View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6625_low_20 (Length: 406)

Name: NF6625_low_20
Description: NF6625
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6625_low_20
NF6625_low_20
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (1-394)||(2748688-2749081)
chr3 (12-394)||(2855873-2856258)
chr3 (24-394)||(5412597-5412949)
chr3 (5-394)||(2797051-2797443)
chr3 (2-394)||(2768759-2769154)
chr3 (5-390)||(2806955-2807349)
chr3 (5-394)||(2758904-2759296)
chr3 (5-394)||(2790048-2790449)
chr3 (2-394)||(2838653-2839048)
chr3 (2-394)||(2818247-2818642)
chr3 (346-394)||(2755734-2755782)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (11-390)||(6214-6596)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 366; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 2749081 - 2748688
Alignment:
Q  1 ggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749081 ggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttgggacttcaataccaacaacttctgtttcttcaataaaaaga 2748982  T
Q  101 gaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcctatgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctct 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2748981 gaagacagtcgaggatcatgccattttccattttctctctctcctatgctaatgctgcttgaagttccttgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctct 2748882  T
Q  201 cacttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatctt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2748881 cacttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatctt 2748782  T
Q  301 gccgactaaagatccacatctaggaggattggtcctatgcattagccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 394  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2748781 gccgactaaagatccgcatctaggaggattggccctatgcattagccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2748688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 12 - 394
Target Start/End: Original strand, 2855873 - 2856258
Alignment:
Q  12 tgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcg 111  Q
    ||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  2855873 tgcgctcagatataccttccaataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcg 2855972  T
Q  112 aggatcacgccattttccattttctctctctcctatgctaatgct---gcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctt 208  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||   | ||   |||||| | |||| | ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  2855973 aggatcacgccatcttccattttctgtctctccactgcggtttctttggcttgaggatccttgctcgtgtgaaatttgaaagttatacctctggcttctt 2856072  T
Q  209 tccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttgccgacta 308  Q
    |||||||||||||||||||| || || ||||||||||| || ||||| || | |||| |||||||||||||||||||| | |||| || ||||  |||||    
T  2856073 tccttgattccacgaattgacaacttgatgtcctgaatctctgatgcaattttatgatggggaatcaaagttttgattcggcttgtaaccttgttgacta 2856172  T
Q  309 aagatccacatctaggaggattggtcctatgcattagccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 394  Q
    ||||||||| || | ||||||||| |||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2856173 aagatccacgtccatgaggattggccctatgtatcaaccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2856258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 24 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 5412949 - 5412597
Alignment:
Q  24 caccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgcca 123  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| || || ||||||||||||||||| |||||    
T  5412949 caccatccaataaccaaccagacaattcttcttttggaccttcaattcctacaacttctgtttctgtaatgaatagggaagacagtcgaggatctcgcca 5412850  T
Q  124 ttttccattttctctctctcctatgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacga 223  Q
    | ||||||||||| ||||||   ||||  |||||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5412849 tcttccattttctgtctctctactgctgttgctgcttgaa------------------atttgaaagttatacctctcacttctttccttgattccacga 5412768  T
Q  224 attgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttgccgactaaagatccacatctag 323  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    ||||||||||||| |||||||||||  |||| |     
T  5412767 attgacaacttaatgtcctgaatctcagatgctatctgatgatggggaatcaaagttttgatcaagcttgcaatcttgcagactaaagatctgcatccaa 5412668  T
Q  324 gaggattggtcctatgcattagccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 394  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5412667 gaggattgaccctatgcattagccgatggtattcgtcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 5412597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 5 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 2797443 - 2797051
Alignment:
Q  5 atcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaag 104  Q
    ||||| ||||||||||||   || || | |||||||||||||| ||||||  | || ||||||| ||| |||| | | ||||||||||||||||| ||||    
T  2797443 atcactgtgcgctcagctgtgccctctagtaaccaaccagacaattcttccctcgggccttcaaatccgacaattgcagtttcttcaataaaaagggaag 2797344  T
Q  105 acagtcgaggatcacgccattttccattttc--tctctctccta-tgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctc 201  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| ||| ||  ||||||| ||  || |  |||||||||| | |||| ||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  2797343 acagtcgaggatcacaccatcttctattatccgtctctctactgctgttgttgctgcttgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctc 2797244  T
Q  202 acttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttg 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||| ||||||||||| || ||| ||| |||||| ||||||||| | ||||||||||||    
T  2797243 acttctttccttgattccacgaattgatatcttaatgttcttaatctcagatgctatctggtgaagggaaatcaatgttttgattagacttgcaatcttg 2797144  T
