View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6704_low_1 (Length: 846)

Name: NF6704_low_1
Description: NF6704
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6704_low_1
NF6704_low_1
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (13-846)||(37704626-37705459)
chr5 (654-842)||(37699152-37699349)
chr5 (58-260)||(37437914-37438116)
chr5 (714-842)||(37437696-37437823)
chr5 (60-167)||(37700646-37700753)
chr5 (770-828)||(37698806-37698864)
chr5 (386-528)||(34599459-34599603)
chr5 (386-534)||(2143247-2143394)
chr5 (283-506)||(13953394-13953616)
chr5 (279-356)||(1629760-1629837)
chr5 (262-378)||(1629683-1629799)
chr5 (262-378)||(29532047-29532161)
chr5 (431-534)||(26325678-26325781)
chr5 (335-376)||(2143379-2143420)
chr5 (283-368)||(30384213-30384297)
chr5 (483-531)||(38458771-38458819)
chr5 (281-368)||(37704830-37704917)
chr5 (314-377)||(41232901-41232964)
chr5 (554-596)||(30384256-30384298)
chr5 (453-513)||(29531914-29531975)
chr5 (282-378)||(38458805-38458899)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (283-519)||(4558769-4559007)
chr2 (264-515)||(8198509-8198759)
chr2 (264-515)||(8203269-8203519)
chr2 (264-347)||(45385838-45385921)
chr2 (264-378)||(4923428-4923542)
chr2 (176-243)||(8265959-8266027)
chr2 (283-378)||(42053964-42054059)
chr2 (438-519)||(6739472-6739554)
chr2 (283-372)||(3289442-3289531)
chr2 (474-534)||(42054042-42054102)
chr2 (266-332)||(4558680-4558745)
chr2 (453-506)||(4923553-4923607)
chr2 (283-341)||(8198419-8198477)
chr2 (283-341)||(8203179-8203237)
chr2 (262-337)||(32546464-32546538)
[»] chr6 (21 HSPs)
chr6 (277-519)||(16419591-16419837)
chr6 (391-518)||(196111-196238)
chr6 (264-375)||(12458392-12458504)
chr6 (283-421)||(33547750-33547889)
chr6 (386-534)||(17411121-17411270)
chr6 (392-516)||(28477384-28477509)
chr6 (392-516)||(29789836-29789961)
chr6 (345-534)||(7004200-7004390)
chr6 (552-594)||(17411089-17411131)
chr6 (282-378)||(10544282-10544376)
chr6 (404-500)||(32548138-32548235)
chr6 (314-370)||(7202300-7202356)
chr6 (430-513)||(33547849-33547933)
chr6 (386-491)||(7202313-7202419)
chr6 (438-511)||(10544136-10544210)
chr6 (392-492)||(29693282-29693383)
chr6 (281-378)||(31314513-31314609)
chr6 (552-595)||(196244-196287)
chr6 (409-503)||(9405267-9405362)
chr6 (283-356)||(196063-196135)
chr6 (337-378)||(33547744-33547785)
[»] chr4 (24 HSPs)
chr4 (654-842)||(16840857-16841060)
chr4 (68-241)||(16840622-16840796)
chr4 (403-534)||(22519386-22519518)
chr4 (283-534)||(31095124-31095377)
chr4 (264-378)||(22519807-22519921)
chr4 (283-372)||(48194394-48194483)
chr4 (404-534)||(49291205-49291335)
chr4 (264-356)||(33617920-33618010)
chr4 (283-519)||(20141745-20141983)
chr4 (283-371)||(22889586-22889674)
chr4 (283-371)||(22941250-22941338)
chr4 (554-594)||(31095092-31095132)
chr4 (283-358)||(53769786-53769861)
chr4 (262-368)||(2323266-2323372)
chr4 (277-351)||(42676809-42676883)
chr4 (469-534)||(51580077-51580140)
chr4 (285-368)||(34013780-34013861)
chr4 (288-363)||(22519373-22519448)
chr4 (282-377)||(34717567-34717660)
chr4 (327-378)||(40070309-40070360)
chr4 (314-368)||(31095078-31095131)
chr4 (477-519)||(53769786-53769828)
chr4 (337-378)||(22519313-22519354)
chr4 (314-375)||(48194179-48194239)
[»] chr7 (24 HSPs)
chr7 (264-534)||(41331168-41331439)
chr7 (264-519)||(18128375-18128632)
chr7 (282-375)||(30551947-30552040)
chr7 (282-375)||(6589558-6589651)
chr7 (279-358)||(12422044-12422123)
chr7 (262-369)||(32804629-32804736)
chr7 (283-371)||(1532197-1532285)
chr7 (272-460)||(20389633-20389822)
chr7 (283-378)||(28003341-28003434)
chr7 (433-519)||(48447315-48447402)
chr7 (283-376)||(5755594-5755685)
chr7 (430-519)||(12264801-12264890)
chr7 (440-519)||(12422262-12422342)
chr7 (262-366)||(12422352-12422455)
chr7 (262-462)||(21920965-21921164)
chr7 (468-519)||(28002279-28002330)
chr7 (297-362)||(32918529-32918595)
chr7 (314-375)||(1532441-1532501)
chr7 (282-358)||(6586862-6586938)
chr7 (473-513)||(32857850-32857890)
chr7 (176-211)||(21595127-21595162)
chr7 (284-363)||(48447283-48447362)
chr7 (557-595)||(12422352-12422390)
chr7 (320-377)||(5762696-5762753)
[»] scaffold0591 (1 HSPs)
scaffold0591 (262-400)||(3866-4003)
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (283-369)||(2277209-2277295)
chr8 (282-362)||(27532989-27533069)
chr8 (299-378)||(37064689-37064768)
chr8 (264-366)||(15907689-15907790)
chr8 (264-378)||(15907944-15908058)
chr8 (282-534)||(2510015-2510263)
chr8 (264-346)||(12807666-12807748)
chr8 (404-534)||(3806871-3807000)
chr8 (549-594)||(18080600-18080645)
chr8 (279-375)||(32566875-32566969)
chr8 (281-369)||(2967707-2967794)
chr8 (283-378)||(3806998-3807091)
chr8 (387-519)||(12189869-12190002)
chr8 (387-519)||(12434297-12434430)
chr8 (299-369)||(45445141-45445210)
chr8 (260-352)||(41123-41216)
chr8 (469-533)||(8453098-8453163)
chr8 (311-356)||(32566724-32566769)
[»] chr1 (22 HSPs)
chr1 (283-519)||(363615-363853)
chr1 (284-519)||(47726457-47726693)
chr1 (284-519)||(47747763-47747999)
chr1 (282-375)||(16554303-16554396)
chr1 (388-518)||(29954870-29955000)
chr1 (283-372)||(18470189-18470279)
chr1 (283-378)||(802251-802346)
chr1 (264-371)||(12656368-12656474)
chr1 (283-369)||(16026108-16026194)
chr1 (262-458)||(11016877-11017075)
chr1 (453-519)||(26706207-26706274)
