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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF6697_low_2 (Length: 770)
Name: NF6697_low_2
Description: NF6697
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6697_low_2 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 737; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 737; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 757
Target Start/End: Complemental strand, 56169274 - 56168518
Alignment:
| Q |
1 |
atttacataaaataggttagcacagcctagagaaagtgataaacaaaatcataaaagacaaacactaaagtgaaatgataaaaagcattatatcataata |
100 |
Q |
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| T |
56169274 |
atttacataaaataggttagcacagcctagagaaagtgataaacaaaatcataaaagacaaacactaaagtgaaatgataaaaagcattatatcataata |
56169175 |
T |
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| Q |
101 |
ggcataagacaaacgttaatgccaaataacaagaccaatcaaaagattgtcatctaaaattatcaattcttgttagaaatataataaacaggtagcaact |
200 |
Q |
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| T |
56169174 |
ggcataagacaaacgttaatgccaaataacaagaccaatcaaaagattgtcatctaaaattatcaattcttgttagaaatataataaacaggtagcaact |
56169075 |
T |
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| Q |
201 |
ctagtcaggcataacaatagcaatgacaatgatatcaggacaaaaggaatgccttaattgaactttatacacgatcctatatataaccgcacatattagg |
300 |
Q |
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| T |
56169074 |
ctagtcagccataacaatagcaatgacaatgatatcaggacaaaaggaatgccttaattgaactttatacacgatcctatatataaccgcacatattagg |
56168975 |
T |
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| Q |
301 |
ctcctaagcatcagtagcaaaatgttcattgatattattacctgcaatacgcatatatgcctttaaacctcaaaagaaagttctctaatgggcaaaaaca |
400 |
Q |
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| T |
56168974 |
ctcctaagcatcactagtaaaatgttcattgatattattacctgcaatacgcatatatgcctttaaacctcaaaagaaagttctttaatgggcaaaaaca |
56168875 |
T |
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| Q |
401 |
gtgtcatttcgcctaggtggtctgtcaggaatagatcctggcttgaatttggaagcttcatgccttgccaattcaggtggaacaggactgttactctgaa |
500 |
Q |
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| T |
56168874 |
gtgtcatttcgcctaggtggtctgtcaggaatagatcctggcttgaatttggaagcttcatgccttgccaattcaggtggaacaggactgttactctgaa |
56168775 |
T |
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| Q |
501 |
tgagcatctgcttaagttcataaaagacatcagtgtcctgaagagtcaggaatgttgtagccacacctgtctttcctgcacgaccagtacgcccaatacg |
600 |
Q |
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| T |
56168774 |
tgagcatctgcttaagttcataaaagacatcagtgtcctgaagagtcaggaatgttgtagccacacctgtctttcctgcacgaccagtacgcccaatacg |
56168675 |
T |
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| Q |
601 |
atgggtgtacatttcaatattcccaggcatatcatagttgataacatgagccacatcaggaatgtcaataccacgtccagcaacatcggttgcaacaagc |
700 |
Q |
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| T |
56168674 |
atgggtgtacatttcaatattcccaggcatatcatagttgataacatgagccacatcaggaatgtcaataccacgtccagcaacatcggttgcaacaagc |
56168575 |
T |
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| Q |
701 |
acattatatctcttggtcctaaatccttcaagactaatctccctctgatcctgtgat |
757 |
Q |
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| T |
56168574 |
acattatatctcttggtcctaaatccttcaagactaatctccctctgatcttgtgat |
56168518 |
T |
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Target: chr6 (Bit Score: 557; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 557; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 83 - 757
Target Start/End: Original strand, 706522 - 707192
Alignment:
| Q |
83 |
aagcattatatcataataggcataagacaaacgttaatgccaaataacaagaccaatcaaaagattgtcatctaaaattatcaattcttgttagaaatat |
182 |
Q |
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| T |
706522 |
aagcattatatcataataagcataaaacaaagattaacaccaaataacaagaccaatcaaaagattgtcatctaaaactatcaattcttgttagaaatat |
706621 |
T |
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| Q |
183 |
aataaacaggtagcaactctagtcaggcataacaatagcaatgacaatgatatcaggacaaaaggaatgccttaattgaactttatacacgatcctatat |
282 |
Q |
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| T |
706622 |
aataaacaggtagcaactctagtcaggcataacaatagcaatggcaatgatatcaggacaaaaggaatgccttaattgaatttcatacaagatcctatat |
706721 |
T |
|
| Q |
283 |
ataaccgcacatattaggctcctaagcatcagtagcaaaatgttcattgatattattacctgcaatacgcatatatgcctttaaacctcaaaagaaagtt |
382 |
Q |
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| T |
706722 |
ataatcgcacatattaggctcctaagcatcacttgcaaaatattcattgatatt--tacctgcaatatgcatatatgcctttaaacctcaa--gaaagtt |
706817 |
T |
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| Q |
383 |
ctctaatgggcaaaaacagtgtcatttcgcctaggtggtctgtcaggaatagatcctggcttgaatttggaagcttcatgccttgccaattcaggtggaa |
482 |
Q |
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| T |
706818 |
ctctaatgggtaaaaacagtgtcgtttcgcctaggtggtctgtcgggaatagatcctggcttgaatttggaagcttcatgccttgccaattcatgtggaa |
706917 |
T |
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| Q |
483 |
caggactgttactctgaatgagcatctgcttaagttcataaaagacatcagtgtcctgaagagtcaggaatgttgtagccacacctgtctttcctgcacg |
582 |
Q |
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| T |
706918 |
caggactgttactctgaatgagcatctgcttaagttcataaaagacatcagtgtcctgaagagtcaggaatgttgtagccacacccgtctttcctgcacg |
707017 |
T |
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| Q |
583 |
accagtacgcccaatacgatgggtgtacatttcaatattcccaggcatatcatagttgataacatgagccacatcaggaatgtcaataccacgtccagca |
682 |
Q |
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| T |
707018 |
gccggtacgcccaatacgatgggtgtacatttcaatattcccaggcatatcatagttgataacatgagccacatcaggaatgtcaataccacgtccagca |
707117 |
T |
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| Q |
683 |
acatcggttgcaacaagcacattatatctcttggtcctaaatccttcaagactaatctccctctgatcctgtgat |
757 |
Q |
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| T |
707118 |
acatcggttgcaacaagcacattatatctcttggtcctaaatccttcaagactaatttccctctgatcctgtgat |
707192 |
T |
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