View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6661_low_2 (Length: 740)

Name: NF6661_low_2
Description: NF6661
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6661_low_2
NF6661_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (17-725)||(46229083-46229794)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 650; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 650; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 725
Target Start/End: Original strand, 46229083 - 46229794
Alignment:
Q  17 catgcaagctatctataccattaagcttcattctatctatcccttatccnnnnnnnn---tcacccgaaattagatcagccatgaaaattaaattggcta 113  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  46229083 catgcaagctatctatacctttaagcttcattctatctatcccttatccaaaaaaaaaaatcacccgaaattagatcaaccatgaaaattaaattggcta 46229182  T
Q  114 cggccttaatactttgctctgcaattttcatgagcatgagcaacgccactgatccatgtgcatctcaaccagatgactccgatctcaacgtaattcccat 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46229183 cggccttaatactttgctctgcaattttcatgagcatgagcaatgccactgatccatgtgcatctcaaccagatgactccgatctcaacgtaattcccat 46229282  T
Q  214 gtatggaaaatgctcaccattcaacccacaaaaaacagactcatgggacaatagagtcctaaacatggcctccaaagatccagccagaatgagctatcta 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46229283 gtatggaaaatgctcaccattcaacccacaaaaaacagactcatgggacaatagagtcctaaacatggcctccaaagatccagccagaatgagctatcta 46229382  T
Q  314 tcctctttagtagcccaaaagactgtctcttcggccccaattgcttcgggccaggccttcaacattggcaactacatagtccgtgttaaaatcggaacac 413  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46229383 tcctctttagtagcccaaaagaccgtctcttcggccccaattgcttcgggccaggccttcaacattggcaactacatagtccgtgttaaaatcggaacac 46229482  T
Q  414 ccggtcaactcctcttcatggtccttgacacaagcaccgacgaggcttttatccctagctctggctgcattggttgctccgcaacaactttctcgcccaa 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  46229483 ccggtcaactcctcttcatggtccttgacacaagcaccgacgaggcttttatccctagctctggctgcattggttgctccgcaacaactttctcacccaa 46229582  T
Q  514 tgcctccaccacttatgtgccattggagtgttccgttccacaatgcagtcaggtccgtgggctctcatgtccagccacgggctctggcgcatgttccttc 613  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46229583 tgcctccaccagttatgtgccattggagtgttccgttccacaatgcagtcaggtccgtgggctctcatgtccagccacgggctctggcgcatgttccttc 46229682  T
Q  614 aacaaatcttacgcaggttcgacttactctgccacacttgttcaagattcacttagattagctacggatgttatccctagctactcttttggatccatca 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46229683 aacaaatcttacgcaggttcgacttactctgccacacttgttcaagattcacttagattagctacggatgttatccctagctactcttttggatccatca 46229782  T
Q  714 atgctatctctg 725  Q
    ||||||||||||    
T  46229783 atgctatctctg 46229794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University