View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6690_high_10 (Length: 324)

Name: NF6690_high_10
Description: NF6690
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6690_high_10
NF6690_high_10
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (20-308)||(32907749-32908042)
chr1 (33-308)||(51995338-51995619)
chr1 (34-308)||(25646690-25646972)
chr1 (20-308)||(33473442-33473745)
chr1 (168-283)||(18467739-18467855)
chr1 (133-278)||(17888423-17888571)
chr1 (139-236)||(16814845-16814947)
chr1 (50-111)||(31038214-31038275)
chr1 (40-133)||(27572079-27572177)
chr1 (65-111)||(17888359-17888405)
chr1 (21-111)||(20416010-20416100)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (20-308)||(15029981-15030274)
chr5 (114-308)||(17361078-17361275)
chr5 (20-299)||(26227976-26228263)
chr5 (34-308)||(5325153-5325441)
chr5 (60-308)||(11077471-11077730)
chr5 (251-308)||(31253997-31254054)
chr5 (34-160)||(42478360-42478491)
chr5 (50-213)||(31253826-31253998)
chr5 (34-102)||(20128028-20128096)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (20-308)||(6512759-6513052)
chr3 (20-254)||(6748220-6748462)
chr3 (20-260)||(6473022-6473262)
chr3 (34-308)||(15819743-15820022)
chr3 (20-234)||(6473539-6473758)
chr3 (40-308)||(40474918-40475192)
chr3 (34-308)||(818138-818416)
chr3 (116-308)||(37978806-37979001)
chr3 (114-308)||(38111866-38112062)
chr3 (175-308)||(3330782-3330916)
chr3 (246-308)||(11985656-11985718)
chr3 (50-284)||(4611696-4611933)
chr3 (174-237)||(11985203-11985267)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (20-308)||(12522189-12522482)
chr6 (43-87)||(34188627-34188671)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (20-308)||(790580-790873)
chr4 (41-308)||(8016094-8016367)
chr4 (33-308)||(32105563-32105844)
chr4 (168-308)||(13434735-13434875)
chr4 (20-308)||(52245088-52245385)
chr4 (40-105)||(41908122-41908187)
chr4 (20-103)||(27007197-27007280)
[»] scaffold0625 (1 HSPs)
scaffold0625 (21-308)||(1046-1341)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (21-308)||(18995315-18995610)
chr7 (20-308)||(24688062-24688360)
chr7 (21-308)||(23846280-23846576)
chr7 (20-308)||(24056138-24056434)
chr7 (50-306)||(46857459-46857722)
chr7 (20-308)||(39605626-39605913)
chr7 (51-223)||(7194015-7194194)
chr7 (20-88)||(31135570-31135638)
chr7 (239-292)||(13845602-13845655)
chr7 (257-308)||(7194205-7194256)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (40-308)||(37787114-37787391)
chr2 (22-308)||(24003154-24003455)
chr2 (21-300)||(42757569-42757853)
chr2 (20-308)||(20125556-20125854)
chr2 (31-308)||(22999637-22999928)
chr2 (21-110)||(22381794-22381883)
chr2 (21-110)||(22913820-22913909)
[»] scaffold0044 (1 HSPs)
scaffold0044 (21-308)||(21845-22141)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (25-269)||(22998337-22998589)
chr8 (20-305)||(34967571-34967867)
chr8 (173-308)||(13151648-13151785)
chr8 (21-111)||(7406471-7406561)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (20-207)||(93083-93278)
[»] scaffold0069 (1 HSPs)
scaffold0069 (41-208)||(19362-19538)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 20 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 32908042 - 32907749
Alignment:
Q  20 aatgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctc-----atc 114  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||     | |    
T  32908042 aatgtctaacttgcggtgtatggaccaaccgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcgacaacaacaagcataatgtctccatcgagc 32907943  T
Q  115 caaacaatccaacatcaaagactaatgaggattttgaaaactccccaaagttatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggat 214  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32907942 caaacaatctaacatcaaagactggtgaggattttgaaacctccccaaagttatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggat 32907843  T
Q  215 acagaacccacgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  32907842 acataacccacgcctacaacccgttatgctgcgactgaaagcttcacgaccatttctagccaaaactaatagaaagcaactcaaatccaattga 32907749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 33 - 308
Target Start/End: Original strand, 51995338 - 51995619
Alignment:
Q  33 tggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcatcc-----aaacaatccaac 127  Q
    |||||| ||||||| | ||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| |  ||||| | |     ||||||||||||    
T  51995338 tggtgtatggaccatccgtcaacacgaaattgaaccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaagcaaagcgtctctttcgagacaaacaatccaac 51995437  T
Q  128 atcaaagactaatgaggattttgaaaactccccaaagttatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggatacagaaccc-acg 226  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || ||| |||    
T  51995438 atcagagactgatgcggattttgaaacatccccaa-gttatagtgtcaaacttcgtgaaggtgggagattcgaccgccaacacggatacggatccccacg 51995536  T
Q  227 cctacaa-cccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    ||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  51995537 cctacaaacccattatgatgcgacagtaagcttcacgaccatttctagccaaatccaacagaaagcaactcaaatccaattga 51995619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 34 - 308
Target Start/End: Original strand, 25646690 - 25646972
Alignment:
Q  34 ggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcatcc-----aaacaatccaaca 128  Q
    ||||| |||||||||  ||||||||| || |||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||  ||||| | |     ||| |||||||||    
T  25646690 ggtgtatggaccaaccatcaacacgagatagatccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaagcatagcgtctctttcgagctaaaaaatccaaca 25646789  T
Q  129 tcaaagactaatgaggattttgaaaactccccaaagttata--gtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggatacagaacc-cac 225  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||| || || ||||||||||  |||||||||| |||    
T  25646790 tcaaagaccgatgaggattttgaaacctcccccaagttatatagtgctaaacttcgtgaaggtgagaaatccgaccgccaacacaaatacagaaccacac 25646889  T
Q  226 gcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
     |||||||||||  ||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25646890 tcctacaacccgcgatgctgcaacagaaagcttcacatccatttctagccaaatccaatagaaagcagctcaaatccaattga 25646972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 20 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 33473745 - 33473442
Alignment:
Q  20 aatgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactc-----cttgcaacaacaacaagcataatgtctcat- 113  Q
    |||||||||| ||  |||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||     ||||| |||||||||||||| | ||||| |     
T  33473745 aatgtctaacatgcagtgtatggacaaaccgtcaacacggaatggatccaagaaccaacaactcaactccttgcgacaacaacaagcatgacgtctcttt 33473646  T
Q  114 ----ccaaacaatccaacatca--aagactaatgaggattttgaaaactccccaaagt--tatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgcc 205  Q
        ||||||||||||||||||   ||| | ||| ||||||||||| |||  | ||||  ||||| |||||||||| ||||||| ||||||||  |||||    
T  33473645 tgagccaaacaatccaacatcaggtagagtgatgtggattttgaaacctcatccaagttatatagagccaaacttcatgaaggtcagagattctaccgcc 33473546  T
Q  206 aacacggatacagaa-cccacgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaa 304  Q
    ||||| ||||||||| |||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  33473545 aacacagatacagaaccccatgcctacaacccactatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaatccaatagaaagcaactcaaaaccaa 33473446  T
