View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6620_low_1 (Length: 533)

Name: NF6620_low_1
Description: NF6620
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6620_low_1
NF6620_low_1
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-527)||(17528683-17529209)
chr1 (1-527)||(17657364-17657890)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 431; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 527
Target Start/End: Original strand, 17528683 - 17529209
Alignment:
Q  1 ctatgagctatgatagatataaatgtaataatattaccgatttgcaagagctacatgcggatcttcagatttcaacacaagctagtgatattaacatgag 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17528683 ctatgagctatgatagataaaaatgtaataatattaccgatttgcaagagctacatgcggatcttcagatttcaacacaagctagtgatattaacatgag 17528782  T
Q  101 attgcaaggtagcttcatcaagaccgtagagtgcatctatcaagtgcatccgcaatgatgcaggaccttttgccattttcattcccagctcaccagcaac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  17528783 attgcaaggtagcttcatcaagaccgtagagtgaatctatcaagtgcatccgcaacgatgaaggacctttcgccatcttcattcccaactcaccagcaac 17528882  T
Q  201 gccaaatacagataatgccgatactgttgcatctaaagcatggtttttgtcaactgcaacaaaggcagcaataagtgcagtgactgcacacccagttgct 300  Q
     |||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17528883 accaaatacagctaatgctgatactgccgcatctaaagcatggcttttgtcaactgcaacaaaggcagcaataagtgcagtgactgcacaccccgttgct 17528982  T
Q  301 gttattttttgcatcaatgccaccccattatgagcaccaacaacttgatttccatctgtgacgatgtcagtggcccctgacactgcaactacggcaccac 400  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17528983 gttattttttgcatcaatggcacaccattgtgagcaccaacaacttgatttccatctgtgacaatgtcagtggcccctgacactgcaactatggcaccac 17529082  T
Q  401 ttgtttgagccaacaactttgctgcttcaactgcatccattgaaccgtgagtactgtccacaccctttacaacagaagagctaaattacagagtgcaaat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  17529083 ttgtttgagccaacaactttgctgcttcaactgcatccattgaaccgtgagtactgtccacacccttcacaacagaaaagctaatttacagagtgcaaat 17529182  T
Q  501 ccaaaaccccaaatcaaaggttagaga 527  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||    
T  17529183 ccaaaacccaagatcaaaggttagaga 17529209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 17657890 - 17657364
Alignment:
Q  1 ctatgagctatgatagatataaatgtaataatattaccgatttgcaagagctacatgcggatcttcagatttcaacacaagctagtgatattaacatgag 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17657890 ctatgagctatgatagataaaaatgtaattatattaccgatttgcaagagctacatgcggatcttcagatttcaacacaagctagtgatattaacatgag 17657791  T
Q  101 attgcaaggtagcttcatcaagaccgtagagtgcatctatcaagtgcatccgcaatgatgcaggaccttttgccattttcattcccagctcaccagcaac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  17657790 attgcaaggtagcttcatcaagaccgtagagtgaatctatcaagtgcatccgcaacgatgtaggacctttcgccatcttcattcccaactcacctgcaac 17657691  T
Q  201 gccaaatacagataatgccgatactgttgcatctaaagcatggtttttgtcaactgcaacaaaggcagcaataagtgcagtgactgcacacccagttgct 300  Q
     || ||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17657690 acctaatacagctaatgctgatactgccgcatctaaagcatggcttttgtcaactgcaacaaaggcagcaataagtgcagtgactgcacaccccgttgct 17657591  T
Q  301 gttattttttgcatcaatgccaccccattatgagcaccaacaacttgatttccatctgtgacgatgtcagtggcccctgacactgcaactacggcaccac 400  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17657590 gttattttttgcatcaatggcacaccattgtgagcaccaacaacttgatttccatctgtgacaatgtcagtggcccctgacactgcaactatggcaccac 17657491  T
Q  401 ttgtttgagccaacaactttgctgcttcaactgcatccattgaaccgtgagtactgtccacaccctttacaacagaagagctaaattacagagtgcaaat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  17657490 ttgtttgagccaacaactttgctgcttcaactgcatccattgaaccgtgagtactgtccacacccttcacaacagaaaagctaatttacagagtgcaaat 17657391  T
Q  501 ccaaaaccccaaatcaaaggttagaga 527  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||    
T  17657390 ccaaaacccaagatcaaaggttagaga 17657364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University