View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6671_high_1 (Length: 454)

Name: NF6671_high_1
Description: NF6671
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6671_high_1
NF6671_high_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-449)||(8593296-8593730)
chr7 (1-449)||(29871150-29871598)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (1-449)||(19968469-19968917)
chr8 (1-449)||(21023892-21024340)
chr8 (280-439)||(6367471-6367630)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-449)||(20782711-20783159)
chr1 (1-449)||(29472713-29473161)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-449)||(26054329-26054777)
chr6 (1-449)||(26074382-26074830)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 314; Significance: 1e-177; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 8593730 - 8593296
Alignment:
Q  1 agtacttcaaacacacatccccatccttttggacatcttggaggaaaaataatttgatgctaaaatgctttgttttaccatgaaagacgtgatttttgga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8593730 agtacttcaaacacacatccccatccttttggacatctcggaggaaaaataatttgatgctaaaatgctttgttttaccatgaaagacatgatttttgga 8593631  T
Q  101 gatggcaatggttgcttggttgtccaccattacctcagtagtttccctttgttctaagtgcaaatcagttagaacttttcttagccacaatggctgatta 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8593630 gatggcaatggttgcatggttgtccaccattacctcagtagtttccctttgctctaagtgcaaatcagttagaacttttcttagccacaatgcctgatta 8593531  T
Q  201 acagcttttgtggctgcaatgaactctgcttcagctgttgattgtgcaacaatat-ttg-nnnnnnnnnaactccacgagaatatccctgttccataact 298  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||          |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8593530 acagctgttgtggctgcaa-gaactctgcttcagctgttgattgtgcaaccatatcttgttttttttttaactccacgagaatatccctgttccataact 8593432  T
Q  299 aaaacagtagcctgaagtgcttttcatgtcatctaaagatccgacccaatcactatctgagtaacctcgtaacttgaaattttccgatcgacataactta 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8593431 aaaacagtagcctgaagtgcttttcatgt---------------cccaatcactatctgagtaacctcgtaacttgaaattttccgatcgacataactta 8593347  T
Q  399 atgccaaaatataaggttcccttaacatacctcaacactctctctgctcct 449  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8593346 atgccaaaatttaaggttcccttaacatacctcaacactctctttgctcct 8593296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 1 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 29871598 - 29871150
Alignment:
Q  1 agtacttcaaacacacatccccatccttttggacatcttggaggaaaaataatttgatgctaaaatgctttgttttaccatgaaagacgtgatttttgga 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||    
T  29871598 agtacttcaaacacacatcaccatccttttggacatctctgaggaaaaataatttaatactaaaatgctttgttttaccaagaaagacaggatttttgga 29871499  T
Q  101 gatggcaatggttgcttggttgtccaccattacctcagtagtttccctttgttctaagtgcaaatcagttagaacttttcttagccacaatggctgatta 200  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  29871498 gatggcaatggctgcctggttgtccaccattacctcagtagtttccttttgctctaaatgtaaatcagttagaacttttcttagccacaaggcctgatta 29871399  T
Q  201 acagcttttgtggctgcaatgaactctgcttcagctgttgattgtgcaacaatatttgnnnnnnnnnaactccacgagaatatccctgttccataactaa 300  Q
    ||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |          ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||    
T  29871398 acagctgctgtggctgcaataaactctgcttcagctgttgattgtgcaacaatttcttgtttttttgaactccaagagaatatccctgtcccagaactaa 29871299  T
Q  301 aacagtagcctgaagtgcttttcatgtcatctaaagatccgacccaatcactatctgagtaacctcgtaacttgaaattttccgatcgacataacttaat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  29871298 aacagtagcctgaagtgcttttcatgtcatctaaagatcctgcccaatcactatcagagtaaccttgcaacttgaatttttccgatcgacagaacttaat 29871199  T
