View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6607_low_19 (Length: 232)

Name: NF6607_low_19
Description: NF6607
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6607_low_19
NF6607_low_19
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (22-221)||(29541764-29541963)
chr6 (16-221)||(34766667-34766872)
chr6 (14-221)||(18161374-18161581)
chr6 (14-221)||(16899255-16899462)
chr6 (14-221)||(31358870-31359077)
chr6 (16-197)||(18704892-18705073)
chr6 (16-197)||(18710827-18711008)
[»] scaffold0058 (1 HSPs)
scaffold0058 (14-221)||(53355-53562)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (16-221)||(17150684-17150889)
chr4 (16-221)||(520738-520943)
chr4 (15-221)||(16254548-16254749)
chr4 (14-221)||(6693527-6693734)
chr4 (16-213)||(7845291-7845488)
chr4 (107-177)||(54698640-54698710)
chr4 (107-177)||(26813334-26813404)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (13-221)||(14892577-14892785)
chr8 (14-221)||(21211795-21212002)
chr8 (87-221)||(22832121-22832255)
chr8 (106-178)||(18233759-18233831)
chr8 (106-178)||(18243210-18243282)
chr8 (106-165)||(12916388-12916447)
chr8 (106-165)||(25036229-25036288)
chr8 (106-165)||(25050266-25050325)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (16-221)||(1988014-1988219)
chr1 (14-221)||(16156192-16156399)
chr1 (74-221)||(22959697-22959844)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (14-221)||(9544065-9544272)
chr7 (14-221)||(16141009-16141216)
chr7 (14-221)||(46498423-46498630)
chr7 (14-221)||(5389996-5390203)
chr7 (14-221)||(26304865-26305072)
chr7 (14-221)||(26361746-26361953)
chr7 (14-221)||(32099689-32099896)
chr7 (14-221)||(8502358-8502565)
chr7 (14-221)||(44898608-44898815)
chr7 (14-221)||(6535793-6536000)
chr7 (16-181)||(42596698-42596863)
chr7 (60-221)||(13284254-13284416)
chr7 (107-177)||(7582477-7582547)
chr7 (107-177)||(15175386-15175456)
[»] scaffold0313 (2 HSPs)
scaffold0313 (16-221)||(7080-7285)
scaffold0313 (16-221)||(10862-11067)
[»] scaffold0254 (1 HSPs)
scaffold0254 (16-221)||(6393-6598)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (16-221)||(20949166-20949371)
chr5 (14-221)||(18362586-18362793)
chr5 (14-221)||(26201150-26201357)
chr5 (14-221)||(27413457-27413664)
chr5 (14-221)||(33940629-33940836)
chr5 (23-200)||(23375743-23375920)
chr5 (106-203)||(5601579-5601676)
chr5 (107-177)||(24413672-24413742)
chr5 (107-177)||(30453465-30453535)
chr5 (107-177)||(30458543-30458613)
chr5 (16-89)||(19781874-19781947)
chr5 (106-178)||(24289951-24290023)
chr5 (106-178)||(24299458-24299530)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (16-221)||(27168811-27169016)
chr2 (14-221)||(18652527-18652734)
chr2 (22-221)||(45015670-45015869)
chr2 (14-221)||(9512589-9512796)
chr2 (60-223)||(22903494-22903657)
chr2 (106-203)||(1791955-1792052)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (14-221)||(148017-148224)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (14-221)||(8974155-8974362)
chr3 (14-221)||(6423616-6423823)
chr3 (14-221)||(9538444-9538651)
chr3 (14-221)||(12387297-12387503)
chr3 (106-203)||(48979673-48979770)
chr3 (107-177)||(28366940-28367010)
chr3 (107-165)||(28374773-28374831)
chr3 (107-165)||(28382595-28382653)
chr3 (106-177)||(4384458-4384529)
[»] scaffold0141 (1 HSPs)
scaffold0141 (14-200)||(20084-20270)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (23-200)||(16545-16722)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (107-177)||(103154-103224)
[»] scaffold0015 (1 HSPs)
scaffold0015 (74-221)||(189351-189498)
[»] scaffold0010 (1 HSPs)
scaffold0010 (106-178)||(257898-257970)
[»] scaffold0529 (1 HSPs)
scaffold0529 (181-221)||(1-41)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 180; Significance: 2e-97; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 22 - 221
Target Start/End: Original strand, 29541764 - 29541963
Alignment:
Q  22 gatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagcta 121  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29541764 gatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagcta 29541863  T
Q  122 gactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaatacatgatga 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29541864 gactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaatacatcatga 29541963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Original strand, 34766667 - 34766872
Alignment:
Q  16 atcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34766667 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 34766766  T
Q  116 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34766767 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 34766866  T
Q  216 tgatga 221  Q
    | ||||    
T  34766867 tcatga 34766872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Original strand, 18161374 - 18161581
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  18161374 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 18161473  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  18161474 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 18161573  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  18161574 catcatga 18161581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Original strand, 16899255 - 16899462
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  16899255 tcatcacagatggagactatgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 16899354  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||| |||||  ||||||||    
T  16899355 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgagatactctgaaaata 16899454  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  16899455 catcatga 16899462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Original strand, 31358870 - 31359077
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    |||||||  ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  31358870 tcatcacaaatgaagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 31358969  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  31358970 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 31359069  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  31359070 catcatga 31359077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 18705073 - 18704892
Alignment:
Q  16 atcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 115  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||  || || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||    
T  18705073 atcacagatggagactttgttgcaacaaccaaataaggagctgtaaaggaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcatgtattactaaactcta 18704974  T
Q  116 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatg 197  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  18704973 aagctagactctttttatcatgtgcactgaccatggaagaaagtgcaagagttgatgagtgtaaaaatgccaaagaggtatg 18704892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 18711008 - 18710827
Alignment:
Q  16 atcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 115  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||  || || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||    
T  18711008 atcacagatggagactttgttgcaacaaccaaataaggagctgtaaaggaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcatgtattactaaactcta 18710909  T
Q  116 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatg 197  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  18710908 aagctagactctttttatcatgtgcactgaccatggaagaaagtgcaagagttgatgagtgtaaaaatgccaaagaggtatg 18710827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0058 (Bit Score: 164; Significance: 8e-88; HSPs: 1)
Name: scaffold0058
Description:

Target: scaffold0058; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 8e-88
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 53562 - 53355
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  53562 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaatagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 53463  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  53462 taaagctagactctttctatcatgtgcattaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttaaaaata 53363  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  53362 catcatga 53355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 162; Significance: 1e-86; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Original strand, 17150684 - 17150889
Alignment:
Q  16 atcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 115  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  17150684 atcacagatggagactttgttccaacaaccaacgaaggaactgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaatgctcaggtattgttaaacttta 17150783  T
Q  116 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 215  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17150784 aagctagactctttctatcatttgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 17150883  T
Q  216 tgatga 221  Q
    | ||||    
T  17150884 tcatga 17150889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 520943 - 520738
Alignment:
Q  16 atcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  520943 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 520844  T
Q  116 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  520843 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 520744  T
Q  216 tgatga 221  Q
    | ||||    
T  520743 tcatga 520738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Original strand, 16254548 - 16254749
Alignment:
Q  15 catcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactct 114  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  16254548 catcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagttgtcacagaaaagagtacatggtcaacagatgaaaaagctcaagtattgttaaactct 16254647  T
Q  115 aaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaatac 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||    
T  16254648 aaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaaga-----gggataccttgaaaatac 16254742  T
Q  215 atgatga 221  Q
    || ||||    
T  16254743 atcatga 16254749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Original strand, 6693527 - 6693734
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  6693527 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 6693626  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  6693627 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 6693726  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  6693727 catcatga 6693734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 7845488 - 7845291
Alignment:
Q  16 atcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 115  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||   || || ||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||    
T  7845488 atcacagatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctataaaggaaaagaaggcatggtcaacagatgaaaaggctcatgtattactaaactcta 7845389  T
Q  116 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||  ||||||||    
T  7845388 aagctagactttttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgagtgtaaaaatgccaaagaggtatgggacactctgaaaata 7845291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 107 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 54698710 - 54698640
Alignment:
Q  107 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 177  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  54698710 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 54698640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 107 - 177
Target Start/End: Original strand, 26813334 - 26813404
Alignment:
Q  107 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 177  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26813334 taaactccaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 26813404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 161; Significance: 5e-86; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 13 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 14892785 - 14892577
Alignment:
Q  13 atcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaact 112  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  14892785 atcatcacatatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaatt 14892686  T
Q  113 ctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaat 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  14892685 ctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgataaagaggtatgggataccttaaaaat 14892586  T
Q  213 acatgatga 221  Q
    |||| ||||    
T  14892585 acatcatga 14892577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 21212002 - 21211795
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  21212002 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 21211903  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  21211902 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 21211803  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  21211802 catcatga 21211795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 87 - 221
Target Start/End: Original strand, 22832121 - 22832255
Alignment:
Q  87 tgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgct 186  Q
    |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||     
T  22832121 tgaaaaagctcaggtattactaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatgaaagaaagtgaaagagttgatgagtgtaaaaatgcc 22832220  T
Q  187 aaagaggtatgggataccttgaaaatacatgatga 221  Q
    |||||||||||||| || |||| | ||||| ||||    
T  22832221 aaagaggtatgggacactttgagagtacatcatga 22832255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 106 - 178
Target Start/End: Original strand, 18233759 - 18233831
Alignment:
Q  106 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgta 178  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  18233759 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgta 18233831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 106 - 178
Target Start/End: Original strand, 18243210 - 18243282
Alignment:
Q  106 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgta 178  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  18243210 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgta 18243282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 106 - 165
Target Start/End: Original strand, 12916388 - 12916447
Alignment:
Q  106 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaaga 165  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  12916388 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaaga 12916447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 106 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 25036288 - 25036229
Alignment:
Q  106 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaaga 165  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25036288 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaaga 25036229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 106 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 25050325 - 25050266
Alignment:
Q  106 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaaga 165  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25050325 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaaga 25050266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 150; Significance: 2e-79; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 1988219 - 1988014
Alignment:
Q  16 atcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1988219 atcacagatggagactttgttccattaaccaaagaaggaatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 1988120  T
Q  116 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1988119 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 1988020  T
Q  216 tgatga 221  Q
    | ||||    
T  1988019 tcatga 1988014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Original strand, 16156192 - 16156399
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  16156192 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 16156291  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  16156292 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 16156391  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  16156392 catcatga 16156399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 74 - 221
Target Start/End: Original strand, 22959697 - 22959844
Alignment:
Q  74 catggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtga 173  Q
    ||||| |||| |||||||| | | ||||||||||||| ||||||| |||  | ||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||    
T  22959697 catggacaactgatgaaaaagataaggtattgttaaattctaaagttagcttatttttatcatgtgcattaaccttggaagaaagtgaaagggttgatga 22959796  T
Q  174 atgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaatacatgatga 221  Q
    |||||  ||||| ||||| || ||||| || || ||| ||||| ||||    
T  22959797 atgtacaaatgccaaagaagtgtgggacactttaaaagtacatcatga 22959844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 9544272 - 9544065
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  9544272 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 9544173  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  9544172 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggataccctgaaaata 9544073  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  9544072 catcatga 9544065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 16141216 - 16141009
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  16141216 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 16141117  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  16141116 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 16141017  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  16141016 catcatga 16141009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Original strand, 46498423 - 46498630
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  46498423 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 46498522  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  46498523 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 46498622  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  46498623 catcatga 46498630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 5390203 - 5389996
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  5390203 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 5390104  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  5390103 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 5390004  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  5390003 catcatga 5389996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Original strand, 26304865 - 26305072
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  26304865 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 26304964  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  26304965 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 26305064  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  26305065 catcatga 26305072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 26361953 - 26361746
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  26361953 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 26361854  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  26361853 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 26361754  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  26361753 catcatga 26361746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Original strand, 32099689 - 32099896
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    |||||||  ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  32099689 tcatcacaaatggagattttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattattaaactc 32099788  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  32099789 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 32099888  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  32099889 catcatga 32099896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Original strand, 8502358 - 8502565
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  8502358 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 8502457  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  8502458 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 8502557  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  8502558 catcatga 8502565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Original strand, 44898608 - 44898815
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  44898608 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 44898707  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  44898708 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 44898807  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  44898808 catcatga 44898815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Original strand, 6535793 - 6536000
