View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6698_low_22 (Length: 490)

Name: NF6698_low_22
Description: NF6698
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6698_low_22
NF6698_low_22
[»] chr8 (20 HSPs)
chr8 (13-471)||(6423413-6423871)
chr8 (198-469)||(6351754-6352025)
chr8 (198-469)||(7458577-7458848)
chr8 (181-469)||(6362670-6362958)
chr8 (198-467)||(6331395-6331664)
chr8 (198-469)||(7470979-7471250)
chr8 (198-467)||(6320888-6321157)
chr8 (305-469)||(6274123-6274287)
chr8 (346-469)||(6390632-6390755)
chr8 (178-469)||(6288246-6288537)
chr8 (198-469)||(6409689-6409960)
chr8 (20-106)||(6331055-6331141)
chr8 (346-467)||(6369683-6369804)
chr8 (20-91)||(6287965-6288036)
chr8 (20-91)||(6320593-6320664)
chr8 (13-106)||(6351496-6351589)
chr8 (20-100)||(6273714-6273794)
chr8 (13-91)||(7458237-7458315)
chr8 (419-466)||(6456798-6456845)
chr8 (13-91)||(7470639-7470717)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (406-465)||(9605566-9605625)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 447; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 471
Target Start/End: Original strand, 6423413 - 6423871
Alignment:
Q  13 catccgaagcataaggataatcctcaatcaaaaggcgaatgccgtgtggtgaagctggatcctcaacagccactcctctgcataacaagcaaggtatatc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6423413 catccgaagcataaggataatcctcaatcaaaaggcgaatgccgtgtggtgaagctggatcctcaacagccactcctctgcataacaagcaaggtatatc 6423512  T
Q  113 acattagcataaataaaaattacttttgtgaatcaattgctttttcctttatgaataaacatagaatctaatgctttgtaatatcaccttttgagtagat 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6423513 acattagcataaataaaaattacttttgtgaatcaattgctttttcctttatgagtaaacatagaatctaatgctttgtaatatcaccttttgagtagat 6423612  T
Q  213 catttggtagcccttgctcagtgaaaacccaatccctatatgcaacagcagacatttccaaagcatatcctccccacaagaatgttgattctataatacc 312  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6423613 cattaggtagcccttgctcagtgaaaacccaatccctatatgcaacagcagacatttccaaagcatatcctccccacaagaatgttgattctataatacc 6423712  T
Q  313 ctcagcattgacaaggacattccgtgcaagtgaatttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagtaaaagtttgtggacagggtgaaccgtactaagg 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6423713 ctcagcattgacaaggacattccgtgcaagtgaatttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagtaaaagtttgtggacagggtgaaccgtactaagg 6423812  T
Q  413 tgtctgtttgttgctatgatgaacggctcaacaacagcatgagtgttcaacctgtcata 471  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6423813 tgtctgtttgttgctatgatgaacggctcaacaacagcgtgagtgttcaacctgtcata 6423871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 198 - 469
Target Start/End: Original strand, 6351754 - 6352025
Alignment:
Q  198 accttttgagtagatcatttggtagcccttgctcagtgaaaacccaatccctatatgcaacagcagacatttccaaagcatatcctccccacaagaatgt 297  Q
    ||||||||| |||||| || ||||| ||||||||| |||||  ||||||| | ||  |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| ||    
T  6351754 accttttgattagatcgttaggtagtccttgctcaatgaaattccaatccttgtaaacaacagcagacatttccaaagcataatttccccacaagaaggt 6351853  T
Q  298 tgattctataataccctcagcattgacaaggacattccgtgcaagtgaatttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagtaaaagtttgtggacaggg 397  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| | |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||    
T  6351854 tgattctataataccctctgcattgaccaagacatttcgtgcaagtgcatttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagtaaaagtttatgaataggg 6351953  T
