View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6637_low_7 (Length: 297)

Name: NF6637_low_7
Description: NF6637
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6637_low_7
NF6637_low_7
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (18-286)||(9028997-9029265)
chr3 (18-288)||(9026038-9026308)
chr3 (19-288)||(9023335-9023604)
chr3 (18-288)||(9034503-9034774)
chr3 (45-288)||(9101139-9101382)
chr3 (47-288)||(8746867-8747108)
chr3 (131-276)||(8957118-8957263)
chr3 (130-270)||(8965272-8965412)
chr3 (136-270)||(8962563-8962697)
chr3 (69-276)||(8755519-8755723)
chr3 (86-279)||(9015375-9015568)
chr3 (136-287)||(9019290-9019441)
chr3 (74-282)||(9108737-9108942)
chr3 (129-270)||(8988340-8988481)
chr3 (145-272)||(9112118-9112245)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 233; Significance: 1e-129; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 18 - 286
Target Start/End: Original strand, 9028997 - 9029265
Alignment:
Q  18 acaacttctctttatattttcattttctcattttcaatctcaattccaaagttttacaatggcatcatcaactatgaagttcttctccttctttttggtc 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9028997 acaacttctctttatatttttattttctcattttcaatttcaatttgaaagttttacaataacatcatcaactatgaagttcttctccttctttttggtc 9029096  T
Q  118 atcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaagatcttagtccttcgttggctccagcaccaggtcctgatgctggtgctgctggatctattacaagtt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9029097 atcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaagaccttagtccttcgttggctccagcaccaggtcctgatgctggagctgctggatctattacaagtt 9029196  T
Q  218 cagtggctatgatcggagtttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaagcactaaaaacatgatg 286  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9029197 cagcggctatgatcggagtttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaagcactaaaaacatgatg 9029265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 18 - 288
Target Start/End: Original strand, 9026038 - 9026308
Alignment:
Q  18 acaacttctctttatattttcattttctcattttcaatctcaattccaaagttttacaatggcatcatcaactatgaagttcttctccttctttttggtc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9026038 acaacttctctttatattttcattttctcattttcaatctcaaattcaaagttttataatggcatcatcagctatgaagttcttctccttctttttggtc 9026137  T
Q  118 atcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaagatcttagtccttcgttggctccagcaccaggtcctgatgctggtgctgctggatctattacaagtt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||| |||||||||    
T  9026138 atcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaagatcttagtccttcgttggctccagcaccaggttctgatgctggagttgctggatctgttacaagtt 9026237  T
Q  218 cagtggctatgatcggagtttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaagcactaaaaacatgatgat 288  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  9026238 cagtggcaatgatcggagtttcagttgtattgtcaatgatcgccatcttcaaacactaaaaacataatgat 9026308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 19 - 288
Target Start/End: Original strand, 9023335 - 9023604
Alignment:
Q  19 caacttctctttatattttcattttctcattttcaatct-caattccaaagttttacaatggcatcatcaactatgaagttcttctccttctttttggtc 117  Q
    ||||||||||||||||||||  | | ||||||||||||| | |||||| |||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9023335 caacttctctttatattttcgatct-tcattttcaatcttctattccatagttttgcaatggcatcatcagctataaagttcttctccttctttttggtc 9023433  T
Q  118 atcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaagatcttagtccttcgttggctccagcaccaggtcctgatgctggtgctgctggatctattacaagtt 217  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  9023434 atcatcttcgccgccacagtggcctctgcccaagaccttagtccctcgttggctccggcaccaggtcctgatgctggagctgctggatctgttacaagtt 9023533  T
Q  218 cagtggctatgatcggagtttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaagcactaaaaacatgatgat 288  Q
    ||||||||||| ||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9023534 cagtggctatggtcggaatttcggttgtattgtcaatgctcgccatcttcaagcactaaaaacatgatgat 9023604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 18 - 288
Target Start/End: Original strand, 9034503 - 9034774
Alignment:
Q  18 acaacttctctttatattttcattttct-cattttcaatctcaattccaaagttttacaatggcatcatcaactatgaagttcttctccttctttttggt 116  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| | |||| | |||||| |||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||||| ||    
T  9034503 acaacttttctttatattttcatttttttcattttcaatcactattcaatagttttgcaatggcatcttcagctataaaattcttctccttctttttcgt 9034602  T
Q  117 catcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaagatcttagtccttcgttggctccagcaccaggtcctgatgctggtgctgctggatctattacaagt 216  Q
    |  ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||    