chr1 (283-378)||(46530163-46530258)
chr1 (314-371)||(48130213-48130268)
chr1 (277-366)||(48130428-48130516)
chr1 (264-363)||(363806-363906)
chr1 (299-378)||(26706353-26706432)
chr1 (264-366)||(46530411-46530517)
chr1 (176-242)||(2125101-2125168)
chr1 (473-519)||(18470384-18470430)
chr1 (314-375)||(16026346-16026406)
chr1 (314-371)||(18470439-18470495)
chr1 (386-534)||(47600499-47600648)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (287-522)||(30534432-30534666)
chr3 (283-519)||(51265744-51265984)
chr3 (314-471)||(44291025-44291182)
chr3 (282-378)||(44291413-44291509)
chr3 (264-368)||(48200367-48200471)
chr3 (314-375)||(51265679-51265739)
chr3 (552-595)||(44291420-44291463)
chr3 (453-519)||(50898882-50898948)
chr3 (264-365)||(1662257-1662357)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 725; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 725; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 37705459 - 37704626
Alignment:
Q  13 acatcaatcaagtcacccacttagtcgtaaatataagaaatgtggtccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtat 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  37705459 acatcaatcaagtcacccacttagtcgtaaatataagaaatgtggtccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaacccacgagttgagtat 37705360  T
Q  113 cgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatt 212  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37705359 cgatatccgatggcatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaagaaattataaatttaaagaaatt 37705260  T
Q  213 tttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaataaatgttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37705259 tttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaataaatgttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattggtc 37705160  T
Q  313 atttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatt 412  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||    
T  37705159 atttaagatttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaatttttttcgtaccaattaggtcctctaagctatt 37705060  T
Q  413 taactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaa 512  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37705059 taactgtaacaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttacgaaaa 37704960  T
Q  513 atacttacataactaacttgttttttgagcaactacataactaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatacgnnnnnnnnnnnnnnnn 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||                    
T  37704959 atacttacataactaacttgttttttgagcaactacataactaacttgttataattaaataacttaaatgacgcaagtgatacgaaaaaatcttaaaaaa 37704860  T
Q  613 ccgatttgttataattaaataacttaaaagtatcgtaatttgctctttaaagtatgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaat 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704859 ccgatttgttataattaaataacttaaaagtctcgtaatttgctctttaaagtatgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaat 37704760  T
Q  713 gttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcacattactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatcttatcacaacttgaaataagattcca 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704759 gttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcacattactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatcttatcacaacttgaaataagattcca 37704660  T
Q  813 actttcgtgctaattacgttcaaaaagtctggtc 846  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704659 actttcgtgctaattacgttcaaaaagtctggtc 37704626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 654 - 842
Target Start/End: Complemental strand, 37699349 - 37699152
Alignment:
Q  654 gctctttaaagtatgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaatgtt------attttcttcatttcaggtgtatttttaagcac 747  Q
    |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||      ||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  37699349 gctctttaaagtctgttcagttgaagaagtctaagtctccgttgctaaatacaattaatgttgttattattttcttcattttaggtgtatttttaagcaa 37699250  T
Q  748 attactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatc---ttatcacaacttgaaataagattccaactttcgtgctaattacgttcaaaaagtct 842  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  37699249 attactcattctgattgctacttaaatgaatttgttatcttattatcacaacttgcaataagattccaactttagtgctaattacgttcgaaaagtct 37699152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 58 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 37438116 - 37437914
Alignment:
Q  58 tccatgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaat 157  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||||  ||||||  | |||||||||||||||||||||||| |    
T  37438116 tccatgatgaaccgcttataaaggtggtttacagtagaactcaatagtagagtatcgatatcatatgacacttaatactttttctttttatatgctcagt 37438017  T
Q  158 gcattttcttttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaat 257  Q
    |||||||||| |||||| ||| || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |   |||||||||    
T  37438016 gcattttcttatgtgctataataagctttgaggaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatagaaaaaaaaaacacataaaat 37437917  T
Q  258 aaa 260  Q
    |||    
T  37437916 aaa 37437914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 714 - 842
Target Start/End: Complemental strand, 37437823 - 37437696
Alignment:
Q  714 ttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcacattactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatc---ttatcacaacttgaaataagattc 810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||    
T  37437823 ttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcaaattactcattctgattgctacttaaatgaatttgttatcttattatcacaacttgcaataagattc 37437724  T
Q  811 caactttcgtgctaattacgttcaaaaagtct 842  Q
    |||||    |||||||||||||| ||||||||    
T  37437723 caact----tgctaattacgttcgaaaagtct 37437696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 60 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 37700753 - 37700646
Alignment:
Q  60 catgatgaaccaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcgatatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgc 159  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||  |||||||||||| |||||| |||    
T  37700753 catgatgaaccacttataaaagtggtctacggtagaactcacgagtagagtatcaatatccgatgacacttaatatgttttctttttatgtgctcagtgc 37700654  T
Q  160 attttctt 167  Q
    ||||||||    
T  37700653 attttctt 37700646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 770 - 828
Target Start/End: Complemental strand, 37698864 - 37698806
Alignment:
Q  770 taaatgaatttgttatcttatcacaacttgaaataagattccaactttcgtgctaatta 828  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37698864 taaatgaatttgttatcttatcacaacttgcaataagattccaactttagtgctaatta 37698806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 386 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 34599603 - 34599459
Alignment:
Q  386 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgaggg-atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaa 483  Q
    ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  34599603 cgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaacaatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattctggacctaaaagttacaattaaa 34599504  T
Q  484 taacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaa 528  Q
     |||||||| ||| ||||  ||| |||||||||||| ||||||||    
T  34599503 caacttaaaggacttaagcattaagaaaaatacttaaataactaa 34599459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 386 - 534
Target Start/End: Original strand, 2143247 - 2143394
Alignment:
Q  386 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaat 484  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||  || || ||  ||||||| | ||||||||  || |||||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  2143247 cgtactaattaggtcctttaagttatttaact--aacaatttaggggattttatatcttaaacatgtaagttattcggggcctcaaagtttcaattaaat 2143344  T
Q  485 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 534  Q
    ||||||||  |||||| ||||| |||||||||| | |  |||||||||||    
T  2143345 aacttaaaaaacctaaatgttacgaaaaatactgaaaggactaacttgtt 2143394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 283 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 13953616 - 13953394
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnn 382  Q
    |||||||| |||| || ||| |||||| |  |||||||||||| | |||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||        
T  13953616 tttaagttgtttaattataataaattggttttttaagtttttt-cataccgcttaagtcatttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaagttt 13953518  T
Q  383 nnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattc-gggacctaaagttacaatta 481  Q
       ||||||||||| ||| | |||| |||||||  |||| || || |||||||||||| | ||||| || |||||||||  || |  ||||||||| |||    
T  13953517 ttccgtaccaattacgtcttttaagttatttaatcgtaaaaatttaagggatttcaga-cctaaaaatgtaagttattcaaggtctaaaagttacagtta 13953419  T
Q  482 aataacttaaacgacctaagtgtta 506  Q
    ||||| ||||| ||| ||| |||||    
T  13953418 aataatttaaaggacttaaatgtta 13953394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 279 - 356
Target Start/End: Original strand, 1629760 - 1629837
Alignment:
Q  279 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 356  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| |||| |||| |||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||| ||||    
T  1629760 gtcttttaagttaattaattgtaacaaatcgatcctttaagttttttccgtagcaattaagtcctttaagttatttaa 1629837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 262 - 378
Target Start/End: Original strand, 1629683 - 1629799
Alignment:
Q  262 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 361  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||   ||||  |||| | ||||||| |||||||||||||||| ||    
T  1629683 gttaaattacaccaaaagtcctttaagttatttaattgtaataaattcgttctttaaaaattttctgtacaaattaggtcttttaagttaattaattgta 1629782  T
Q  362 acaagttggtcctttaa 378  Q
    |||| | | ||||||||    
T  1629783 acaaatcgatcctttaa 1629799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 262 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 29532161 - 29532047
Alignment:
Q  262 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 361  Q
    ||||||||||| |||| |||||| |||||||| | |||||| ||||||| | ||||| |||||| |||| ||||||| | ||||| ||||||||| | ||    
T  29532161 gttaaattacatcatatgtcttt-aagttattcaattgtaacaaattgaacctttaaatttttt-cgtatcacttagcttctttatgttaattaactgta 29532064  T
Q  362 acaagttggtcctttaa 378  Q
    | ||||||||| |||||    
T  29532063 aaaagttggtcatttaa 29532047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 431 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 26325781 - 26325678
