View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF6625_low_2 (Length: 796)
Name: NF6625_low_2
Description: NF6625
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6625_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 710; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 710; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 777
Target Start/End: Original strand, 33020578 - 33021353
Alignment:
| Q |
1 |
attgttggagatggtagttgaggattcacttaaagggaaagttgattatgagtttgatactgcagacacagcggggtccaaactgcacccacaagcagtg |
100 |
Q |
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| T |
33020578 |
attgttggagatggtagttgaggattcacttgaagggaaagttgattatgagtttgatactgcagacacagaggggtccaaactgcacccacaagcagtg |
33020677 |
T |
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| Q |
101 |
gagatggtagttgaagatttagtggaagaggcagttgaagaaccacctcaagggcaaatagtgttggatattgatctaaatcttcttgctgatattggat |
200 |
Q |
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| T |
33020678 |
gagatggtagttgaagatttagtggaagaggcagttgaagaaccacctcaagggcaaatagtgttggatattgatctaaatcttcttgctgatattggat |
33020777 |
T |
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| Q |
201 |
ttgatttaaacaagtttgctgatgatgaaaatctaactcccaaagaagaagcagcaagagattgtttgaaaatatatcttccccgtttctactaaatccc |
300 |
Q |
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| T |
33020778 |
ttgatttaaacaagtttgctgatgatgaaaatctaactcccaaagaagaagaagcaagagattgtttgaaaatatatcttccccgtttctactaaatccc |
33020877 |
T |
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| Q |
301 |
attgcaatctatgttccctttactacccaaaagtgcatgaaatagatgtaggaatgaagtcaatttttattttccttgtcttttatgctttcagttttaa |
400 |
Q |
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| T |
33020878 |
attgcaatctatgttccctttactacccaaaagtgcatgaaatacatgtaggaatgaagtcaatttttattttccttgtcttttatgctttcagttttaa |
33020977 |
T |
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| Q |
401 |
ttttggattgttggagataaacattattgaaaaattctaatgaaaatggttggatttaattatgtgttgcatttttatgttccannnnnnnnnngggtta |
500 |
Q |
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| T |
33020978 |
ttttggattgttggagataaacattattgaaaaattctaatgaaaatggttggatttaattatgtgttgcatttttatgttcca-tttttttttgggtta |
33021076 |
T |
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| Q |
501 |
gaagcatataagtgctcatgtttcatatgtgtgagtacttgattcacacgttcatgatattcatattatcccacaaaataaatttttaaattgaagagac |
600 |
Q |
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| T |
33021077 |
gaagcatataagtgctcatgttccatatgtgtgagtacttgattcacacgttcatgatattcatattatcccacaaaataaatttttaaattgaagagac |
33021176 |
T |
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| Q |
601 |
aacaattgctggaattaaaatgaaaagaagtacacaaagtgaaattatttgctcaaggacctaagacgcaacaattgtctttcttggaacaaaatatagt |
700 |
Q |
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| T |
33021177 |
aacaattgctggaattaaaatgaaaagaagtacacaaagtgaaattatttgctcaaggacctaagacgcaacaattgtcttttttggaacaaaatctagt |
33021276 |
T |
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| Q |
701 |
ttaagaaattgagaacctcttgcaccaaattagagtcacaactgacatttgttggtagttgtccttgtctttccaac |
777 |
Q |
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| T |
33021277 |
ttaagaaattgagaacctcttgcaccaaattagaatcacaactgacatttgttggtagttgtccttgtctttccaac |
33021353 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 702; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 702; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 777
Target Start/End: Original strand, 27024805 - 27025580
Alignment:
| Q |
1 |
attgttggagatggtagttgaggattcacttaaagggaaagttgattatgagtttgatactgcagacacagcggggtccaaactgcacccacaagcagtg |
100 |
Q |