T  9034603 cgccatcttcgctgccatcgtggcctctgcccaagaccttagtccttcgttggctccggcaccaggtcctgatgctggagctgctggatctgttgcaagt 9034702  T
Q  217 tcagtggctatgatcggagtttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaagcactaaaaacatgatgat 288  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9034703 tcggtggctatgatcggagtttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaagcactaaaaacatgatgat 9034774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 45 - 288
Target Start/End: Original strand, 9101139 - 9101382
Alignment:
Q  45 tcattttcaatctcaattccaaagttttacaatggcatcatcaactatgaagttcttctccttctttttggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctct 144  Q
    |||||||||||| | |||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9101139 tcattttcaatcactattccatagttttgcaatggcatcatcagctatgaagttcttccccttctttatggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctct 9101238  T
Q  145 gcccaagatcttagtccttcgttggctccagcaccaggtcctgatgctggtgctgctggatctattacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattg 244  Q
    |||||| | || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9101239 gcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctgatgctggagctgctggttctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattg 9101338  T
Q  245 tgttgtcaatgctcgccatcttcaagcactaaaaacatgatgat 288  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9101339 tattgtcaatgctcgccatctttaagcactaaaaacatgatgat 9101382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 47 - 288
Target Start/End: Original strand, 8746867 - 8747108
Alignment:
Q  47 attttcaatctcaattccaaagttttacaatggcatcatcaactatgaagttcttctccttctttttggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctctgc 146  Q
    |||||||||| | |||| | ||||||  ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8746867 attttcaatcactattcaatagttttgtaatggcatcctcagctatgaagttcttctccttctttttcgtcttcatcttcgccgccaccctggcctctgc 8746966  T
Q  147 ccaagatcttagtccttcgttggctccagcaccaggtcctgatgctggtgctgctggatctattacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattgtg 246  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8746967 ccaagacctcagtccctcgttggctccagcaccaggtcctgatgttggagctgttggatctgttacaaattcagtggctatgattggagtttcaattgtg 8747066  T
Q  247 ttgtcaatgctcgccatcttcaagcactaaaaacatgatgat 288  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8747067 ttgtcaatgctcgccatcttcaagcactaaaaaaatgatgat 8747108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 131 - 276
Target Start/End: Original strand, 8957118 - 8957263
Alignment:
Q  131 ccaccgtggcctctgcccaagatcttagtccttcgttggctccagcaccaggtcctgatgctggtgctgctggatctattacaagttcagtggctatgat 230  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||| | |||||||||| |||||||||||    
T  8957118 ccaccgtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttagctccagcacccggtcctgacgctggagctgccggatttgttacaagttctgtggctatgat 8957217  T
Q  231 cggagtttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaagcactaa 276  Q
    ||||| |||||||||| |||||||| ||||||| |||||| |||||    
T  8957218 cggagcttcaattgtgctgtcaatggtcgccattttcaagaactaa 8957263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 130 - 270
Target Start/End: Original strand, 8965272 - 8965412
Alignment:
Q  130 gccaccgtggcctctgcccaagatcttagtccttcgttggctccagcaccaggtcctgatgctggtgctgctggatctattacaagttcagtggctatga 229  Q
    ||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||  |||| ||||    
T  8965272 gccacagtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgacgctggagctgccggatctgttacaagttctatggcaatga 8965371  T
Q  230 tcggagtttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaag 270  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  8965372 tcggagcttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatcttcaag 8965412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 136 - 270
Target Start/End: Original strand, 8962563 - 8962697
Alignment:
Q  136 gtggcctctgcccaagatcttagtccttcgttggctccagcaccaggtcctgatgctggtgctgctggatctattacaagttcagtggctatgatcggag 235  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||| || || |||| ||||||||||||||||    
T  8962563 gtggcctcggcccaagaccttagtccctcgttagctccagcaccaggtcctgatgctggagttgccggatctgttgcaggttctgtggctatgatcggag 8962662  T
Q  236 tttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaag 270  Q
     |||||||||| | ||||||||||| |||||||||    
T  8962663 cttcaattgtgctttcaatgctcgctatcttcaag 8962697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 69 - 276
Target Start/End: Original strand, 8755519 - 8755723
Alignment:
Q  69 ttttacaatggcatcatcaactatgaagttcttctccttctttttggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaagatcttagtccttcgttg 168  Q
    |||| |||||||||||||||   ||||||| ||| |||||||||| ||  |  ||||||| ||  ||||||| || || ||||| || ||||| ||||||    
T  8755519 ttttgcaatggcatcatcaa---tgaagtttttcgccttctttttcgttgttgtcttcgcagcagccgtggcttcggctcaagacctcagtccctcgttg 8755615  T
Q  169 gctccagcaccaggtcctgatgctggtgctgctggatctattacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttca 268  Q
    ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||| |||| ||| ||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  8755616 gctccggcaccagatcctgatgccggtgctgctggatctgttacaaattcagttgctatgattggagcttcgattattttgtctatgctcgccatcttca 8755715  T
Q  269 agcactaa 276  Q
    || |||||    
T  8755716 agaactaa 8755723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 86 - 279
Target Start/End: Original strand, 9015375 - 9015568
Alignment:
Q  86 caactatgaagttcttctccttctttttggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaagatcttagtccttcgttggctccagcaccaggtcc 185  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||| |||  ||| || || ||| |  | ||||| || ||||| || || || |||||| |||| |||||||||||    
T  9015375 caacaatgaaattcttctccttctttttcgtcgccatgttggctgcctctatcgcctcggctcaagacctcagcccctcgttgtctccggcaccaggtcc 9015474  T
Q  186 tgatgctggtgctgctggatctattacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaagcactaaaaa 279  Q
    |||||| || || ||||||| | |||||| ||||||| ||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9015475 tgatgccggagcagctggatatgttacaaattcagtgactatggttggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatcttcaaacactaaaaa 9015568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 136 - 287
Target Start/End: Original strand, 9019290 - 9019441
Alignment:
Q  136 gtggcctctgcccaagatcttagtccttcgttggctccagcaccaggtcctgatgctggtgctgctggatctattacaagttcagtggctatgatcggag 235  Q
    |||||||| || ||||| |||||||| || |  ||||| |||||||||||||||| ||| |||  ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||    
T  9019290 gtggcctcggctcaagaccttagtccctcatccgctccggcaccaggtcctgatgttggggcttgtggatctgttacgagttcagttgctatgatcggag 9019389  T
Q  236 tttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaagcactaaaaacatgatga 287  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||| ||||||| ||||    
T  9019390 cttcaattgtgttgtcaatgcttgccatcttgaagaactgaaaacatcatga 9019441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 74 - 282
Target Start/End: Original strand, 9108737 - 9108942
Alignment:
Q  74 caatggcatcatcaactatgaagttcttctccttctttttggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaagatcttagtccttcgttggctcc 173  Q
    |||||||||||||||   ||||||| ||  |||||||||| ||| | ||||| || ||| || |||  || || ||||| || ||||| || ||||||||    
T  9108737 caatggcatcatcaa---tgaagttttttgccttctttttcgtcgttatctttgctgcctccctggtgtcggctcaagacctcagtccctcattggctcc 9108833  T
Q  174 agcaccaggtcctgatgctggtgctgctggatctattacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaagcac 273  Q
    |||| ||||||||||||  || ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||  |||| ||| ||    
T  9108834 agcatcaggtcctgatgtcggagctgccggatctgttacaagttcagtggccatgatcggagcttcaattgtcttgtcaatgcttgcactcttgaagaac 9108933  T
Q  274 taaaaacat 282  Q
    |||||||||    
T  9108934 taaaaacat 9108942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 129 - 270
Target Start/End: Original strand, 8988340 - 8988481
Alignment:
Q  129 cgccaccgtggcctctgcccaagatcttagtccttcgttggctccagcaccaggtcctgatgctggtgctgctggatctattacaagttcagtggctatg 228  Q
    |||| |||| ||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | ||| |||||  | |||  ||||||||  |||||||||    
T  8988340 cgccgccgtagcctcggcccaagaccttagtccctcgttgtctccagcaccaggtcctgacgttggagctgccagttctgctacaagttatgtggctatg 8988439  T
Q  229 atcggagtttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaag 270  Q
    ||||||| |||||| ||  ||||||||||||| |||||||||    
T  8988440 atcggagcttcaatcgtactgtcaatgctcgctatcttcaag 8988481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 145 - 272
Target Start/End: Original strand, 9112118 - 9112245
Alignment:
Q  145 gcccaagatcttagtccttcgttggctccagcaccaggtcctgatgctggtgctgctggatctattacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattg 244  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||  |||||| | || |||| ||||||| |||||| | ||||||||||||| |||| ||  ||||    
T  9112118 gcccaagacctcagtccctcgttggctccggcaccagcacctgataccggagctgttggatctcttacaaatccagtggctatgatgggagctttgattg 9112217  T
Q  245 tgttgtcaatgctcgccatcttcaagca 272  Q
    ||||||||||||| || ||||| |||||    
T  9112218 tgttgtcaatgcttgctatctttaagca 9112245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University