Q  401 gccaaaatataaggttcccttaacatacctcaacactctctctgctcct 449  Q
    |||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||    
T  29871198 gccataatttaaggttcccttgacatacctcaacactctttttgctcct 29871150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 19968917 - 19968469
Alignment:
Q  1 agtacttcaaacacacatccccatccttttggacatcttggaggaaaaataatttgatgctaaaatgctttgttttaccatgaaagacgtgatttttgga 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  19968917 agtacttcaaacacacatcaccatccttttggacatctctgaggaaaaataatttaatactaaaatgctttgttttaccatgaaagacaggatttttgga 19968818  T
Q  101 gatggcaatggttgcttggttgtccaccattacctcagtagtttccctttgttctaagtgcaaatcagttagaacttttcttagccacaatggctgatta 200  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  19968817 gatggcaatggctgcctggttgtccaccattacctcagtagtttccttttgctctaaatgtaaatcagttagaacttttcttagccacaaggcctgatta 19968718  T
Q  201 acagcttttgtggctgcaatgaactctgcttcagctgttgattgtgcaacaatatttgnnnnnnnnnaactccacgagaatatccctgttccataactaa 300  Q
    ||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |          ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||    
T  19968717 acagctgctgtggctgcaataaactctgcttcagctgttgattgtgcaacaatttcttgtttttttgaactccaagagaatatccctgtcccagaactaa 19968618  T
Q  301 aacagtagcctgaagtgcttttcatgtcatctaaagatccgacccaatcactatctgagtaacctcgtaacttgaaattttccgatcgacataacttaat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  19968617 aacagtagcctgaagtgcttttcatgtcatctaaagatcctgcccaatcactatcggagtaaccttgcaacttgaatttttccgatcgacagaacttaat 19968518  T
Q  401 gccaaaatataaggttcccttaacatacctcaacactctctctgctcct 449  Q
    |||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||    
T  19968517 gccataatttaaggttcccttgacatacctcaacactctttttgctcct 19968469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 449
Target Start/End: Original strand, 21023892 - 21024340
Alignment:
Q  1 agtacttcaaacacacatccccatccttttggacatcttggaggaaaaataatttgatgctaaaatgctttgttttaccatgaaagacgtgatttttgga 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  21023892 agtacttcaaacacacatcaccatccttttggacatctctgaggaaaaataatttaatactaaaatgctttgttttaccatgaaagacaggatttttgga 21023991  T
Q  101 gatggcaatggttgcttggttgtccaccattacctcagtagtttccctttgttctaagtgcaaatcagttagaacttttcttagccacaatggctgatta 200  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  21023992 gatggcaatggctgcctggttgtccaccattacctcagtagtttccttttgctctaaatgtaaatcagttagaacttttcttagccacaaggcctgatta 21024091  T
Q  201 acagcttttgtggctgcaatgaactctgcttcagctgttgattgtgcaacaatatttgnnnnnnnnnaactccacgagaatatccctgttccataactaa 300  Q
    ||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |          ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||    
T  21024092 acagctgctgtggctgcaataaactctgcttcagctgttgattgtgcaacaatttcttgtttttttgaactccaagagaatatccctgtcccagaactaa 21024191  T
Q  301 aacagtagcctgaagtgcttttcatgtcatctaaagatccgacccaatcactatctgagtaacctcgtaacttgaaattttccgatcgacataacttaat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  21024192 aacagtagcctgaagtgcttttcatgtcatctaaagatcctgcccaatcactatcagagtaaccttgcaacttgaatttttccgatcgacagaacttaat 21024291  T
Q  401 gccaaaatataaggttcccttaacatacctcaacactctctctgctcct 449  Q
    |||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||    
T  21024292 gccataatttaaggttcccttgacatacctcaacactctttttgctcct 21024340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 280 - 439
