View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6694_high_1 (Length: 617)

Name: NF6694_high_1
Description: NF6694
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6694_high_1
NF6694_high_1
[»] chr4 (62 HSPs)
chr4 (23-609)||(27485938-27486524)
chr4 (29-606)||(27478884-27479461)
chr4 (23-606)||(27506263-27506843)
chr4 (23-277)||(27497317-27497571)
chr4 (378-578)||(27500938-27501137)
chr4 (48-259)||(27527064-27527281)
chr4 (23-184)||(27563341-27563502)
chr4 (32-200)||(27489928-27490096)
chr4 (27-182)||(27468326-27468481)
chr4 (27-184)||(27425796-27425953)
chr4 (30-290)||(27514771-27515029)
chr4 (27-184)||(27415608-27415762)
chr4 (28-126)||(27411456-27411554)
chr4 (27-184)||(27412654-27412805)
chr4 (30-184)||(27565953-27566107)
chr4 (29-277)||(27475580-27475828)
chr4 (27-200)||(27503890-27504063)
chr4 (27-184)||(27570048-27570205)
chr4 (28-187)||(27486964-27487123)
chr4 (27-182)||(27524510-27524665)
chr4 (28-190)||(27424514-27424676)
chr4 (28-126)||(27567297-27567395)
chr4 (27-184)||(27420392-27420549)
chr4 (28-169)||(27513776-27513917)
chr4 (27-184)||(27585672-27585829)
chr4 (23-190)||(27556374-27556541)
chr4 (33-182)||(27508838-27508987)
chr4 (29-190)||(27571601-27571762)
chr4 (23-190)||(27414299-27414466)
chr4 (334-455)||(27526881-27527001)
chr4 (23-190)||(27421926-27422097)
chr4 (29-190)||(27419072-27419233)
chr4 (30-187)||(27501298-27501455)
chr4 (28-184)||(27431148-27431304)
chr4 (28-184)||(27444794-27444950)
chr4 (28-184)||(27557473-27557629)
chr4 (29-184)||(27498399-27498554)
chr4 (28-187)||(27526112-27526271)
chr4 (30-184)||(27554293-27554447)
chr4 (27-184)||(27423206-27423363)
chr4 (28-137)||(27495567-27495676)
chr4 (28-184)||(27505702-27505858)
chr4 (28-187)||(27469441-27469600)
chr4 (27-184)||(17970283-17970440)
chr4 (544-589)||(27468898-27468943)
chr4 (549-606)||(27503442-27503499)
chr4 (28-184)||(27479885-27480041)
chr4 (23-79)||(27559235-27559291)
chr4 (28-187)||(27476668-27476827)
chr4 (547-606)||(27556962-27557021)
chr4 (28-119)||(27595434-27595525)
chr4 (513-606)||(27489628-27489721)
chr4 (545-606)||(27524041-27524102)
chr4 (28-72)||(27460574-27460618)
chr4 (382-437)||(27473128-27473183)
chr4 (29-72)||(27473988-27474031)
chr4 (28-187)||(27523403-27523562)
chr4 (544-606)||(27514410-27514472)
chr4 (23-76)||(27540099-27540152)
chr4 (28-72)||(27466917-27466961)
chr4 (549-589)||(27476133-27476173)
chr4 (28-80)||(27600641-27600693)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (27-246)||(1756756-1756981)
chr5 (27-191)||(1754665-1754829)
chr5 (30-163)||(1754243-1754376)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (27-184)||(50909944-50910101)
chr3 (27-171)||(55084783-55084927)
chr3 (27-184)||(38024874-38025031)
chr3 (27-184)||(38031326-38031483)
chr3 (27-184)||(38043887-38044044)
chr3 (22-184)||(38036787-38036949)
chr3 (27-184)||(38028765-38028922)
chr3 (27-184)||(38040080-38040237)
chr3 (28-184)||(50904792-50904948)
chr3 (54-184)||(38033805-38033935)
chr3 (27-184)||(50911868-50912025)
chr3 (27-75)||(48840711-48840759)
chr3 (28-190)||(50913474-50913636)
chr3 (149-190)||(38032260-38032301)
chr3 (149-190)||(38027433-38027474)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (27-184)||(21607295-21607452)
chr8 (27-184)||(21604753-21604910)
chr8 (149-190)||(21608235-21608276)
chr8 (27-104)||(21634607-21634684)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (27-184)||(3073553-3073710)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (114-181)||(21477460-21477526)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 567; Significance: 0; HSPs: 62)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 567; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 609
Target Start/End: Original strand, 27485938 - 27486524
Alignment:
Q  23 ttcagtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtat 122  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27485938 ttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtat 27486037  T
Q  123 gatattgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctgctgattttagagctgcttggctagctgtga 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27486038 gatattgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctgctgattttagagctgcttggctagctgtga 27486137  T
Q  223 atgatgcccgtcgaataacatttaaacggaaacccatgtttggtgattgtttgagggagaagaacaaactcaacaaagtaaatatctcaaaaaatttaga 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27486138 atgatgcccgtcgaataacatttaaacggaaacccatttttggtgattgtttgagggagaagaacaaactcaacaaagtaaatatctcaaaaaatttaga 27486237  T
Q  323 agaatgtaactaatacttgaggatgtcaacgacttgtgttgtgtttgaagccaatttgtaagtatatttatagttactgagattctttgcaaacctaatt 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27486238 agaatgtaactaatacttgaggatgtcaacgacttgtgttgtgtttgaagccaatttgtaagtatatttatagttactgagattctttgcaaacctaatt 27486337  T
Q  423 ccaagctaaattatttcttgaaagagttaaaggataagatgatataccatgtggtgttgtctaaacattgtaccaccaccctttcaagttcaacctcata 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27486338 ccaagctaaattatttcttgaaagagttaaaggataagatgatataccatgtggtgttgtctaaacattataccaccaccctttcaaattcaacctcata 27486437  T
Q  523 ttttatcatccattaactatcacttcataattgtgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattattaaagtgttgatgtccatct 609  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27486438 ttttttcatccattaactatcacttcataattgtgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattattaaagtgttgatgtccatct 27486524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 546; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 606
Target Start/End: Original strand, 27478884 - 27479461
Alignment:
Q  29 gcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatatt 128  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27478884 gcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatatt 27478983  T
Q  129 gggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctgctgattttagagctgcttggctagctgtgaatgatg 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27478984 gggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctgctgattttagagctgcttggctagctgtgaatgatg 27479083  T
Q  229 cccgtcgaataacatttaaacggaaacccatgtttggtgattgtttgagggagaagaacaaactcaacaaagtaaatatctcaaaaaatttagaagaatg 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27479084 cccgtcgaataacatttaaacggaaacccatttttggtgattgtttgagagagaagaacaaactcaacaaagtaaatatctcaaaaaatttagaagaatg 27479183  T
Q  329 taactaatacttgaggatgtcaacgacttgtgttgtgtttgaagccaatttgtaagtatatttatagttactgagattctttgcaaacctaattccaagc 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27479184 taactaatacttgaggatgtcaacgacttgtgttgtgtttgaagccaatttgtaagtatatttatagttactgagattctttgcaaacctaattccaagc 27479283  T
Q  429 taaattatttcttgaaagagttaaaggataagatgatataccatgtggtgttgtctaaacattgtaccaccaccctttcaagttcaacctcatattttat 528  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27479284 taaattatttcttgaaagagttaaaggataagatgatataccatgtggtgttgtctaaacattgtaccaccaccctttcaagttcaacctcatattttat 27479383  T
Q  529 catccattaactatcacttcataattgtgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattattaaagtgttgatgtcca 606  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||    
T  27479384 catctattaactatcacttcataattgtgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattatcatggtgctgatgtcca 27479461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 27506843 - 27506263