Q  398 tgaaccgtactaaggtgtctgtttgttgctatgatgaacggctcaacaacagcatgagtgttcaacctgtca 469  Q
    ||||||  |||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  6351954 tgaaccacactaagatgcctgtttgttgctatgatgaatggctcaacaacagcgtgggtgttcaacctgtca 6352025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 198 - 469
Target Start/End: Original strand, 7458577 - 7458848
Alignment:
Q  198 accttttgagtagatcatttggtagcccttgctcagtgaaaacccaatccctatatgcaacagcagacatttccaaagcatatcctccccacaagaatgt 297  Q
    ||||||||| ||||||||| || || |||||||| ||||||  ||||||| | ||  |||||||||||||||| | ||||||  ||||||||||||| ||    
T  7458577 accttttgattagatcattaggaagtccttgctcggtgaaattccaatccttgtaaacaacagcagacatttcaacagcataatctccccacaagaaagt 7458676  T
Q  298 tgattctataataccctcagcattgacaaggacattccgtgcaagtgaatttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagtaaaagtttgtggacaggg 397  Q
    | |||| |||| |||| | |||||||| | || | | ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | ||||    
T  7458677 taattccataacaccccctgcattgaccaagatagttcgtgcgagggaatttatgttcattgtgtcacggtagtgtggaagtaaaagtttatgaataggg 7458776  T
Q  398 tgaaccgtactaaggtgtctgtttgttgctatgatgaacggctcaacaacagcatgagtgttcaacctgtca 469  Q
    ||||||  |||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7458777 tgaaccacactaagatgcctatttgttgctatgatgaatggctcaacaacggcatgagtgttcaacctgtca 7458848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 181 - 469
Target Start/End: Original strand, 6362670 - 6362958
Alignment:
Q  181 taatgctttgtaatatcaccttttgagtagatcatttggtagcccttgctcagtgaaaacccaatccctatatgcaacagcagacatttccaaagcatat 280  Q
    ||||| |||||||  | ||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | ||  | |||| ||||||||||||||||||     
T  6362670 taatgttttgtaaggttaccttttgattagatcattaggtaggccttgctcagtgaaaacccaatccttgtaaacgacagaagacatttccaaagcatac 6362769  T
Q  281 cctccccacaagaatgttgattctataataccctcagcattgacaaggacattccgtgcaagtgaatttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagta 380  Q
      |||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| |  ||||| ||||| |||| |||||||||||| |||||||| || || ||||| |    
T  6362770 tttccccacaagaaagttgactcgataataccctcggcattgaccaacacatttcgtgctagtgcatttatgttcatcgtgtcacgataatgtggaagca 6362869  T
Q  381 aaagtttgtggacagggtgaaccgtactaaggtgtctgtttgttgctatgatgaacggctcaacaacagcatgagtgttcaacctgtca 469  Q
     |||||| || | ||||||||||  ||| || || || ||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6362870 gaagtttatgaatagggtgaaccacacttagatgcctatttgttgctatgacgaatggctcaactacagcatgagtgttcaacctgtca 6362958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 198 - 467
Target Start/End: Original strand, 6331395 - 6331664
Alignment:
Q  198 accttttgagtagatcatttggtagcccttgctcagtgaaaacccaatccctatatgcaacagcagacatttccaaagcatatcctccccacaagaatgt 297  Q
    ||||||| |||| |||||| || || || |||||  |||||||||||||| |||||   | |||||||| ||| |||| ||| | ||||  |||||||||    
T  6331395 accttttcagtaaatcattaggaagaccgtgctctatgaaaacccaatccttatataatagagcagacaattctaaagaataacgtcccatcaagaatgt 6331494  T
Q  298 tgattctataataccctcagcattgacaaggacattccgtgcaagtgaatttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagtaaaagtttgtggacaggg 397  Q
     ||||||||||||||||| ||||| || | |||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| || || ||||||| ||||||||| | ||||    
T  6331495 cgattctataataccctctgcattaaccaagacattccttgcaagtgcattaatgttcattgtgtcacgataatgtggaagtagaagtttgtgaataggg 6331594  T
Q  398 tgaaccgtactaaggtgtctgtttgttgctatgatgaacggctcaacaacagcatgagtgttcaacctgt 467  Q
