View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6661_low_1 (Length: 743)

Name: NF6661_low_1
Description: NF6661
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6661_low_1
NF6661_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (17-738)||(39312343-39313065)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 643; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 643; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 39313065 - 39312343
Alignment:
Q  17 atatttcagtactgttgatacattcagagattataatgacaccaccttgctcgttgtgggactaaattgacttatctggatggtaaatgtgttgatgata 116  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39313065 atatttcagtaatgttgatacattcagagattataatgacaccaccttgctcgttgtgggactaaattgacttatctggatggtaaatgtgctgatgata 39312966  T
Q  117 tatgtaaaaaatgtaggatgggacagaagtgcagcttaagtcagtggcattgcagaaatatgtatctgcagacaatgggggaggaatgaatgtgacagtt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39312965 tatgtaaaaaatgtaggatgggacagaagtgcagcttaagtcagtgaaattgcagaagtatgtatctgcagacaatgggggaggaatgaatgtgacagtt 39312866  T
Q  217 gacagggatgccccatcttcatgggaaacgttcagggtaagatctaaagttgctatggtcttctattttaattttctatccagcattatatgttgcaatg 316  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  39312865 gatagggatgccccatcttcatgggaaacattcagagtaagatctaaaattgccattgtcttctattttaattttctatccagcattatatgttgcaacg 39312766  T
Q  317 atttgattttttcagattaaggattatgtgtctaatt-gtcagtccatttcctgtgcttactttatccatttcacggtttcatacctaaatcagttgaat 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  39312765 atttgattttttcagattaaggattatgtgtctaatttgtcagtccatttcctgtgcttactttatccatttcacagtttcatacctaaatcagttgaat 39312666  T
Q  416 ttctgaatgtataaacgttgttgattgtgaacttcaatatcattctaatttgaagttgttagagtgatgtgtgaagaacttgaagttttataaaaagatt 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39312665 ttctgaatgtataaacgttgttgattgtgaacttcaatatgattctaatttgaagttgttagagtgatgtgtgaagaacttgaagttttataaaaagatt 39312566  T
Q  516 gacctttttactgttgcagttgtggagagtatctgaatctgaatttcaattccgtaccaatcaaggcccatttcttacatgtgatggtggaggctgcact 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39312565 gacctttttactgttgcagttgtggagagtatctgaatctgaatttcaattccgtaccaatcaaggcccatttcttacatgtgatggtggaggctgcact 39312466  T
Q  616 gtctctgcaacagcaaaatcgccttcaacgtctgagacatttgaagttaagcgtaacgagaaaaataaggttcacatcaagataaagaatggaccctatc 715  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39312465 gtctctgcaacagcaaaatcaccttcaacgtctgagatatttgaagttaagcgtaacgagaaaaataaggttcacatcaagataaaggatggaccctatc 39312366  T
Q  716 tgcaggtatttatccctttgctt 738  Q
    ||||||||||||||| |||||||    
T  39312365 tgcaggtatttatccttttgctt 39312343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University