Q  305 ttga 308  Q
    ||||    
T  33473445 ttga 33473442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 168 - 283
Target Start/End: Original strand, 18467739 - 18467855
Alignment:
Q  168 tagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggatacagaaccc-acgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgacca 266  Q
    |||| |||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||  | ||||| ||||  ||||||||||||||    
T  18467739 tagtaccaaactttgtgaaggtgggagattcgaccgccaacaaggatacataaccccactcctacaacccactctgctgtgacactaagcttcacgacca 18467838  T
Q  267 tttctagccaaaaccaa 283  Q
    |||||||||||| ||||    
T  18467839 tttctagccaaatccaa 18467855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 133 - 278
Target Start/End: Original strand, 17888423 - 17888571
Alignment:
Q  133 agactaatgaggattttgaaaactccccaaagtta--tagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggatacagaa-cccacgcct 229  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||  | || |||||||||||||||||||||  ||   || ||||||||||||||||| | |||||||    
T  17888423 agactgatgaggattttgaaacctcccccaagttattttgtaccaaacttcgtgaaggtgagatgtttaaccaccaacacggatacagaatctcacgcct 17888522  T
Q  230 acaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaa 278  Q
    ||||||   | |||| |||| | |||||||||||||||||||| |||||    
T  17888523 acaacctactgtgctacgaccgtaagcttcacgaccatttctaaccaaa 17888571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 139 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 16814947 - 16814845
Alignment:
Q  139 atgaggattttgaaaactccccaaagttata----gtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggatacagaa-cccacgcctacaa 233  Q
    ||||||||||||||| |||||  ||||||||    || ||||| |||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16814947 atgaggattttgaaacctccctcaagttatatatagtaccaaatttcgtgaaggtgagggattcgaccgtcaacacggatacagaaccccacgcctacaa 16814848  T
Q  234 ccc 236  Q
    |||    
T  16814847 ccc 16814845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 50 - 111
Target Start/End: Original strand, 31038214 - 31038275
Alignment:
Q  50 gtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctc 111  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31038214 gtcagcacgcaatggatccaagaaccagcaactccttgcgacaacaacaagcataatgtctc 31038275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 40 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 27572177 - 27572079
Alignment:
Q  40 tggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctc-----atccaaacaatccaacatcaaa 133  Q
    ||||||||| ||||||| | || | ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  ||||     | ||||||||||||||||||||    
T  27572177 tggaccaaccgtcaacaaggaacgaatccaagaaccaacaactctttgcaacaacaacaagcataacatctctttcgagccaaacaatccaacatcaaa 27572079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 65 - 111
Target Start/End: Original strand, 17888359 - 17888405
Alignment:
Q  65 atccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctc 111  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  17888359 atcctagaaccaacaactccttgcagcaacaacaagcataacgtctc 17888405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 111
Target Start/End: Original strand, 20416010 - 20416100
Alignment:
Q  21 atgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctc 111  Q
    ||||||||  |||||||| || ||| ||| | ||||||||| | |||||| || | |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20416010 atgtctaaaatgtggtgtatgaacccactattaacacgaaacgaatccaataatcaatcactccttgcaacaacaacatgcataatgtctc 20416100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 20 - 308
Target Start/End: Original strand, 15029981 - 15030274
Alignment:
Q  20 aatgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcat-----c 114  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |     |    
T  15029981 aatgtctaacttgcggtgtatggaccaaccgtcaacacaaaatggatccaagaaccaacaactccttgcgacaacaacaagcataacgtctctttcgagc 15030080  T
Q  115 caaacaatccaacatcaaagactaatgaggattttgaaaactccccaaagttatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggat 214  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15030081 caaacagtccaacatcaaagactgatgaggattttgaaacctcccccaagttatagtgtcaaacttcgtgaaggtgagagattcgaccgccaacacggat 15030180  T
Q  215 acagaacccacgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15030181 acagaacccacgcctacaacccaccatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaatccaatagaaagcaactcaaatccaattga 15030274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 114 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 17361275 - 17361078
Alignment:
Q  114 ccaaacaatccaacatcaaagactaatgaggattttgaaaactccccaaagttata--gtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacg 211  Q
    ||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||  ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |    
T  17361275 ccaaacagtccaacatcaaatactgatgaggattttgaaacctccctcaagttatatagtgtcaaacttcgtgaaggtgagagattcgaccgcgaacatg 17361176  T
Q  212 gatacagaaccc-acgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    |||||| ||||| || | ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17361175 gatacaaaaccccacacatacaacctgttatgctgcgacaaaaagcttcacggccatttctagccaaatccaatataaagcaactcaaatccaattga 17361078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 20 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 26228263 - 26227976
Alignment:
Q  20 aatgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcat-----c 114  Q
    |||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||  |||| |     |    
T  26228263 aatgtctaacttgtagtgtatggacaaaccgtcaacactgaatggatccaagaaccaacaactcattgcaacaacaacaagcacaacatctctttcgagc 26228164  T
Q  115 caaacaatccaacatcaa--agactaatgaggattttgaaaactccccaaagttata--gtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacac 210  Q
    |||| | ||||||||||   ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||  | |||||| ||| || |||| | ||||||  |||||| |||    
T  26228163 caaatagtccaacatcaggtagactgatgaggattttgaaatctcccccaagttatatagagccaaa-ttcatgcaggtaaaagattctaccgccatcac 26228065  T
Q  211 ggatacagaaccc-acgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaa 299  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||    
T  26228064 ggatacagaaccccacacctacaacccgctatgctgcgacagagagcttcacgaccatttctagcc-aatccaatagaaaacaactcaaa 26227976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 34 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 5325441 - 5325153
Alignment:
Q  34 ggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcat-----ccaaacaatccaaca 128  Q
    ||||| ||||||||| |||||||| ||| | || |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |     |||||||||||||||    
T  5325441 ggtgtatggaccaacagtcaacacaaaacgaattcaagaaccaacaactccttacaacaacaacaagcataacgtctcttttgagccaaacaatccaaca 5325342  T
Q  129 tcaaa------gactaatgaggattttgaaaactccccaaagttata--gtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggatacagaa 220  Q
    ||| |      || |||||| |||||||||| |||||  ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||    
T  5325341 tcagacaggtagaataatgaagattttgaaacctcccttaagttatatagtaccaaacttcgtgaaggtgagagattcaaccgccaacatggatatagaa 5325242  T