    ||||||  |||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6331595 tgaaccacactaagatgcctatttgttgctatgatgaatggctcaacaacagcatgagtgttcaacctgt 6331664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 198 - 469
Target Start/End: Original strand, 7470979 - 7471250
Alignment:
Q  198 accttttgagtagatcatttggtagcccttgctcagtgaaaacccaatccctatatgcaacagcagacatttccaaagcatatcctccccacaagaatgt 297  Q
    ||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||  ||||||| | ||  |||||||||||||||| | ||||||  ||||||||||||| ||    
T  7470979 accttttgattagatcattaggaagtccttgctcagtgaaattccaatccttgtaaacaacagcagacatttcgacagcataatctccccacaagaaagt 7471078  T
Q  298 tgattctataataccctcagcattgacaaggacattccgtgcaagtgaatttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagtaaaagtttgtggacaggg 397  Q
    | |||| |||| |||| | |||||||| | || | | ||||| || ||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || | | ||    
T  7471079 taattccataacaccccctgcattgaccaagatagttcgtgcgagggaatttaagttcattgtgtcacagtagtgtggaagtaaaagtttatgaatatgg 7471178  T
Q  398 tgaaccgtactaaggtgtctgtttgttgctatgatgaacggctcaacaacagcatgagtgttcaacctgtca 469  Q
    ||||||  |||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  7471179 tgaaccacactaagatgcctatttgttgctatgatgaatggctcaacaacggcgtgagtgttcaacctgtca 7471250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 198 - 467
Target Start/End: Original strand, 6320888 - 6321157
Alignment:
Q  198 accttttgagtagatcatttggtagcccttgctcagtgaaaacccaatccctatatgcaacagcagacatttccaaagcatatcctccccacaagaatgt 297  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || | ||||||||||||| |||||   |||| ||||| ||| | || ||  | |||| | ||||||||    
T  6320888 accttttaagtagatcattaggtagtccttgatctgggaaaacccaatccttatataatacagaagacagttctatagaatgacttcccaataagaatgt 6320987  T
Q  298 tgattctataataccctcagcattgacaaggacattccgtgcaagtgaatttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagtaaaagtttgtggacaggg 397  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || | |||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| || || ||||| | ||||||||| | ||||    
T  6320988 tgattctataataccctctgcatttaccaagacactccttgcaagtgcattaatgttcattgtgtcacgataatgtggaagcagaagtttgtgaataggg 6321087  T
Q  398 tgaaccgtactaaggtgtctgtttgttgctatgatgaacggctcaacaacagcatgagtgttcaacctgt 467  Q
    ||||||  |||||| || || || |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||    
T  6321088 tgaaccacactaagatgcctattagttgctatgatgaatggctcaacaacagcgtgcgtgttcaacctgt 6321157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 305 - 469
Target Start/End: Original strand, 6274123 - 6274287
Alignment:
Q  305 ataataccctcagcattgacaaggacattccgtgcaagtgaatttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagtaaaagtttgtggacagggtgaaccg 404  Q
    |||| |||||| |||||||| |  ||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || || | ||| ||||||     
T  6274123 ataacaccctctgcattgaccaaaacattccttgcaagtgcattaatgttcattgtgtcacgatagtgcggaagtaaaagcttatgaataggatgaacca 6274222  T
Q  405 tactaaggtgtctgtttgttgctatgatgaacggctcaacaacagcatgagtgttcaacctgtca 469  Q
     |||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6274223 cactaagatgcctatttgttgctatgatgaatggctcaacaacagcatgagtgtttaacctgtca 6274287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 346 - 469
Target Start/End: Original strand, 6390632 - 6390755
Alignment:
Q  346 atttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagtaaaagtttgtggacagggtgaaccgtactaaggtgtctgtttgttgctatgatgaacggctcaaca 445  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| || | ||||||||||  |||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||    
