View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6692_low_4 (Length: 588)

Name: NF6692_low_4
Description: NF6692
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6692_low_4
NF6692_low_4
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (134-583)||(17031883-17032341)
chr5 (134-389)||(17002553-17002808)
chr5 (145-577)||(17042434-17042875)
chr5 (198-581)||(17048351-17048742)
chr5 (192-583)||(17036655-17037062)
chr5 (235-581)||(16994632-16994987)
chr5 (235-581)||(17017867-17018222)
chr5 (200-430)||(17025014-17025249)
chr5 (1-69)||(17031750-17031818)
chr5 (420-501)||(16988137-16988218)
chr5 (419-496)||(17017288-17017365)
chr5 (225-259)||(16982518-16982552)
chr5 (235-274)||(17097267-17097306)
chr5 (235-273)||(17082391-17082429)
chr5 (327-379)||(17017213-17017265)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 386; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 134 - 583
Target Start/End: Original strand, 17031883 - 17032341
Alignment:
Q  134 cttacatattctgtaattgaacacacaacttgtcctaaagtctttgagcacttgattgtggagtttgttggtatttgatgatggataggtgttggttgaa 233  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17031883 cttacatattctgtaattgaacatacaacttgtcctaaagtctttgagcacttgattgtggagtttgttggtatttgatgatggataggtgttggttgaa 17031982  T
Q  234 cccaagagttcccccaaacacttcatttaagaagaactatcttttctaatggattttagaccaaatagatagatattctaatgcatgaagcgttcaaagg 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17031983 cccaagagttcccccaaacacttcatttaagaagaactatctatcctaatggattttaaaccaaatagatagatattctcatgcatgaagcgttcaaagg 17032082  T
Q  334 aactctaagagacaatcaacaaaaagtttatcagc--tagatctacttcactagcttgttggctaaataatgcatagctatattgttctatatatagtaa 431  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17032083 aactctaagagacaatcaacaaaaagtttatgagctatagatctacttcactagcttgttggctaaataatgcatagctatattgttctatatatagtaa 17032182  T
Q  432 agatatcgtgttcaaagtacaaatatatgtgaaaatttgtgtggccatttataaagttagtttgctat-------caatgaacatagtcaggatgtttgg 524  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||       |||||||||||||||||||||||||    
T  17032183 agatatcgtgttcaaagtacaaatatatgtgaaaatttgtgtggccatttataaagttagtctactatcattgaacaatgaacatagtcaggatgtttgg 17032282  T
Q  525 ccataggaattgggaatatcattctacgaaatcaaatatattcttcttgtgatgtccat 583  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17032283 ccataggaattgggaatatcattctacgaaaccaaatatattcttcttgtgatgtccat 17032341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 134 - 389
Target Start/End: Original strand, 17002553 - 17002808
Alignment:
Q  134 cttacatattctgtaattgaacacacaacttgtcctaaagtctttgagcacttgattgtggagtttgttggtatttgatgatggataggtgttggttgaa 233  Q
    ||||||||||  |||||||||||| || |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17002553 cttacatatttggtaattgaacacgcagcttgtcctaaacactttgagcacttgattgtggagtttgttggtatttgatgatggataggtgttggttgaa 17002652  T
Q  234 cccaagagttcccccaaacacttcatttaagaagaactatcttttctaatggattttagaccaaatagatagatattctaatgcatgaagcgttcaaagg 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17002653 cccaagagttcccccaaacacttcatttaagaagaactatcttttctaatggattttagaccaaatagatagatattctcatgcatgaagcgttcaaagg 17002752  T
Q  334 aactctaagagacaatcaacaaaaagtttatcagctagatctacttcactagcttg 389  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  17002753 aactctaagagacaatcaacataaagctaatcagctagatctacttcactagcttg 17002808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 145 - 577
Target Start/End: Original strand, 17042434 - 17042875
Alignment:
Q  145 tgtaattgaacacacaacttgtcctaaagtctttgagcacttgattgtggagtttgttggtatttgatgatggataggtgttggttgaacccaagagttc 244  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||  | |||| ||| ||| | | ||| ||||| || |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||    
T  17042434 tgtaattgagcacacaacttgtcctaaacacattgatcacgtgaatttagagcttgttagtgtttgatgatttataagtgttggttgaacccaagagttc 17042533  T
Q  245 ccccaaacacttcatttaagaagaactatcttttctaatggattttagaccaaatagatagatattctaatgcatgaagcgttcaaaggaactctaagag 344  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17042534 ccccaaacacttcatttaagaagaactat-ttttctaatggattttagaccaa----atagatattctcatgcatgaagcgttcaaaggaactctaagag 17042628  T
Q  345 acaatcaacaaaaagtttatcagctagatctacttcactagctt-----gttggctaaataatgcatagctatattgttctatatatagtaaagatatcg 439  Q
    ||||||||||||||| | || |||| |||||  |  ||| | ||     |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||| |    
T  17042629 acaatcaacaaaaagctaataagctggatctgatagacttgttttatgcgttggctaaataatgcatag-tataatgttctatatatagtacaaatattg 17042727  T
Q  440 tgttcaaagtacaaatatatgtgaaaatttgtgtggccatttataaagttagtttgctatc-------aatgaacatagtcaggatgtttggccatagga 532  Q
     |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||       ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17042728 ggttcaaagtacaaagatacgtgaaaatttgtgtggccatttataaagttagtctactatcattgaaaaatgaacatagtcaggatgtttggcaatagga 17042827  T
Q  533 attgggaatatcattctacgaaatca---aatatattcttcttgtgat 577  Q
    ||||||||||||||| || |||||||   |||||||||||||||||||    
T  17042828 attgggaatatcattatatgaaatcaaataatatattcttcttgtgat 17042875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 198 - 581
Target Start/End: Original strand, 17048351 - 17048742
Alignment:
Q  198 ttgttggtatttgatgatggataggtgttggttgaacccaagagttcccccaaacacttcatttaagaaga-actatcttttctaatggattttagacca 296  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17048351 ttgttagtgtttgatgatggataggtgctggttgaacccaagagttcccccaaacacttcatagaagaaaagactatcttttctaatggatattagacca 17048450  T
Q  297 aatagatagatattctaatgcatgaagcgttcaaaggaactctaagagacaatcaacaaaaagtttatcagctagatctacttcactagctt-----gtt 391  Q
    |||||    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||| | | |  |  ||||| ||     |||    
T  17048451 aatag----atattctcatgcatgaagcgttcaaaggaactctaagagacaatcaacaaaaagctaataagctggttttgatagactagttttctgcgtt 17048546  T
Q  392 ggctaaataatgcatagctatattgttctatatatagtaaagatatcgtgttcaaagtacaaatatatgtgaaaatttgtgtggccatttataaagttag 491  Q
    |||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||| | |||| | |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17048547 ggctaaatgatgcatag-tataatgttctatatatagtacaaatattgggttcaaagtacaaagatacgtgaaaatttgtgtggccatttataaagttag 17048645  T
Q  492 tttgctat-------caatgaacatagtcaggatgtttggccataggaattgggaatatcattctacgaaatcaaatatattcttcttgtgatgtcc 581  Q
    | | ||||       |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17048646 tctactatcattgaacaatgaacatagtcaggatgtttggcaataggaattgggaatatcattatatgaaatcaaatatattcttcttgtgatgtcc 17048742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 192 - 583
Target Start/End: Original strand, 17036655 - 17037062
Alignment:
Q  192 tggagtttgttggtatttgatgatggataggtgttggttgaacccaagagttcccccaaacacttcatttaagaagaactatcttttctaatggatttta 291  Q
    ||||| |||||||||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||    
T  17036655 tggagcttgttggtatttaatgatgtattggtgctggttgaacccaagagttcccccaaacacttcattgatgaagaactatcttttctaatggatatta 17036754  T
Q  292 gaccaaatagatagatattctaatgcatgaagcgttcaaaggaactctaagagacaatcaacaaaaagtttatcagctagatctacttcactagctt--- 388  Q
    ||||||    ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||  |  ||||| ||       
