View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6700_low_1 (Length: 1034)

Name: NF6700_low_1
Description: NF6700
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6700_low_1
NF6700_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (16-1016)||(55184745-55185743)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 922; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 922; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 1016
Target Start/End: Original strand, 55184745 - 55185743
Alignment:
Q  16 aaatattccttttggggtcaaactgaatatcaaagcaaagaagattatgaggtagataaatggaccacttgaccatggtttattgtttccaaggaattga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55184745 aaatattccttttggggtcaaactgaatatcaaagcaaagaagattacgaggtagataaatggaccacttgaccatggtttattgtttccaaggaattga 55184844  T
Q  116 aatcatgcaaaagtgaaagggcgttaagattctctttggtgtggagaccaatctgctaaaagaatcataacaggatatgttttcatcctaggaaaggcta 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55184845 aatcatgcaaaagtgaaagggcgttaagattctctttggtgtggagaccaatctgctaaaagaatcataacaggatatgttttcatcctaggaaaggcta 55184944  T
Q  216 gagtcatgttgtcaagcatcatggcttcaaagttaaaacacttttagatgagatacacattaagagtaaagatcaaatgcagctcatggttgataacaaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55184945 gagtcatgttgtcaagcatcatggcttcaaagttaaaacacttttagatgagatgtacattaagagtaaagatcaaatgcagctcatggttgataacaaa 55185044  T
Q  316 tcaactataaatgtaacagatgaaatgagtgaacatattgagaaacaaattcattttgttaaaagattgagaggtgaaattgacgttgatcgcctacaat 415  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55185045 tcaactataaatgtagcagatgaaatgagtgaacatattgagaaacaaattcattttgttaaaagatcgagaggtgaaattgacgttgatcgcctacaat 55185144  T
Q  416 ctaaatcaagtggctgattcgatttgttgagtgaaactgggagttatgtacttagacaatataaatcaagtggacatgtattttgatagtgattcaagtt 515  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55185145 ctaaatcaagtggttgattcgatttgttgagtgaaactgggagttatgtacttagataatataaatcaagtggacatgtattttgatagtgattcaagtt 55185244  T
Q  516 gtaagtagttagttttttatgtgcaagtgaataaatacagcaagtgggctagtaaacagtaaggtatatctcattcaataatatagtgtgagatcaaata 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55185245 gtaagtagttagttttttatgtgcaagtgaataaatacagcaagtgggctagtaaacagtaaggtatatctcattcaataatatagtgtgagatcaaata 55185344  T
Q  616 cagatttggtgcatgctccaacagtaattttgttgacaactaattactttctttggattcgttctttttacagttgataggatctttagtcacatttggt 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  55185345 cagatttggtgcatgctccaacagtaattttgttgacaactaattactttctttggattcgttctttttacagttgataggatctttagtcacattttgt 55185444  T
Q  716 ttttaattctgctgacaaaattgatgtggaatgttttcaacttattcaaccagtaattatacagaaacaagattnnnnnnnnnnnnnncagtaattatac 815  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||||||||||    
T  55185445 ttttaattctgctgacaaaattgatgtggaatgttttcaacttattcaaccagtaattatacagaaacaagatt--aaaaaaaaaaaacagtaattatac 55185542  T
Q  816 attgaaatgaaactctccagttcaaatcaattaaaagctcagaaattcactgatttcacgattatgttcagattatttccacacaacatcaactatgttt 915  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55185543 attgaaatgaaactctccagttcaaatcaattaaaagctcagaaattcactgatttcacgattatgttcagattatttccacacaacatcaactatgttt 55185642  T
Q  916 tggtcgtgattggtgaatattatgacagaccacccagcccagttctacttcttggagcctctgcccgtgaagaaaattaacaacaaggaagaacattgat 1015  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55185643 tggtcgtgattggtgaatattatgacagaccacccagcccagttctacttcttggagcctctgcccgtgaagaaaattaacaacaaggaagaacattgat 55185742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University