View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6665_low_1 (Length: 652)

Name: NF6665_low_1
Description: NF6665
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6665_low_1
NF6665_low_1
[»] scaffold0438 (3 HSPs)
scaffold0438 (20-637)||(12138-12740)
scaffold0438 (20-389)||(9024-9373)
scaffold0438 (20-67)||(12005-12052)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (20-637)||(26341977-26342579)
chr8 (20-637)||(26294646-26295248)
chr8 (20-637)||(26307903-26308505)
chr8 (20-67)||(26341844-26341891)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (427-546)||(33953516-33953627)
chr5 (544-637)||(33953380-33953479)
chr5 (19-68)||(33953647-33953696)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (339-503)||(1188678-1188847)
chr3 (365-486)||(147612-147733)
chr3 (248-320)||(8031884-8031956)
chr3 (315-401)||(1205737-1205823)
chr3 (370-471)||(1206321-1206421)
chr3 (63-124)||(1301795-1301856)
chr3 (306-398)||(5358800-5358891)
chr3 (339-400)||(1301246-1301307)
chr3 (427-496)||(1303207-1303276)
chr3 (315-382)||(1303309-1303376)
chr3 (315-384)||(1188107-1188176)
chr3 (452-496)||(1188205-1188249)
chr3 (196-253)||(8031972-8032028)
chr3 (62-114)||(1187758-1187810)
chr3 (252-282)||(5358917-5358947)
chr3 (63-116)||(482401-482454)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (570-635)||(43865743-43865808)


Alignment Details
Target: scaffold0438 (Bit Score: 434; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: scaffold0438
Description:

Target: scaffold0438; HSP #1
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 637
Target Start/End: Original strand, 12138 - 12740
Alignment:
Q  20 taatggtaatggaattgattttccttgaatgtatttacatgaatgtgtgtgtttgtttgcatgcatgcaacttgaatcgcatgaaagagtagcttgatag 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  12138 taatggtaatggaattgattttccttgaatgtatttacatgaatgtgtgtgtttgcttgcatgcatgcaacttgaatcgcatgaaagagtagctt----- 12232  T
Q  120 aattaacttatagacctcatagatgctctgcaactttaagatatgctcttgctcatgaannnnnnnnnnnnnnnnncttgaatcacaaagacagaagact 219  Q
                   ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||                 ||||||||||||||||||||||||    
T  12233 ---------------ctcatagatgctccgcaactttgagatatgctcttgctcattaatgtgtgtatgtgtgtgtcttgaatcacaaagacagaagact 12317  T
Q  220 tgtgcacaaaataaatcacacgtgcttaaattttaatcttgtgtctaattcctttgcatttttctagaatagtctcttgaatttattgctttgactttct 319  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  12318 tgtgcacaaaataaatcacatgtgcttaaattttaatcttgtgtataattcctttgcatttttctagaatagtctctagattttattgctttgactttct 12417  T
Q  320 gtttggtgtgtgagatgtagtccttaaattattgaagatattgtcaaaaggattaactttcttttttcttgatgatttatttatttatttggtaaactaa 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  12418 gtttggtgtgtgagatgtagtccttaaattattgaagatattgtcaaaaggattaactttcttttttcttgatgatttatttatttgtttggcaaactaa 12517  T
Q  420 aattgaa---cttgtttgagttcatgcaaggcctgtaatatgaatttgttggaaagttaatacaagttccttaacttaacagtgtgtaatttctttcaat 516  Q
    |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12518 aattgaacagcttgtttgagttcatgcaaggcctgtaatatgaatttgttggaaagttaatacaagttccttaacttaacagtgtgtaatttctttcaat 12617  T
Q  517 tgaaaccagctcgtcgtctctttggacaacatggtgaaggatacagaagtttttcaaagtatcgatgcat--ttacaagaacacttttgcttatttctct 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12618 tgaaaccagctcgtcgtctctttggacaacatggtgaacgatacagaagtttttcaaagtatggatgcattattacaagaacacttttgcttatttctct 12717  T
Q  615 acttgctagacttatttatgggt 637  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  12718 acttgctagacttatttatgggt 12740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0438; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 20 - 389
Target Start/End: Original strand, 9024 - 9373
Alignment:
Q  20 taatggtaatggaattgattttccttgaatgtatttacatgaatgtgtgtgtttgtttgcatgcatgcaacttgaatcgcatgaaagagtagcttgatag 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  9024 taatggtaatggaattgattttccttgaatgtatttacatgaatgtgtgtgtttgtttgcatgcatgcaacttgaatcgcatgaaagagtagctt----- 9118  T