Q  221 ccc-acgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    ||| ||||||||||||| || || |||||||  ||| ||| ||||||||||||| |||| |||| | ||||||||||||| ||||||||    
T  5325241 ccccacgcctacaacccattgtgttgcgacattaagtttcgcgaccatttctagtcaaatccaacataaagcaactcaaaaccaattga 5325153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 60 - 308
Target Start/End: Original strand, 11077471 - 11077730
Alignment:
Q  60 aatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcat-----ccaaacaatccaacatcaaa--gactaatgaggattttgaa 152  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| |     ||||||| |||||||||| |  |||  ||||||||||||||    
T  11077471 aatgaatccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaagcctaatgtctctttcgagccaaacagtccaacatcagacagacagatgaggattttgaa 11077570  T
Q  153 aactccccaaagttata--gtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggata--cagaaccc-acgcctacaacccgttatgctgcg 247  Q
    | | |  | ||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||   |||||||| ||| ||||||||| | ||||||||    
T  11077571 accgcatccaagttatatggagccaaacttcgtgaaggtgagagattctaccgccaacacggatgatcagaaccccacgtctacaacccct-atgctgcg 11077669  T
Q  248 acagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    || |||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11077670 acggaaagcttcatggccatttctagccaaatccaatagaaagcaattcaaatccaattga 11077730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 251 - 308
Target Start/End: Original strand, 31253997 - 31254054
Alignment:
Q  251 gaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  31253997 gaaagcttcacgaccatttctagccaaatccaatagaaatcaattcaaatccaattga 31254054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 34 - 160
Target Start/End: Original strand, 42478360 - 42478491
Alignment:
Q  34 ggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtct-----catccaaacaatccaaca 128  Q
    ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| | ||| ||||||| |||| ||||      |  |||||| |||||||    
T  42478360 ggtgtatggaccaaccgtcaacacaaaatggatccaagaaccaacaacttcttacgacagcaacaagtataacgtctttttcgagtcaaacagtccaaca 42478459  T
Q  129 tcaaagactaatgaggattttgaaaactcccc 160  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||| ||||||    
T  42478460 tcaaagactgatgagaattttgaaacctcccc 42478491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 50 - 213
Target Start/End: Original strand, 31253826 - 31253998
Alignment:
Q  50 gtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctc-----atccaaacaatccaacatcaa--agactaatga 142  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||  ||||     | ||||||| |||||||||||  ||||  ||||    
T  31253826 gtcaacacggaatgaatccaagaaccaacaactccttgcgacaacaacaagcctaacatctctatcgagccaaacagtccaacatcaaacagaccgatga 31253925  T
Q  143 ggattttgaaaactc--cccaaagttatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacgga 213  Q
    ||||||||||| | |  || | |  ||||| | ||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||    
T  31253926 ggattttgaaaccgcatccaagatatatagagtcaaacttcgtgaaggtgagagcttctaccgccaacacgga 31253998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 34 - 102
Target Start/End: Original strand, 20128028 - 20128096
Alignment:
Q  34 ggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagca 102  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | | |||||||||    
T  20128028 ggtgtatggaccaaccgtcaacacgaaatggattcaagaaccaacaactccttgcgatagcaacaagca 20128096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 20 - 308
Target Start/End: Original strand, 6512759 - 6513052
Alignment:
Q  20 aatgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcat-----c 114  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |     |    
T  6512759 aatgtctaacttgcggtgtatggaccaaccgtcaacacgaaatggatccaagaaccaacaactctttgcaacaacagcaagaataatgtctctttcgagc 6512858  T
Q  115 caaacaatccaacatcaaagactaatgaggattttgaaaactccccaaagttatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggat 214  Q
    |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6512859 caaacagtccagcatcaaagactgatgaggattttgaaacctcccccaagttatagtgctaaactttgtgaaggtgagagattcgaccgccaacacggat 6512958  T
Q  215 acagaacccacgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6512959 acagaacccacgcctacaacccgctatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaatccaatagaaagcaactcaaatccaattga 6513052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 20 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 6748462 - 6748220
Alignment:
Q  20 aatgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcatcc---- 115  Q
    ||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |        
T  6748462 aatgtttaacttgcggtgtatggaccaaccgtcaacacgaaatggatccaagaaccaacaactccttgcaacaacaacaagaataatgtctctttcgagc 6748363  T
Q  116 -aaacaatccaacatcaaagactaatgaggattttgaaaactccccaaagttatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggat 214  Q
     |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  6748362 taaacaatccatcatcaaagactgatgaggattttgaaacctcccccaagttatagtgccaaactttgtgaaggtgagagatttgaccgccaacacggat 6748263  T
Q  215 acagaacccacgcctacaac---ccgttatgctgcgacagaaa 254  Q
    ||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||    
T  6748262 acagaacccacgcctacaacccgccgctatgctgcgacagaaa 6748220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 20 - 260
Target Start/End: Original strand, 6473022 - 6473262
Alignment:
Q  20 aatgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcat-----c 114  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |     |    
T  6473022 aatgtctaacttgcggtgtatggaccaaccgtcaacacgaaatggatcaaagaaccaacaactccttgcaacaacaacaagaataatgtctctttcgagc 6473121  T
Q  115 caaacaatccaacatcaaagactaatgaggattttgaaaactccccaaagttatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggat 214  Q
    |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||     || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6473122 caaacagtccatcatcaaagactgatgaggattttgaaa-----cccaagttatagtgccaaactttgtgaaggtgagagattcgaccgccaacacggat 6473216  T
Q  215 acagaacccacgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttca 260  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  6473217 acagaacccacgcctacaacccgctatgctgtgacagaaagtttca 6473262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 34 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 15820022 - 15819743
Alignment:
Q  34 ggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcat-----ccaaacaatccaaca 128  Q
    ||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |  ||||||||||| ||||| |     ||||||| |||||||    
T  15820022 ggtgtatggaccaaccgtgaacacgaaatggatccaagaaccaacaactccttgcgatagaaacaagcataacgtctctttcgagccaaacagtccaaca 15819923  T
Q  129 tcaaagactaatgaggattttgaaaactccccaaagttata--gtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggatacagaaccc-ac 225  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |   |||||||||||||| |     
T  15819922 tcaaagactgatgaggattttgaaacctcccccaagatatatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgaccgcaa---cggatacagaaccccat 15819826  T
Q  226 gcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||| || |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15819825 gcctacaacccgttgtgttgcgacagaaaactacacggccatttctacccaaatccaatagaaagcaactcaaatccaattga 15819743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 20 - 234