Target Start/End: Original strand, 6367471 - 6367630
Alignment:
Q  280 atatccctgttccataactaaaacagtagcctgaagtgcttttcatgtcatctaaagatccgacccaatcactatctgagtaacctcgtaacttgaaatt 379  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| || || || |||| ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||| | ||||||||| |    
T  6367471 atatccctgttccagaactaaaacagtagtctaaactgttttttatgtcatctaaagatcgtacccaatcactatcagagtaaccttgcaacttgaaaat 6367570  T
Q  380 ttccgatcgacataacttaatgccaaaatataaggttcccttaacatacctcaacactct 439  Q
    || | ||||| | |||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6367571 tttccatcgatagaacttaatgccataatttaaggttcccttgacatacctcaacactct 6367630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 449
Target Start/End: Original strand, 20782711 - 20783159
Alignment:
Q  1 agtacttcaaacacacatccccatccttttggacatcttggaggaaaaataatttgatgctaaaatgctttgttttaccatgaaagacgtgatttttgga 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  20782711 agtacttcaaacacacatcaccatccttttggacatctctgaggaaaaataatttaatactaaaatgctttgttttaccatgaaagacaggatttttgga 20782810  T
Q  101 gatggcaatggttgcttggttgtccaccattacctcagtagtttccctttgttctaagtgcaaatcagttagaacttttcttagccacaatggctgatta 200  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  20782811 gatggcaatggctgcctggttgtccaccattacctcagtagtttccttttgctctaaatgtaaatcagttagaacttttcttagccacaaggcctgatta 20782910  T
Q  201 acagcttttgtggctgcaatgaactctgcttcagctgttgattgtgcaacaatatttgnnnnnnnnnaactccacgagaatatccctgttccataactaa 300  Q
    ||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |          ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||    
T  20782911 acagctgctgtggctgcaataaactctgcttcagctgttgattgtgcaacaatttcttgtttttttgaactccaagagaatatccctgtcccagaactaa 20783010  T
Q  301 aacagtagcctgaagtgcttttcatgtcatctaaagatccgacccaatcactatctgagtaacctcgtaacttgaaattttccgatcgacataacttaat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  20783011 aacagtagcctgaagtgcttttcatgtcatctaaagatcctgcccaatcactatcagagtaaccttgcaacttgaatttttccgatcgacagaacttaat 20783110  T
Q  401 gccaaaatataaggttcccttaacatacctcaacactctctctgctcct 449  Q
    |||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||    
T  20783111 gccataatttaaggttcccttgacatacctcaacactctttttgctcct 20783159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 29473161 - 29472713
Alignment:
Q  1 agtacttcaaacacacatccccatccttttggacatcttggaggaaaaataatttgatgctaaaatgctttgttttaccatgaaagacgtgatttttgga 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  29473161 agtacttcaaacacacatcaccatccttttggacatctctgaggaaaaataatttaatactaaaatgctttgttttaccatgaaagacaggatttttgga 29473062  T
Q  101 gatggcaatggttgcttggttgtccaccattacctcagtagtttccctttgttctaagtgcaaatcagttagaacttttcttagccacaatggctgatta 200  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  29473061 gatggcaatggctgcctggttgtccaccattacctcagtagtttccttttgctctaaatgtaaatcagttagaacttttcttagccacaaggcctgatta 29472962  T
Q  201 acagcttttgtggctgcaatgaactctgcttcagctgttgattgtgcaacaatatttgnnnnnnnnnaactccacgagaatatccctgttccataactaa 300  Q
    ||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |          ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||    
T  29472961 acagctgctgtggctgcaataaactctgcttcagctgttgattgtgcaacaatttcttgtttttttgaactccaagagaatatccctgtcccagaactaa 29472862  T
Q  301 aacagtagcctgaagtgcttttcatgtcatctaaagatccgacccaatcactatctgagtaacctcgtaacttgaaattttccgatcgacataacttaat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  29472861 aacagtagcctgaagtgcttttcatgtcatctaaagatcctgcccaatcactatcagagtaaccttgcaacttgaatttttccgatcgacagaacttaat 29472762  T
