View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6700_low_4 (Length: 514)

Name: NF6700_low_4
Description: NF6700
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6700_low_4
NF6700_low_4
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (22-503)||(52339951-52340432)
chr1 (390-503)||(52334316-52334429)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (22-503)||(9184143-9184625)
chr7 (390-503)||(9180917-9181030)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 454; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 454; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 503
Target Start/End: Original strand, 52339951 - 52340432
Alignment:
Q  22 ttggtttcatacattctctcaaagagtctcggtcttacaattagtgcttatacaaataaatcaatctaactaagctcaaattttccacatatctcactgt 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52339951 ttggtttcatacattctctcaaagagtctcggtctcacaattagtgcttatacaaataaatcaatctaactaagctcaaattttccacatatctcactgt 52340050  T
Q  122 agtgtcactttcataatacactatttccaaacatattgtcatctaagataaatggtgagacctgattgaattatagtgtgcatgctagtatcatatccat 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  52340051 agtgtcactttcataatacactatttccaaacatattgtcatctaagataaatggtgagacctaattgaattatagtgtgcatgctagtatcatattcat 52340150  T
Q  222 gcattttaatgaatttaatcattgtttctggaatgattataagtctactatgtgggaaattattatcatcaatattttatagtttaatggacatgcatgg 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52340151 gcattttaatgaatttaatcattgtttctggaatgattataagtctactatgtaggaaattattattatcaatattttatagtttaatggacatgcatgg 52340250  T
Q  322 gtatgatactaatatgtaccatctatgattaaatttataaaaatgcccacgacaatgagagaggtatctacctgtaacaatgtccatgaagaagggaacg 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52340251 gtatgatactaatatgtaccatctatgattaaatttataaaattgcccatgacaatgagagaggtatctacctgtaacaatgtccatgaagaagggaacg 52340350  T
Q  422 gattctgttaacttgtgaggaggtttacccttccatttcgccgcaagatatggaatagcgatgtcttgcaaataaacaccaa 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52340351 gattctgttaacttgtgaggaggtttacccttccatttcgccgcaagatatggaatagcgatgtcttgcaaataaacaccaa 52340432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 390 - 503
Target Start/End: Original strand, 52334316 - 52334429
Alignment:
Q  390 tacctgtaacaatgtccatgaagaagggaacggattctgttaacttgtgaggaggtttacccttccatttcgccgcaagatatggaatagcgatgtcttg 489  Q
    |||||||||| |||||  |||||||||||||||  || ||||| |  |||| || | |  ||||||||||| | ||||||||||||| |||||| || ||    
T  52334316 tacctgtaacgatgtctctgaagaagggaacggtatccgttaattcatgagcagatctggccttccatttctctgcaagatatggaacagcgatatcctg 52334415  T
Q  490 caaataaacaccaa 503  Q
    ||||||||||||||    
T  52334416 caaataaacaccaa 52334429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 435; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 503
Target Start/End: Original strand, 9184143 - 9184625
Alignment:
Q  22 ttggtttcatacattctctcaaagagtctcggtcttacaattagtgcttatacaaataaatcaatctaactaagctcaaattttccacatatctcactgt 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9184143 ttggtttcatacattctctcaaagagtctcggtctcacaattagtgcttatacaaataaatcaatctaactaagctcaaattttccacatatctcactgt 9184242  T
Q  122 agtgtcactttcataatacactatttccaaacatattgtcatctaagataaatggtgagacctga-ttgaattatagtgtgcatgctagtatcatatcca 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9184243 agtgtcactttcataatacactatttccaaacatattgtcatctaagataaatggtgagacctaaattgaattatagtgtgcatgctagtatcatatcca 9184342  T
Q  221 tgcattttaatgaatttaatcattgtttctggaatgattataagtctactatgtgggaaattattatcatcaatattttatagtttaatggacatgcatg 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9184343 tgcattttaatgaatttaatcattgtttctggaatgattatcagtctactatgtgggaaattattattatcaatattttatagtttaatggacatgcatg 9184442  T
Q  321 ggtatgatactaatatgtaccatctatgattaaatttataaaaatgcccacgacaatgagagaggtatctacctgtaacaatgtccatgaagaagggaac 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9184443 ggtatgatactaatatgtaccatctatgattaaatttataaaaatgcccatgacaattagagaggtatccacctgtaacaatgtccaagaagaagggaac 9184542  T
Q  421 ggattctgttaacttgtgaggaggtttacccttccatttcgccgcaagatatggaatagcgatgtcttgcaaataaacaccaa 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9184543 ggattctgttaacttgtgaggaggtttacccttccatttcgcggcaagatatggaatagcgatgtcctgcaaataaacaccaa 9184625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 390 - 503
Target Start/End: Original strand, 9180917 - 9181030
Alignment:
Q  390 tacctgtaacaatgtccatgaagaagggaacggattctgttaacttgtgaggaggtttacccttccatttcgccgcaagatatggaatagcgatgtcttg 489  Q
    |||||||||| |||||  |||||||||||||||  || ||||| |  |||| || |||  ||||||||||| | ||||||||||||| |||||| || ||    
T  9180917 tacctgtaacgatgtctctgaagaagggaacggtatccgttaattcatgagcagatttggccttccatttctctgcaagatatggaacagcgatatcctg 9181016  T
Q  490 caaataaacaccaa 503  Q
    ||||||||||||||    
T  9181017 caaataaacaccaa 9181030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University