Target Start/End: Original strand, 6473539 - 6473758
Alignment:
Q  20 aatgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcatcc---- 115  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| | |        
T  6473539 aatgtctaacttgcggtgtatggaccaaccgtcaacacgaaatggatccaagaaccaacaactctttgcaacaacaacaagaataatgtctctttcgagc 6473638  T
Q  116 -aaacaatccaacatcaaagactaatgaggattttgaaaactccccaaagttatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggat 214  Q
     ||| | |||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  6473639 taaagagtccatcatcaaagactgatgaggattttgaaacctccctcaagttatagtgccaaactttttgaaggtgagagatttgaccgccaacacggat 6473738  T
Q  215 acagaacccacgcctacaac 234  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  6473739 acagaacccacgcctacaac 6473758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 40 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 40475192 - 40474918
Alignment:
Q  40 tggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcatcc-----aaacaatccaacatcaaag 134  Q
    ||||||| | ||||||||| ||| || ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||  |||| | |     ||||| |||||||||| ||    
T  40475192 tggaccatccgtcaacacggaattgaaccaagaaccaacaactccttgcgacaacaacaagcaaaacatctctttcgagacaaacagtccaacatcagag 40475093  T
Q  135 actaatgaggattttgaaaactccccaaagttatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggatacagaaccc-acgcctacaa 233  Q
    ||| ||| |||||||||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || ||| ||||||||||    
T  40475092 actgatgcggattttgaaacatccccaa-gttatagtgtcaaacttcgtgaaggtgggagattcgaccgccaacacggatacggatccccacgcctacaa 40474994  T
Q  234 -cccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
     ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  40474993 acccattatgctgcgacagtaagcttcacgaccatttctagccaaatccaacagaaagcaactcaaatccaattga 40474918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 34 - 308
Target Start/End: Original strand, 818138 - 818416
Alignment:
Q  34 ggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcatcc-----aaacaatccaaca 128  Q
    ||||| ||||||| | ||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| |  ||||| | |     |||||||||||||    
T  818138 ggtgtatggaccatccgtcaacatgaaattgaaccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaagcaaagcgtctctttcgagacaaacaatccaaca 818237  T
Q  129 tcaaagactaatgaggattttgaaaactccccaaagttatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggatacaga-acccacgc 227  Q
    ||| ||||| ||| |||||||||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||  |||||||    
T  818238 tcagagactgatgcggattttgaaacatccccaa-gttatagtgtcaaacttcgtgaaggtgggagattcgaccgccaacacggatacggatccccacgc 818336  T
Q  228 ctac-aacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  818337 ctacaaacccattatgctgcgacagtaagcttcacgaccatttct--ccaaatccaacagaaagcaactcaaatccaattga 818416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 116 - 308
Target Start/End: Original strand, 37978806 - 37979001
Alignment:
Q  116 aaacaatccaacatcaaagactaatgaggattttgaaaactccccaaagttata--gtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacgga 213  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||| || || ||||||||||  |    
T  37978806 aaacaatccaacatcaaagactgatgaggattttgaaacctcccccaagttatatagtgctaaacttcgtgaaggtgagaaatccgaccgccaacacaaa 37978905  T
Q  214 tacagaacc-cacgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||  ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37978906 tacagaacctcactcctacaacccgcgatgctgcaacagaaagcttcacaaccatttctagccaaatccaatagaaagcagctcaaatccaattga 37979001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 114 - 308
Target Start/End: Original strand, 38111866 - 38112062
Alignment:
Q  114 ccaaacaatccaacatcaaagactaatgaggattttgaaaactccccaaagt-tatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacgg 212  Q
    ||||||| |||||||||||| ||| ||| ||||||||||| | ||||||  | ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  38111866 ccaaacagtccaacatcaaatactgatgtggattttgaaacccccccaagttatatagtgtcaaacttcgtgaaggtgggagattcgaccgccaacacgg 38111965  T
Q  213 atacagaaccc-acgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||    
T  38111966 atacagaaccccacacctacaacccgttatgctgtgacaaaaaacttcacggccatttctagccaaatccaatataaagtaactcaaatccaattga 38112062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 175 - 308
Target Start/End: Original strand, 3330782 - 3330916
Alignment:
Q  175 aaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggatacagaaccc-acgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctag 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||    
T  3330782 aaacttcgtgaaggtgagagattctaccgccaacacggatacagaaccccacgcctacaacccactatgctgcgatggaaagcttcacggccatttctag 3330881  T
Q  274 ccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    ||||| || |||||||| |||||||| ||||||||    
T  3330882 ccaaatcccatagaaagtaactcaaaaccaattga 3330916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 246 - 308
Target Start/End: Original strand, 11985656 - 11985718
Alignment:
Q  246 cgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11985656 cgacagaatgcttcacgaccatttctagccaaatccaatagaaagcaactcaaattcaattga 11985718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 50 - 284
Target Start/End: Original strand, 4611696 - 4611933
Alignment:
Q  50 gtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcatccaaacaatccaacatcaa------agactaatgag 143  Q
    ||||||||| || | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    | |  ||||||||      ||||| |||||    
T  4611696 gtcaacacggaacgaatccaagaaccaacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctctttc---gagttaaacatcaaataggtagactgatgag 4611792  T
Q  144 gattttgaaaactccccaaagtt--atagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggatacagaac-ccacgcctacaacccgtta 240  Q
    |||||||||| |||||| |||||  ||||||||| || || ||||||||| ||||||| |||| |||| | ||||| ||| ||||||||||||||   |     
T  4611793 gattttgaaacctcccccaagttacatagtgccagac-tcttgaaggtgaaagattcgaccgcaaacatgtatacaaaacaccacgcctacaaccaactg 4611891  T
Q  241 tgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaat 284  Q
    |||| |  ||  |||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  4611892 tgctac--catcaagcttcacggccatttctagccaaatccaat 4611933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 174 - 237
Target Start/End: Original strand, 11985203 - 11985267
Alignment:
Q  174 caaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggatacagaa-cccacgcctacaacccg 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||| ||| ||||| |||||||||||    
T  11985203 caaacttcgtgaaggtgagagattcgatcgccaacacgaatacggaaccccacacctacaacccg 11985267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 20 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 12522482 - 12522189
Alignment:
Q  20 aatgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcat-----c 114  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||  |||| |     |    
T  12522482 aatgtctaacttgcggtgtatggaccaaccgtcaacacgaaatggatccaagaaccaacaactccttgcgacaacaacaagcataacatctctttcgagc 12522383  T
Q  115 caaacaatccaacatcaaagactaatgaggattttgaaaactccccaaagttatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggat 214  Q
