View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6677_2D_low_9 (Length: 440)

Name: NF6677_2D_low_9
Description: NF6677_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6677_2D_low_9
NF6677_2D_low_9
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (2-421)||(2320419-2320839)
chr2 (2-421)||(2302718-2303138)
chr2 (7-387)||(2330022-2330403)
chr2 (2-421)||(2309430-2309856)
chr2 (2-421)||(2293099-2293525)
chr2 (10-382)||(2326312-2326685)
chr2 (2-421)||(2350288-2350714)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (95-376)||(41126345-41126626)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 2320839 - 2320419
Alignment:
Q  2 tcaaaaactcctcccatcggttacgcaacaaaatccttgtacctttcggccaaaa-ttcagtatattgaatctgctaatattcaatagaattgtcctttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2320839 tcaaaaactcctcccatcggttacgcaacaaaatccttgtacctttcggccaaaaattcagtatattgaatctgctaatattcaacagaattgtcctttg 2320740  T
Q  101 tacacgctcaatatcactgattttctcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaacc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||    
T  2320739 tacacgctcaatatcactgattttctcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaatacagcataacgaaagtgagaaacgacc 2320640  T
Q  201 gtaacagaatctgcagattccgatgcagttttgagacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggat 300  Q
    |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2320639 gtaatagaatcctcagattccgatgcagttttgagacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggat 2320540  T
Q  301 gaagcatctcggaagcaaggttacgacggagggtacgccatgttgggccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggacaacattatggaagt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2320539 gaagcatctcggaagcaaggttacgacggagggtacgccatgttgggccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggacaacattatggaagt 2320440  T
Q  401 aggaagagctctggggcgatc 421  Q
    ||||||||||  |||||||||    
T  2320439 aggaagagctacggggcgatc 2320419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 2303138 - 2302718
Alignment:
Q  2 tcaaaaactcctcccatcggttacgcaacaaaatccttgtacctttcggcca-aaattcagtatattgaatctgctaatattcaatagaattgtcctttg 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| || | ||||||| ||||    
T  2303138 tcaaaaactccttccatcggttacgcaacaaaatccttgtaactttcggccagaaattcagtatattgaatctgccgatatttaacataattgtcatttg 2303039  T
Q  101 tacacgctcaatatcactgattttctcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaacc 200  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2303038 cacacgctcaatatcactgatattctcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaagctaaacatagcataacgaaagggagaaacaacc 2302939  T
Q  201 gtaacagaatctgcagattccgatgcagttttgagacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggat 300  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2302938 gtgacagaatctgcagattccgatgcggttttgagacggttgatgagagtgtgtaacacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggaaggat 2302839  T
Q  301 gaagcatctcggaagcaaggttacgacggagggtacgccatgttgggccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggacaacattatggaagt 400  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2302838 gaagtatctcggaagcaaggttacgacggagggtacgccatgttgggccataaaaaccggagctgatgttgtgttggttgctggacaacattttggaagt 2302739  T
Q  401 aggaagagctctggggcgatc 421  Q
    ||||| |||| | ||||||||    
T  2302738 aggaaaagctttagggcgatc 2302718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 7 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 2330403 - 2330022
Alignment:
Q  7 aactcctcccatcggttacgcaacaaaatccttgtacctttcggcca-aaattcagtatattgaatctgctaatattcaatagaattgtcctttgtacac 105  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||    
T  2330403 aactcatcccatcgtttacgcaacaaaatccttgtaactttcggccagaaattcagtatattaaatctgctaaaattcaacagaatcgtcctttgtacac 2330304  T
Q  106 gctcaatatcactgattttctcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaaccgtaac 205  Q
    ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2330303 gctcaatatcgttaattttctcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaatacagcataacgaaagtgagaaacgaccgtaac 2330204  T
Q  206 agaatctgcagattccgatgcagttttgagacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagc 305  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||||||||||||||||| ||||| |||||| | || ||||||||||||    
T  2330203 agaatcctcagattccgatgcagttttgagacggttgatgagagtctgcagaacccacttccgaatttcagagaatgatttgatcttagatggatgaagc 2330104  T
Q  306 atctcggaagcaaggttacgacggagggtacgccatgttgggccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggaca 387  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  2330103 atctcggaggcgaggttacgacggagagtacgccatgttggtccataaaaagcggagctgatattgtgctggttgctggaca 2330022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 2 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 2309856 - 2309430
Alignment:
Q  2 tcaaaaactcctcccatcggttacgcaacaaaatccttgtacctttcggcca-aaattcagtatattgaatctgctaatattcaatagaattgtcctttg 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||| || ||| || | |||  |||||||    
T  2309856 tcaaaaactcctcccattggttacgcgacaaaatccttgtaactttcggccagaaattcagtttattgaatctgccaaaatttaacataatcttcctttg 2309757  T
Q  101 tacacgctcaatatcactgattttctcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaacc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    ||||| |  | ||||    
T  2309756 tacacgctcaatatcactgattttctcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaagagaacatagcatatttgaagtgtggcataacc 2309657  T
Q  201 gtaacagaatctg------cagattccgatgcagttttgagacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttgg 294  Q
     ||| |||||| |      | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||    
T  2309656 ttaatagaatccgttggttccgattctgatgcagttttgagacggttgatgagagtgcgtaagacccacttctgaatttctgagaacgatttgagtttgg 2309557  T
Q  295 atggatgaagcatctcggaagcaaggttacgacggagggtacgccatgttgggccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggacaacattat 394  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2309556 atggatgaagcatctcgaaagcaaggttacgacggagggtacgccatgttgggccataaaaagcggtgttgatgttgtgttggttgctggacaacatttt 2309457  T