T  17036755 gaccaa----atacatattctcatgcatgaagcgttcaaaggaactctaagaaacaatcaacaaaaagctaataagctagatctgttagactagtttgct 17036850  T
Q  389 --gttggctaaataatgcatagctatattgttctatatatagtaaagatatcgtgttcaaagtacaa------atatatgtgaaaatttgtgtggccatt 480  Q
      |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||| | |||||||| ||||      |||||  ||||||||| ||||||||||    
T  17036851 gcgttggctaaataatgcatag-tataatgttctatatatagtacaaatattgggttcaaagcacaaagatatatatacttgaaaatttttgtggccatt 17036949  T
Q  481 tataaagttagtttgctatc-------aatgaacatagtcaggatgtttggccataggaattgggaatatcattctacgaaatca---aatatattcttc 570  Q
    ||||||||||||  ||||||       ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||   ||||||||||||    
T  17036950 tataaagttagtcagctatcattgaaaaatgaacatagtcaggatgtttggcaataggaattgggaatatcattatatgaaatcaaataatatattcttc 17037049  T
Q  571 ttgtgatgtccat 583  Q
    |||||||||||||    
T  17037050 ttgtgatgtccat 17037062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 235 - 581
Target Start/End: Original strand, 16994632 - 16994987
Alignment:
Q  235 ccaagagttcccccaaacacttcatttaagaagaa-ctatcttttctaatggattttagaccaaatagatagatattctaatgcatgaagcgttcaaagg 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16994632 ccaagagttcccccaaacacttcattgaaaaaatggctatcttttctaatggactttagaccaaatagatagatattctcatgcatgaagcgttcaaagg 16994731  T
Q  334 aactctaagagacaatcaacaaaaagtttatcagctagatctacttcactagctt-----gttggctaaataatgcatagctatattgttctatatatag 428  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | || ||||||||||  |  ||||| ||     |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||     
T  16994732 aactctaagagacaatcaacataaagctaataagctagatctgttagactagtttgctgcgttggctaaataatgcatag-tataatgttctatatatat 16994830  T
Q  429 taaagatatcgtgttcaaagtacaaatatatgtgaaaatttgtgtggccatttataaagttagtttgctat-------caatgaacatagtcaggatgtt 521  Q
    || | |||| | |||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||       ||||||||||||||||||||||    
T  16994831 tacaaatattgggttcaaagcacaaagatacttgaaaatttgtgtggccatttataaagttagtctactatcattgaacaatgaacatagtcaggatgtt 16994930  T
Q  522 tggccataggaattgggaatatcattctacgaaatcaaatatattcttcttgtgatgtcc 581  Q
    |||| | ||||||| || |||| ||  || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16994931 tggcaaaaggaatt-ggtatattat--tatgaaatcaaatatattcttcttgtgatgtcc 16994987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 235 - 581
Target Start/End: Original strand, 17017867 - 17018222
Alignment:
Q  235 ccaagagttcccccaaacacttcatttaagaagaa-ctatcttttctaatggattttagaccaaatagatagatattctaatgcatgaagcgttcaaagg 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17017867 ccaagagttcccccaaacacttcattgaaaaaatggctatcttttctaatggactttagaccaaatagatagatattctcatgcatgaagcgttcaaagg 17017966  T
Q  334 aactctaagagacaatcaacaaaaagtttatcagctagatctacttcactagctt-----gttggctaaataatgcatagctatattgttctatatatag 428  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | || ||||||||||  |  ||||| ||     |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||     
T  17017967 aactctaagagacaatcaacataaagctaataagctagatctgttagactagtttgctgcgttggctaaataatgcatag-tataatgttctatatatat 17018065  T
Q  429 taaagatatcgtgttcaaagtacaaatatatgtgaaaatttgtgtggccatttataaagttagtttgctat-------caatgaacatagtcaggatgtt 521  Q
    || | |||| | |||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||       ||||||||||||||||||||||    
T  17018066 tacaaatattgggttcaaagcacaaagatacttgaaaatttgtgtggccatttataaagttagtctactatcattgaacaatgaacatagtcaggatgtt 17018165  T
Q  522 tggccataggaattgggaatatcattctacgaaatcaaatatattcttcttgtgatgtcc 581  Q
