View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6641_low_15 (Length: 575)

Name: NF6641_low_15
Description: NF6641
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6641_low_15
NF6641_low_15
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (20-565)||(19795665-19796210)
chr5 (20-527)||(19785415-19785922)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (20-526)||(15834972-15835478)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (23-475)||(47712567-47713019)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 466; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 466; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 565
Target Start/End: Original strand, 19795665 - 19796210
Alignment:
Q  20 tccttatcatgcttcaaaaacttctccttataaaacttcatcgccacagaagcaaccctattgtaaggaatcaaaccccattgattagcaccaataaaca 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19795665 tccttatcatgcttcaaaaacttctccttataaaacttcatcgccacagaagcaaccctattgtatggaatcaaaccccattgattagcaccaataaaca 19795764  T
Q  120 cctcaggcaactccaacaccttcctcaacggcaccaacacatctttcctcaaacgatcacgaaccctataagcataatgtgcctcctccacaccttcata 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19795765 cctcaggcaactccaacaccttcctcaacggcaccaacacatctttcctcaaccgatcacgaaccctataagcataatgtgcctcctccacaccttcata 19795864  T
Q  220 ttcctcccgagggaagatcctctttgcaatactctcacacagaagagtggatcgatcaaaggaagagtcaacagaagggcaccatttagcagcaagactg 319  Q
     ||||||| |||||||||| |||| |||||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19795865 ctcctccctagggaagatcttcttggcaatggtctcacacagaagagttgaccgatcaaaggaagagtcaacagaagggcaccatttagcagcaagactg 19795964  T
Q  320 atttttgtgggcaacccagatttcaaaaactgaagatccttcttcaaacaatcagcaaaatgatcagagatacaatcatgaagaaacttaaaattgggat 419  Q
    |||||  ||||| |||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19795965 attttattgggcgacccggatttcaaaaactcgagatccttcttcaaacaatcagcgaaatgatcagagatacaatcgtgaagaaacttaaaattgggat 19796064  T
Q  420 cggtagtataacgatcaacaagcttcttagctaatgcaatcctcttctcttccttcaaaacgtgagcaccttctttctcagccttagctctcgctgccac 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19796065 cggtagtataacgatcaacaagcttcttagctaatgcaatcctcttctcttccttcaaaacgtgagcaccttctttctcaaccttagctctcgctgccac 19796164  T
Q  520 ctcttcagccacgatggagtctttctcagtacccttccaccctttg 565  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19796165 ctcttcagtcacgatggagtctttctcagtacccttccaccctttg 19796210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 19785922 - 19785415
Alignment:
Q  20 tccttatcatgcttcaaaaacttctccttataaaacttcatcgccacagaagcaaccctattgtaaggaatcaaaccccattgattagcaccaataaaca 119  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19785922 tccttatcatgcttcaaaaacttttccttataaaacttcatcgccacagaagcaactctattgtaaggaatcaaaccccattgattagcaccaataaaca 19785823  T
Q  120 cctcaggcaactccaacaccttcctcaacggcaccaacacatctttcctcaaacgatcacgaaccctataagcataatgtgcctcctccacaccttcata 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19785822 cctcaggcaactccaacaccttcctcaacggcaccaacacatctttcctcaaacgatcacgaaccctataagcataatgtgcctcctccacaccttcata 19785723  T
Q  220 ttcctcccgagggaagatcctctttgcaatactctcacacagaagagtggatcgatcaaaggaagagtcaacagaagggcaccatttagcagcaagactg 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  19785722 ttcctcccgagggaagatcctctttgcaatactctcacacagaagagtcgatcgatcaaaggaagagtcaacagaagggcaccatttagcagcaaggctg 19785623  T
Q  320 atttttgtgggcaacccagatttcaaaaactgaagatccttcttcaaacaatcagcaaaatgatcagagatacaatcatgaagaaacttaaaattgggat 419  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  || |    
T  19785622 attttattgggcaacccagatttcaaaaactgaagatccttcttcaaacaatcagcaaaatgatcagagatagaatcatgaagaaacttaaaatgagggt 19785523  T