Alignment:
Q  23 ttcagtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtat 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27506843 ttcagtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggtttaagtat 27506744  T
Q  123 gatattgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctgctgattttagagctgcttggctagctgtga 222  Q
    ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||  |  |    
T  27506743 gatattgggatcacaaaccgcgtctgtttctctccgacatatactgcaacatagccctttggaactcctgctgattttgatgctgcttggctagtcgcaa 27506644  T
Q  223 atgatgcccgtcgaataacatttaaacggaaacccatgtttggtgattgtttgagggagaagaacaaactcaacaaagtaaatatctcaaaaaatttaga 322  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||| ||| | |||||||||||    
T  27506643 atgatgcctgtcgaataacatttaagcggaaacccatttttggtgattgtttgaaggtgaagaacaaactcaagaaagcaaagatcac-aaaaatttaga 27506545  T
Q  323 agaatgtaactaatacttgaggatgtcaacgacttgtgttgtgtttgaagccaatttgtaagtatatttatagttactgagattctttgcaaacctaatt 422  Q
    ||||| |||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  27506544 agaatctaactaatactttaggataccaatgacttgtgttgtgtttgatgcctatttgtaagtatatttatagttactaatattctttgcaaacctaatt 27506445  T
Q  423 ccaagctaaattatttcttgaaagagttaaaggataagatgatataccatgtggtgttgtctaaacattgtaccaccaccctttcaagttcaacctcata 522  Q
    ||||| |||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  27506444 ccaagataaattattgtttgaaagaattaaaggataagatgatatagcatgtgg-gttgtctaaagattgta-caccaccctttcaaattcaacctcata 27506347  T
Q  523 ttttatcatccattaactatcacttcataattgtgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattattaaagtgttgatgtcca 606  Q
    |||  |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  27506346 tttgttcatgcattaactatcacttcataattttgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattatcaaagtgctgatgtcca 27506263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 23 - 277
Target Start/End: Original strand, 27497317 - 27497571
Alignment:
Q  23 ttcagtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtat 122  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| ||||| || ||||||   | ||| | |||||||||||||||||| ||||||    
T  27497317 ttcagtgcaaggaatggtgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatattgaaacaatggttggtttaagtat 27497416  T
Q  123 gatattgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctgctgattttagagctgcttggctagctgtga 222  Q
    || || ||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||   | |||||| ||||| || |    
T  27497417 gagatagggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctacagattttgatgatgcttgtctagcagtta 27497516  T
Q  223 atgatgcccgtcgaataacatttaaacggaaacccatgtttggtgattgtttgag 277  Q
     |||||||| | || || ||| ||||||||||||||| ||| ||  |||||||||    
T  27497517 ctgatgcccttagagtagcatgtaaacggaaacccatttttagttcttgtttgag 27497571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 378 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 27501137 - 27500938
Alignment:
Q  378 ttgtaagtatatttatagttactgagattctttgcaaacctaattccaagctaaattatttcttgaaagagttaaaggataagatgatataccatgtggt 477  Q
    |||| |||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27501137 ttgttagtatatttatagttattgaggttctttggaaacccaattacaagctaaattattgtttgaaagagttaaaggataagatgatatagcatgtggt 27501038  T
Q  478 gttgtctaaacattgtaccaccaccctttcaagttcaacctcatattttatcatccattaactatcacttcataattgtgtaaacatgtttcagacatgt 577  Q
    ||||| | || |||||||| |||||||||||| | ||||| | |||||  |||| ||||||  |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27501037 gttgttttaagattgtacc-ccaccctttcaactgcaaccacttatttgttcatgcattaagaagtacttcataattgtgtaagcatgtttcagacatgt 27500939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 48 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 27527281 - 27527064
Alignment:
Q  48 cccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattgggacaacaaaccgcttct 147  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||   ||||| ||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||||  |||||||| ||||    
T  27527281 cccatgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcagcaactctagaaacgatggttggtttaagtgtgatattgggatcacaaaccgtttct 27527182  T
Q  148 gtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctgctgattttagagctgcttggctagc------tgtgaatgatgcccgtcgaataac 241  Q
    |||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||||| ||| ||||||| ||||      | | |||||||| |||||| |||     
T  27527181 gtttatctccaacatacaccgcaagatagccctttggtacttctgatgattttggagatgcttggttagcagtagatcttaatgatgctcgtcgactaaa 27527082  T
Q  242 atttaaacggaaacccat 259  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  27527081 atttaaacggaaatccat 27527064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 23 - 184
Target Start/End: Original strand, 27563341 - 27563502
Alignment:
Q  23 ttcagtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtat 122  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||   ||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  27563341 ttcagtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcggcttgactcagcaaatcttgaaacaatgtttggttcaagtat 27563440  T
Q  123 gatattgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
    ||||  ||||  ||||  | ||| ||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  27563441 gatacggggatcacaattctcttttgtttatctccaacgtacactgcaagatagccctttgg 27563502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 32 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 27490096 - 27489928
Alignment:
Q  32 aggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattggg 131  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||  | ||| ||||||||  |||||| ||| |||||||| |  |||    
T  27490096 aggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgattcaacaaatcttgaaatgatggtttgtttaagtatgacacaggg 27489997  T
Q  132 acaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctgctgatttt 200  Q
    || |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  27489996 actacaaaccgtttttgtttctctccaacatacactacaacatagccctttcttacttctgctgatttt 27489928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 27 - 182
Target Start/End: Original strand, 27468326 - 27468481
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||   | ||| ||||||||  | |||||||| ||||||||||    
T  27468326 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggtttaagtatgata 27468425  T
Q  127 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagcccttt 182  Q
      ||||| |||||||||  | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27468426 cagggactacaaaccgcaccagtttctctccaacatacaccgcaacatagcccttt 27468481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 27 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 27425953 - 27425796
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||   ||||   |  || ||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  27425953 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 27425854  T
Q  127 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
    ||||||  ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  27425853 ttgggatcacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttgg 27425796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 30 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 27515029 - 27514771
Alignment:
