View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6653_low_7 (Length: 497)

Name: NF6653_low_7
Description: NF6653
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6653_low_7
NF6653_low_7
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (9-478)||(38305825-38306294)
chr8 (20-470)||(38320659-38321109)
chr8 (20-478)||(38299906-38300364)
chr8 (22-458)||(38325421-38325857)
chr8 (20-449)||(38316585-38317014)
chr8 (15-467)||(38313158-38313610)
chr8 (22-431)||(38308600-38309009)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (20-458)||(38850331-38850769)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 450; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 450; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 38306294 - 38305825
Alignment:
Q  9 gacatcatcaccatcatacaagtgaaaactttcaaacacatgttgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatg 108  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38306294 gacataatcaccatcatacaagtgaaaactttcaaacacatgttgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatg 38306195  T
Q  109 tccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38306194 tccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaaccttttcaacgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgc 38306095  T
Q  209 tctctctaattttagacacgtcaccactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctcc 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38306094 tctctctaattttagacacgtcaccactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctcc 38305995  T
Q  309 atcacataacaaaccattttccaaaccaagatgagattgcaactgttcttgcaaaatgttgttcttaaatgagtcctctaaattgagagagaaaatcttt 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38305994 atcacataacaaaccattttccaaaccaagatgagatttcaactgttcttgcaaaatgttgtccttaaatgagtcctctaaattgagagagaaaatcttt 38305895  T
Q  409 ttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattttctcacacatctcggctacagtgggtaaaacaa 478  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38305894 ttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcggctacagtgggtaaaacaa 38305825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 20 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 38321109 - 38320659
Alignment:
Q  20 catcatacaagtgaaaactttcaaacacatgttgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaa 119  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||     ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38321109 catcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccagatgcaa 38321010  T
Q  120 gcgaactgaactgtcaataccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaatt 219  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||    
T  38321009 gcgaactgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactccttaaatttttgccttcgactctttgaatccctaaaaaacaagatgctctgtctaatt 38320910  T
Q  220 ttagacacgtcaccactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacataaca 319  Q
    || |||||  || ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  38320909 ttcgacacagcatcactaactagtttcaacccctcttcaacaatcaattttaaaacacgtgcataacaatgcccgtgaaagaactccccatcacataaca 38320810  T
Q  320 aaccattttccaaaccaagatgagattgcaactgttcttgcaaaatgttgttcttaaatgagtcctctaaattgagagagaaaatctttttctctattcc 419  Q
    | ||||||| ||||||||| |||| || |||  |||||||||||||||  |||| | |||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  38320809 acccattttgcaaaccaagttgagttttcaatagttcttgcaaaatgtcattctcagatgaatcatctaaagtgagagagaagatctttttctctattcc 38320710  T
Q  420 ccaatcactcaaaaactcaaccattttctcacacatctcggctacagtggg 470  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||    
T  38320709 ccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagtggg 38320659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 20 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 38300364 - 38299906
Alignment:
Q  20 catcatacaagtgaaaactttcaaacacatgttgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaa 119  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |  |||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||  |  ||| | |||||| ||||||    
T  38300364 catcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttcaagcattgaataagttgagttcactcttttaggcgtgtccagatgcaa 38300265  T
Q  120 gcgaactgaactgtcaataccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaatt 219  Q
    |||||| ||||  |||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||    
T  38300264 gcgaacggaacaatcaacaccaccaacctttgcaatacactccttaaatttttcccttccactctttgaatgcctcacaaacatgatgctatctctaatt 38300165  T