    |||| | ||||||| || |||| ||  || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17018166 tggcaaaaggaatt-ggtatattat--tatgaaatcaaatatattcttcttgtgatgtcc 17018222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 200 - 430
Target Start/End: Original strand, 17025014 - 17025249
Alignment:
Q  200 gttggtatttgatgatggataggtgttggttgaacccaagagttcccccaaacacttcatttaagaaga-actatcttttctaatggattttagaccaaa 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17025014 gttggtatttgatgatggataggtgttggttgaacccaagagttcccccaaacacttcatagaagaaaatactatcttttctaatggattttaaaccaaa 17025113  T
Q  299 tagatagatattctaatgcatgaagcgttcaaaggaactctaagagacaatcaacaaaaagtttatcagctagatctacttca--ctagcttg-----tt 391  Q
     |||||    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||  ||||||||     ||    
T  17025114 gagata---tttctcatgcatgaagcgttcaaaggaactctaagagacaatcaacaaaaagcttatcagctagatctgattcatgctagcttgctgcctt 17025210  T
Q  392 ggctaaataatgcatagctatattgttctatatatagta 430  Q
    || || || |||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  17025211 ggttatattatgcataggtataatgttctatatatagta 17025249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 69
Target Start/End: Original strand, 17031750 - 17031818
Alignment:
Q  1 aacacagaatttattagaggtgtgtctgatatggactcttaaaaaatggttcaaaggtgaacctttatc 69  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17031750 aacacagaatttattagaggtgtgtctgatatggactcttaaaaaatggttcaaaggtgaacctttatc 17031818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 420 - 501
Target Start/End: Original strand, 16988137 - 16988218
Alignment:
Q  420 tatatatagtaaagatatcgtgttcaaagtacaaatatatgtgaaaatttgtgtggccatttataaagttagtttgctatca 501  Q
    ||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||    
T  16988137 tatatatagtacatatattgtgttcaaagtacaaatatacgtgtaaatttgtgtggccatgtataaagtttgtttgcaatca 16988218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 419 - 496
Target Start/End: Original strand, 17017288 - 17017365
Alignment:
Q  419 ctatatatagtaaagatatcgtgttcaaagtacaaatatatgtgaaaatttgtgtggccatttataaagttagtttgc 496  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | | ||||||||| ||||||    
T  17017288 ctatatatagtacagatattgtgttcaaagtacaaatatacgtgaaaatttgtgtggtcttgtataaagtttgtttgc 17017365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 225 - 259
Target Start/End: Original strand, 16982518 - 16982552
Alignment:
Q  225 ttggttgaacccaagagttcccccaaacacttcat 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16982518 ttggttgaacccaagagttcccccaaacacttcat 16982552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 235 - 274
Target Start/End: Original strand, 17097267 - 17097306
Alignment:
Q  235 ccaagagttcccccaaacacttcatttaagaagaactatc 274  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  17097267 ccaagagttcccccaaacacttcattgaacaagaactatc 17097306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 235 - 273
Target Start/End: Original strand, 17082391 - 17082429
Alignment:
Q  235 ccaagagttcccccaaacacttcatttaagaagaactat 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  17082391 ccaagagttcccccaaacacttcattgaacaagaactat 17082429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 327 - 379
Target Start/End: Original strand, 17017213 - 17017265
Alignment:
Q  327 tcaaaggaactctaagagacaatcaacaaaaagtttatcagctagatctactt 379  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||| | ||||||| ||| |||||    
T  17017213 tcaaaggaactctaagagacaatgaataaaaagctaatcagcttgatatactt 17017265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University