View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6649_high_19 (Length: 275)

Name: NF6649_high_19
Description: NF6649
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6649_high_19
NF6649_high_19
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (21-275)||(8412470-8412724)
chr2 (21-275)||(8434568-8434822)
chr2 (21-275)||(8394725-8394979)
chr2 (65-275)||(8406350-8406560)
chr2 (65-275)||(8395012-8395222)
chr2 (10-275)||(8431498-8431758)
chr2 (84-220)||(8417746-8417882)
chr2 (84-220)||(8375339-8375475)
chr2 (84-220)||(8439628-8439764)
chr2 (77-196)||(8368812-8368931)
chr2 (77-196)||(8400479-8400598)
chr2 (77-196)||(8422056-8422175)
chr2 (79-213)||(8404470-8404604)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 243; Significance: 1e-135; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 243; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 21 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 8412724 - 8412470
Alignment:
Q  21 acacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattgtacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8412724 acacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattctacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaa 8412625  T
Q  121 tgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8412624 tgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 8412525  T
Q  221 agctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgagactgtcctctgct 275  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8412524 agctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatgaaactgtcctctgct 8412470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 243; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 21 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 8434822 - 8434568
Alignment:
Q  21 acacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattgtacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8434822 acacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattctacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaa 8434723  T
Q  121 tgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8434722 tgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 8434623  T
Q  221 agctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgagactgtcctctgct 275  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8434622 agctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatgaaactgtcctctgct 8434568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 21 - 275
Target Start/End: Original strand, 8394725 - 8394979
Alignment:
Q  21 acacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattgtacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8394725 acacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattctacaaattctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaa 8394824  T
Q  121 tgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8394825 tgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 8394924  T
Q  221 agctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgagactgtcctctgct 275  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8394925 agctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatgaaactgtcctctgct 8394979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 65 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 8406560 - 8406350
Alignment:
Q  65 taatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatctt 164  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8406560 taatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatctt 8406461  T
Q  165 ctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcagctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgagac 264  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  8406460 ctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcagctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatgaaac 8406361  T
Q  265 tgtcctctgct 275  Q
    |||||||||||    
T  8406360 tgtcctctgct 8406350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 65 - 275
Target Start/End: Original strand, 8395012 - 8395222
Alignment:
Q  65 taatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatctt 164  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8395012 taatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatctt 8395111  T
Q  165 ctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcagctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgagac 264  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  8395112 ctattaaactcaataaaaatgattactctcactgctacaaccatgtctggagttgcagctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatgaaac 8395211  T
Q  265 tgtcctctgct 275  Q
    |||||||||||    
T  8395212 tgtcctctgct 8395222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 10 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 8431758 - 8431498
Alignment:
Q  10 acatcatcaaaacacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattgtacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcaga 109  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| || ||| ||||||||||  |||| || ||||||||||||||    
T  8431758 acatcaacaaaacagaaatattacaagatcaacaacaaaagcattctacaaattctaaagccacaattcaactcta--cagttttagaagctgtatcaga 8431661  T
Q  110 cagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||  || |||    
T  8431660 cagaatagaaatgcatcacaacattggcgaac---gtaacaactggaataatcttcttttgaactcaataaacatgattactctcactgctaagactatg 8431564  T
Q  210 tctggtgttgcagctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgagactgtcctctgct 275  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||| ||| || ||||||    
T  8431563 tctggtgttgcagctgtcacaagtggggaagttgcaccacttttggctctgaaactatcttctgct 8431498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 84 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 8417882 - 8417746
Alignment:
Q  84 tatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaata 183  Q
    |||||||||||||||| ||| || |||||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||||| ||||| | |||||| || || || || || |    
T  8417882 tatgcagtcttggaagttgtttctgacagaattgaaatgcatcacaacatttgtgaactacgtaacaattggaacactcttctcttgaattccatcaaca 8417783  T
Q  184 tgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8417782 tgattactctcactgctacaaccatgtctggtcttgc 8417746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 84 - 220
Target Start/End: Original strand, 8375339 - 8375475
Alignment:
Q  84 tatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaata 183  Q
    |||||| |||||||||| || || || ||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| || ||||| || || |    
T  8375339 tatgcaatcttggaagcagtttctgatagagttgaaatgcatcaaaacattggcgaacagcgtaacaattggaacactcttctcttgaactccatcaaca 8375438  T
Q  184 tgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 220  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8375439 tgattactcttactgctacaaccatgtctggtgttgc 8375475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 84 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 8439764 - 8439628
Alignment:
Q  84 tatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaata 183  Q
    |||||| |||||||||| || || || ||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||| | |||||| || ||||| || || |    
T  8439764 tatgcaatcttggaagcagtttctgatagagttgaaatgcatcaaaacattggcgaacagcgtagcaattggaacactcttctcttgaactccatcaaca 8439665  T
Q  184 tgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 220  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8439664 tgattactcttactgctacaaccatgtctggtgttgc 8439628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 77 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 8368931 - 8368812
Alignment:
Q  77 tcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactca 176  Q
    ||||||||||||| |  | ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | || |||||||  ||||||||||||||     
T  8368931 tcaactctatgcaattcttgaatctgtatccgacagaatagaaatgcatcaaaacattggcgaacaacgcgataattggaatacccttctattaaactcc 8368832  T
Q  177 ataaatatgattactctcac 196  Q
    || || ||||| ||||||||    
T  8368831 atcaacatgatcactctcac 8368812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 77 - 196
Target Start/End: Original strand, 8400479 - 8400598
Alignment:
Q  77 tcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactca 176  Q
    ||||||||||||| |  | ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | || |||||||  ||||||||||||||     
T  8400479 tcaactctatgcaattcttgaatctgtatccgacagaatagaaatgcatcaaaacattggcgaacaacgcgataattggaatacccttctattaaactcc 8400578  T
Q  177 ataaatatgattactctcac 196  Q
    || || ||||| ||||||||    
T  8400579 atcaacatgatcactctcac 8400598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 77 - 196
Target Start/End: Original strand, 8422056 - 8422175
Alignment:
Q  77 tcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactca 176  Q
    ||||||||||||| |  | ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | || |||||||  ||||||||||||||     
T  8422056 tcaactctatgcaattcttgaatctgtatccgacagaatagaaatgcatcaaaacattggcgaacaacgcgataattggaatacccttctattaaactcc 8422155  T
Q  177 ataaatatgattactctcac 196  Q
    || || ||||| ||||||||    
T  8422156 atcaacatgatcactctcac 8422175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 79 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 8404604 - 8404470
Alignment:
Q  79 aactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaat 178  Q
    ||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||| ||||||||| | ||| | ||  |||||||| |||| ||||| |  ||| |||||||||| ||    
T  8404604 aactctatgcaatttcggaggctgtatcagacagaattgaaatgcataaaaacttaggacaacaacgtgacaattggaacacgcttttattaaactccat 8404505  T
Q  179 aaatatgattactctcactgctacaaccatgtctg 213  Q
     || ||||| || ||||| ||| |||| |||||||    
T  8404504 caacatgataacactcacagcttcaacaatgtctg 8404470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University