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| T |
27024805 |
attgttggagatggtagttgaggattcacttgaagggaaagttgattatgagtttgatactgcagacacagcggggtccaaactgcacccacaagcagtg |
27024904 |
T |
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| Q |
101 |
gagatggtagttgaagatttagtggaagaggcagttgaagaaccacctcaagggcaaatagtgttggatattgatctaaatcttcttgctgatattggat |
200 |
Q |
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| T |
27024905 |
gagatggtagttgaagatttagtggaagaggcagttgaagaaccacctcaagggcaaatagtgttggatattgatctaaatcttcttgctgatattggat |
27025004 |
T |
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| Q |
201 |
ttgatttaaacaagtttgctgatgatgaaaatctaactcccaaagaagaagcagcaagagattgtttgaaaatatatcttccccgtttctactaaatccc |
300 |
Q |
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| T |
27025005 |
ttgatttaaacaagtttgctgatgatgaaaatctaactcccaaagaagaagaagcaagagattgtttgaaaatatatcttccccgtttctactaaatccc |
27025104 |
T |
|
| Q |
301 |
attgcaatctatgttccctttactacccaaaagtgcatgaaatagatgtaggaatgaagtcaatttttattttccttgtcttttatgctttcagttttaa |
400 |
Q |
| |
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| T |
27025105 |
attgcaatctatgttccctttactacccaaaagtgcatgaaatacatgtaggaatgaagtcaatttttattttccttgtcttttatgctttcagttttaa |
27025204 |
T |
|
| Q |
401 |
ttttggattgttggagataaacattattgaaaaattctaatgaaaatggttggatttaattatgtgttgcatttttatgttccannnnnnnnnngggtta |
500 |
Q |
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| T |
27025205 |
ttttggattgttggagataaacattattgaaaaattctaatgaaaatggttgaatttaattatgtgttgcatttttatgttcca-tttttttttgggtta |
27025303 |
T |
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| Q |
501 |
gaagcatataagtgctcatgtttcatatgtgtgagtacttgattcacacgttcatgatattcatattatcccacaaaataaatttttaaattgaagagac |
600 |
Q |
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| T |
27025304 |
gaagcatataagtgctcatgttccatatgtgtgagtacttgattcacacgttcatgatattcatattatcccacaaaataaatttttaaattgaagagac |
27025403 |
T |
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| Q |
601 |
aacaattgctggaattaaaatgaaaagaagtacacaaagtgaaattatttgctcaaggacctaagacgcaacaattgtctttcttggaacaaaatatagt |
700 |
Q |
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| T |
27025404 |
aacaattgctggaattaaaatgaaaagaagtacacaaagtgaaattatttgctcaaggacctaagaagcaacaattgtctttattggaacaaaatctagt |
27025503 |
T |
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| Q |
701 |
ttaagaaattgagaacctcttgcaccaaattagagtcacaactgacatttgttggtagttgtccttgtctttccaac |
777 |
Q |
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| T |
27025504 |
ttaagaaattgagaacctcttgcaccaaattaaaatcacaactgacatttgttggtagttgtccttgtctttccaac |
27025580 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 435; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 282 - 777
Target Start/End: Complemental strand, 10114921 - 10114425
Alignment:
| Q |
282 |
cccgtttctactaaatcccattgcaatctatgttccctttactacccaaaagtgcatgaaatagatgtaggaatgaagtcaatttttattttccttgtct |
381 |
Q |
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| T |
10114921 |
cccgtttctactaaatcccattgcaatctatgttccctttactacccaaaagtgcatgaaatacatgtaggaatgaagtcaatttttattttccttgtct |
10114822 |
T |
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| Q |
382 |
tttatgctttcagttttaattttggattgttggagataaacattattgaaaaattctaatgaaaatggttggatttaattatgtgttgcatttttatgtt |
481 |
Q |
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| T |
10114821 |
tttatgctttcagttttaattttggattgttggagataaacattattgaaaaattctaatgaaaatggttgaatttaattatgtgttgcatttttatgtt |
10114722 |
T |
|
| Q |
482 |
ccannnnnnnnnn-gggttagaagcatataagtgctcatgtttcatatgtgtgagtacttgattcacacgttcatgatattcatattatcccacaaaata |
580 |
Q |
