View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6635_low_4 (Length: 528)

Name: NF6635_low_4
Description: NF6635
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6635_low_4
NF6635_low_4
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (1-380)||(16726198-16726577)
chr6 (47-518)||(14652667-14653135)
chr6 (47-138)||(12760067-12760158)
[»] scaffold0011 (2 HSPs)
scaffold0011 (1-518)||(137460-137977)
scaffold0011 (1-518)||(142684-143201)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-518)||(20748587-20749104)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (47-518)||(6772829-6773297)
chr8 (47-513)||(34211088-34211551)
chr8 (1-62)||(25040381-25040442)
[»] scaffold0018 (1 HSPs)
scaffold0018 (47-518)||(129742-130210)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 356; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 16726577 - 16726198
Alignment:
1 cgtgctccctagtcgaacctatgaggctaaacagatgttacgttctattggcatgagttatgagaagatacatgcttgtcctaaagattgtattttattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
16726577 cgtgctccctagtcgaacctatgaggctaaacagatgttacgttctattggcatgagttatgagaagatacatgcttgtcctaaagattgcattttattt 16726478  T
101 cgaaatgagtatgcatcattagataagtgtcctaaatgcggtgcatcacgatataataagaaagaaacagccccagccaaagtactatggtactttccga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
16726477 cgaaatgagtatgcatcattagataagtgtgctaaatgcggtgcatcacgatataataagaaagaaacagccccagccaaagtgctatggtactttccaa 16726378  T
201 taataccaagatttaggcgcatgtatcgtaatgcagaagatgcaaagcacttgacatggcatgaatatggaagggttgcagatggaatgcttcgacatcc 300  Q
    || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16726377 tagtaccaagatttaggcgcatgtatcttaatgcagaagatgcaaagcacttgacatggcatgaatatggaagggttgcagatggaatgcttcgacatcc 16726278  T
301 tgcagattctcctcaatgggaaaaaattgatcatgattaccaagattttgggaaagaagaaagaaatctacgtcttgcat 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16726277 tgcagattctcctcaatgggaaaaaattgatcatgattaccaagattttgggaaagaagaaagaaatctacgtcttgcat 16726198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 47 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 14653135 - 14652667
Alignment:
47 attggcatgagttatgagaagatacatgcttgtcctaaagattgtattttatttcgaaatgagtatgcatcattagataagtgtcctaaatgcggtgcat 146  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || ||||  ||| || |||||||||||||   ||  |    
14653135 attggcatgagttatgaaaagatacacgcttgtcctaacgattgcattttgtttcgaaatgaatacgcattgttaaatgagtgtcctaaatgtaatgtct 14653036  T
147 cacgatataataagaaagaaacagccccagccaaagtactatggtactttccgataataccaagatttaggcgcatgtatcgtaatgcagaagatgcaaa 246  Q
    | ||||||||   |||||||      || || |||||  |||||||  |||| |||||||| ||||| |||||||||| | ||| || ||  ||||||||    
14653035 ctcgatataa---gaaagaatttattcctgcgaaagtcgtatggtatcttcctataataccgagattcaggcgcatgtttagtagtgaagttgatgcaaa 14652939  T
247 gcacttgacatggcatgaatatggaagggttgcagatggaatgcttcgacatcctgcagattctcctcaatgggaaaaaattgatcatgattaccaagat 346  Q
     || |||||||||||  ||||||  ||  ||  |||||| | | |||| || ||||||||||| || || ||||  ||||||||||||||||| |  |||    
14652938 acatttgacatggcacaaatatgatagaattagagatgggaagtttcggcaccctgcagattcgccacagtgggctaaaattgatcatgattatcctgat 14652839  T
347 tttgggaaagaagaaagaaatctacgtcttgcattgtctactgatggaataaaccctcatggtattcagagtagtaagcacactacttggccggtgatta 446  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  | ||| |||||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||      | ||    ||||| ||||||     
14652838 tttgggaaagaagcaagaaatctacgcttggcactgtctactgatggaatgaacccacatggttttcaaagtatcccaaataccgtatggcctgtgattt 14652739  T
447 tgatgatttataacctgcctccatggctatatacgaagcgcaagtacatgatgctgacaatgttaatctctg 518  Q
    || ||||||||||| ||||||||||| ||| || |||||| |||| ||||||| || | |||||||| ||||    
14652738 tggtgatttataacttgcctccatggttatgtatgaagcgtaagttcatgatgttgtcgatgttaatttctg 14652667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 47 - 138
Target Start/End: Original strand, 12760067 - 12760158
Alignment:
47 attggcatgagttatgagaagatacatgcttgtcctaaagattgtattttatttcgaaatgagtatgcatcattagataagtgtcctaaatg 138  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||| | ||| ||||||| || ||||| |||||| |||||||||||||    
12760067 attggcatgagttatgaaaaaatacacgcttgtcctaacgattgcattctgttttgaaatgaatacgcatcgttagatgagtgtcctaaatg 12760158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0011 (Bit Score: 302; Significance: 1e-170; HSPs: 2)
Name: scaffold0011
Description:

Target: scaffold0011; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 518
Target Start/End: Original strand, 137460 - 137977
Alignment:
1 cgtgctccctagtcgaacctatgaggctaaacagatgttacgttctattggcatgagttatgagaagatacatgcttgtcctaaagattgtattttattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||    
137460 cgtgctccctagtcgaacctatgaggctaaacgattgttatgttctattggcatgagttatgagaagatacatgcttgtccaaatgattgcattttattt 137559  T
101 cgaaatgagtatgcatcattagataagtgtcctaaatgcggtgcatcacgatataataagaaagaaacagccccagccaaagtactatggtactttccga 200  Q
    | ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||  | || ||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||| |||||||| ||||| |    
137560 caaaatgagtatgcatcattaaatatgtgtcctaaatgtagcgcttcacgatataagaagaaagaaacaggtccatccaaagtgctatggtattttccaa 137659  T
201 taataccaagatttaggcgcatgtatcgtaatgcagaagatgcaaagcacttgacatggcatgaatatggaagggttgcagatggaatgcttcgacatcc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| | ||| |||||||   ||||||||||||||||||||    
137660 taataccaagatttaggcgcatgtatcgtaatgcggaagatgcaaagaacttaacatggcatgcaaatgaaagggttaatgatggaatgcttcgacatcc 137759  T
301 tgcagattctcctcaatgggaaaaaattgatcatgattaccaagattttgggaaagaagaaagaaatctacgtcttgcattgtctactgatggaataaac 400  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||| |||| |||  ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
137760 tgcagattctcctcaatgggccaaaattgataatgactactcagattttgggaaagaaacaagaaacctacgtcttgcattgtctactgacggaataaac 137859  T
401 cctcatggtattcagagtagtaagcacactacttggccggtgattatgatgatttataacctgcctccatggctatatacgaagcgcaagtacatgatgc 500  Q
    ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| |||||||||||||  | ||||||||||| |||||||     
137860 cctcatggtcttcaaagtggtaagcacactacttggccagtgattttgctgatttataacctacctccatggctatgcatgaagcgcaagttcatgatgt 137959  T
501 tgacaatgttaatctctg 518  Q
    |||| |||||||| ||||    
137960 tgactatgttaatttctg 137977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0011; HSP #2
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 518
Target Start/End: Original strand, 142684 - 143201
Alignment:
1 cgtgctccctagtcgaacctatgaggctaaacagatgttacgttctattggcatgagttatgagaagatacatgcttgtcctaaagattgtattttattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||    
142684 cgtgctccctagtcgaacctatgaggctaaacgattgttatgttctattggcatgagttatgagaagatacatgcttgtccaaatgattgcattttattt 142783  T
101 cgaaatgagtatgcatcattagataagtgtcctaaatgcggtgcatcacgatataataagaaagaaacagccccagccaaagtactatggtactttccga 200  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||  | || ||||||||||| |||||||||||||  ||| | ||||| |||||||| ||||| |    
142784 cgaaaggagtatgcatcattaaatatgtgtcctaaatgtagcgcttcacgatataagaagaaagaaacaggtccatcaaaagtgctatggtattttccaa 142883  T
201 taataccaagatttaggcgcatgtatcgtaatgcagaagatgcaaagcacttgacatggcatgaatatggaagggttgcagatggaatgcttcgacatcc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| | ||| |||||||   |||||||| |||||||||||    
142884 taataccaagatttaggcgcatgtatcgtaatgcggaagatgcaaagaacttaacatggcatgcaaatgaaagggttaatgatggaatacttcgacatcc 142983  T
301 tgcagattctcctcaatgggaaaaaattgatcatgattaccaagattttgggaaagaagaaagaaatctacgtcttgcattgtctactgatggaataaac 400  Q
    | ||||||||||||||||||  | ||||||| |||| |||   |||||||||||||||  |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
142984 tacagattctcctcaatgggccataattgataatgactactcggattttgggaaagaaacaagaaacctacgtcttacattgtctactgatggaataaac 143083  T
401 cctcatggtattcagagtagtaagcacactacttggccggtgattatgatgatttataacctgcctccatggctatatacgaagcgcaagtacatgatgc 500  Q
    ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| |||||||||||||  | |||| |||||| |||||||     