Q  120 aattaacttatagacctcatagatgctctgcaactttaagatatgctcttgctcatgaannnnnnnnnnnnnnnnncttgaatcacaaagacagaagact 219  Q
                   ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||                 ||||||||||||||||||||||||    
T  9119 ---------------ctcatagatgctccgcaactttgagatatgctcttgctcattaatgtgtgtatgtgtgtgtcttgaatcacaaagacagaagact 9203  T
Q  220 tgtgcacaaaataaatcacacgtgcttaaattttaatcttgtgtctaattcctttgcatttttctagaatagtctcttgaatttattgctttgactttct 319  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  9204 tgtgcacaaaataaatcacatgtgcttaaattttaatcttgtgtataattcctttgcatttttctagaatagtctctagattttattgctttgactttct 9303  T
Q  320 gtttggtgtgtgagatgtagtccttaaattattgaagatattgtcaaaaggattaactttcttttttctt 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9304 gtttggtgtgtgagatgtagtccttaaattattgaagatattgtcaaaaggattaacgttcttttttctt 9373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0438; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 20 - 67
Target Start/End: Original strand, 12005 - 12052
Alignment:
Q  20 taatggtaatggaattgattttccttgaatgtatttacatgaatgtgt 67  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12005 taatggtaatggaattgattttccttgaatgtatttacatgaatgtgt 12052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 434; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 637
Target Start/End: Original strand, 26341977 - 26342579
Alignment:
Q  20 taatggtaatggaattgattttccttgaatgtatttacatgaatgtgtgtgtttgtttgcatgcatgcaacttgaatcgcatgaaagagtagcttgatag 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  26341977 taatggtaatggaattgattttccttgaatgtatttacatgaatgtgtgtgtttgcttgcatgcatgcaacttgaatcgcatgaaagagtagctt----- 26342071  T
Q  120 aattaacttatagacctcatagatgctctgcaactttaagatatgctcttgctcatgaannnnnnnnnnnnnnnnncttgaatcacaaagacagaagact 219  Q
                   ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||                 ||||||||||||||||||||||||    
T  26342072 ---------------ctcatagatgctccgcaactttgagatatgctcttgctcattaatgtgtgtatgtgtgtgtcttgaatcacaaagacagaagact 26342156  T
Q  220 tgtgcacaaaataaatcacacgtgcttaaattttaatcttgtgtctaattcctttgcatttttctagaatagtctcttgaatttattgctttgactttct 319  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  26342157 tgtgcacaaaataaatcacatgtgcttaaattttaatcttgtgtataattcctttgcatttttctagaatagtctctagattttattgctttgactttct 26342256  T
Q  320 gtttggtgtgtgagatgtagtccttaaattattgaagatattgtcaaaaggattaactttcttttttcttgatgatttatttatttatttggtaaactaa 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  26342257 gtttggtgtgtgagatgtagtccttaaattattgaagatattgtcaaaaggattaactttcttttttcttgatgatttatttatttgtttggcaaactaa 26342356  T
Q  420 aattgaa---cttgtttgagttcatgcaaggcctgtaatatgaatttgttggaaagttaatacaagttccttaacttaacagtgtgtaatttctttcaat 516  Q
    |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26342357 aattgaacagcttgtttgagttcatgcaaggcctgtaatatgaatttgttggaaagttaatacaagttccttaacttaacagtgtgtaatttctttcaat 26342456  T
Q  517 tgaaaccagctcgtcgtctctttggacaacatggtgaaggatacagaagtttttcaaagtatcgatgcat--ttacaagaacacttttgcttatttctct 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26342457 tgaaaccagctcgtcgtctctttggacaacatggtgaacgatacagaagtttttcaaagtatggatgcattattacaagaacacttttgcttatttctct 26342556  T
Q  615 acttgctagacttatttatgggt 637  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  26342557 acttgctagacttatttatgggt 26342579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 637
Target Start/End: Original strand, 26294646 - 26295248
Alignment:
Q  20 taatggtaatggaattgattttccttgaatgtatttacatgaatgtgtgtgtttgtttgcatgcatgcaacttgaatcgcatgaaagagtagcttgatag 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  26294646 taatggtaatggaattgattttccttgaatgtatttacatgaatgtgtgtgtttgtttgcatgcatgcaacttgaatcgcatgaaagagtagctt----- 26294740  T
Q  120 aattaacttatagacctcatagatgctctgcaactttaagatatgctcttgctcatgaannnnnnnnnnnnnnnnncttgaatcacaaagacagaagact 219  Q
                   ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||                 ||||||||||||||||||||||||    
T  26294741 ---------------ctcatagatgctccgcaactttgagatatgctcttgctcattaatgtgtgtatgtgtgtgtcttgaatcacaaagacagaagact 26294825  T