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||  || |||||||||||| |||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  6535793 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcagcagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 6535892  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  6535893 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 6535992  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  6535993 catcatga 6536000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 181
Target Start/End: Original strand, 42596698 - 42596863
Alignment:
Q  16 atcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||||  |||||| ||||| |   |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42596698 atcacagatggagactttgttccaaagaccaaaaaaggaaccatcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaactcta 42596797  T
Q  116 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaaga 181  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||    
T  42596798 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagaggtgatgaatgcaaga 42596863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 60 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 13284416 - 13284254
Alignment:
Q  60 caaagataagagtgcatg-gtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaag 158  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13284416 caaagaaaagagtgcatgtgtcaacagatgaaaaatctcaagtattgttaaattctaaagctagactctttctattatgtgcactaaccatggaagaaag 13284317  T
Q  159 tgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaatacatgatga 221  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  13284316 tgaaagagttgatgaatgcaagaatgctaaagaggtatgggatactttgaaagtacatcatga 13284254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 107 - 177
Target Start/End: Original strand, 7582477 - 7582547
Alignment:
Q  107 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 177  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7582477 taaattctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 7582547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 107 - 177
Target Start/End: Original strand, 15175386 - 15175456
Alignment:
Q  107 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 177  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15175386 taaactctaaagcttgactttttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 15175456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313 (Bit Score: 146; Significance: 5e-77; HSPs: 2)
Name: scaffold0313
Description:

Target: scaffold0313; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Original strand, 7080 - 7285
Alignment:
Q  16 atcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7080 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 7179  T
Q  116 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7180 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 7279  T
Q  216 tgatga 221  Q
    | ||||    
T  7280 tcatga 7285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Original strand, 10862 - 11067
Alignment:
Q  16 atcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10862 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 10961  T
Q  116 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10962 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 11061  T
Q  216 tgatga 221  Q
    | ||||    
T  11062 tcatga 11067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0254 (Bit Score: 146; Significance: 5e-77; HSPs: 1)
Name: scaffold0254
Description:

Target: scaffold0254; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 6598 - 6393
Alignment:
Q  16 atcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6598 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 6499  T
Q  116 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6498 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 6399  T
Q  216 tgatga 221  Q
    | ||||    
T  6398 tcatga 6393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 146; Significance: 5e-77; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Original strand, 20949166 - 20949371
Alignment:
Q  16 atcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  20949166 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 20949265  T
Q  116 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20949266 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 20949365  T
Q  216 tgatga 221  Q
    | ||||    
T  20949366 tcatga 20949371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Original strand, 18362586 - 18362793
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  18362586 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 18362685  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  18362686 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 18362785  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  18362786 catcatga 18362793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 26201357 - 26201150
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  26201357 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 26201258  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  26201257 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 26201158  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  26201157 catcatga 26201150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Original strand, 27413457 - 27413664
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| | |||||||||  |||| |     
T  27413457 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaaggtcaggtattactaaattt 27413556  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  27413557 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 27413656  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  27413657 catcatga 27413664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Original strand, 33940629 - 33940836
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  33940629 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 33940728  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  33940729 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 33940828  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  33940829 catcatga 33940836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 23 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 23375920 - 23375743
Alignment:
Q  23 atggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagctag 122  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||| |   |||| | |||||||||||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  23375920 atggagactttgttccaaagactaaagaaggaaccatcaaacaaaagagtgcatggtcaatagatgacaaagctcatgtattgttaaactctaaacctag 23375821  T
Q  123 actctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatggga 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||    
T  23375820 actctttttatcatgtgcactaaccatggaagaaaatgaaagagttgataaatgcaagaatgctaaagaggtatggga 23375743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 106 - 203
Target Start/End: Original strand, 5601579 - 5601676
Alignment:
Q  106 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggatac 203  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||| ||| |||| ||||||||    
T  5601579 ttaaattctaaagctcgactctttctatcatgtgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgatactgcaaaaaaggtgtgggatac 5601676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 107 - 177
Target Start/End: Original strand, 24413672 - 24413742
Alignment:
Q  107 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 177  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24413672 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 24413742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 107 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 30453535 - 30453465
Alignment:
Q  107 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 177  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30453535 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 30453465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 107 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 30458613 - 30458543
Alignment:
Q  107 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 177  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30458613 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 30458543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 16 - 89
Target Start/End: Original strand, 19781874 - 19781947
Alignment:
Q  16 atcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatga 89  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  || || || ||||||||||| ||||||||    
T  19781874 atcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagttgtaaaggaaaatagtgcatggtccacagatga 19781947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 106 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 24290023 - 24289951
Alignment:
Q  106 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgta 178  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  24290023 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgta 24289951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 106 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 24299530 - 24299458
Alignment:
Q  106 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgta 178  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  24299530 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgta 24299458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 146; Significance: 5e-77; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 27169016 - 27168811
Alignment:
Q  16 atcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27169016 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 27168917  T
Q  116 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27168916 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 27168817  T
Q  216 tgatga 221  Q
    | ||||    
T  27168816 tcatga 27168811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Original strand, 18652527 - 18652734
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  18652527 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 18652626  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  18652627 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 18652726  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  18652727 catcatga 18652734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 22 - 221
Target Start/End: Original strand, 45015670 - 45015869
Alignment:
Q  22 gatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagcta 121  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  || ||||||||||||    
T  45015670 gatgaagattttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactatactctaaagcta 45015769  T
Q  122 gactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaatacatgatga 221  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45015770 gagtctttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaatacatcatga 45015869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 9512796 - 9512589
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  9512796 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 9512697  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  9512696 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgagtgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 9512597  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  9512596 catcatga 9512589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 60 - 223
Target Start/End: Original strand, 22903494 - 22903657
Alignment:
Q  60 caaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagt 159  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22903494 caaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaaactcaggtattgttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagt 22903593  T
Q  160 gaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaatacatgatgatg 223  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||  |||| | ||||| ||||||    
T  22903594 gaaagagttgatgaatgtattaatgctaaagatgtatgggatattttgatattacatcatgatg 22903657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 106 - 203
Target Start/End: Original strand, 1791955 - 1792052
Alignment:
Q  106 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggatac 203  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||| ||| |||| ||||||||    
T  1791955 ttaaattctaaagctcgactctttctatcatgtgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgatactgcaaaaaaggtgtgggatac 1792052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 144; Significance: 7e-76; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Original strand, 148017 - 148224
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || || |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||||||    
T  148017 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtaaaggaaaagagtgcatggtcaacaaatgaaaaagctcaggtattactaaactc 148116  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  148117 ttaagctagactctttctatcatgtgcacttaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaagaggtatgtgataccttaaaaata 148216  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  148217 catcatga 148224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 144; Significance: 7e-76; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Original strand, 8974155 - 8974362
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  8974155 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 8974254  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  8974255 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 8974354  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  8974355 catcatga 8974362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Original strand, 6423616 - 6423823