Q  420 cggtagtataacgatcaacaagcttcttagctaatgcaatcctcttctcttccttcaaaacgtgagcaccttctttctcagccttagctctcgctgccac 519  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||   || ||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  19785522 cggtagtgtaacgatcaacaagcttcttagccaaggcaatcctcttctcttccttcaaaacatgagcggtttgtttctgagccttagccctcgccgccac 19785423  T
Q  520 ctcttcag 527  Q
    ||||||||    
T  19785422 ctcttcag 19785415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 343; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 526
Target Start/End: Original strand, 15834972 - 15835478
Alignment:
Q  20 tccttatcatgcttcaaaaacttctccttataaaacttcatcgccacagaagcaaccctattgtaaggaatcaaaccccattgattagcaccaataaaca 119  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15834972 tcctcatcatgcttcaaaaacttctccttataaaactccatggccacagaagcaaccctattataaggaatcaaaccccattgattagccccaataaaca 15835071  T
Q  120 cctcaggcaactccaacaccttcctcaacggcaccaacacatctttcctcaaacgatcacgaaccctataagcataatgtgcctcctccacaccttcata 219  Q
    |||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15835072 cctcaggcaattgcaacgccttcctcaacggcaccaacacatctttcctcaaacgatcacgaaccctataagcataatgcgcctcctccacaccttcata 15835171  T
Q  220 ttcctcccgagggaagatcctctttgcaatactctcacacagaagagtggatcgatcaaaggaagagtcaacagaagggcaccatttagcagcaagactg 319  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||| || |||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15835172 ttcctcccgagggaatatcctcttggcaatggtctcacacagaagagttgaccgatcaaaggaagagtaaagagaggggcaccatttagcagcaagactg 15835271  T
Q  320 atttttgtgggcaacccagatttcaaaaactgaagatccttcttcaaacaatcagcaaaatgatcagagatacaatcatgaagaaacttaaaattgggat 419  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||  || |    
T  15835272 atttttctgggtgacccagatttcaaaaactcaagatccttcttcaaacaatcagcaaaatgatgagagatacaattatgaaggaacttaaaatcagggt 15835371  T
Q  420 cggtagtataacgatcaacaagcttcttagctaatgcaatcctcttctcttccttcaaaacgtgagcaccttctttctcagccttagctctcgctgccac 519  Q
    |   | | || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  15835372 cacgattgtatcgatcaacaagcttcttagccaaggcaatcctcttctcttccttcaaagcgtgagcagtttctttctgagccttagctctcgcagccac 15835471  T
Q  520 ctcttca 526  Q
    |||||||    
T  15835472 ctcttca 15835478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 23 - 475
Target Start/End: Original strand, 47712567 - 47713019
Alignment:
Q  23 ttatcatgcttcaaaaacttctccttataaaacttcatcgccacagaagcaaccctattgtaaggaatcaaaccccattgattagcaccaataaacacct 122  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||   |||| ||||||| |||||||||||||    
T  47712567 ttatcatgcttcaaaaacttctctttataaaactccatcgccacagacgcaaccctgttgtaaggaatcaatttccatcgattagccccaataaacacct 47712666  T
Q  123 caggcaactccaacaccttcctcaacggcaccaacacatctttcctcaaacgatcacgaaccctataagcataatgtgcctcctccacaccttcatattc 222  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  47712667 caggcaactccaaaaccttcctcaatggcaccaacacatccttcctcaaacgatcacgaaccctataagcataatgcgcctcctccacaccttcatactc 47712766  T
Q  223 ctcccgagggaagatcctctttgcaatactctcacacagaagagtggatcgatcaaaggaagagtcaacagaagggcaccatttagcagcaagactgatt 322  Q
    ||||| ||| || |||||||| || |||||||||||||  |  || |  | |||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||     
T  47712767 ctccctaggaaaaatcctcttcgcgatactctcacacaacaatgtcgccctatcaaatgaagagtcaaccgaaggacaccatttcgcagcaagactaata 47712866  T
Q  323 tttgtgggcaacccagatttcaaaaactgaagatccttcttcaaacaatcagcaaaatgatcagagatacaatcatgaagaaacttaaaattgggatcgg 422  Q
    ||||||| | ||||| |||||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || ||      
T  47712867 tttgtggacgacccacatttcaaaaactcaatatctttctttaaacaatcagcaaaatgatcagatatacaatcatgaagaaacttaaaatgagggtcac 47712966  T
Q  423 tagtataacgatcaacaagcttcttagctaatgcaatcctcttctcttccttc 475  Q
     | |||| || ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| ||||    
T  47712967 gattataccgttcaacaagcttcttagccaatacaatcttcttctctttcttc 47713019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University