Q  30 caaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattg 129  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||   | ||| ||||||||  | ||||| |||||||||||||  |    
T  27515029 caaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgatacag 27514930  T
Q  130 ggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctgctgattttagagctgcttggctagctgtgaatgatgc 229  Q
    |||| |||||||||  | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||| | ||||||   | |||||| |||||||| |  ||| |    
T  27514929 ggactacaaaccgcaccagtttctctccaacatacaccgcaacatagccctttctcacttctacagattttgatgttgcttgtctagctgttaccgatcc 27514830  T
Q  230 ccgtcgaataacatttaaacggaaacccatgtttggtgattgtttgagggagaagaacaaa 290  Q
     | | |||||   |||||||| |||||||| ||| || |||||||||  ||||||||||||    
T  27514829 tcttagaatagagtttaaacgaaaacccattttttgttattgtttga--gagaagaacaaa 27514771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 27 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 27415762 - 27415608
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||   | ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27415762 gtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagtatgata 27415663  T
Q  127 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
    | ||||  ||||| ||||| |||||   ||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  27415662 tggggatcacaaatcgcttttgttt---tccaacatacactgcaagatatccctttgg 27415608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 28 - 126
Target Start/End: Original strand, 27411456 - 27411554
Alignment:
Q  28 tgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27411456 tgcaaggaattgtgagaccacccataggatgatcatatccaaattcttcttctgcttgatttagtaattcttgaaacgatggttggttcaagtatgata 27411554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 27 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 27412805 - 27412654
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||   |  || |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27412805 gtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgata 27412706  T
Q  127 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
    ||||||  |||||||      ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  27412705 ttgggatcacaaacc------gtttctctccaacatacacggcaatatatccctttgg 27412654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 30 - 184
Target Start/End: Original strand, 27565953 - 27566107
Alignment:
Q  30 caaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattg 129  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||   ||||| ||  ||||    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  27565953 caaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccatgctcttcctcaacttgtatcagcaagtcttgaaacaatggttggttcaggtatgatatgg 27566052  T
Q  130 ggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
    |||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  27566053 ggatcacaaatcgcttttgtttctctccaacatacactgcaagatatccctttgg 27566107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 29 - 277
Target Start/End: Original strand, 27475580 - 27475828
Alignment:
Q  29 gcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatatt 128  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||   | ||| ||||||||  | ||||| |||||||||||||      
T  27475580 gcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgataca 27475679  T
Q  129 gggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctgctgattttagagctgcttggctagctgtgaatgatg 228  Q
    || || |||||||||  |  |||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||| ||||||||   | || ||| |||||||| |  |||     
T  27475680 ggaactacaaaccgcgccaatttctctccaacatacacggcaacatagccctttttcacttctactgattttgatgttgtttgtctagctgttaccgatc 27475779  T
Q  229 cccgtcgaataacatttaaacggaaacccatgtttggtgattgtttgag 277  Q
    | | | |||||   ||||||||||||||||| ||| || ||||||||||    
T  27475780 ctcttagaatagagtttaaacggaaacccattttttgttattgtttgag 27475828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 27 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 27504063 - 27503890
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||   | ||| ||||||||  | |||||||||||||||||||    
T  27504063 gtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaagtatgata 27503964  T
Q  127 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctgctgatttt 200  Q
      || || |||||||||  |  |||||||||||||||||| | |||||||||||||   |||||| ||||||||    
T  27503963 caggaactacaaaccgcgccaatttctctccaacatacacggaaacatagccctttttcacttctactgatttt 27503890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 27 - 184
Target Start/End: Original strand, 27570048 - 27570205
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||   ||||| ||||||||  | |||||| | ||||||||||    
T  27570048 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgata 27570147  T
Q  127 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
      ||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  27570148 cggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttgg 27570205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 28 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 27487123 - 27486964
Alignment:
Q  28 tgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatat 127  Q
    |||||||||| || || |||||||| |||||||||||| |||||| |||||| ||||| |  | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||     
T  27487123 tgcaaggaatagtaagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcttcagcttggttcaacaattcttgaaacgatggttggtttaagtatgataa 27487024  T
Q  128 tgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaac 187  Q
     ||||  ||||||||||||  ||||||||| || |||||||| | ||| |||||||||||    
T  27487023 agggatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttggaac 27486964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 27 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 27524665 - 27524510
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||  | ||| ||||||||  | ||||||||||| |||||||    
T  27524665 gtgcacggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgattcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatgata 27524566  T
Q  127 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagcccttt 182  Q
      || || |  |||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27524565 caggaactatgaaccgcgtcagtttctctccaacatacactgcaacgtagcccttt 27524510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 28 - 190
Target Start/End: Original strand, 27424514 - 27424676
Alignment:
Q  28 tgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatat 127  Q
    |||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| | ||||| |||||||||||||||  | |||||||||||||||||||     
T  27424514 tgcacggaatggtaagaccacccattggatgatcatatccatattcttcttcagattgatttagcaattcttgaaatgaaggttggttcaagtatgatac 27424613  T
Q  128 tgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttc 190  Q
    ||| |  ||||||||| ||  ||  ||||||||||| ||||| | |||||| ||||| |||||    
T  27424614 tggaatcacaaaccgcctcatttgatctccaacatagactgcgagatagccttttgggacttc 27424676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 28 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 27567395 - 27567297
Alignment:
Q  28 tgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27567395 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcataaccaaattcttcttctgtttgatttagtaattcttgaaacgatggttggttcaagtatgata 27567297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 27 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 27420549 - 27420392
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||||   |||||  |||||||  | |||||| ||||||||||||    
T  27420549 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaacttgactcagcaagccttgaaatgaaggttggctcaagtatgata 27420450  T
Q  127 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
      ||||  | | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  27420449 cggggattaaataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttgg 27420392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 28 - 169
Target Start/End: Original strand, 27513776 - 27513917
Alignment:
Q  28 tgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatat 127  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| || ||| |||||| ||||| |  | ||||||||| ||| | | ||||||||||||||||||    
T  27513776 tgcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcatattgttcttcagcttggttcaacaattcttggaacgaggtttggttcaagtatgatat 27513875  T
Q  128 tgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgc 169  Q
    |||||  ||||||||||||  ||||||||| |||||||||||    
T  27513876 tgggatcacaaaccgcttcattttctctcctacatacactgc 27513917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 27 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 27585829 - 27585672
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||   | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27585829 gtgcaaggaatggtgagacctcccattggatgatcatatccaaactcttcttcggcttgactcatcaaatcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 27585730  T
Q  127 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
      ||||  ||||| | ||| ||||| || |||||  ||||||| | ||| ||||||||    
T  27585729 cggggatcacaaatctcttttgtttatcaccaacgcacactgcgagatatccctttgg 27585672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 23 - 190
Target Start/End: Original strand, 27556374 - 27556541
Alignment:
Q  23 ttcagtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtat 122  Q
    |||| |||| ||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||  ||    
T  27556374 ttcactgcatggaattgtgagaccacccatagaatgatcatatccaaattcttcttctgcttgatgtagtaattcttgaaatgaaggttggttcaataat 27556473  T
Q  123 gatattgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttc 190  Q
    || || || |  ||||| ||||||  ||| ||||||||||| ||||| | |||||| ||||| |||||    
T  27556474 gaaatgggaatcacaaatcgcttcattttttctccaacataaactgcgagatagccttttgggacttc 27556541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 33 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 27508987 - 27508838
Alignment:
Q  33 ggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattggga 132  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| ||||| || || ||||  | ||| ||||||||  | ||||||||||| ||||| |  || |    
T  27508987 ggaatggtgaggccacccgttggatgatcatatccaaactcttcctcagcctgattcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatgacacaggaa 27508888  T
Q  133 caacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagcccttt 182  Q
    | ||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27508887 cgacaaaacgcgtcagtttctctccaacatacactgcaacatagcccttt 27508838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 29 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 27571762 - 27571601
Alignment:
Q  29 gcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatatt 128  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||| |||| ||| |||| ||||||| |    
T  27571762 gcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaacgatggctggctcaaatatgatact 27571663  T
Q  129 gggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttc 190  Q
    || |  || |||||| ||  | | ||||||||||| ||||| | |||||| ||||| |||||    
T  27571662 ggaatcacgaaccgcctcattctatctccaacatagactgcgagatagccttttgggacttc 27571601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 23 - 190
Target Start/End: Original strand, 27414299 - 27414466
Alignment:
Q  23 ttcagtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtat 122  Q
    |||| |||| ||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||  | |||||||||||||||    
T  27414299 ttcactgcacggaattgtaagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaatgagggttggttcaagtat 27414398  T
Q  123 gatattgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttc 190  Q
    ||||  || |  ||||||||  ||  ||| |||||||| || ||||||| |||||| ||||| |||||    
T  27414399 gatacaggaatcacaaaccgtctcattttatctccaacgtagactgcaagatagccttttggcacttc 27414466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 334 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 27527001 - 27526881
Alignment:
Q  334 aatacttgaggatgtcaacgacttgtgttgtgtttg-aagccaatttgtaagtatatttatagttactgagattctttgcaaacctaattccaagctaaa 432  Q
    ||||||||| |||| ||| |||||||||| | |||| |||  || |||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||    
T  27527001 aatacttgacgatgccaatgacttgtgttatttttggaag--aaattgtaagtatatttatagttactgaggttctctggaaacctaattccaagctaaa 27526904  T
Q  433 ttatttcttgaaagagttaaagg 455  Q
    |||||  || |||||||||||||    
T  27526903 ttattgtttaaaagagttaaagg 27526881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 23 - 190
Target Start/End: Original strand, 27421926 - 27422097
Alignment:
Q  23 ttcagtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatcc----aaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaa 118  Q
    |||| |||||||||| ||||| |||||| | |||||||| |||||    |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  27421926 ttcactgcaaggaattgtgagaccacccgttggatgatcgtatccatccaaattcttcttctgcttgatttagtaattcttgaaataatggttggttcaa 27422025  T
Q  119 gtatgatattgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttc 190  Q
    |||||||| ||| |  || ||||| |||  | | ||||||||||| ||||| | |||||| ||||| |||||    
T  27422026 gtatgatactggaatcacgaaccgtttcattctatctccaacatagactgcgagatagccttttgggacttc 27422097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 29 - 190
Target Start/End: Original strand, 27419072 - 27419233
Alignment:
Q  29 gcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatatt 128  Q
    ||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||| |||| ||| |||| ||||||| |    
T  27419072 gcaaggaattgtaagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaacgatggctggctcaaatatgatact 27419171  T
Q  129 gggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttc 190  Q
    || |  || |||||| ||  | | ||||||||||| ||||| | |||||| ||||| |||||    
T  27419172 ggaatcacgaaccgcctcattctatctccaacatagactgcgagatagccttttgggacttc 27419233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 30 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 27501455 - 27501298
Alignment:
Q  30 caaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattg 129  Q
    |||||||| ||||| |||||| | |||||||| ||| |||||| ||| || ||||| |  | ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27501455 caaggaatagtgagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattg 27501356  T
Q  130 ggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaac 187  Q
    |||  |||||||| |||  || |||||||||||| ||||| | | | |||||||||||    
T  27501355 ggatcacaaaccgtttcatttcctctccaacatatactgctagacatccctttggaac 27501298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 28 - 184