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  || | ||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  6423616 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaaatgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 6423715  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  6423716 taaagctagactctttctatcgtgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 6423815  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  6423816 catcatga 6423823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Original strand, 9538444 - 9538651
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  9538444 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 9538543  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| | |||||||||||  ||||||||    
T  9538544 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaacaagtatgggatactctgaaaata 9538643  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  9538644 catcatga 9538651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Original strand, 12387297 - 12387503
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||  |||||||    
T  12387297 tcatcacagatggagactttgttccaaaaaccaaagaaggaactgtcaaagaaaaaagtgcatggtcaacaaatgaaaaagctcaagtattaataaactc 12387396  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||    
T  12387397 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaactgaaagagtttatgaatttaagaatgc-aaagaggtatgggataccttgatagta 12387495  T
Q  214 catgatga 221  Q
    ||| ||||    
T  12387496 catcatga 12387503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 106 - 203
Target Start/End: Original strand, 48979673 - 48979770
Alignment:
Q  106 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggatac 203  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||| ||| |||| ||||||||    
T  48979673 ttaaattctaaagctcgactctttctatcatgtgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgatactgcaaaaaaggtgtgggatac 48979770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 107 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 28367010 - 28366940
Alignment:
Q  107 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 177  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  28367010 taaactccaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 28366940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 107 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 28374831 - 28374773
Alignment:
Q  107 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaaga 165  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  28374831 taaactccaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaaga 28374773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 107 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 28382653 - 28382595
Alignment:
Q  107 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaaga 165  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  28382653 taaactccaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaaga 28382595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 106 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 4384529 - 4384458
Alignment:
Q  106 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 177  Q
    ||||| ||||||||| || ||| |||||||||   | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4384529 ttaaattctaaagctcgagtctatctatcatgcagattaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 4384458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0141 (Bit Score: 107; Significance: 9e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0141
Description:

Target: scaffold0141; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 14 - 200
Target Start/End: Original strand, 20084 - 20270
Alignment:
Q  14 tcatcactgatggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 113  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| || |||||||||||||||||||||||  ||||||||||  |||||||    
T  20084 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtaaaagaaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaatctcaggtattactaaactc 20183  T
Q  114 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatggga 200  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| ||  ||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  20184 caaagctagactctttctatcatgtgcactgactagggaagaaagtgaaagagttgatgtgtgtaaaaatgccaaagatgtatggga 20270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 102; Significance: 8e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 23 - 200
Target Start/End: Original strand, 16545 - 16722
Alignment:
Q  23 atggagactttgttccaataaccaaagaaggagctgccaaagataagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagctag 122  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||| |   |||| | |||||||||||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  16545 atggagactttgttccaaagactaaagaaggaaccatcaaacaaaagagtgcatggtcaatagatgacaaagctcatgtattgttaaactctaaacctag 16644  T
Q  123 actctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatggga 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||    
T  16645 actctttttatcatgtgcactaaccatggaagaaaatgaaagagttgataaatgcaagaatgctaaagaggtatggga 16722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 55; Significance: 9e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 107 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 103224 - 103154
Alignment:
Q  107 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 177  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  103224 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 103154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 48; Significance: 1e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 74 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 189498 - 189351
Alignment:
Q  74 catggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtga 173  Q
    ||||| |||| |||||||| | | ||||||||||||| ||||||| |||  | ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||| |||    
T  189498 catggacaactgatgaaaaagataaggtattgttaaattctaaagttagcttatttttatcatgtgcactaaccttggaagaaattgaaagggttgatga 189399  T
Q  174 atgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaatacatgatga 221  Q
    |||||  ||||| ||||| || ||||| || || ||| ||||| ||||    
T  189398 atgtacaaatgccaaagaagtgtgggacactttaaaagtacatcatga 189351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0010
Description:

Target: scaffold0010; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 106 - 178
Target Start/End: Original strand, 257898 - 257970
Alignment:
Q  106 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgta 178  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  257898 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgta 257970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0529 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0529
Description:

Target: scaffold0529; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 181 - 221
Target Start/End: Original strand, 1 - 41
Alignment:
Q  181 aatgctaaagaggtatgggataccttgaaaatacatgatga 221  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  1 aatgctaaagaggtatgggatactttgaaagtacatcatga 41  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University