Q  401 gccaaaatataaggttcccttaacatacctcaacactctctctgctcct 449  Q
    |||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||    
T  29472761 gccataatttaaggttcccttgacatacctcaacactctttttgctcct 29472713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 1 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 26054777 - 26054329
Alignment:
Q  1 agtacttcaaacacacatccccatccttttggacatcttggaggaaaaataatttgatgctaaaatgctttgttttaccatgaaagacgtgatttttgga 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||    
T  26054777 agtacttcaaacacacatcaccatccttttgaacatctctgaggaaaaataatttaatactaaaatgctttgttttaccatgaaaaacaggatttttgga 26054678  T
Q  101 gatggcaatggttgcttggttgtccaccattacctcagtagtttccctttgttctaagtgcaaatcagttagaacttttcttagccacaatggctgatta 200  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  26054677 gatggcaatggctgcctggttgttcaccattacctcagtagtttccttttgctctaagtgcaaatcagttagaacttttcttagccacaaggcctgatta 26054578  T
Q  201 acagcttttgtggctgcaatgaactctgcttcagctgttgattgtgcaacaatatttgnnnnnnnnnaactccacgagaatatccctgttccataactaa 300  Q
    ||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |          ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||    
T  26054577 acagctgctgtggctgcaataaactctgcttcagctgttgattgtgcaacaatttcttgtttttttgaactccaagagaatatccctgtcccagaactaa 26054478  T
Q  301 aacagtagcctgaagtgcttttcatgtcatctaaagatccgacccaatcactatctgagtaacctcgtaacttgaaattttccgatcgacataacttaat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  26054477 aacagtagcctgaagtgcttttcatgtcatctaaagatcctgcccaatcactatcagagtaaccttgcaacttgaatttttccgatcgacagaacttaat 26054378  T
Q  401 gccaaaatataaggttcccttaacatacctcaacactctctctgctcct 449  Q
    |||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||    
T  26054377 gccataatttaaggttcccttgacatacctcaacactctttttgctcct 26054329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 1 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 26074830 - 26074382
Alignment:
Q  1 agtacttcaaacacacatccccatccttttggacatcttggaggaaaaataatttgatgctaaaatgctttgttttaccatgaaagacgtgatttttgga 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||    
T  26074830 agtacttcaaacacacatcaccatccttttgaacatctctgaggaaaaataatttaatactaaaatgctttgttttaccatgaaaaacaggatttttgga 26074731  T
Q  101 gatggcaatggttgcttggttgtccaccattacctcagtagtttccctttgttctaagtgcaaatcagttagaacttttcttagccacaatggctgatta 200  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  26074730 gatggcaatggctgcctggttgttcaccattacctcagtagtttccttttgctctaagtgcaaatcagttagaacttttcttagccacaaggcctgatta 26074631  T
Q  201 acagcttttgtggctgcaatgaactctgcttcagctgttgattgtgcaacaatatttgnnnnnnnnnaactccacgagaatatccctgttccataactaa 300  Q
    ||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |          ||||||| |||||||||||| | ||| ||||||    
T  26074630 acagctgctgtggctgcaataaactctgcttcagctgttgattgtgcaacaatttcttgtttttttgaactccaagagaatatccctatcccagaactaa 26074531  T
Q  301 aacagtagcctgaagtgcttttcatgtcatctaaagatccgacccaatcactatctgagtaacctcgtaacttgaaattttccgatcgacataacttaat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  26074530 aacagtagcctgaagtgcttttcatgtcatctaaagatcctgcccaatcactatcagagtaaccttgcaacttgaatttttccgatcgacagaacttaat 26074431  T
Q  401 gccaaaatataaggttcccttaacatacctcaacactctctctgctcct 449  Q
    |||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||    
T  26074430 gccataatttaaggttcccttgacatacctcaacactctttttgctcct 26074382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University