143084 cctcatggtcttcaaagtggtaagcacactacttggccagtgattttgctgatttataacctacctccatggctatgcatgaagtgcaagttcatgatgt 143183  T
501 tgacaatgttaatctctg 518  Q
    |||| |||||||| ||||    
143184 tgactatgttaatttctg 143201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 302; Significance: 1e-170; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 518
Target Start/End: Original strand, 20748587 - 20749104
Alignment:
1 cgtgctccctagtcgaacctatgaggctaaacagatgttacgttctattggcatgagttatgagaagatacatgcttgtcctaaagattgtattttattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||    
20748587 cgtgctccctagtcgaacctatgaggctaaacgattgttatgttctattggcatgagttatgagaagatacatgcttgtccaaatgattgcattttattt 20748686  T
101 cgaaatgagtatgcatcattagataagtgtcctaaatgcggtgcatcacgatataataagaaagaaacagccccagccaaagtactatggtactttccga 200  Q
    | ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||  | || ||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||| |||||||| ||||| |    
20748687 caaaatgagtatgcatcattaaatatgtgtcctaaatgtagcgcttcacgatataagaagaaagaaacaggtccatccaaagtgctatggtattttccaa 20748786  T
201 taataccaagatttaggcgcatgtatcgtaatgcagaagatgcaaagcacttgacatggcatgaatatggaagggttgcagatggaatgcttcgacatcc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| | ||| |||||||   ||||||||||||||||||||    
20748787 taataccaagatttaggcgcatgtatcgtaatgcggaagatgcaaagaacttaacatggcatgcaaatgaaagggttaatgatggaatgcttcgacatcc 20748886  T
301 tgcagattctcctcaatgggaaaaaattgatcatgattaccaagattttgggaaagaagaaagaaatctacgtcttgcattgtctactgatggaataaac 400  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||| |||| |||  ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
20748887 tgcagattctcctcaatgggccaaaattgataatgactactcagattttgggaaagaaacaagaaacctacgtcttgcattgtctactgacggaataaac 20748986  T
401 cctcatggtattcagagtagtaagcacactacttggccggtgattatgatgatttataacctgcctccatggctatatacgaagcgcaagtacatgatgc 500  Q
    ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| |||||||||||||  | ||||||||||| |||||||     
20748987 cctcatggtcttcaaagtggtaagcacactacttggccagtgattttgctgatttataacctacctccatggctatgcatgaagcgcaagttcatgatgt 20749086  T
501 tgacaatgttaatctctg 518  Q
    |||| |||||||| ||||    
20749087 tgactatgttaatttctg 20749104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 47 - 518
Target Start/End: Original strand, 6772829 - 6773297
Alignment:
47 attggcatgagttatgagaagatacatgcttgtcctaaagattgtattttatttcgaaatgagtatgcatcattagataagtgtcctaaatgcggtgcat 146  Q
    ||||||||||||||||| | ||| || ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||   ||  |    
6772829 attggcatgagttatgaaaggattcacgcttgtcctaacgattgcattttgtttcgaaatgaatatgcatcattaaatgagtgtcctaaatgtaatgtct 6772928  T
147 cacgatataataagaaagaaacagccccagccaaagtactatggtactttccgataataccaagatttaggcgcatgtatcgtaatgcagaagatgcaaa 246  Q
    | ||||||||   |||| ||      ||||| |||||  |||||||  |||| |||||||| ||||| |||||||||| | ||| || ||  ||||||||    
6772929 ctcgatataa---gaaacaatttattccagctaaagtcgtatggtatcttcctataataccgagattcaggcgcatgtttagtagtgaagttgatgcaaa 6773025  T
247 gcacttgacatggcatgaatatggaagggttgcagatggaatgcttcgacatcctgcagattctcctcaatgggaaaaaattgatcatgattaccaagat 346  Q
     || |||||||||||  ||||||  ||  ||  |||||| | | ||||||| ||||||||||| || || ||||  ||||||||||||||||| |  |||    
6773026 acatttgacatggcacaaatatgatagaattagagatgggaagtttcgacaccctgcagattcgccacagtgggctaaaattgatcatgattatcctgat 6773125  T
347 tttgggaaagaagaaagaaatctacgtcttgcattgtctactgatggaataaaccctcatggtattcagagtagtaagcacactacttggccggtgatta 446  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||      | ||    ||||| ||||||     
6773126 tttggaaaagaagcaagaaatctacgtttggcactgtctactgatggaatgaacccacatggttttcaaagtatcccaaataccgtatggcctgtgattt 6773225  T
447 tgatgatttataacctgcctccatggctatatacgaagcgcaagtacatgatgctgacaatgttaatctctg 518  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||| || |||||| |||| ||||||| || | |||||||| ||||    
6773226 tggtgatttataacttgcctccatggctatgtatgaagcgtaagttcatgatgttgtctatgttaatttctg 6773297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 47 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 34211551 - 34211088