Q  302 ccgactaaagatccacatctaggaggattggtcctatgcattagccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 394  Q
    | |||||||||||| ||||  ||||||| || ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2797143 cagactaaagatccgcatcccggaggataggccctatgcatcagctgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2797051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 2 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 2769154 - 2768759
Alignment:
Q  2 gatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagag 101  Q
    |||||||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||| | | ||||||| |||| ||||| | ||| |||| |||||||||||||||||| || |    
T  2769154 gatatcactgtgcgcttagctgcaccctccaataaccaaccaaataattcttctcttgggccttccaatcctacaatttctgtttcttcaataaagaggg 2769055  T
Q  102 aagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcc--ta-tgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacct 198  Q
    ||||||  ||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||  || || |  ||||| |||| | |||| |||| |||||| |||||||| |||||||    
T  2769054 aagacatccgaggatcacgccatcttccactttctgactctccactactgttcctgctgtttgaggatccttgttcatgtgaagtttgaaagctatacct 2768955  T
Q  199 ctcacttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatc 298  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||  |||| || | |||||||||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  2768954 ctcgcttctttccttgattccacgaattgacaacttaatgtcctgaatctctaatgcaattttatgacggggagtcaaagttttgattaggcttgcaatc 2768855  T
Q  299 ttgccgactaaagatccacatctaggaggattggtcctatgcattagccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 394  Q
    |||  || ||||||||| | ||| ||| |||||| ||||||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2768854 ttgaagattaaagatccgcgtctgggacgattggccctatgggtcaaccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2768759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 5 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 2807349 - 2806955
Alignment:
Q  5 atcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaag 104  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||||| ||||   ||||| ||| |||| |||| |||||||||||||||| ||||    
T  2807349 atcaccgtgcgctcagctacaccctccaataaccaaacagacatttcttctcttgggaattcaaatcctacaatttctctttcttcaataaaaagggaag 2807250  T
Q  105 acagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcctatgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcact 204  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||   ||||  ||| |||||| | |||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2807249 acagtcgaggatcacgccatcttccattttctgtctctctagtgctgttgcggcttgatgatccttgttcatgtgaaatttgtaagttatacctctcact 2807150  T
Q  205 tctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttgccg 304  Q
    ||||||||||||||| ||||  || |  ||||||||  | || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||  |    
T  2807149 tctttccttgattccgcgaaccgacaccttaatgtctcggatcttagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgaccaggcttgcaatcttgtag 2807050  T
Q  305 actaaagatcca---catctaggagga------ttggtcctatgcattagccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttc 390  Q
    | | ||||||||   |||| |||||||      || | | ||||||| |||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2807049 aatgaagatccaccgcatccaggaggactggattttgccatatgcatcagccgatggtattcatcgatgatatcttcaatgcgaaatgatgcttc 2806955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 5 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 2759296 - 2758904
Alignment:
Q  5 atcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaag 104  Q
    ||||| ||||| ||||||  ||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  2759296 atcactgtgcgttcagctgaaccctccaataaccaaccatatagttcttcttttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaag 2759197  T
Q  105 acagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcc--ta-tgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctc 201  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  || || |  ||||| |||| | |||| |||| | |||||||||||||||||||||| |    
T  2759196 acagtcgaggatcacgccatcttccattttctttctcttcggtagtgttgctgctgtttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttatacctcac 2759097  T
Q  202 acttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttg 301  Q
     |||||||||||||||||  ||||||  |  || ||||| ||||| || ||||| || |  |||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||    
T  2759096 gcttctttccttgattccgtgaattgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattgggcttgtaatcttg 2758997  T
Q  302 ccgactaaagatccacatctaggaggattggtcctatgcattagccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 394  Q
      || || |||||| |  | ||||||||||| | |||| || |||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2758996 ttgaatacagatccgctaccaggaggattggccgtatggatcagccgaaggtattcgtcaattatatcttcaatgcgaaacgatgcttctctc 2758904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 5 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 2790449 - 2790048
Alignment:
Q  5 atcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaag 104  Q
    ||||| ||||||||||||   || ||||||||||||||||||| ||||||  | || ||||||| ||| |||| | | ||||||||||| ||||| ||||    
T  2790449 atcactgtgcgctcagctgtgccctccaataaccaaccagacaattcttccctcgggccttcaaatccgacaattgcagtttcttcaatgaaaagggaag 2790350  T
Q  105 acagtcgaggatcacgccattttccattttc--tctctctccta-tgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctc 201  Q
    |||  ||||||||| ||||| ||| ||| ||  ||||||| ||  || |  |||||||||| | |||| ||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  2790349 acaaccgaggatcatgccatcttctattgtccgtctctctactgctgttgctgctgcttgatgatcctggtgtctgtgaaatttgaaagttatacctctc 2790250  T