T  6390632 atttatgttcattgtgttacgatagtgtggaagtaaaagtttatgaatagggtgaaccacactaagatgcctatttgttgctatgatgaatggctcaaca 6390731  T
Q  446 acagcatgagtgttcaacctgtca 469  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  6390732 acagcatgagtgttcaacctgtca 6390755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 178 - 469
Target Start/End: Original strand, 6288246 - 6288537
Alignment:
Q  178 atctaatgctttgtaatatcaccttttgagtagatcatttggtagcccttgctcagtgaaaacccaatccctatatgcaacagcagacatttccaaagca 277  Q
    |||||||| |||||||  | ||||||| ||||||||||| || |  ||||| || ||||||||||| ||  |||||   || ||||||| ||| |||| |    
T  6288246 atctaatgttttgtaaggttaccttttaagtagatcattaggcaaaccttgatcggtgaaaacccagtctttatatattaccgcagacaattctaaagaa 6288345  T
Q  278 tatcctccccacaagaatgttgattctataataccctcagcattgacaaggacattccgtgcaagtgaatttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaa 377  Q
    || | ||||  |||||| ||    || |||| |||||  |||||||| |  ||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  6288346 taacttcccatcaagaacgtcttctcaataacaccctttgcattgaccaaaacattccttgcaagtgcattaatgttcattgtgtcacgatagtgcggaa 6288445  T
Q  378 gtaaaagtttgtggacagggtgaaccgtactaaggtgtctgtttgttgctatgatgaacggctcaacaacagcatgagtgttcaacctgtca 469  Q
    ||||||| || || | ||| ||||||  |||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  6288446 gtaaaagcttatgaataggatgaaccacactaagatgcctatttgttgctatgatgaatggctcaacaactgcatgagtattcaacctgtca 6288537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 198 - 469
Target Start/End: Original strand, 6409689 - 6409960
Alignment:
Q  198 accttttgagtagatcatttggtagcccttgctcagtgaaaacccaatccctatatgcaacagcagacatttccaaagcatatcctccccacaagaatgt 297  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||  |||| || | ||||||||||||| | ||  || ||| ||||| |||||  | ||| | |||  ||||| ||||    
T  6409689 accttttgattagatcattaggtagtgcttgatccgggaaaacccaatccttgtaaacatcagaagacaattccattgaataacttccaaacaagtatgt 6409788  T
Q  298 tgattctataataccctcagcattgacaaggacattccgtgcaagtgaatttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagtaaaagtttgtggacaggg 397  Q
    ||| |||||||||||| | || ||||  | |||||  || |||   | ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||| || | ||||    
T  6409789 tgactctataataccccctgctttgatcaagacatctcgcgcattggcatttatgttcattgtgttacgatagtgtggaagtaatagtttatgaataggg 6409888  T
Q  398 tgaaccgtactaaggtgtctgtttgttgctatgatgaacggctcaacaacagcatgagtgttcaacctgtca 469  Q
    ||||||  |||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||||||    
T  6409889 tgaaccacactaagatgcctatttgttgctatgatgaatggctcaacagaagcatgagtgtgcaacctgtca 6409960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 20 - 106
Target Start/End: Original strand, 6331055 - 6331141
Alignment:
Q  20 agcataaggataatcctcaatcaaaaggcgaatgccgtgtggtgaagctggatcctcaacagccactcctctgcataacaagcaagg 106  Q
    ||||||||| || ||||| |||| ||||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  6331055 agcataagggtagtcctctatcagaaggcgaattccatgtggggaagttggatcctcaacagccactcctctagataacaagcaagg 6331141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 346 - 467
Target Start/End: Original strand, 6369683 - 6369804
Alignment:
Q  346 atttatgttcattgtgtcacggtagtgaggaagtaaaagtttgtggacagggtgaaccgtactaaggtgtctgtttgttgctatgatgaacggctcaaca 445  Q
    ||||||| |||| ||| |||| ||||| |||| ||||||||| || | |||||||| |  |||||| || || ||||||||||||| ||| |||||||||    