    |||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  12522382 caaacagtccaacatcaaagactggtgaggattttgaaacctcccccaagttatagtgccaaacttcgtgaaagtgagagattcgaccgccaacacggat 12522283  T
Q  215 acagaacccacgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    ||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12522282 acaaaacccacgcctacaacccgccatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaatccaatggaaagcaactcaaatccaattga 12522189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 43 - 87
Target Start/End: Original strand, 34188627 - 34188671
Alignment:
Q  43 accaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttg 87  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34188627 accaaatgtcaatacgaaatggatccaagaaccaacaactccttg 34188671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 178; Significance: 5e-96; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 20 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 790873 - 790580
Alignment:
Q  20 aatgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcat-----c 114  Q
    ||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||| ||||||||||||  |||  |     |    
T  790873 aatgtctaacttgcggtatatggaccaaccgtcaacacgaaatggatacaagaaccaacaactccttgtgacagcaacaagcataacatctttttcgagc 790774  T
Q  115 caaacaatccaacatcaaagactaatgaggattttgaaaactccccaaagttatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggat 214  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  790773 caaacagtccaacatcaaagactgatgaggattttgaaacctcccccaagttatagtgccaaacttcgtgaaggtgggagattcgaccgccaacacggat 790674  T
Q  215 acagaacccacgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  790673 acagaacccacgcctacaacccgccatgttgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaatccaatagaaatcaactcaaatccaattga 790580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 41 - 308
Target Start/End: Original strand, 8016094 - 8016367
Alignment:
Q  41 ggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcat-----ccaaacaatccaacatcaaaga 135  Q
    |||||||  |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||| |     ||||||||||||||||||||||    
T  8016094 ggaccaatcgtcaacacaaaatggatccaagaaccaacaactccttgcgacatcaacaagcataacgtctctttcgagccaaacaatccaacatcaaaga 8016193  T
Q  136 ctaatgaggattttgaaaactccccaaagttata--gtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggatacagaaccc-acgcctaca 232  Q
    || |||| || ||||||| |||||| | ||||||  |||||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| | |||||||    
T  8016194 ctgatgaagaatttgaaacctcccccatgttatatagtgccaaacttcg--aaggtgagagattcgaccaccaacacggatacataaccccatgcctaca 8016291  T
Q  233 acccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    ||||  |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8016292 acccactatgctgcgacaaaaaggttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaaacaactcaaatccaattga 8016367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 33 - 308
Target Start/End: Original strand, 32105563 - 32105844
Alignment:
Q  33 tggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcatcc-----aaacaatccaac 127  Q
    |||||| ||||||| | ||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| |  ||||| | |     ||||| ||||||    
T  32105563 tggtgtatggaccatccgtcaacacgaaattgaaccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaagcaaagcgtctctttcgagacaaacagtccaac 32105662  T
Q  128 atcaaagactaatgaggattttgaaaactccccaaagttatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggatacagaaccc-acg 226  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || ||| |||    
T  32105663 atcagagactgatgcggattttgaaacatccccaa-gttatagtgtcaaacttcgtgaaggtgggagattcgaccgccaacacggatacggatccccacg 32105761  T
Q  227 cctacaa-cccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||    
T  32105762 cctacaaacccattatgctgcgacagtaagcttcacgaccatttctagccaaatccaacggaaagcaactcaaatccaattga 32105844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 168 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 13434875 - 13434735
Alignment:
Q  168 tagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggatacagaacccacgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccat 267  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  13434875 tagtgtcaaacttcatgaagatgagagatttgtccgccaacacggatacagaacccacgcctacaacccactatgctgcgaccgaaagcttcacggccat 13434776  T
Q  268 ttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    ||||||||||| | |||| |||| |||||||||||||||||    
T  13434775 ttctagccaaatctaataaaaagaaactcaaatccaattga 13434735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 20 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 52245385 - 52245088
Alignment:
Q  20 aatgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcat-----c 114  Q
    ||||||||||  ||||||| ||||| ||| |||||||   |||| |||||| |||| ||| |||||||| | | |||||||||||||||||| |     |    
T  52245385 aatgtctaacaagtggtgtatggacaaaccgtcaacatagaatgaatccaaaaaccaacatctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctctttcgagc 52245286  T
Q  115 caaacaatccaacatcaa--agactaatgaggattttgaaaactccccaaagttatagtgccaaacttcgtgaaggtg--agagattcgtccgccaacac 210  Q
    ||| || ||| |||| |   ||||| ||||| ||| ||||| |||||||| ||||||  |  |||||||||  |||||  ||||||||  ||||||||||    
T  52245285 caagcagtccgacattaggtagactgatgagaattatgaaacctccccaa-gttatacagagaaacttcgtacaggtgtgagagattctaccgccaacac 52245187  T
Q  211 ggatacagaaccc-acgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagctt-cacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  52245186 ggatacagaaccccacgcctacaacccactatgctgcgacagaaagctttcacgaccatttctagccaaatccaatagaaagcaactcaaa-ccaattga 52245088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 40 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 41908187 - 41908122
Alignment:
Q  40 tggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataa 105  Q
    ||||||||| |||||||| ||| | || |||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||    
T  41908187 tggaccaaccgtcaacacaaaacgaattcaagaaccaacaacttcttgcagcaacaacaagcataa 41908122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 20 - 103
Target Start/End: Original strand, 27007197 - 27007280
Alignment:
Q  20 aatgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcat 103  Q
    |||||||||  || ||||| ||||||||| |||||||||  | | ||||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||    
T  27007197 aatgtctaaagtgcggtgtatggaccaaccgtcaacacgggacgaatccaagaaccaacaacttcttgcaataacaataagcat 27007280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0625 (Bit Score: 125; Significance: 2e-64; HSPs: 1)
Name: scaffold0625
Description:

Target: scaffold0625; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 21 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 1341 - 1046
Alignment:
Q  21 atgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcatcc----- 115  Q
    ||||||||| |||| ||| ||||| ||   ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | |         
T  1341 atgtctaacgtgtgatgtatggactaatcatcaacacgaaatggatctaagaaccaacaactccttgcgacaacaacaagcatagtgtctctttcgagca 1242  T
Q  116 aaacaatccaacatcaaagactaatgaggattttgaaaactccccaaagttata--gtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacgga 213  Q
