View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6687_2D_low_1 (Length: 1085)

Name: NF6687_2D_low_1
Description: NF6687_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6687_2D_low_1
NF6687_2D_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (41-1063)||(56031676-56032701)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 708; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 708; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 1063
Target Start/End: Complemental strand, 56032701 - 56031676
Alignment:
Q  41 attttgagttgtttaagaacctggttgaatgttttaaattttttaaatgcattttatttcaatgattacgtgttaaaaaagatggcaagtcgatttgagg 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56032701 attttgagttgtttaagaacctggttgaatgttttaaattttttaaatgcattttatttcaatgattacgtgttaaaaaagatggcaagtcgatttgagg 56032602  T
Q  141 aaatgcgtttgtaacttggnnnnnnnnnnacaaaataagagaagcttttttcttcttcttatcaaagataaactcttcaattataatttttaaggttaaa 240  Q
    |||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  56032601 aaatgcgtttgtaacttggttttttttt-acaaaataagagaagcttttttcttcttcttatcaa-gataaactcttcaattttaatttttaaggttaaa 56032504  T
Q  241 tctatagtagacgactctactgtgaggggtgcacactgtggatcacaacacgaattcctcaacgacttcaacaaatttttgattgatttttcttgaaacc 340  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  56032503 tctatagtagacgagtctactgtgaggggtgcacactgtggatcacaacacgaattcctcaacgacttcaacaaattttcgattgatttttcttgaaacc 56032404  T
Q  341 taaacttataaaaggatccttgcgaggagcttgaccgtcatcatcctctgccccgcttcataaacatatattgtgtcacatagatagata--------ta 432  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||        ||    
T  56032403 taaacttataaaaggatccttgcgaggagcttca---tcatcatcctctgccgcgcttcataaacatatattccgtcacatagatagatagatagatata 56032307  T
Q  433 cattaattagg----------aaaattgcatactgcttttaaaatgaaataaatatattgtgtcaccctgcagcatgtattgagaaacgcatagacacaa 522  Q
    |||||   |||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||    
T  56032306 cattaggaaggcccatccactaaaattgcatactgcttttaaaatgaaataaatatattgtgtcaccctgca---tgtattgagaaacgcataggcacaa 56032210  T
Q  523 ttggcctatcatacaacatatactgtctatgtgttatgaaatgatttatgactactattggagaatgttttacgacccttgaggtcctttatgagagaca 622  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||   | ||  ||| | ||    | || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56032209 ttggcctatcatacaacatatactgtctatacat-atctaatcacttcc--ccacaat-ggagaatgttttacgacccttgaggtcctttatgagagaca 56032114  T
Q  623 actatagtcaataaggaacgatgaatcattccaaaagttactgaattatcactagtagatgcatttccagaggaataaagaataaggaatgttgagaaag 722  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56032113 actatagtcaataaggaacgatgaatcattccaaaagttactgaattatcactattagatgcatttccagaggaataaagaataaggaatgttgagaaag 56032014  T
Q  723 gctaaagtaaaggcctattagatcatcattcggctttggtccatttcaaggatttgatccacacacctatatcatctaatgttctcgtagannnnnnnn- 821  Q
    |||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              
T  56032013 gctaaag-----gcctattagatcatcattcggctttggtccatttcaaggatttgatccacacacctatatcatctaatgttctcgtagtttttttttt 56031919  T
Q  822 --aaataactcttttggtcatatcaaatattcacaatgggggtagaattaaactagagtttgaaaattttagggtacccacgtcttgaaaggtttggtaa 919  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56031918 ttaaataactcttttggtcatatcaaatattcacaatgggggtagaattaaactagagtttgaaaattttagggtacccacgtcttgaaaggtttggtaa 56031819  T
Q  920 ttattaatcaacatgctagcgcattttcgtatcacttttgagttgcatgatgtaaattattccccttcctttttatttcgtttgcctaactaatatcatg 1019  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56031818 t-attaatcaacatgctagcgcattttcgtatcacttttgagttgaatgatgtaaattattccccttcctttttatttcgtttgcctaactaatatcatg 56031720  T
Q  1020 gttgatattccattattcccaccattgtgcttgctgtagaagtg 1063  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  56031719 gttgatattccattattcccaccattgtgcttattgtagaagtg 56031676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University