Q  220 ttagacacgtcaccactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacataaca 319  Q
    ||| ||| | || | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||| || ||||||||||    
T  38300164 ttacacaggacatccctaactagtttcaacccctcttcaacaatcagttttaaaatgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactccccgtcacataaca 38300065  T
Q  320 aaccattttccaaaccaagatgagattgcaactgttcttgcaaaatgttgttcttaaatgagtcctctaaattgagagagaaaatctttttctctattcc 419  Q
    | ||||| | |||| |||| |||  ||| || | |||||||||||| || ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  38300064 acccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctctattcc 38299965  T
Q  420 ccaatcactcaaaaactcaaccattttctcacacatctcggctacagtgggtaaaacaa 478  Q
    ||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  38299964 ccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtgggtaaaacaa 38299906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 22 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 38325857 - 38325421
Alignment:
Q  22 tcatacaagtgaaaactttcaaacacatgttgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagc 121  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |  |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| | ||||||||  ||||  ||||||||    
T  38325857 tcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcagactcatagacgagtcctgatgcaagc 38325758  T
Q  122 gaactgaactgtcaataccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaatttt 221  Q
    |||| ||||| || | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38325757 gaacggaactatcgacaccaccaaccttttcaatgcattccttaaatttctcccttctactctttgaatgcctcacaaacatgatgctctctctaatttt 38325658  T
Q  222 agacacgtcaccactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacataacaaa 321  Q
     |||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||     
T  38325657 tgacacggcatcactaactagtttcaacccgtcttcaacaatcagatttaaaacacgtgcaaaacagtgcccgtgaaagaactctccatcacacaacaac 38325558  T
Q  322 ccattttccaaaccaagatgagattgcaactgttcttgcaaaatgttgttcttaaatgagtcctctaaattgagagagaaaatctttttctctattcccc 421  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||| | ||  || ||||  | ||| || |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38325557 ccattttgcaaaccaagatgagatttcaattgttcttgtagaacattattctcgactgaatcatctaaagtaagagaaaaaatctttttctctattcccc 38325458  T
Q  422 aatcactcaaaaactcaaccattttctcacacatctc 458  Q
    ||||| |||| || |||| |||| | |||||||||||    
T  38325457 aatcattcaacaattcaatcattctttcacacatctc 38325421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 20 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 38317014 - 38316585
Alignment:
Q  20 catcatacaagtgaaaactttcaaacacatgttgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||     
T  38317014 catcatacaagtgaaaactttcaaatacatgccgatatttaagagcactttcaagcatcacataagttgagttcagactcatagacatgtccagatgcag 38316915  T
Q  120 gcgaactgaactgtcaataccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaatt 219  Q
    || ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| ||||||||||| |||||| |||| ||||    
T  38316914 gcaaacagaactatcaacaccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttgtccttctattttttgaattcctcacaaacatgatgctgtctcgaatt 38316815  T
Q  220 ttagacacgtcaccactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacataaca 319  Q
      | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||    |||||||||||||||||||||||||    
T  38316814 ccatacacggcaccactaactagttttaacccctcttcagcaatcagttttaaaacgcatgcaaaacaatgagcatgaaagaactctccatcacataaca 38316715  T
Q  320 aaccattttccaaaccaagatgagattgcaactgttcttgcaaaatgttgttcttaaatgagtcctctaaattgagagagaaaatctttttctctattcc 419  Q
    | ||||||  ||||| ||| |||  || ||| |||||| ||| ||  || |||| |||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38316714 acccatttcgcaaacaaagttgatttttcaattgttctagcataacattattctcaaatgaatcatctaaagtgagagagaaaatctttttctctattcc 38316615  T
Q  420 ccaatcactcaaaaactcaaccattttctc 449  Q
    ||||||| |||| || |||| |||| ||||    
T  38316614 ccaatcattcaacaattcaatcattctctc 38316585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 15 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 38313610 - 38313158
Alignment:
Q  15 atcaccatcatacaagtgaaaactttcaaacacatgttgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccata 114  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||| || | ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||  |||||||||| || | |    
T  38313610 atcatcatcatacaagtgaagactttcaaacgcacgctgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagttgagttcactctcatagacatatctaga 38313511  T