    || ||||| ||||||||||  | |||   ||||| ||| ||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1241 aaccaatctaacatcaaaggttgatgcaaatttttaaacctctcccaagttatatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgaccgccaacacgga 1142  T
Q  214 tacagaaccc-acgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  1141 tacagaaccccacgcctacaacccgctatgctacgacaaaaagcttcatgaccatttctagccaaatccattagaaagcaacccaaatccaattga 1046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 125; Significance: 2e-64; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 21 - 308
Target Start/End: Original strand, 18995315 - 18995610
Alignment:
Q  21 atgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcatcc----- 115  Q
    ||||||||| |||| ||| ||||| ||   ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | |         
T  18995315 atgtctaacgtgtgatgtatggactaatcatcaacacgaaatggatctaagaaccaacaactccttgcgacaacaacaagcatagtgtctctttcgagca 18995414  T
Q  116 aaacaatccaacatcaaagactaatgaggattttgaaaactccccaaagttata--gtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacgga 213  Q
    || ||||| ||||||||||  | |||   ||||| ||| ||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18995415 aaccaatctaacatcaaaggttgatgcaaatttttaaacctctcccaagttatatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgaccgccaacacgga 18995514  T
Q  214 tacagaaccc-acgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  18995515 tacagaaccccacgcctacaacccgctatgctacgacaaaaagcttcatgaccatttctagccaaatccattagaaagcaacccaaatccaattga 18995610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 20 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 24688360 - 24688062
Alignment:
Q  20 aatgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcat-----c 114  Q
    |||||||||  || ||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||| |     |    
T  24688360 aatgtctaatatgcggtgtatggacaaaccgtcaacacggaatggatccaagaaccaacaactccttgcaacagcaacaagtataacgtctctttcgagc 24688261  T
Q  115 caaacaatccaacatcaa--agactaatgaggattttgaaaactccccaaagtta--tagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacac 210  Q
    |||| | || ||||| |   ||||| |||||||||||||||||  ||| ||||||  ||| |||||| || |||||||||||||||||  || |||||||    
T  24688260 caaagagtcgaacattaggtagactgatgaggattttgaaaacctccccaagttaaatagagccaaaattggtgaaggtgagagattctaccaccaacac 24688161  T
Q  211 ggatacagaaccc-acgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||  |||||| |||||| |||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  24688160 ggatacaaaaccccacgcctacaacccactatgctacgacagtaagcttaacgacaatttctagccaaacccaatagaaaacaactcaaaaccaattga 24688062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 21 - 308
Target Start/End: Original strand, 23846280 - 23846576
Alignment:
Q  21 atgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcat-----cc 115  Q
    |||||||||  | ||||| ||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||| |||  |||| |     ||    
T  23846280 atgtctaacaggcggtgtatggacaaaccgtcaacacgaaatgaatccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaagcctaacatctctttcgagcc 23846379  T
Q  116 aaacaatccaacatcaaa--gactaatgaggattttgaaaactccccaaagttata--gtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacg 211  Q
    ||||| ||||||||||||  |||  ||||||||||||||| | |  | ||||||||  | | ||||||| |||||||||||||||||  || ||||||||    
T  23846380 aaacagtccaacatcaaacagaccgatgaggattttgaaaccgcatccaagttatatagagtcaaacttagtgaaggtgagagattctaccaccaacacg 23846479  T
Q  212 gatacagaacc-cacgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    ||| ||||||| ||| |||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  23846480 gattcagaaccacacacctacaacccct-atgctgcgacggaaagcttcacgaccatttctagccaaatccaatagaaatcaattcaaatccaattga 23846576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 20 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 24056434 - 24056138
Alignment:
Q  20 aatgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcatcc---- 115  Q
    |||||||| | || ||||| |||||||||  | ||||||| || ||||||| |||| |||||||||||| ||| |||||||||||  ||||| | |        
T  24056434 aatgtctagcgtgcggtgtatggaccaaccattaacacgagatagatccaaaaaccaacaactccttgcgacagcaacaagcatagcgtctctttcgagc 24056335  T
Q  116 -aaacaatccaacatcaaagactaatgaggattttgaaaactccccaaagttata--gtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacgg 212  Q
     ||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||| ||||| ||| ||||||||| || || ||||||| ||      
T  24056334 taaaaaatccaacatcaaagaccgatgaggattttgaaacctcccccaagttatatagtgctaaactccgtcaaggtgagaaatccgaccgccaatacaa 24056235  T
Q  213 atacagaacc-cacgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    |||||||||| ||| ||||||||| || ||||||| ||||||||||||||  |||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24056234 atacagaacctcactcctacaacctgtgatgctgcaacagaaagcttcacagccatttctggccaaatccaatagaaagcagctcaaatccaattga 24056138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 50 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 46857722 - 46857459
Alignment:
Q  50 gtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcat-----ccaaacaatccaacatcaaa--gactaatga 142  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||| |||  |||| |     |||||| |||||||||||||  ||   ||||    
T  46857722 gtcaacacggaatgaatccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaagcctaacatctctttcgagccaaacgatccaacatcaaacagatcgatga 46857623  T
Q  143 ggattttgaaaactccccaaagttatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggatacagaacc-cacgcctacaacccgttat 241  Q
    ||||||||||| | ||| |    ||||| | |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | ||    
T  46857622 ggattttgaaaccacccaagttatatagagtcaaacttcgtgaaggtgagagattctaccgccaacacggattcagaaccacacgcctacaacccct-at 46857524  T
Q  242 gctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaatt 306  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  46857523 gctgcgacggaaagcttcacggccatttctagccaaatccaatagaaatcaattcaaatccaatt 46857459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 20 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 39605913 - 39605626
Alignment:
Q  20 aatgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcat-----c 114  Q
    |||||||||| || ||||| ||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||| |||| ||||| |     |    
T  39605913 aatgtctaacatgcggtgtatggacaaaccgtcaacacggaatgtatccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaagtataacgtctctttcgagc 39605814  T
Q  115 caaacaatccaacatcaa--agactaatgaggattttgaaaactccccaaagttata--gtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacac 210  Q
    |||||| ||||||||||   ||||| |||||||||||| || |||||| ||||||||  | | |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  39605813 caaacagtccaacatcaggtagactgatgaggattttgcaacctccccgaagttatatagagtcaaacttcgtgaaggtgagagattctaccgccaacac 39605714  T
Q  211 ggatacagaacccacgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    ||||||    ||||| ||| ||| || |      |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  39605713 ggatac----cccacacctccaatccat------gcgaaagaaagcttcacgaccatttctagccaaatccaatagaaagcagctcaaaaccaattga 39605626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 51 - 223
Target Start/End: Original strand, 7194015 - 7194194
Alignment:
Q  51 tcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcat-----ccaaacaatccaacatcaaagactaatgagga 145  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| ||||| ||||| |     ||||||| |||||||||||| ||| |||||||    