Target Start/End: Original strand, 27431148 - 27431304
Alignment:
Q  28 tgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatat 127  Q
    |||||||||| ||||| |||||  | ||||| ||||||||||||| ||| || |||||||  | ||||||||||||  | ||||||||||||||||||||    
T  27431148 tgcaaggaattgtgagaccaccggttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatat 27431247  T
Q  128 tgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
    |||||  ||||||| ||||  ||  || |||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  27431248 tgggatcacaaacctcttcatttcatccccaacatatactgcaatatatccctttgg 27431304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 28 - 184
Target Start/End: Original strand, 27444794 - 27444950
Alignment:
Q  28 tgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatat 127  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||| ||| || |||||||  |  |||||||||||  ||| |||| |||||||||||||    
T  27444794 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatat 27444893  T
Q  128 tgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
    |||||  ||||||| ||||  || ||||||||| || ||||||| ||| ||||||||    
T  27444894 tgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttgg 27444950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 28 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 27557629 - 27557473
Alignment:
Q  28 tgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatat 127  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||| |||||| ||||| |||||| ||| || |||||||  ||||||||||||||  |||||||||| |||||||| ||    
T  27557629 tgcatggaatagtgagaccacccattggatgaacatattcaaattgttcctcagcttgattcagcaattcttgaaatgatggttggtttaagtatgacat 27557530  T
Q  128 tgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
    |||||  ||||||| ||||  || |||||||||||| || |||| ||| ||| ||||    
T  27557529 tgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacatatacggcaagatatccccttgg 27557473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 29 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 27498554 - 27498399
Alignment:
Q  29 gcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatatt 128  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| | |||| ||| || ||||| |  | ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||     
T  27498554 gcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcgaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttggaacgatggttggttcaagtatgatata 27498455  T
Q  129 gggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
    ||||  ||||| || |||  || |||||||||||| ||||| | ||| ||||||||    
T  27498454 gggatcacaaaacgtttcatttcctctccaacatatactgctagatatccctttgg 27498399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 28 - 187
Target Start/End: Original strand, 27526112 - 27526271
Alignment:
Q  28 tgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatat 127  Q
    |||||||||| ||||| |||||| | |||||||||||| |||||| ||| || |||||    | ||||||||| ||  | | |||||||||||||||||     
T  27526112 tgcaaggaatagtgagaccacccgttggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaagtatgatac 27526211  T
Q  128 tgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaac 187  Q
     || |  ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||    
T  27526212 aggaatcacaaaccgcttcattttctctccaacatacactgctagatatccctttggaac 27526271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 30 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 27554447 - 27554293
Alignment:
Q  30 caaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattg 129  Q
    |||||||| ||||| | |||| | ||||||||||||||||||| ||| || |||||||  ||||||||||||||| |||||||| | ||  | || ||||    
T  27554447 caaggaattgtgagactacccgttggatgatcatatccaaattgttcctcagcttgattcagcaattcttgaaacgatggttggcttaacaaagaaattg 27554348  T
Q  130 ggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
      |  ||||||||||||  || |||||||||||| |||||||  || ||||||||    
T  27554347 atatcacaaaccgcttcatttcctctccaacatatactgcaaggtatccctttgg 27554293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 27423363 - 27423206
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||||  || ||||| ||||| || ||||||   | ||||||||||||  | |||||||||||||||||||    
T  27423363 gtgcaaggaacggtgaggccacccatgggatgattgtaaccaaactcttcctcggcttgactcaacaattcttgaaatgaaggttggttcaagtatgata 27423264  T
Q  127 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
    |  |||  |||  |||  ||||||||| ||||||||| || |||| ||| | ||||||    
T  27423263 tgcggatcacatgccgtgtctgtttctatccaacatatacagcaagatatctctttgg 27423206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 27495676 - 27495567
Alignment:
Q  28 tgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatat 127  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||| | ||||||| |||||||| |||| |  |||||||| ||||||    ||||| | ||||||||||||    
T  27495676 tgcaaggaatggtgagaccacccattggatgattaaatccaaactcttcttcagctttacctagcaattgttgaaaagcaggttgatgcaagtatgatat 27495577  T
Q  128 tgggacaaca 137  Q
    ||| ||||||    
T  27495576 tggaacaaca 27495567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 28 - 184
Target Start/End: Original strand, 27505702 - 27505858
Alignment:
Q  28 tgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatat 127  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||| |||||| ||| || ||||| |  | ||||||||| ||  | | |||||||||||||||||     
T  27505702 tgcaaggaatagtgagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaattcttggaatgaggtttggttcaagtatgatac 27505801  T
Q  128 tgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
     || |  ||||||||||||  ||||||||| || |||||||| | ||| ||||||||    
T  27505802 aggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatacccctttgg 27505858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 27469600 - 27469441
Alignment:
Q  28 tgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatat 127  Q
    |||||||||| || || |||||||| ||||| |||||| |||||| |||||| |||||    | || |||||| ||  ||| ||| ||||| ||||||||    
T  27469600 tgcaaggaatagttagaccacccattggatgttcatattcaaattgttcttcagcttggctcaacagttcttgtaatgatgtttgcttcaaatatgatat 27469501  T
Q  128 tgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaac 187  Q
     ||||  ||||||||||||  ||||||||| || |||||||| | ||| |||||||||||    
T  27469500 agggatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttggaac 27469441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 27 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 17970440 - 17970283
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||  ||   ||||| | ||||||  | | |||||||||||||||      
T  17970440 gtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggttcaagtatgacg 17970341  T
Q  127 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
    | ||||  ||||||||||||  || ||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||    
T  17970340 tagggatcacaaaccgcttcatttcctctccaacgtacaccgcaagatatccctttgg 17970283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #45
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 544 - 589
Target Start/End: Original strand, 27468898 - 27468943
Alignment:
Q  544 acttcataattgtgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattat 589  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27468898 acttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattat 27468943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #46