Q  115 tgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctc 214  Q
    ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||| ||||||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||    
T  38313510 tgcaagcgaaccgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactccttaaaaaatttccatctactcttggaatgccttacaaacaaaatgctctctc 38313411  T
Q  215 taattttagacacgtcaccactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcaca 314  Q
    | || ||| | ||  |||    ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  38313410 tgatcttacagacaacactctcaactagttttaacccttcatcaacaatcaggtttaaaacgcgggcaaaacaatgcacatgaaagaactctccatcaca 38313311  T
Q  315 taacaaaccattttccaaaccaagatgagattgcaactgttcttgcaaaatgttgttcttaaatgagtcctctaaattgagagagaaaatctttttctct 414  Q
    |||||| ||||||| ||||| ||| |||  ||  || ||||||||||||||||  |||| | |||| || |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38313310 taacaacccattttgcaaacaaagttgattttttaattgttcttgcaaaatgtcattctcagatgaatcatctaaagtgagagagaaaatctttttctct 38313211  T
Q  415 attccccaatcactcaaaaactcaaccattttctcacacatctcggctacagt 467  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  38313210 attccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagt 38313158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 22 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 38309009 - 38308600
Alignment:
Q  22 tcatacaagtgaaaactttcaaacacatgttgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagc 121  Q
    ||||||||||||| |||||||||  || | ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| | |||||| |    
T  38309009 tcatacaagtgaagactttcaaatgcaagctgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagttgagttcactctcatagacatgtctagatgcaaac 38308910  T
Q  122 gaactgaactgtcaataccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaatttt 221  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||||   ||||||||||| |||||||| |||||| ||    
T  38308909 gaacagaactatcaacaccaccaaccttttcaatgcactccttaaatttttccctgtgactctttgatcgcctcacaaacatgatgctctttctaatctt 38308810  T
Q  222 agacacgtcaccactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacataacaaa 321  Q
    | ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||    ||||||||||||||||||||||||||     
T  38308809 atacacggcaccactaactagtttacacccctcttcaacaatcagttttaaaacatgtgcaaaacaatgagcatgaaagaactctccatcacataacaac 38308710  T
Q  322 ccattttccaaaccaagatgagattgcaactgttcttgcaaaatgttgttcttaaatgagtcctctaaattgagagagaaaatctttttctctattcccc 421  Q
    ||||||||||||||||| ||||  | ||| |||| ||||| ||  || |||| |||||| || |||||| | |  || |||||||||||||||| |||||    
T  38308709 ccattttccaaaccaagttgagtcttcaattgttgttgcagaacattattctcaaatgaatcatctaaagtaaatgaaaaaatctttttctctactcccc 38308610  T
Q  422 aatcactcaa 431  Q
    ||||| ||||    
T  38308609 aatcattcaa 38308600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 20 - 458
Target Start/End: Original strand, 38850331 - 38850769
Alignment:
Q  20 catcatacaagtgaaaactttcaaacacatgttgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||    | ||||||||||| || || |||| || |||||||||  ||| | ||||||| || |||| ||| ||    
T  38850331 catcatacaagtgaaaactttcaaacgcacaccggtatttaagagctctttcaagcaacatataagttgaactcaaactcatagatatatccaaatgtaa 38850430  T
Q  120 gcgaactgaactgtcaataccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaatt 219  Q
    | |||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||     
T  38850431 gtgaaccgaactatcaacaccaccaaccttttcaaagcactccttaaatttttccctcctactctttgaatgcctcacaaacatgatactctctctgatc 38850530  T
Q  220 ttagacacgtcaccactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacataaca 319  Q
    |||  |||  |||  ||||||||||||||| | |||||||| ||| | ||||||||||||||| |||||| |   |||||||||||||||||||||||||    
T  38850531 ttatgcacaccacagctaactagttttaacgcttcttcaactatctgatttaaaacgcgtgcaaaacaattcacatgaaagaactctccatcacataaca 38850630  T
Q  320 aaccattttccaaaccaagatgagattgcaactgttcttgcaaaatgttgttcttaaatgagtcctctaaattgagagagaaaatctttttctctattcc 419  Q
    ||||||||| |||| |||| |||| || ||| |||||||||||||| |  |||| | |||| || || | | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38850631 aaccattttgcaaaacaagttgagttttcaattgttcttgcaaaatctcattctcagatgaatcatcaatagtgagagagaaaatctttttctctattcc 38850730  T
Q  420 ccaatcactcaaaaactcaaccattttctcacacatctc 458  Q
    ||||||| |||| |||||||||||| ||||||| |||||    
T  38850731 ccaatcattcaacaactcaaccattctctcacaaatctc 38850769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University