T  7194015 tcaacacaaaatggatccaagaaccaacaactccttgcaacagccacaaacataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaaaaactgatgagga 7194114  T
Q  146 ttttgaaaactccccaaagttatag--tgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggatacagaaccc 223  Q
    |||||||| |||||| |||||||||  |||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7194115 ttttgaaacctcccccaagttatagagtgccaaacttcgtgaatgtgagaaattcgaccgccaacacggatacagaaccc 7194194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 31135638 - 31135570
Alignment:
Q  20 aatgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgc 88  Q
    |||||||||| |||||||| | ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  31135638 aatgtctaacgtgtggtgtatagaccaaccgtcaacatgaaatggattcaagaaccaacaactccttgc 31135570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 239 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 13845655 - 13845602
Alignment:
Q  239 tatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagca 292  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  13845655 tatgctacgacaaaaagcttcacgaccatttctagcaaaatccaatagaaagca 13845602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 257 - 308
Target Start/End: Original strand, 7194205 - 7194256
Alignment:
Q  257 ttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||| |||||||||||||    
T  7194205 ttcacgaccatttctagccaaatccaatataaagtaacgcaaatccaattga 7194256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 40 - 308
Target Start/End: Original strand, 37787114 - 37787391
Alignment:
Q  40 tggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcat-----ccaaacaatccaacatcaaag 134  Q
    ||||||||| |||| || |||||||||||||| |||  ||||||||||| ||| |||||||||||  ||||| |     ||||| | |||||||||| |     
T  37787114 tggaccaaccgtcatcatgaaatggatccaaggaccaccaactccttgcgacagcaacaagcatagcgtctctttcatgccaaagagtccaacatcataa 37787213  T
Q  135 actaatgaggattttgaaaactccccaaagttata--gtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggatacagaaccc-acgcctac 231  Q
    ||| || |||||||||||| |||||| |||||| |  |||||||||||||||||||||| | ||||  |||||||||| |||| ||||||| ||||||||    
T  37787214 actgataaggattttgaaacctcccccaagttacaaagtgccaaacttcgtgaaggtgataaattcaaccgccaacacagatatagaaccccacgcctac 37787313  T
Q  232 aacccgttatgctgcga-cagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    |||| |||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  37787314 aacctgttatgttgcaaacagaaagcttcacgaccatttctagccaaatctaatagaaagcaactcaaatccaattga 37787391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 22 - 308
Target Start/End: Original strand, 24003154 - 24003455
Alignment:
Q  22 tgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcat-----cca 116  Q
    |||||||| |||||||| ||||| ||| |||| |||  |||||| ||||||||| |||||||||||| ||| |||||| ||||| ||||| |     |||    
T  24003154 tgtctaacatgtggtgtatggacaaaccgtcagcacagaatggaaccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaaacataacgtctctttcgagcca 24003253  T
Q  117 aacaatccaacatcaa--------agactaatgaggattttgaaaactccccaaagttata--gtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgcca 206  Q
    |||| ||||||||||         ||||  ||||||||||||||| |||||| ||||||||  | | |||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  24003254 aacagtccaacatcagcatcaggtagaccgatgaggattttgaaa-ctcccccaagttatatagagtcaaacttcgtgaaggtgagagattctaccgcca 24003352  T
Q  207 acacggatacagaaccc-acgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaat 305  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  24003353 acacggatacaaaaccccacgcctacaacccattatgatgcgatagaaagcttgacggccatttctaaccaaatccaatagaaagcaactcaaaaccaat 24003452  T
Q  306 tga 308  Q
    |||    
T  24003453 tga 24003455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 21 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 42757853 - 42757569
Alignment:
Q  21 atgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcatccaaaca 120  Q
    ||||||||| || ||||| |||||||||||| ||||||| || ||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||  | ||  | |||||||    
T  42757853 atgtctaacgtgcggtgtatggaccaactgtaaacacgagatagatacaagaaccaacagctccttgcaacagcaacaagcatctt-tcg-agccaaaca 42757756  T
Q  121 atccaacatcaaagactaatgaggattttgaaaactcc-ccaaagttata--gtgccaaact---tcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggat 214  Q
     |||||||||||||||| ||| | |||||||||  ||| |||  ||||||  ||||||||||   ||||||  || ||||||||| ||||||||||||||    
T  42757755 gtccaacatcaaagactgatgcgaattttgaaacatccaccagtgttatatagtgccaaactacttcgtgacagttagagattcgaccgccaacacggat 42757656  T
Q  215 acagaacc-cacgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaat 300  Q
    || ||| | ||||||||||||| | |||||| ||||| || |||||| |  |||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  42757655 acggaatctcacgcctacaacctgctatgctacgacataaggcttcatgggcatttctagccaactccaatagaaagcaactcaaat 42757569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 20 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 20125854 - 20125556
Alignment:
Q  20 aatgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcat-----c 114  Q
    |||||||||| || ||| | ||||| ||| ||||||||| |||||||| ||||| | | |||||||||| |||| |||||| |||| ||||| |     |    
T  20125854 aatgtctaacatgcggtttatggacaaaccgtcaacacggaatggatctaagaatcaagaactccttgcgacaagaacaagtataacgtctctttcaagc 20125755  T
Q  115 caaacaatccaacatcaa--agactaatgaggattttgaaaactccccaaagttata--gtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacac 210  Q
    |||| | ||||||||||   ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||  | ||||||||    
T  20125754 caaatagtccaacatcatgtagactgatgaggattttgaaacctcccccaagttatatagagccaaacttcgtgaaggtgaaagattctactgccaacac 20125655  T
Q  211 ggatacagaacc-cacgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    ||||||| |||| ||| |  |||| ||  | |||||| |||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||    
T  20125654 ggatacaaaacctcacacagacaatccactttgctgcaacagaaaggttcacggtcatttctagccaaatccaatagaaaacaacttaaaaccaattga 20125556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 31 - 308
Target Start/End: Original strand, 22999637 - 22999928
Alignment:
Q  31 tgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcatcc-----aaacaatcca 125  Q
    |||||||| || |||||| ||||||| | || | ||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||  | |     ||||||||||    
T  22999637 tgtggtgtatgaaccaaccgtcaacatggaacgaatctaagaaccaacaactcgttgcagcaacaacaagcataacgtctatttcgagtgaaacaatcca 22999736  T
Q  126 acatcaaa------gactaatgaggattttgaaaactccccaaagttata--gtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggataca 217  Q
    || |||||      || | ||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||  |||||||||||||||||| ||||||  || |||||||  |||||    
T  22999737 acttcaaacaggtagaatgatgaggattttgaaacctcccctaagttatatagtaacaaacttcgtgaaggtgaaagattctaccaccaacacaaataca 22999836  T
Q  218 gaaccc-acgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
     ||||| ||||| |||| ||  ||||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||| || | ||| ||||||||||| ||||||||    
T  22999837 aaaccccacgccaacaatccactatgctgcgacaataagcttcaccaccatttctatccaaatcccacagatagcaactcaaaaccaattga 22999928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 22381883 - 22381794
