||||| |||||||||||  |  || || ||||||||||  || ||| ||||||||||| | ||||   ||||||||||| |||    
T  2310154 cccatcacctcccgaatctcctccacaagcctccccttcacttctgggtacttcac-cacattcgccataatccactccaaactagtggaagtagtgtct 2310056  T
Q  250 gtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttctgtttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatccacgt 349  Q
    || ||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||| |||| |||   ||| |||| ||||| ||||| |||||  | |    
T  2310055 gtcccaccgttcaaaaactctgaacaaagattaaccatttcattctcactcagcttccgtttctcctcaggctactctaactctaaaagagtatctgcat 2309956  T
Q  350 aggaaacaacagtattagcattgttcaatttactctccttaacttgcttcctccctcttatcagctgaagcaaaacatcttcttgatctctacgcaacat 449  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||  || | ||| |    
T  2309955 atgaaacaacagtattaacattgttcaatttactctccttaacttgcttccttgctcttatcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaactt 2309856  T
Q  450 caacaattcctcccattttttacgcaacaaaat 482  Q
    ||| || ||||||||||  |||||| |||||||    
T  2309855 caaaaactcctcccattggttacgcgacaaaat 2309823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 247 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 41126919 - 41126687
Alignment:
Q  247 tctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttctgtttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatcca 346  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||| ||| |||  |||| |||   ||||||||||| |||||||| |||||      
T  41126919 tctgtgccagcattcaaaaactctgaacaaaggctgaccatttcatcttcactcagcttgcgtttctcctcgggcaactccaattccaaaagagtatctg 41126820  T
Q  347 cgtaggaaacaacagtattagcattgttcaatttactctccttaacttgcttcctccctcttatcagctgaagcaaaacatcttcttgatctctacgcaa 446  Q
    | |||||||||||| | ||    ||| ||||| | || |||||  ||| ||||||| ||||||| ||| |||| | |||||||||||||||| | |||||    
T  41126819 cataggaaacaacattgtt---tttgctcaatctcctttccttggcttccttcctcgctcttattagcggaagtagaacatcttcttgatcttttcgcaa 41126723  T
Q  447 catcaacaattcctcccattttttacgcaacaaaat 482  Q
    | |||||||||||||||||  |||||| || |||||    
T  41126722 cttcaacaattcctcccatcgtttacggaataaaat 41126687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 41127144 - 41127042
Alignment:
Q  24 gcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcactt 123  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| | ||||||||||| ||||||||| | |||  | || || ||||||||||||||||| | ||    
T  41127144 gcatggggcaacacaaagtgccccggtgggtgacacctcagcccttccaaaatcacacactttagatatggtaggttctgcaagtcttcctctttaattt 41127045  T
Q  124 cct 126  Q
    |||    
T  41127044 cct 41127042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 51 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 26494681 - 26494607
Alignment:
Q  51 ggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcc 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||  | | ||| | ||| ||||||||| ||||||||    
T  26494681 ggatgacgccttaacccttccaaaatcacagccttcaaatatggcaatttctccaaatcttcctctctcacttcc 26494607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University