View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6687_2D_low_10 (Length: 487)

Name: NF6687_2D_low_10
Description: NF6687_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6687_2D_low_10
NF6687_2D_low_10
[»] scaffold0903 (1 HSPs)
scaffold0903 (20-487)||(918-1382)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (20-487)||(21717335-21717802)
chr2 (41-218)||(20656147-20656322)
chr2 (290-368)||(20655971-20656049)


Alignment Details
Target: scaffold0903 (Bit Score: 426; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0903
Description:

Target: scaffold0903; HSP #1
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 487
Target Start/End: Original strand, 918 - 1382
Alignment:
Q  20 tctagggtggaaggaagaaatgatgaaggatgtagaaaatgcaccaacattgatgaaataatgaaaagatttgatggaagggaatgtgttcagtggaaga 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  918 tctagggtggaaggaagaaatgatgaaggatgtaggaaatgcaccaacattgatgaaataatgaaaagatttgatggaagggaatgtgttcagtggaag- 1016  T
Q  120 agaagtttgaagatgagagaaagaaagtgaaatggcttgtgttgaagttaatactcagttggcttgtgtttgtattgtatgttaagaattgatgtaatgg 219  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1017 --aagtttgaagatgagagaaagaaagtgaaatggcttgtgttgaagttaatactcagttggcttgtgtttgtattgtatgttaagaattgatgtaatgg 1114  T
Q  220 ggttgtttgggagggttaattgtatgtgttatgttaacaagtgttgtattgtgttatgagtttactctaatgtattgtgaatcaaagttaactttgttga 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1115 ggttgtttgggagggttaattgtatgtgttaagttaacaagtgttgtattgtgttatgagtttactctaatgtattgtgaatcaaagttaactttgttga 1214  T
Q  320 taatcaatgaatgaaaatcttcaatttggtaatgtaatgaagttccacactttttgtgctatgtgatatgtgatttgttttaaccctgtgatatatacaa 419  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  1215 taatcaatgaatgaaaatgttcaatttggtaatgtaatgaagttccacactttttgtgctatgtgatatgtgaaatgttttaactctgtgatatatacaa 1314  T
Q  420 catcataatatgtaattgaatatggcattactagaaaaatagaaggctattgttcaagccattacata 487  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1315 catcataatatgtaattgaatatggcattactagaaaaatagaaggctattgttcaacccattacata 1382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 420; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 487
Target Start/End: Original strand, 21717335 - 21717802
Alignment:
Q  20 tctagggtggaaggaagaaatgatgaaggatgtagaaaatgcaccaacattgatgaaataatgaaaagatttgatggaagggaatgtgttcagtggaaga 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21717335 tctagggtggaaggaagaaatgatgaaggatgtaggaaatgcaccaacattgatgaaataatgaaaagatttgatggaagggaatgcgttcagtggaaga 21717434  T
Q  120 agaagtttgaagatgagagaaagaaagtgaaatggcttgtgttgaagttaatactcagttggcttgtgtttgtattgtatgttaagaattgatgtaatgg 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21717435 agaagtttgaagatgagagaaagaaagtgaaatggcttgtgttgaagttaattctcagttggcttgtgtttgtattgtatgttaagaattgatgtaatgg 21717534  T
Q  220 ggttgtttgggagggttaattgtatgtgttatgttaacaagtgttgtattgtgttatgagtttactctaatgtattgtgaatcaaagttaactttgttga 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  21717535 ggttgtttgggagggttaattgtatgtgttaagttaacaagtgttgtattgtgttatgagttcactttaatgtatattgaatcaaagttaactttgttga 21717634  T
Q  320 taatcaatgaatgaaaatcttcaatttggtaatgtaatgaagttccacactttttgtgctatgtgatatgtgatttgttttaaccctgtgatatatacaa 419  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  21717635 taatcaatgaatgaaaatgttcaatttggtaatgtaatgaagttccacactttttgtgctatgtgatatgtgaaatgttttaaccctgtgatatatacaa 21717734  T
Q  420 catcataatatgtaattgaatatggcattactagaaaaatagaaggctattgttcaagccattacata 487  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21717735 catcataatatgtaattgaatatggcattactagaaaaatagaaggctattgttcaagctattacata 21717802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 41 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 20656322 - 20656147
Alignment:
Q  41 gatgaaggatgtagaaaatgcaccaacattgatgaaataatgaaaagatttgatggaagggaatgtgttcagtggaagaagaagtttgaagatgagagaa 140  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||| ||||||||||    
T  20656322 gatgaaggatgtagtaaatgcaccaacattgatgaaatgctgaagagatttgatggaagggaatgtgttca---gaggaagaagtttgaggatgagagaa 20656226  T
Q  141 agaaagtgaaatggcttgtgttgaagttaatactcagttggcttgtgtttgtattgtatgttaagaa-ttgatgtaatg 218  Q
    |||||||||| ||| ||| |||     | ||  ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  20656225 agaaagtgaagtggattgcgtttttcatgattatcagttggcttttgtttggattgtatgttaagaatttgatgtaatg 20656147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 290 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 20656049 - 20655971
Alignment:
Q  290 tgtattgtgaatcaaagttaactttgttgataatcaatgaatgaaaatcttcaatttggtaatgtaatgaagttccaca 368  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  20656049 tgtattgtgaatgaaagttaactttgttttgaatcaatgaatgaaaatgttctatttggttatgtaattaagttccaca 20655971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University