Q  220 tgtgcacaaaataaatcacacgtgcttaaattttaatcttgtgtctaattcctttgcatttttctagaatagtctcttgaatttattgctttgactttct 319  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  26294826 tgtgcacaaaataaatcacatgtgcttaaattttaatcttgtgtataattcctttgcatttttctagaatagtctctagattttattgctttgactttct 26294925  T
Q  320 gtttggtgtgtgagatgtagtccttaaattattgaagatattgtcaaaaggattaactttcttttttcttgatgatttatttatttatttggtaaactaa 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  26294926 gtttggtgtgtgagatgtagtccttaaattattgaagatattgtcaaaaggattaacgttcttttttcttgatgatttatttatttgtttggcaaactaa 26295025  T
Q  420 aattgaa---cttgtttgagttcatgcaaggcctgtaatatgaatttgttggaaagttaatacaagttccttaacttaacagtgtgtaatttctttcaat 516  Q
    |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26295026 aattgaacagcttgtttgagttcatgcaaggcctgtaatatgaatttgttggaaagttaatacaagttccttaacttaacagtgtgtaatttctttcaat 26295125  T
Q  517 tgaaaccagctcgtcgtctctttggacaacatggtgaaggatacagaagtttttcaaagtatcgatgcat--ttacaagaacacttttgcttatttctct 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26295126 tgaaaccagctcgtcgtctctttggacaagatggtgaaggataccgaagtttttcaaagtatggatgcattattacaagaacacttttgcttatttctct 26295225  T
Q  615 acttgctagacttatttatgggt 637  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  26295226 acttgctagacttatttatgggt 26295248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 637
Target Start/End: Original strand, 26307903 - 26308505
Alignment:
Q  20 taatggtaatggaattgattttccttgaatgtatttacatgaatgtgtgtgtttgtttgcatgcatgcaacttgaatcgcatgaaagagtagcttgatag 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  26307903 taatggtaatggaattgattttccttgaatgtatttacatgaatgtgtgtgtttgtttgcatgcatgcaacttgaatcgcatgaaagagtagctt----- 26307997  T
Q  120 aattaacttatagacctcatagatgctctgcaactttaagatatgctcttgctcatgaannnnnnnnnnnnnnnnncttgaatcacaaagacagaagact 219  Q
                   ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||                 ||||||||||||||||||||||||    
T  26307998 ---------------ctcatagatgctccgcaactttgagatatgctcttgctcattaatgtgtgtatgtgtgtgtcttgaatcacaaagacagaagact 26308082  T
Q  220 tgtgcacaaaataaatcacacgtgcttaaattttaatcttgtgtctaattcctttgcatttttctagaatagtctcttgaatttattgctttgactttct 319  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  26308083 tgtgcacaaaataaatcacatgtgcttaaattttaatcttgtgtataattcctttgcatttttctagaatagtctctagattttattgctttgactttct 26308182  T
Q  320 gtttggtgtgtgagatgtagtccttaaattattgaagatattgtcaaaaggattaactttcttttttcttgatgatttatttatttatttggtaaactaa 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  26308183 gtttggtgtgtgagatgtagtccttaaattattgaagatattgtcaaaaggattaacgttcttttttcttgatgatttatttatttgtttggcaaactaa 26308282  T
Q  420 aattgaa---cttgtttgagttcatgcaaggcctgtaatatgaatttgttggaaagttaatacaagttccttaacttaacagtgtgtaatttctttcaat 516  Q
    |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26308283 aattgaacagcttgtttgagttcatgcaaggcctgtaatatgaatttgttggaaagttaatacaagttccttaacttaacagtgtgtaatttctttcaat 26308382  T
Q  517 tgaaaccagctcgtcgtctctttggacaacatggtgaaggatacagaagtttttcaaagtatcgatgcat--ttacaagaacacttttgcttatttctct 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26308383 tgaaaccagctcgtcgtctctttggacaagatggtgaaggataccgaagtttttcaaagtatggatgcattattacaagaacacttttgcttatttctct 26308482  T
Q  615 acttgctagacttatttatgggt 637  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  26308483 acttgctagacttatttatgggt 26308505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 20 - 67
Target Start/End: Original strand, 26341844 - 26341891
Alignment:
Q  20 taatggtaatggaattgattttccttgaatgtatttacatgaatgtgt 67  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26341844 taatggtaatggaattgattttccttgaatgtatttacatgaatgtgt 26341891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 75; Significance: 3e-34; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 427 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 33953627 - 33953516
Alignment:
Q  427 cttgtttgagttcatgcaaggcctgtaatatgaatttgttggaaagttaatacaagttccttaacttaacagtgtgtaatttctttcaattgaaaccagc 526  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33953627 cttgtttgagttcatgcaaggcttgtaatatgaatttgtt--------aatacaagttccttaacttaacagtgtgtaatttctttcaattgaaaccagc 33953536  T
Q  527 tcgtcgtctctttggacaac 546  Q
    ||||   |||||||||||||    
T  33953535 tcgtgcactctttggacaac 33953516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 544 - 637
Target Start/End: Complemental strand, 33953479 - 33953380
Alignment:
Q  544 aacatggtgaaggatacagaagtttttcaaagtatcgat----gcatt--tacaagaacacttttgcttatttctctacttgctagacttatttatgggt 637  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33953479 aacatggtgaaggatacaaaagtttttcaaagtatcgatcgatgcattattacaagaacacttttgcttatttctctacttgctagacttatttatgggt 33953380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 33953696 - 33953647
Alignment:
Q  19 ataatggtaatggaattgattttccttgaatgtatttacatgaatgtgtg 68  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33953696 ataatgctaatggaattgattttccttgaatgtatttccatgaatgtgtg 33953647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 339 - 503
Target Start/End: Original strand, 1188678 - 1188847
Alignment:
Q  339 gtccttaaattattgaagatattgtcaaaaggattaactttcttttttcttgatgatttatttatttatttggtaaactaaaattgaac---ttgtttga 435  Q
    ||||||||| | ||||||| ||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |    |||||||||||| |||||   | ||||||    
T  1188678 gtccttaaacttttgaagaaattgtctgaacgattaactttcttttttcttgatgatttatttgtct----ggtaaactaaaaatgaacagctcgtttga 1188773  T
Q  436 gttcatgcaaggcctgtaatatgaatttgttggaaa-gttaatacaagttcc-----ttaacttaacagtgtgt 503  Q
    ||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||     |||||||||||||||||    
T  1188774 gttcatgcaaggccaataatgtgaatgtgttggaaaggttaatacaagttcctggaattaacttaacagtgtgt 1188847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 365 - 486
Target Start/End: Original strand, 147612 - 147733
Alignment:
Q  365 aaaaggattaactttctttttt-cttgatgatttatttatttatttggtaaactaaaattgaa---cttgtttgagttcatgcaaggcctgtaatatgaa 460  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| | |    |||||||||||| ||||   |||||||||||||||||| | ||| |||||||||    
T  147612 aaaaggattaactttatttttttcttgatgatttatttgtct----ggtaaactaaaaatgaaaagcttgtttgagttcatgcaggacctataatatgaa 147707  T
Q  461 tttgttggaaagttaatacaagttcc 486  Q
    |||||| |||||||||||||||||||    
T  147708 tttgtttgaaagttaatacaagttcc 147733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 248 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 8031956 - 8031884
Alignment:
Q  248 aattttaatcttgtgtctaattcctttgcatttttctagaatagtctcttgaatttattgctttgactttctg 320  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| ||||    
T  8031956 aattataatcttgtgtctaattcctttgcatttttctagaatagtcttgtgaatttatagctttgactgtctg 8031884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 315 - 401
Target Start/End: Original strand, 1205737 - 1205823
Alignment:
Q  315 tttctgtttggtgtgtgagatgtagtccttaaattattgaagatattgtcaaaaggattaactttcttttttcttgatgatttattt 401  Q
    |||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||    
T  1205737 tttctgtttggtatgtgagatatagaccttaaattattggagatattgtctgaaggattaaatttcttatttattgatgatttattt 1205823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 370 - 471
Target Start/End: Original strand, 1206321 - 1206421
Alignment:
Q  370 gattaactttcttttttcttgatgatttatttatttatttggtaaactaaaattgaac---ttgtttgagttcatgcaaggcctgtaatatgaatttgtt 466  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |    |||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||    
T  1206321 gattaactttcttttttcttgatgatttatttgtct----ggtaaactaaaaatgaacaacttgtttgagttcatgcaaggccaataatgtgaatgtgtt 1206416  T
Q  467 ggaaa 471  Q
    |||||    
T  1206417 ggaaa 1206421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 63 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 1301856 - 1301795
Alignment:
Q  63 tgtgtgtgtttgtttgcatgcatgcaacttgaatcgcatgaaagagtagcttgatagaatta 124  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||    
