View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF6625_high_16 (Length: 462)
Name: NF6625_high_16
Description: NF6625
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6625_high_16 |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 314; Significance: 1e-177; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 13 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 32665784 - 32665398
Alignment:
| Q |
13 |
aatatggatgatgaaattagttttaagccattttttaaattttgttttattagtgaatcatattttcatagtcacaaacataaatgaacattgtttgatc |
112 |
Q |
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| T |
32665784 |
aatatggatgatgaaattagttttaagccattttttaaattttgttttattagtgaatcattttttcatagtcacaaacataaatgaacattgtttgatc |
32665685 |
T |
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| Q |
113 |
agaaacatgtaagaaaaatggatattgaaaatagaacaaatttatatttgaaaagataagatagtgggtacttattgagaatagacatgatttgttaaac |
212 |
Q |
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| T |
32665684 |
agaaacatgtaagaaaaatggatatttaaaatagaacaaatttatatttgaaaagataagatagtgggtacttattgagaatagacatgatttgttaaac |
32665585 |
T |
|
| Q |
213 |
cctgctacatgnnnnnnnncacaaaagaataaaactacgaaattgagagcacgaaccattttattcagtattagattttgtattgaatataacaca--ca |
310 |
Q |
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| T |
32665584 |
cctgctacatagaaaaaaacacaaaagaataaaactacgaaattgagagcatggaccattttattcagtattagattttgta-tgaatataacacacgca |
32665486 |
T |
|
| Q |
311 |
ttgatacctcttcatcaatcaagaccatatctatactaagcagttcatttttcttattgatatggaaattatcccatagtctagcaatg |
399 |
Q |
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|
| T |
32665485 |
ttgatacctcttcatcaatcaagaccatatctatactaagcagttca-ttttcttattgatatggaaattgtcccatagtctagcaatg |
32665398 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 13 - 440
Target Start/End: Original strand, 9081348 - 9081778
Alignment:
| Q |
13 |
aatatggatgatgaaattagttttaagccattttttaaattttgtttt-attagtgaatcatattttcatagtcacaaacataaatgaacattgttt-ga |
110 |
Q |
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| T |
9081348 |
aatatggatgatgaaattagttttaagccattttttaaattttgtttttataagtgaattattttttcatagtcacaaacataaatgaacaatgttttga |
9081447 |
T |
|
| Q |
111 |
tcagaaa-catgtaagaaaaatggatattgaaaatagaacaaatttatatttgaaaagataagatagtgggtacttattgagaatagacatgatttgtta |
209 |
Q |
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| T |
9081448 |
tcagaaaacatgtaagaaaaatggatattgaaaataaaacaaatttatatttgaaaagataagatagtgggtacttattgagaatagacatgatttgtta |
9081547 |
T |
|
| Q |
210 |
aaccctgctacatgnnnnnnnncacaaaagaataaaactacgaaattgagagcacgaaccattttattcagtattagattttgtattgaatata--acac |
307 |
Q |
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| T |
9081548 |
aaccctgctacat-agaaaaaacacaaaagaataaaactacgaaattgagagcatgggccattttattcggtattagattttgta-tgaatataacacac |
9081645 |
T |
|
| Q |
308 |
acattgatacctcttcatcaatcaagaccatatctatactaagcagttcatttttcttattgatatggaaattatcccatagtctagcaatgtgcacttt |
407 |
Q |
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| T |
9081646 |
acattgatacctcttcatcaatcaagaccatatctatactaagcagttcatttttcttattgatatggaaattgtcccatagtctagaaatgcgcacttt |
9081745 |
T |
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| Q |
408 |
tagactactctcctctgtggtgttggcgaggtt |
440 |
Q |
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| T |
9081746 |
tagactactctcccctgtggtgttggcgaggtt |
9081778 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 358 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 27597642 - 27597567
Alignment:
| Q |
358 |
tttttcttattgatatggaaattatcccatagtctagcaatgtgcacttttagactactctcctctgtggtgttgg |
433 |
Q |
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|
| T |
27597642 |
ttttttttattgatgtggaaattgtcccatagtctagcaatgcatacttttacactactctcctctgtgatgttgg |
27597567 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 255; Significance: 1e-142; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 13 - 351
Target Start/End: Original strand, 6412640 - 6412979
Alignment:
| Q |
13 |
aatatggatgatgaaattagttttaagccattttttaaattttgttttattagtgaatcatatttt-catagtcacaaacataaatgaacattgtttgat |
111 |
Q |
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| T |
6412640 |
aatatggatgatgaaattagttttaagccattttttaaattttgttttattagtgaatcatttttttcatagtcacaaacataaatgaacattgtttgat |
6412739 |
T |
|
| Q |
112 |
cagaaacatgtaagaaaaatggatattgaaaatagaacaaatttatatttgaaaagataagatagtgggtacttattgagaatagacatgatttgttaaa |
211 |
Q |
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| T |
6412740 |
cagaaacatgtaagaaaaatggatattgaaaatagaacaaatttatatttaaaaagataagatagtggatacttattgagaatagacatgatttgttaaa |
6412839 |
T |
|
| Q |
212 |
ccctgctacatgnnnnnnnncacaaaagaataaaactacgaaattgagagcacgaaccattttattcagtattagattttgtattgaatataacaca--c |
309 |
Q |
| |
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| T |
6412840 |
ccctgctacat-agaaaaaacacaaaagaataaaactatgaaattgagagcatggaccattttattcagtattagattttgta-tgaatataacacacgc |
6412937 |
T |
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| Q |
310 |
attgatacctcttcatcaatcaagaccatatctatactaagc |
351 |
Q |
| |
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| T |
6412938 |
attgatgcctcttcatcaatcaagaccatatctatactaagc |
6412979 |
T |
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