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 549 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 27503499 - 27503442
Alignment:
Q  549 ataattgtgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattattaaagtgttgatgtcca 606  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||    
T  27503499 ataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgttgatgtcca 27503442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #47
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 27480041 - 27479885
Alignment:
Q  28 tgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatat 127  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||| ||| || ||||| |  | ||| | ||| ||  ||| |||||||||||||||||     
T  27480041 tgcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaacttttggaatgatgtttggttcaagtatgatac 27479942  T
Q  128 tgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
     || |  ||||| ||||||  ||||||||| || || ||||| | |||||| |||||    
T  27479941 aggaatcacaaaacgcttcattttctctcctacgtatactgctagatagccttttgg 27479885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #48
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Original strand, 27559235 - 27559291
Alignment:
Q  23 ttcagtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttc 79  Q
    |||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  27559235 ttcactgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcatatccaaactcttcttc 27559291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #49
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 28 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 27476827 - 27476668
Alignment:
Q  28 tgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatat 127  Q
    |||||||||| || || |||||||| |||||||||||| |||||| ||| ||   |||    |||| |||||| ||  | | |||||||||||||||||     
T  27476827 tgcaaggaatagttagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcagttcttggaatgaggtttggttcaagtatgatac 27476728  T
Q  128 tgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaac 187  Q
     || |  ||||||||||||  |||||| |||||||||||||| | ||| |||||||||||    
T  27476727 aggaatcacaaaccgcttcattttctcaccaacatacactgctagatatccctttggaac 27476668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #50
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 547 - 606
Target Start/End: Original strand, 27556962 - 27557021
Alignment:
Q  547 tcataattgtgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattattaaagtgttgatgtcca 606  Q
    |||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  27556962 tcataattttgtaaacatgctttagacatgttttcttcattatgatagtgttgatttcca 27557021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #51
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 28 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 27595525 - 27595434
Alignment:
Q  28 tgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaag 119  Q
    |||||||||| || || ||||||||||||||||   ||||||| |||| ||| ||||||  ||| ||||||||||| |||||| ||||||||    
T  27595525 tgcaaggaattgtaagaccacccatgggatgattgaatccaaactctttttctgcttgacttagtaattcttgaaataatggtcggttcaag 27595434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #52
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 513 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 27489721 - 27489628
Alignment:
Q  513 caacctcatattttatcatccattaactatcacttcataattgtgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattattaaagtgttgatgtcca 606  Q
    |||||||||||||  |||| |||||| |   ||||  ||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  27489721 caacctcatatttattcatgcattaattggtactttgtaattttgtaaacatgctttagacatgttttcttcattatgaaaatgtcgatgtcca 27489628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #53
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 545 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 27524102 - 27524041
Alignment:
Q  545 cttcataattgtgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattattaaagtgttgatgtcca 606  Q
    ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| | | || |||||||||    
T  27524102 cttcataatttcgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtcca 27524041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #54
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 28 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 27460618 - 27460574
Alignment:
Q  28 tgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaatt 72  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  27460618 tgcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaatt 27460574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #55
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 382 - 437
Target Start/End: Original strand, 27473128 - 27473183
Alignment:
Q  382 aagtatatttatagttactgagattctttgcaaacctaattccaagctaaattatt 437  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||| || ||| | |||||||||||||||||||    
T  27473128 aagtatatttatagttattgaggttctctgaaaatccaattccaagctaaattatt 27473183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #56
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 29 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 27474031 - 27473988
Alignment:
Q  29 gcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaatt 72  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  27474031 gcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaatt 27473988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #57
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 187
Target Start/End: Original strand, 27523403 - 27523562
Alignment:
Q  28 tgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatat 127  Q
    |||||||||| || || |||||||| ||||| |||||| |||||| ||| || ||||     | ||||||||| ||  | | ||||||||| |||||||     
T  27523403 tgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaagtttggttcaaatatgatac 27523502  T
Q  128 tgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaac 187  Q
     || |  ||||||||||||  ||||||||| || |||||||| | |||||||||||||||    
T  27523503 aggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatagccctttggaac 27523562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #58
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 544 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 27514472 - 27514410
Alignment:
Q  544 acttcataattgtgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattattaaagtgttgatgtcca 606  Q
    ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||| |||||| | | || |||||||||    
T  27514472 acttcataattttgtaaacatgctttagacatgttttctgcattatgataatgctgatgtcca 27514410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #59
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 27540152 - 27540099
Alignment:
Q  23 ttcagtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttc 76  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||  || |||||||||||    
T  27540152 ttcactgcaaggaatggttagtccacccattggatgatggtacccaaattcttc 27540099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #60
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 28 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 27466961 - 27466917
Alignment:
Q  28 tgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaatt 72  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  27466961 tgcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcaaatt 27466917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #61
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 549 - 589
Target Start/End: Original strand, 27476133 - 27476173
Alignment:
Q  549 ataattgtgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattat 589  Q
    |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  27476133 ataattttgtaagcatgcttcagacatgttttcttcattat 27476173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #62
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 28 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 27600693 - 27600641
Alignment:
Q  28 tgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttcc 80  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| |||||||  || |||||||||||||||    
T  27600693 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatgattgtaaccaaattcttcttcc 27600641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 27 - 246
Target Start/End: Original strand, 1756756 - 1756981
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||   | ||| | ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1756756 gtgcaaggaatggtgaggccacccatggggtgatcatatccaaattcttcttcagcttgactcaacaagtattgaaacgatggttggttcaagtatgata 1756855  T
Q  127 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctgctgattttagagctgcttggctagctg------t 220  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||| |||||||  ||||||||||||||| |      |    
T  1756856 ttgggatcacaaaccgcttctgtttctctccaacattcactgcaagatagccctttggtacatctgatgattttgaagctgcttggctagcagtagcact 1756955  T
Q  221 gaatgatgcccgtcgaataacattta 246  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  1756956 taatgatgcccgtcgaataacattta 1756981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 27 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 1754829 - 1754665
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    |||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||  | ||||||   | |||   ||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  1754829 gtgcaaagaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttccgcagcttgactcaacaaggattgaaacgatggttgattcaagtatgata 1754730  T
Q  127 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttct 191  Q
    ||||||  |||  ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1754729 ttgggatcacatgccgtttctgtttctctccaatatacactgcaacatagccctttggaacttct 1754665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 30 - 163
Target Start/End: Original strand, 1754243 - 1754376
Alignment:
Q  30 caaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattg 129  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||| | ||| || | ||  | |||||||| ||||||  | | |||||||||||||||||  |    
T  1754243 caaggaatagtgagaccacccatcggatgatcatattcaaactgttcctcagatttgtttagcaatttttgaaatgacgattggttcaagtatgatacgg 1754342  T
Q  130 ggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacata 163  Q
    |||  ||||||||||||  ||  |||||||||||    
T  1754343 ggatcacaaaccgcttcatttcttctccaacata 1754376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 62; Significance: 2e-26; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 27 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 50910101 - 50909944
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||| | ||||||  | | ||||||||||||||| |    
T  50910101 gtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaattcttcctccacttgattcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagtatgaca 50910002  T
Q  127 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
    | |||| ||||||||||  |  || |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  50910001 tggggataacaaaccgcagcatttgctctccaacatacactgcaagataaccctttgg 50909944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 27 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 55084927 - 55084783
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||  ||   | ||| ||||||||  |||||||||||||||| || |    
T  55084927 gtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccaaattcttcctccgcccgactcaacaagtcttgaaatgatggttggttcaagtaagaca 55084828  T
Q  127 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaa 171  Q
    | ||||  ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  55084827 tagggatcacaaaccgcttcattttctctccaacatacactgcaa 55084783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 27 - 184
Target Start/End: Original strand, 38024874 - 38025031
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||   |  || | ||||||  | | ||||||||||||||| |    
T  38024874 gtgcaaggaatcgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagcttggttcaagtatgaca 38024973  T
Q  127 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
    | |||| |||||||||||||  || |||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  38024974 tggggataacaaaccgcttcatttgctctccaacatatactgcaagatagccctttgg 38025031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 27 - 184
Target Start/End: Original strand, 38031326 - 38031483
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||   |  || | ||||||  | | ||||||||||||||| |    
T  38031326 gtgcaaggaatcgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagcttggttcaagtatgaca 38031425  T
Q  127 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
    | |||| |||||||||||||  || |||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  38031426 tggggataacaaaccgcttcatttgctctccaacatatactgcaagatagccctttgg 38031483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 27 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 38044044 - 38043887
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||   ||||| ||||||||| | | ||| ||||||||||| |    
T  38044044 gtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaacgaagtttgattcaagtatgaca 38043945  T
Q  127 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
    | ||||  ||||||||||||  || ||||||||  |||||||||| ||||| ||||||    
T  38043944 tagggatcacaaaccgcttcatttcctctccaaagtacactgcaagatagctctttgg 38043887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 22 - 184
Target Start/End: Original strand, 38036787 - 38036949
Alignment:
Q  22 attcagtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagta 121  Q
    |||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||||   | ||| | ||||||  | | ||||||||||||    
T  38036787 attctgtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaaattttgaaatgaagcttggttcaagta 38036886  T
Q  122 tgatattgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
    ||  || |||||||||||||| |||  || ||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  38036887 tggcatggggacaacaaaccgtttcatttgctctccaacgtacactgcaagatagccctttgg 38036949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 27 - 184
Target Start/End: Original strand, 38028765 - 38028922
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||   | ||  | ||||||  | | |||||||||||||||      
T  38028765 gtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaggttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacg 38028864  T
Q  127 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
    | |||| |||||| ||||||  || ||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  38028865 tggggataacaaatcgcttcatttgctctccaacgtacactgcaagatagccctttgg 38028922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 184