T  6369683 atttatggtcatcgtgccacgatagtgtggaactaaaagtttatgaatagggtgaagcacactaagatgcctatttgttgctatgacgaatggctcaaca 6369782  T
Q  446 acagcatgagtgttcaacctgt 467  Q
    |||||||| || ||||||||||    
T  6369783 acagcatgtgttttcaacctgt 6369804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 91
Target Start/End: Original strand, 6287965 - 6288036
Alignment:
Q  20 agcataaggataatcctcaatcaaaaggcgaatgccgtgtggtgaagctggatcctcaacagccactcctct 91  Q
    ||||||||| ||||| |  |||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6287965 agcataagggtaatcttttatcagaaggcgaaggccgtgtggggaagttggatcctcaacagccactcctct 6288036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 91
Target Start/End: Original strand, 6320593 - 6320664
Alignment:
Q  20 agcataaggataatcctcaatcaaaaggcgaatgccgtgtggtgaagctggatcctcaacagccactcctct 91  Q
    ||||||||| || ||||| |||| ||||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6320593 agcataagggtagtcctctatcagaaggcgaattccatgtggggaagttggatcctcaacagccactcctct 6320664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 13 - 106
Target Start/End: Original strand, 6351496 - 6351589
Alignment:
Q  13 catccgaagcataaggataatcctcaatcaaaaggcgaatgccgtgtggtgaagctggatcctcaacagccactcctctgcataacaagcaagg 106  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| |  |||   || || ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||    
T  6351496 catcagaagcataaggataatcctctatcagaaggcggagaccggtaggagaggctggatcctcaacagctactcctctaaataacaagcaagg 6351589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 100
Target Start/End: Original strand, 6273714 - 6273794
Alignment:
Q  20 agcataaggataatcctcaatcaaaaggcgaatgccgtgtggtgaagctggatcctcaacagccactcctctgcataacaa 100  Q
    ||||||||| || ||||| |||| |||||||| ||||||||| |||  |||||||| |||||||||||||||  |||||||    
T  6273714 agcataagggtagtcctctatcagaaggcgaaggccgtgtggggaacttggatccttaacagccactcctctagataacaa 6273794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 91
Target Start/End: Original strand, 7458237 - 7458315
Alignment:
Q  13 catccgaagcataaggataatcctcaatcaaaaggcgaatgccgtgtggtgaagctggatcctcaacagccactcctct 91  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||  || ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  7458237 catcagaagcataaggatagtcctctatcagaagtcgaacaccatgtggagaagctggatcctgaactgccactcctct 7458315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 419 - 466
Target Start/End: Original strand, 6456798 - 6456845
Alignment:
Q  419 tttgttgctatgatgaacggctcaacaacagcatgagtgttcaacctg 466  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||    
T  6456798 tttgttgctatgatgaatggttcaacaactgcatgagtattcaacctg 6456845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 13 - 91
Target Start/End: Original strand, 7470639 - 7470717
Alignment:
Q  13 catccgaagcataaggataatcctcaatcaaaaggcgaatgccgtgtggtgaagctggatcctcaacagccactcctct 91  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||| |||| ||| ||||  || ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  7470639 catcagaaacataaggatagtcctctatcagaagtcgaacaccatgtggagaagctggatcctgaactgccactcctct 7470717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 406 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 9605625 - 9605566
Alignment:
Q  406 actaaggtgtctgtttgttgctatgatgaacggctcaacaacagcatgagtgttcaacct 465  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||    
T  9605625 actaagatgtctgtttgttgctatgatgaatggctcaaccactgcatgagtattcaacct 9605566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University