Alignment:
Q  21 atgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtct 110  Q
    ||||||||  |||| ||| || |||||| ||||||| |||| | ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||    
T  22381883 atgtctaaagtgtgttgtatgaaccaaccgtcaacatgaaacgaatccaagaaccaacaactcgttgcagcaacaacaagcataacgtct 22381794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 22913909 - 22913820
Alignment:
Q  21 atgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtct 110  Q
    ||||||||  |||| ||| || |||||| ||||||| |||| | ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||    
T  22913909 atgtctaaagtgtgttgtatgaaccaaccgtcaacatgaaacgaatccaagaaccaacaactcgttgcagcaacaacaagcataacgtct 22913820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0044
Description:

Target: scaffold0044; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 21 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 22141 - 21845
Alignment:
Q  21 atgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcat-----cc 115  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||| |||| ||| ||||||| |||||||||||| ||| |||||||| |||  || | |     ||    
T  22141 atgtctaacatgtggtgtatggacaaaccgtcaacacggaatgaatcgaagaaccaacaactccttgcgacatcaacaagcctaacatcactttcaagcc 22042  T
Q  116 aaacaatccaacatcaaa--gactaatgaggattttgaaaactccccaaagttata--gtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacg 211  Q
    ||||| |||||||||| |  |||  ||||||||||||||| | |  | ||||||||  | | |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  22041 aaacagtccaacatcagacagaccgatgaggattttgaaaccgcatccaagttatatagagtcaaacttcgtgaaggtgagagattctaccgccaacacg 21942  T
Q  212 gatacagaaccc-acgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||| | ||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  21941 gattcagaaccccacgcctacaacccct-atgttgtgacggaaagcttcacggccatttctagccaaatccaatagaaatcaattcaaatccaattga 21845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 91; Significance: 4e-44; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 25 - 269
Target Start/End: Original strand, 22998337 - 22998589
Alignment:
Q  25 ctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcat-----ccaaac 119  Q
    ||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||| |     ||||||    
T  22998337 ctaacatgcggtgtatggaccaaccgtcaacacgaaattcatccaagaaccaacagctccttgcgacagcaacaagcataacgtctctttcgagccaaac 22998436  T
Q  120 aatccaacatcaaagactaatgaggattttgaaaactccccaaagt--tatagtgccaaacttcgtgaaggtgag-agattcgtccgccaacacggatac 216  Q
    | |||||||||||||||| ||| | ||||| |||  ||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| | ||||||| || |||||||||||||    
T  22998437 agtccaacatcaaagactgatgcgaattttaaaatatccccaa-gtaatatagtgccaaacttcgtgaaggtggggagattcgaccaccaacacggatac 22998535  T
Q  217 agaaccc-acgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccattt 269  Q
     || ||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  22998536 ggatccccacccctacaacccgttatgttgcgacagaaagcttcacaaccattt 22998589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 20 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 34967867 - 34967571
Alignment:
Q  20 aatgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcat-----c 114  Q
    |||||||||| |||||||| ||||  ||| ||||||||| |||||||| ||||||| | ||||| |  | ||| ||||| | |||| ||||| |     |    
T  34967867 aatgtctaacatgtggtgtatggaa-aaccgtcaacacggaatggatcaaagaaccaaaaactcatctcgacagcaacaggtataacgtctctttcgagc 34967769  T
Q  115 caaacaatccaacatcaa--agactaatgaggattttgaaaactccccaaagt-tatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacg 211  Q
    |||||| ||||||||||   ||||| ||||||||||||||| ||||| ||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  34967768 caaacagtccaacatcaggtagactgatgaggattttgaaa-ctcccgaagttatatagagccaaacttcgtgaaggtgagagattctaccgccaacacg 34967670  T
Q  212 gatacagaacc-cacgcctacaaccc----gttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttctagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaat 305  Q
    |||||| |||| ||||||||||| ||     |||||||| ||||||||| || ||||||||||||| ||||| |||||| |||||| |||||| |||||    
T  34967669 gatacataacctcacgcctacaatccattaattatgctgtgacagaaagttttacgaccatttctaaccaaatccaatataaagcagctcaaaaccaat 34967571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 173 - 308
Target Start/End: Original strand, 13151648 - 13151785
Alignment:
Q  173 ccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaacacggatacagaaccc--acgcctacaacccgttatgctgcgacagaaagcttcacgaccatttc 270  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  | |||||||||||  | ||||||| | | |||||||| | ||||||     
T  13151648 ccaaatttcgtgaaggtgagagattcgaccaccaacacggatacagaaccccaatgcctacaacccactgtgctgcggccgtaagcttcatgtccattta 13151747  T
Q  271 tagccaaaaccaatagaaagcaactcaaatccaattga 308  Q
    |||| ||| |||| |||||||||||||||  |||||||    
T  13151748 tagctaaatccaacagaaagcaactcaaaatcaattga 13151785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 21 - 111
Target Start/End: Original strand, 7406471 - 7406561
Alignment:
Q  21 atgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctc 111  Q
    ||||||||  |||||||| ||||||||| |||||||| ||| | || |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  7406471 atgtctaaaatgtggtgtatggaccaaccgtcaacacaaaacgaattcaagaaccaacaactacttgcaacaacaacaagcataacgtctc 7406561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 61; Significance: 4e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 20 - 207
Target Start/End: Original strand, 93083 - 93278
Alignment:
Q  20 aatgtctaacttgtggtgtgtggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcat-----c 114  Q
    |||||||||| |  ||||| ||||| ||  || |||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||| |||| ||||| |     |    
T  93083 aatgtctaacatacggtgtatggacaaatcgttaacacggaatggatccaagaaccaagaactccttgcaataacaacaagtataacgtctctttcgagc 93182  T
Q  115 caaacaatccaacatcaa--agactaatgaggattttgaaaactccccaaagt-tatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaa 207  Q
    |||||| ||||||||||   ||||| |||| |||||||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  93183 caaacagtccaacatcaggtagactgatgatgattttgaaatctccccaaattatatagagccaaacttcgtgaaggtgagagattctaccgccaa 93278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069 (Bit Score: 51; Significance: 3e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0069
Description:

Target: scaffold0069; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 41 - 208
Target Start/End: Original strand, 19362 - 19538
Alignment:
Q  41 ggaccaactgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctcat-----ccaaacaatccaacatcaa--a 133  Q
    |||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||| ||| ||| ||| |||| ||||| |     ||||||| |||| |||||   |    
T  19362 ggacaaaccgtcaacacggaatggatccaagaaccaagaactccttgctacagcaataagtataacgtctctttcgagccaaacagtccagcatcaggta 19461  T
Q  134 gactaatgaggattttgaaaactccccaaagttata--gtgccaaacttcgtgaaggtgagagattcgtccgccaac 208  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||  | |||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||    
T  19462 gactgatgaggattttgaaacctcccccaagttatatagagccaaacttcgtaaaggtgagagattctaccgccaac 19538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University