Q  395 ggaagtaggaagagctctggggcgatc 421  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||    
T  2309456 ggaagtaggaagagctgtagggcgatc 2309430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 2 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 2293525 - 2293099
Alignment:
Q  2 tcaaaaactcctcccatcggttacgcaacaaaatccttgtacctttcggccaaaa-ttcagtatattgaatctgctaatattcaatagaattgtcctttg 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||| |||||||||||| || ||| || | |||  |||||||    
T  2293525 tcaaaaactcctcccattggttacgcaacaaaatccttgtaactttcggccagaagttcagtttattgaatctgccaaaatttaacataatcttcctttg 2293426  T
Q  101 tacacgctcaatatcactgattttctcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaacc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    ||||| |  | ||||    
T  2293425 tacacgctcaatatcactgattttctcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaagagaacatagcatatttgaagtgtggcataacc 2293326  T
Q  201 gtaacagaatctg------cagattccgatgcagttttgagacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttgg 294  Q
     ||| |||||| |      | ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  2293325 ttaatagaatccgttagttccgattctgatgcagttttgagacgattgatgagagtgcgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttgagtttgg 2293226  T
Q  295 atggatgaagcatctcggaagcaaggttacgacggagggtacgccatgttgggccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggacaacattat 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2293225 atggatgaagcatctcggaagcaaggttacgacgaagggtacgccatgttgggccataataagcggtgttgatgttgtgttggttgctggacaacatttt 2293126  T
Q  395 ggaagtaggaagagctctggggcgatc 421  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||    
T  2293125 ggaagtaggaagagctgtagggcgatc 2293099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 10 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 2326685 - 2326312
Alignment:
Q  10 tcctcccatcggttacgcaacaaaatccttgtacctttcggcca-aaattcagtatattgaatctgctaatattcaatagaattgtcctttgtacacgct 108  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||| || | |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||  ||||| | || |||||||||||||||||    
T  2326685 tcctcccattgtttacgcaacaaaatccatgcaacttttggccagaaatgcagtatattgaatctgctaaccttcaacaaaagtgtcctttgtacacgct 2326586  T
Q  109 caatatcactgattttctcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaaccgtaacaga 208  Q
    |||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| | || ||| |||||| |    
T  2326585 caatatcattaattttttcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacagaacatagcataatgaaagtgtggaataactgtaacata 2326486  T
Q  209 atctgcagattccgatgcagttttgagacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatc 308  Q
    ||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||    
T  2326485 atctgtagattctgatgcaattttgagacggttgatgagagtgtgtagaacccacttccgaatttcagagaatgatttgatcttggatggatgaagcatc 2326386  T
Q  309 tcggaagcaaggttacgacggagggtacgccatgttgggccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgct 382  Q
    || || || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  2326385 tcagaggcgaggttacgacggagggtacaccatgttgggccataaaaagcggcgctgatgttgtgctggttgct 2326312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 2 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 2350714 - 2350288
Alignment:
Q  2 tcaaaaactcctcccatcggttacgcaacaaaatccttgtacctttcggcca-aaattcagtatattgaatctgctaatattcaatagaattgtcctttg 100  Q
    |||| ||||| |||||||| || |  ||||||||||  ||| |||| ||||| ||||| | |||||||||| || ||| | |||| ||||||||||||||    
T  2350714 tcaacaactcttcccatcgtttgcaaaacaaaatccgagtaacttttggccagaaatttattatattgaatttgttaacactcaacagaattgtcctttg 2350615  T
Q  101 tacacgctcaatatcactgattttctcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaacc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    ||||| |  | |||     
T  2350614 tacacgctcaatatcactgattttctcatcattaactctttcaccaaaacacatgaaaacaagtaaacagaacatagcatagttgaagtgtggcataact 2350515  T
Q  201 gtaacagaatctgcagattcc------gatgcagttttgagacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttgg 294  Q
     ||| | |||| || | ||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||| | || |    
T  2350514 ttaatataatcagctgtttccaattcggatgcagttttgagacggttgatgagagtgtgtaggacccacttacggatttctgagaaagatttgatcttag 2350415  T
Q  295 atggatgaagcatctcggaagcaaggttacgacggagggtacgccatgttgggccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggacaacattat 394  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |    
T  2350414 atggatgaagcatctcagaagcaaggtttcgacggagggcacgccatgttgcaccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggagatgatttt 2350315  T
Q  395 ggaagtaggaagagctctggggcgatc 421  Q
    ||  || ||||||||||| ||||||||    
T  2350314 ggcggtgggaagagctctagggcgatc 2350288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 46; Significance: 4e-17; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 95 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 41126626 - 41126345
Alignment:
Q  95 cctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaa 194  Q
    |||||||||| | || || || |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||  ||| |||   |    
T  41126626 cctttgtacaagttcgatgtcgctgattttatcatcattaactcgttcaccaaaacacataaaaacgagtaagcaaaacattgcatattgaaggtggtca 41126527  T
Q  195 acaaccgtaacagaatctgcagattccgatgcagttttgagacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttgg 294  Q
    |||||  | |  ||||| |  ||||| || |    ||| ||||||| || ||| || || ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||     |    
T  41126526 acaactttgatcgaatcagtggattctgaagataatttaagacggtcgaggagggtttgcaagacccacttgcgaatttcggagaaggacttggcacgag 41126427  T
Q  295 atggatgaagcatctcggaagcaaggttacgacggagggtacgccatgttgggccataaaaagcggagctgatgttgtgttg 376  Q
    |||| ||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||| |||| | | ||||| |||||||    
T  41126426 atgggtgaagcatctcagcggcaaggttacgacgtagggtacgccatgtagctccataagaagcagtgttgatggtgtgttg 41126345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University