Alignment:
47 attggcatgagttatgagaagatacatgcttgtcctaaagattgtattttatttcgaaatgagtatgcatcattagataagtgtcctaaatgcggtgcat 146  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||| || |||||||||||||   ||  |    
34211551 attggcatgagttatgaaaagatacacgcttgtcctaacgattgcattttgtttcgaaatgaatacgcatcgttaaatgagtgtcctaaatgtaatgtct 34211452  T
147 cacgatataataagaaagaaacagccccagccaaagtactatggtactttccgataataccaagatttaggcgcatgtatcgtaatgcagaagatgcaaa 246  Q
    | ||||||||   |||||||      || || |||||  |||||||  |||| |||||||| |||||  ||||||||| | ||| || ||  ||||||||    
34211451 ctcgatataa---gaaagaatttattcctgcgaaagtcgtatggtatcttcctataataccgagattcgggcgcatgtttagtagtgaagttgatgcaaa 34211355  T
247 gcacttgacatggcatgaatatggaagggttgcagatggaatgcttcgacatcctgcagattctcctcaatgggaaaaaattgatcatgattaccaagat 346  Q
     || |||||||||||  ||||||  ||  ||  |||||| | | |||| || ||||||||||| || || ||||  ||||||||||||||||| |  |||    
34211354 acatttgacatggcacaaatatgatagaattagagatgggaagtttcggcaccctgcagattcgccacagtgggctaaaattgatcatgattatcctgat 34211255  T
347 tttgggaaagaagaaagaaatctacgtcttgcattgtctactgatggaataaaccctcatggtattcagagtagtaagcacactacttggccggtgatta 446  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  | ||| |||||||||||||||| ||| | |||||| |||| ||||      | ||    ||||| ||||||     
34211254 tttgggaaagaagcaagaaatctacgcttggcactgtctactgatggaatgaacgcacatggttttcaaagtatcccaaataccgtatggcctgtgattt 34211155  T
447 tgatgatttataacctgcctccatggctatatacgaagcgcaagtacatgatgctgacaatgttaat 513  Q
    || ||||||||||| ||||||||||| ||| || |||||| |||| ||||||| || | ||||||||    
34211154 tggtgatttataacttgcctccatggttatgtatgaagcgtaagttcatgatgttgtcgatgttaat 34211088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 25040442 - 25040381
Alignment:
1 cgtgctccctagtcgaacctatgaggctaaacagatgttacgttctattggcatgagttatg 62  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
25040442 cgtgctccctagtcgaacctatgaggctaaacaaatgttacgttctattggcatgagttatg 25040381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0018 (Bit Score: 86; Significance: 7e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold0018
Description:

Target: scaffold0018; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 47 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 130210 - 129742
Alignment:
47 attggcatgagttatgagaagatacatgcttgtcctaaagattgtattttatttcgaaatgagtatgcatcattagataagtgtcctaaatgcggtgcat 146  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||| || |||||||||||||   ||  |    
130210 attggcatgagttatgaaaagatacacgcttgtcctaacgattgcattttgtttcgaaatgaatacgcatcgttaaatgagtgtcctaaatgtaatgtct 130111  T
147 cacgatataataagaaagaaacagccccagccaaagtactatggtactttccgataataccaagatttaggcgcatgtatcgtaatgcagaagatgcaaa 246  Q
    | ||||||||   |||||||      || || |||||  |||||||  |||| |||||||| ||||| |||||||||| | ||| || ||  ||||||||    
130110 ctcgatataa---gaaagaatttattcctgcgaaagtcgtatggtatcttcctataataccgagattcaggcgcatgtttagtagtgaagttgatgcaaa 130014  T
247 gcacttgacatggcatgaatatggaagggttgcagatggaatgcttcgacatcctgcagattctcctcaatgggaaaaaattgatcatgattaccaagat 346  Q
     || |||||||||||  ||||||  ||  ||  |||||  | | ||||||| ||||||||||| || || ||||  ||||||||||||||||| |   ||    
130013 acatttgacatggcacaaatatgatagaattagagatgagaagtttcgacaccctgcagattcgccacagtgggctaaaattgatcatgattatcctaat 129914  T
347 tttgggaaagaagaaagaaatctacgtcttgcattgtctactgatggaataaaccctcatggtattcagagtagtaagcacactacttggccggtgatta 446  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  | ||| |||||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||      ||||    ||||| ||||||     
129913 tttgggaaagaagcaagaaatctacgcttggcactgtctactgatggaatgaacccacatggttttcaaagtatcccaaacaccgtatggcctgtgattt 129814  T
447 tgatgatttataacctgcctccatggctatatacgaagcgcaagtacatgatgctgacaatgttaatctctg 518  Q
    || ||||||||||| ||||||||||| ||| || |||||| |||| ||||||| || | |||||||| ||||    
129813 tggtgatttataacttgcctccatggttatgtatgaagcgtaagttcatgatgttgtcgatgttaatttctg 129742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University