View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6677_low_1 (Length: 894)

Name: NF6677_low_1
Description: NF6677
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6677_low_1
NF6677_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (17-878)||(38919075-38919936)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 833; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 833; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 878
Target Start/End: Original strand, 38919075 - 38919936
Alignment:
Q  17 acaacaaaaacttcatagactgcaatgacgaaggaatcccttacatagaaacaaaaatcacaaactacaatctcaaagacattattcaaaatccaatccc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919075 acaacaaaaacttcatagactgcaatgacgaaggaatcccttacatagaaacaaaaatcacaaactacaatctcaaagacattattcaaaatccaatccc 38919174  T
Q  117 aaatgaactcaaccgtttgattccatttcaacttgacgatatcacaaacatcgcttttggtattcaactcaannnnnnnagctgtggtggaattgcaatc 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  38919175 aaatgaactcaaccgtttgattccatttcaacttgacgatatcacaaacatcgctttcggtattcaactcaatttttttagctgtggtggaattgcaatc 38919274  T
Q  217 ggtgcttgtctttcacatcaaatagctgatggtttatcatttttcaatttcctcaatagttgggcaaatattactagaaaattgatttttccaaaaccta 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919275 ggtgcttgtctttcacatcaaatagctgatggtttatcatttttcaatttcctcaatagttgggcaaatattactagaaaattgatttttccaaaaccta 38919374  T
Q  317 tttttgattcttctaagcttttcccgcccaaaaatatttcgggatttgaccctagaagtggtatcgccaaagaaaatatagtttgcaaaatttttgtttt 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919375 tttttgattcttctaagcttttcccgcccaaaaatatttcgggatttgaccctagaagtggtatcgccaaagaaaatatagtttgcaaaatttttgtttt 38919474  T
Q  417 taatgctgacgtggttgaaaatctaagagcaaaatatattaattttaatcctacacgcgttgaggctttatcggcttttatttggagtcgttatgttgat 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919475 taatgctgacgtggttgaaaatctaagagcaaaatatattaattttaatcctacacgcgttgaggctttatcggcttttatttggagtcgttatgttgat 38919574  T
Q  517 gttatttataatgatggtgtgcaaagaaactatggtgtggttcatgcggtgaatttgcgccaaaaaatggaaccatcattacctttagaatcgtttggta 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38919575 gttatttataatgatggtgtgcaaagaaactatggtgtggttcatgcggtgaatttgcgccaaaaaatggaaccaccattacctttagaatcgtttggta 38919674  T
Q  617 actatttgcgatttacaataacgattccgaagatgaatagtggagaagagtgttacgggttagcgaagcaagtgagagatgagataaagaagattgataa 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919675 actatttgcgatttacaataacgattccgaagatgaatagtggagaagagtgttacgggttagcgaagcaagtgagagatgagataaagaagattgataa 38919774  T
Q  717 agaatatgtgaagaaggttcaagaaggtaaggagcatttggaatttcttaaggaaagttttgatagagtgattgtgaaggaggaattggttgtgtttaat 816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919775 agaatatgtgaagaaggttcaagaaggtaaggagcatttggaatttcttaaggaaagttttgatagagtgattgtgaaggaggaattggttgtgtttaat 38919874  T
Q  817 tttaccagtttgtgtaggtttcctttgtatgatgctgattttggttgggggaaacctatttg 878  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38919875 tttaccagtttgtgtaggtttcctttgtatgatgctgattttggttgggggaaacctatttg 38919936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University