View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF6645_high_5 (Length: 426)
Name: NF6645_high_5
Description: NF6645
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6645_high_5 |
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| [»] scaffold0061 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 24646669 - 24646267
Alignment:
| Q |
8 |
ccaagaatatgaaagaaaatcttctcaaaaaccccacaaatccaagagaaattcaagatatggatgaataagagaatagggtttcaacacttttattaag |
107 |
Q |
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||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
24646669 |
ccaagaaaatgaaagaaaatcttctcaaaaaccccacaaacccaagagaaat-caagatatggatgaataagagaatagggtttcaacacttttattaag |
24646571 |
T |
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| Q |
108 |
atcaatgatatttgatattaatttttagatgtggataagaagctctcaactctctcactcataatgttgaagaaatgcagaaactatcttttatatatat |
207 |
Q |
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| T |
24646570 |
atcaataatatttgatattaatttttagatgtggataagaagctctcaactctctcactcataatgttgaagaaatgcagaaactatcttttatatatat |
24646471 |
T |
|
| Q |
208 |
gatggatgtgatgataaaaataaaatgaatgataaaggactttggttgtttttgtgtttgcgtttggtatatttatggattttatttctccttagctcat |
307 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
24646470 |
gatggatgtgatgataaaaataaaatgaatgataaaggactttggttgtttttgtgtttgcgtttggtatatttatggattttatttctccttagctcat |
24646371 |
T |
|
| Q |
308 |
cttttattnnnnnnngacaaaagaaaataatattttttacacatttgactatggttgattaaatggagaaactttttcccactttccttctaggagaaga |
407 |
Q |
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| T |
24646370 |
cttttattaaaaaaagacaaaagaaaataatattttttgcacatttgactatggttgattaaatggagaaactttttcccactttccttctaggagaaga |
24646271 |
T |
|
| Q |
408 |
tttt |
411 |
Q |
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| T |
24646270 |
tttt |
24646267 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0061 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 2)
Name: scaffold0061
Description:
Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 20 - 411
Target Start/End: Original strand, 12005 - 12397
Alignment:
| Q |
20 |
aagaaaatcttctcaaaaaccccacaaatccaagagaaattcaagatatggatgaataagagaatagggtttcaacacttttattaagatcaatgatatt |
119 |
Q |
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|
| T |
12005 |
aagaaaatcttctcaaaaaccccacaaacccaagagaaattcaagatatggatgaataagagaatagggtttcaacacttttattaagatcaataatatt |
12104 |
T |
|
| Q |
120 |
tgatattaatttttagatgtggataagaagctctcaactctctcactcataatgttgaagaaatgcagaaactatcttttatatatatgatggatgtgat |
219 |
Q |
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|
| T |
12105 |
tgatattaattattagatgtggataagaagctctcaactctctcactcataatgttgaagaaatgcagaaactatcttttatatatatgatggatgtgat |
12204 |
T |
|
| Q |
220 |
gataaaaat-aaaatgaatgataaaggactttggttgtttttgtgtttgcgtttggtatatttatggattttatttctccttagctcatcttttattnnn |
318 |
Q |
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| T |
12205 |
gataaaaataaaaatgaataataaagaactttgtttgtttttgtgtttgcgtttggtatatttatggattttatttctccttatctcatctttcattaaa |
12304 |
T |
|
| Q |
319 |
nnnngacaaaagaaaataatattttttacacatttgactatggttgattaaatggagaaactttttcccactttccttctaggagaagatttt |
411 |
Q |
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| T |
12305 |
aaatgacaaaagaaaataatattttttactcatttgactatggttgattaaatggagagacttttttccactttacttctaggagaagatttt |
12397 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0061; HSP #2
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 20 - 411
Target Start/End: Original strand, 21062 - 21454
Alignment:
| Q |
20 |
aagaaaatcttctcaaaaaccccacaaatccaagagaaattcaagatatggatgaataagagaatagggtttcaacacttttattaagatcaatgatatt |
119 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21062 |
aagaaaatcttctcaaaaaccccacaaacccaagagaaattcaagataaggatgaataagagaatagggtttcaacacttttattaagatcaatgatatt |
21161 |
T |
|
| Q |
120 |
tgatattaatttttagatgtggataagaagctctcaactctctcactcataatgttgaagaaatgcagaaactatcttttatatatatgatggatgtgat |
219 |
Q |
| |
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|
| T |
21162 |
tgatcttaattattagatgtggataagaagctctcaactctctcactcataatgttgaagaaatgcagaaactatcttttatatatatgatggatgtgat |
21261 |
T |
|
| Q |
220 |
gataaaaat-aaaatgaatgataaaggactttggttgtttttgtgtttgcgtttggtatatttatggattttatttctccttagctcatcttttattnnn |
318 |
Q |
| |
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||||||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |
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| T |
21262 |
gataaaaataaaaatgaataataaagaactttgtttgtttttgtgtttgcgtttggtatatttatggattttatttctccttatctcatctttcattaaa |
21361 |
T |
|
| Q |
319 |
nnnngacaaaagaaaataatattttttacacatttgactatggttgattaaatggagaaactttttcccactttccttctaggagaagatttt |
411 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |
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|
| T |
21362 |
aaatgacaaaagaaaataatattttttactcatttgactatggttgattaaatggagagacttttttccactttacttctaggagaagatttt |
21454 |
T |
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