View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6641_low_2 (Length: 769)

Name: NF6641_low_2
Description: NF6641
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6641_low_2
NF6641_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-756)||(42412915-42413653)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 706; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 706; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 756
Target Start/End: Original strand, 42412915 - 42413653
Alignment:
Q  18 agatatatgtttcttaaactcactggaagatttggtagattgccgaaaaactggttgtaactaatgtctagtgtgttcaaattccatagtccagtgagat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42412915 agatatatgtttcttaaactcactggaagatttggtagattgccgaaaaactggttgtaactaatgtctagtgtgttcaaattccatagtccagtgagat 42413014  T
Q  118 tttggactctacctgaaaaattattgtttgataagctcaagtaagttaagcttctcaaacctgtcatattagaagggattgtgccggaaagcctgttcgc 217  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42413015 tttggactctacctgaaaagttattgtttgataagctcaagtaagttaagcttctcaaacctgtcatattagaagggattgtgccggaaagcctgttcgc 42413114  T
Q  218 ggaaagatcaagatattcaagtctcttaagttcaatgatttcttgaggaataccaccagtgaaaaagttatctgagaaggtgagtctagtgagttttctc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42413115 ggaaagatcaagatattcaagtctcttaagttcaatgatttcttgaggaataccaccagtgaaaaagttatctgagaaggtgagtctagtgagttttctc 42413214  T
Q  318 aaattgccaatggtttctggtattggtcctctaaacttgttattgttgagattgagtattgttagctctgttaggttccctataactggtgttaagaatc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42413215 aaattgccaatggtttctggtattggtcctctaaacttgttattgttgagattgagtattgttagctctgttaggttccctataactggtgttaagaatc 42413314  T
Q  418 cttcataaccaatgccatcaagatcaattgctgttactctactagaagagttgtccaatggtaaatcacatactattccaagaaattgtgagccagtgct 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42413315 cttcataaccaatgccatcaagatcaattgctgttactctactagaagagttgtccaatggtaaatcacataatattccaagaaattgtgagccagtgct 42413414  T
Q  518 atgacatggatcaactgtgaagtcccaactattgatataagaagatggagaaattgaattaggatcaatgccatgcactatttcttgaagggagtgaatg 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42413415 atgacatggatcaactgtgaagtcccaactattgatataagaagatggagaaattgaattaggatcaatgccatgcactatttcttgaagggagtgaatg 42413514  T
Q  618 tcattttcatgagttaatgagtggatttgtgatagagtcattgttatggttaaaagggaataaagaggtgagaagaatgagaatttagtaggtgnnnnnn 717  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||          
T  42413515 tcattttcatgagttaatgagtggatttgtgatagagtcattgttatggttaaaagggaataaagaggcgagaagaatgagaatttagtaggtgtttttt 42413614  T
Q  718 nagccattgtggaaattggttttggttttaatttgtgat 756  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42413615 tagccattgtggaaattggttttggttttaatttgtgat 42413653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University