T  1301856 tgtgtgtgtttgtttgcatgcatacaacttgaatcacatgatagagtagcttgattgaatta 1301795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 306 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 5358891 - 5358800
Alignment:
Q  306 tgctttgactttctgtttggtgtgtgagatgtagtccttaaattattgaagatattgtcaaaaggattaactttcttttttcttgatgattta 398  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| ||| |  || ||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  5358891 tgctttgattttctgtttggtgtgtgagatatagtctttaaattgttgaagatgttg-ctgaatgattagctttctttgttcttgatgattta 5358800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 339 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 1301307 - 1301246
Alignment:
Q  339 gtccttaaattattgaagatattgtcaaaaggattaactttcttttttcttgatgatttatt 400  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1301307 gtccttaagttattgaagaaattgtctgaacgattaactttcttttttcttgatgatttatt 1301246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 427 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 1303276 - 1303207
Alignment:
Q  427 cttgtttgagttcatgcaaggcctgtaatatgaatttgttggaaagttaatacaagttccttaacttaac 496  Q
    |||||||| |||||||||| ||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1303276 cttgtttgtgttcatgcaaagctcataatttgaatttgttggaaagttaatacaagttcctgaacttaac 1303207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 315 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 1303376 - 1303309
Alignment:
Q  315 tttctgtttggtgtgtgagatgtagtccttaaattattgaagatattgtcaaaaggattaactttctt 382  Q
    |||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  1303376 tttctgtttggtatgtgagatatagaccttaaattattggagatattgtctgaaggattaaatttctt 1303309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 315 - 384
Target Start/End: Original strand, 1188107 - 1188176
Alignment:
Q  315 tttctgtttggtgtgtgagatgtagtccttaaattattgaagatattgtcaaaaggattaactttctttt 384  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| |||| |||||  ||||||||||||| ||||    
T  1188107 tttctgtttggtgtgtgagatctagaccttatattattggagatgttgtctgaaggattaactttttttt 1188176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 452 - 496
Target Start/End: Original strand, 1188205 - 1188249
Alignment:
Q  452 taatatgaatttgttggaaagttaatacaagttccttaacttaac 496  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1188205 taatctgaatttgttggaaagttaatacaagttcctgaacttaac 1188249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 196 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 8032028 - 8031972
Alignment:
Q  196 cttgaatcacaaagacagaagacttgtgcacaaaataaatcacacgtgcttaaatttt 253  Q
    |||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  8032028 cttgaatcacaa-gacaaaatacttgtgcacaaaataaatcatatgtgcttaaatttt 8031972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 62 - 114
Target Start/End: Original strand, 1187758 - 1187810
Alignment:
Q  62 atgtgtgtgtttgtttgcatgcatgcaacttgaatcgcatgaaagagtagctt 114  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  1187758 atgtgtgtgtttctttacatgcatgcaacttgtatcacatgatagagtagctt 1187810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 252 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 5358947 - 5358917
Alignment:
Q  252 ttaatcttgtgtctaattcctttgcattttt 282  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5358947 ttaatcttgtgtctaattcctttgcattttt 5358917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 63 - 116
Target Start/End: Original strand, 482401 - 482454
Alignment:
Q  63 tgtgtgtgtttgtttgcatgcatgcaacttgaatcgcatgaaagagtagcttga 116  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||| || |||| |||||||| ||||    
T  482401 tgtgtgtgtttgtgtgcatgcatgcatcttgagtcacatgtaagagtagtttga 482454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 570 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 43865808 - 43865743
Alignment:
Q  570 tcaaagtatcgatgcattt--acaagaacacttttgcttatttctctacttgctagacttatttatgg 635  Q
    ||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| ||||    
T  43865808 tcaaagtatggatgcattataacaagaacacttttgctcatttct--acttgctagacttattcatgg 43865743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University