Q  202 acttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttg 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  | ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  2790249 acttctttccttgattccacgaattgatatcttaatgtttttaatctcagatgctatctgatgatggggaatcaaagttttgattaggcttgcaatcttg 2790150  T
Q  302 ccgactaaagat---ccacatctaggaggattg------gtcctatgcattagccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctc 392  Q
    | || |||||||   |  |||| || |||||||      | ||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2790149 cagaataaagattgacggcatccagaaggattggattttgccctatgcatgagccgaaggtattcatcgatgatatcttcaatgcgaaatgatgcttctc 2790050  T
Q  393 tc 394  Q
    ||    
T  2790049 tc 2790048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 2 - 394
Target Start/End: Original strand, 2838653 - 2839048
Alignment:
Q  2 gatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagag 101  Q
    ||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||||||| | | ||||||| |||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||| |    
T  2838653 gatatgactgtgcgctcagctgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaaggg 2838752  T
Q  102 aagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctccta------tgctaatgctgcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttata 195  Q
    ||||||||||||| ||  ||||| |||||||||||  ||||||        || |  |||||||||| | |||| |||| | ||||||||||||||||||    
T  2838753 aagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttctgcctctccaggactgctgttgctgctgcttgaggatccttgttcatttgaaatttgaaagttata 2838852  T
Q  196 cctctcacttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgca 295  Q
    |||||| ||||||| |||||||||  || |||  |  || ||||| ||||| || ||||| || |  ||||||||||||||||||||||||  ||||| |    
T  2838853 cctctcgcttcttttcttgattccgtgagttgtcagcttgatgtcttgaatctctgatgcaattttgtgacggggaatcaaagttttgattaaccttgga 2838952  T
Q  296 atcttgccgactaaagatccacatctaggaggattggtcctatgcattagccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 394  Q
     || |||    ||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838953 gtcatgca---taaagatctgcatccaggaggattggccctatgcattagtcgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2839048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 2 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 2818642 - 2818247
Alignment:
Q  2 gatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagag 101  Q
    |||||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||| | ||||||||| | || ||||||| ||| || | ||||||||||||||| |||||||    
T  2818642 gatatcactgtgcgctcggctgcaccctccaataaccaaccatatagttcttctctcgggccttcaaatcctacgatttctgtttcttcaatgaaaagag 2818543  T
Q  102 aagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcctatgctaatgct---gcttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacct 198  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||  | |||  ||||||    |   ||||   ||  || | |||| |||| || |||||||| |||||||||||    
T  2818542 aagacagtcgaggatcacgccatcctcctgtgtctgactctccacatccgttgctttggcacgaggatccttgttcatgcgaaatttggaagttatacct 2818443  T
Q  199 ctcacttctttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatc 298  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| || ||||| || | || ||||||| ||||||| || |||   |||| ||||    
T  2818442 ctcgcttctttccttgattccacgaattgacaacttgatgtcctgaatctctgatgcaatttcataacggggagtcaaagtcttcattaatcttggaatc 2818343  T
Q  299 ttgccgactaaagatccacatctaggaggattggtcctatgcattagccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 394  Q
    ||||  || |||||||  ||||  |||| |||||||||||| || |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2818342 ttgcataccaaagatctgcatcctggagaattggtcctatggatcaaaagaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcatctctc 2818247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 346 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 2755782 - 2755734
Alignment:
Q  346 ccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2755782 ccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttctctc 2755734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 153; Significance: 6e-81; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 11 - 390
Target Start/End: Original strand, 6214 - 6596
Alignment:
Q  11 gtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtc 110  Q
    ||||||||||||  ||  ||||||||||||||| | | ||| ||| |||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||| | ||    
T  6214 gtgcgctcagctggactctccaataaccaaccatataattcctctcttgggccttcgaatcctacaacttcagtttcttcaataaaaagggcagataatc 6313  T
Q  111 gaggatcacgccattttccattttctctctctcctatgctaatgctg---cttgaagttcctcgttcgtgtgaaatttgaaagttatacctctcacttct 207  Q
    |||||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||  |||||   ||||| | |||  |||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6314 gaggatcacgccatcttccattttctgcctctcctgtgctgctgctgacacttgatgatccaggttcatgtaaaatttgaaagttatacctttcacttct 6413  T
Q  208 ttccttgattccacgaattgataatttaatgtcctgaatttcagatgctatatgatgacggggaatcaaagttttgatttgccttgcaatcttgccgact 307  Q
     |||||||||||||||||||| |  || ||||||||||| ||||||||||| |||||  | | |||||||||||||||| | ||| ||||||||| ||||    
T  6414 gtccttgattccacgaattgacagctttatgtcctgaatctcagatgctatctgatgctgagaaatcaaagttttgattaggcttacaatcttgcagact 6513  T
Q  308 aaagatccacatctaggaggattggtcctatgcattagccgaaggtattcatcaatgacatcttcaatgcgaaatgatgcttc 390  Q
    || ||||| |||| |||||| |||| |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6514 aatgatccgcatccaggagggttggccctatggatcagccgaaggtattcatcaataacatcttcaatgcgaaatgatgcttc 6596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University