Target Start/End: Original strand, 38040080 - 38040237
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||||   | ||  | ||||||  | | |||||||||||||||      
T  38040080 gtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaggttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacg 38040179  T
Q  127 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
    | |||| |||||| ||||||  || ||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  38040180 tggggataacaaatcgcttcatttgctctccaacgtacactgcaagatagccctttgg 38040237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 28 - 184
Target Start/End: Original strand, 50904792 - 50904948
Alignment:
Q  28 tgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatat 127  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| || || ||| ||   | ||| ||||||||  | | |||||||||||| || ||    
T  50904792 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccgaattcatcctctgctcgactcaacaagtcttgaaatgaagtttggttcaagtaggacat 50904891  T
Q  128 tgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
      |||  ||||||||||||  ||  |||||||| |||||||||| ||| ||||||||    
T  50904892 atggatcacaaaccgcttcatttcttctccaacgtacactgcaagatatccctttgg 50904948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 54 - 184
Target Start/End: Original strand, 38033805 - 38033935
Alignment:
Q  54 ggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattgggacaacaaaccgcttctgtttct 153  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || ||||||   | ||| | ||||||  | | |||||||||||||||  | |||| |||||||||||||  || ||    
T  38033805 ggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaaccgcttcatttgct 38033904  T
Q  154 ctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
    ||||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  38033905 ctccaatgtacactgcaagatagccctttgg 38033935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 27 - 184
Target Start/End: Original strand, 50911868 - 50912025
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    ||||||||||| || || |||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||   | ||| | ||||||  | | |||||||||||||||      
T  50911868 gtgcaaggaattgttaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagtatgact 50911967  T
Q  127 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
    | ||||  |||||||| |||   || ||||||||||| || |||| ||||||||||||    
T  50911968 tggggatcacaaaccgtttcatcttgtctccaacatataccgcaagatagccctttgg 50912025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 27 - 75
Target Start/End: Original strand, 48840711 - 48840759
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattctt 75  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  48840711 gtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaattctt 48840759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 50913636 - 50913474
Alignment:
Q  28 tgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatat 127  Q
    |||| ||||| || || |||||||| ||||||   || |||||||| ||||| |||||    |||||||||||||| || || |  |||||| |||||||    
T  50913636 tgcagggaattgtaagaccacccattggatgacagtagccaaattcctcttcagcttggctaagcaattcttgaaataaaggctcattcaagaatgatat 50913537  T
Q  128 tgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttc 190  Q
    ||| |  |  |||| ||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||    
T  50913536 tggaatcaagaacctcttcattttctctccaacatacactgcaagatagccttttgggacttc 50913474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 149 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 38032301 - 38032260
Alignment:
Q  149 tttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttc 190  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  38032301 tttctctccaacatacactgcaagatagccttttggaacttc 38032260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 149 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 38027474 - 38027433
Alignment:
Q  149 tttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttc 190  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||    
T  38027474 tttctctccaacatacactgcaagatggccttttggaacttc 38027433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 184
Target Start/End: Original strand, 21607295 - 21607452
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    ||||||||||  ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||   |  || | ||||||  | | | ||||||||||||| |    
T  21607295 gtgcaaggaaccgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagctcggttcaagtatgaca 21607394  T
Q  127 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
    | |||| |||||||||||||  || |||||||||||| || |||| ||| ||||||||    
T  21607395 tggggataacaaaccgcttcatttgctctccaacatataccgcaagatatccctttgg 21607452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 27 - 184
Target Start/End: Original strand, 21604753 - 21604910
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||  |||||   | ||  | ||||||  | | |||||||||||||||      
T  21604753 gtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatcctaattcttcctcgtcttgactcaacatgttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacg 21604852  T
Q  127 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
    | |||| |||||| ||||||  || |||||| || |||||||||| ||||||||||||    
T  21604853 tggggataacaaatcgcttcatttgctctcctacttacactgcaagatagccctttgg 21604910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 149 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 21608276 - 21608235
Alignment:
Q  149 tttctctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttc 190  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  21608276 tttctctccaacatacactgcaagatagccttttggaacttc 21608235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 21634684 - 21634607
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaac 104  Q
    ||||||||||| ||||  || |||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||   ||||| |||||||||    
T  21634684 gtgcaaggaattgtgaagccgcccattcgatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaac 21634607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 27 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 3073710 - 3073553
Alignment:
Q  27 gtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 126  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||  ||   ||||| | ||||||  | | |||||||||||||||      
T  3073710 gtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggttcaagtatgacg 3073611  T
Q  127 ttgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 184  Q
    | ||||  ||||||||||||  || ||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||    
T  3073610 tagggatcacaaaccgcttcatttcctctccaacgtacaccgcaagatatccctttgg 3073553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000006; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 114 - 181
Target Start/End: Original strand, 21477460 - 21477526
Alignment:
Q  114 ttcaagtatgatattgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctt 181  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||| |  ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21477460 ttcaagtatgatattgggata-caaacggtgtcattttctctccaacatacactgcaacatagccctt 21477526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University