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| T |
10114721 |
ccatttttttttttgggttagaagcatataagtgctcatgttccatatgtgtgagtacttgattcacacgttcatgatattcatattatcccacaaaata |
10114622 |
T |
|
| Q |
581 |
aatttttaaattgaagagacaacaattgctggaattaaaatgaaaagaagtacacaaagtgaaattatttgctcaaggacctaagacgcaacaattgtct |
680 |
Q |
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| T |
10114621 |
aatttttaaattgaagagacaacaattgctggaattaaaatgaaaagaagtacacaaagtgaaattatttgctcaaggacctaagatgcaacaattgtct |
10114522 |
T |
|
| Q |
681 |
ttcttggaacaaaatatagtttaagaaattgagaacctcttgcaccaaattagagtcacaactgacatttgttggtagttgtccttgtctttccaac |
777 |
Q |
| |
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| T |
10114521 |
ttcttggaacaaaatctagtttaagaaattgagaacctcttgcaccaaattagaatcacaactgacatttgttggtagttgtccttgtctttccaac |
10114425 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 10118357 - 10118071
Alignment:
| Q |
1 |
attgttggagatggtagttgaggattcacttaaagggaaagttgattatgagtttgatactgcagacacagcggggtccaaactgcacccacaagcagtg |
100 |
Q |
| |
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| T |
10118357 |
attgttggagatggtagttgaggattcacttgaagggaaagttgattatgagtttgatactgcagacacagcggggtccaaactgcacccacaagcagtg |
10118258 |
T |
|
| Q |
101 |
gagatggtagttgaagatttagtggaagaggcagttgaagaaccacctcaagggcaaatagtgttggatattgatctaaatcttcttgctgatattggat |
200 |
Q |
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|
| T |
10118257 |
gagatggtagttgaagatttagtggaagaggcagttgaagaaccacctcaagggcaaatagtgttggatattgatctaaatcttcttgctgatattggat |
10118158 |
T |
|
| Q |
201 |
ttgatttaaacaagtttgctgatgatgaaaatctaactcccaaagaagaagcagcaagagattgtttgaaaatatatcttccccgtt |
287 |
Q |
| |
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|
|
| T |
10118157 |
ttgatttaaacaagtttgctgatgatgaaaatctaactcccaaagaagaagcagcaagagattgtttgaaaatatatcttccccgtt |
10118071 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 310; Significance: 1e-174; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 1 - 326
Target Start/End: Original strand, 19256558 - 19256883
Alignment:
| Q |
1 |
attgttggagatggtagttgaggattcacttaaagggaaagttgattatgagtttgatactgcagacacagcggggtccaaactgcacccacaagcagtg |
100 |
Q |
| |
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| T |
19256558 |
attgttggagatggtagttgaggattcacttgaagggaaagttgattatgagtttgatactgcagacacagtggggtccaaactgcacccacaagcagtg |
19256657 |
T |
|
| Q |
101 |
gagatggtagttgaagatttagtggaagaggcagttgaagaaccacctcaagggcaaatagtgttggatattgatctaaatcttcttgctgatattggat |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19256658 |
gagatggtagttgaagatttagtggaagaggcagttgaagaaccacctcaagggcaaatagtgttggatattgatctaaatcttcttgctgatattggat |
19256757 |
T |
|
| Q |
201 |
ttgatttaaacaagtttgctgatgatgaaaatctaactcccaaagaagaagcagcaagagattgtttgaaaatatatcttccccgtttctactaaatccc |
300 |
Q |
| |
|
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|
| T |
19256758 |
ttgatttaaacaagtttgctgatgatgaaaatctaactcccaaagaagaagcagcaagagattgtttgaaaatatatcttccccgtttctactaaattcc |
19256857 |
T |
|
| Q |
301 |
attgcaatctatgttccctttactac |
326 |
Q |
| |
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| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19256858 |
actgcaatctatgttccctttactac |
19256883 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 4890939 - 4890870
Alignment:
| Q |
1 |
attgttggagatggtagttgaggattcacttaaagggaaagttgattatgagtttgatactgcagacaca |
70 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||| |
|
|
| T |
4890939 |
attgttggagatgatagttgaggatttactggaaggggaagttgattatgagtttgatattgtagacaca |
4890870 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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