Alignment:
Q  431 ggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaact 530  Q
    |||||||| || |||||| |  ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||  |||||||||  | ||||||||| || |||||||    
T  26325781 ggatttcaaatattaaaaatataagttattcaggatctaaagttataattaaataatttaaaggatttaagtgttacaataaatacttaaatgactaact 26325682  T
Q  531 tgtt 534  Q
    ||||    
T  26325681 tgtt 26325678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 335 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 2143420 - 2143379
Alignment:
Q  335 ttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 376  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  2143420 ttaggtcctttaagttaattaattgtaacaagttagtccttt 2143379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 283 - 368
Target Start/End: Original strand, 30384213 - 30384297
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 368  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  || |||||||||||| ||||  ||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||    
T  30384213 tttaagttatttaattgtaacaaatttgtcttttaagtttttt-cgtattacttacgtcttttaagttatttaattgtaacaagtt 30384297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 483 - 531
Target Start/End: Original strand, 38458771 - 38458819
Alignment:
Q  483 ataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaactt 531  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  38458771 ataacttaaaggacccaagtgttatgaaaaatacttaaatgactaactt 38458819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 281 - 368
Target Start/End: Original strand, 37704830 - 37704917
Alignment:
Q  281 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 368  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||| | |  |||||| ||||| |||| |||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  37704830 cttttaagttatttaattataacaaatcggttttttaagattttttcgtatcacttgcgtcatttaagttatttaattataacaagtt 37704917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 314 - 377
Target Start/End: Original strand, 41232901 - 41232964
Alignment:
Q  314 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 377  Q
    ||||||||||||   |||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  41232901 tttaagtttttttgataccacttagatcctttaagtcaattaattgtaataagttggtctttta 41232964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 554 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 30384298 - 30384256
Alignment:
Q  554 taacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatacg 596  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  30384298 taacttgttacaattaaataacttaaaagacgtaagtaatacg 30384256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 453 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 29531975 - 29531914
Alignment:
Q  453 aagttattcgggacctaaag-ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaa 513  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||| ||| || || ||||||    
T  29531975 aagttattcgggacctaaaaattacaattaaataacttaaatgacgtaaatgatacgaaaaa 29531914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 282 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 38458899 - 38458805
Alignment:
Q  282 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 378  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||||||||| |||||||||||  || ||||||||| || ||| ||| ||||| ||| |||||    
T  38458899 ttttaagttatttaattgtaataaattagt--tttaagtttttttcgtaccacttatatcttttaagttattttattgtaataagttagtcatttaa 38458805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 95; Significance: 5e-46; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 283 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 4559007 - 4558769
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacg-taccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 381  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  | ||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||       
T  4559007 tttaagttatttaattgtaataaattgatc-tttaagttttttttggtacaacttaggtactttatgttaattaattgtaacaagttgttcctttaagtt 4558909  T
Q  382 nnnnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaat 479  Q
        | |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  | |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||  | ||| |||||||||||    
T  4558908 ttgtctgtaccaattaggtcctttaagctatttaaccgtaactatttgaggtattttagatcttaaaaatgcaagttattcatggcctaaaagttacaat 4558809  T
Q  480 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 519  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  4558808 taaataaattaaaagacctaagtgttacgaaaaatactta 4558769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 264 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 8198759 - 8198509
Alignment:
Q  264 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 363  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||| ||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  8198759 taaattataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtc-tttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaat 8198661  T
Q  364 aagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg 462  Q
    ||||||| |||||||        ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| || ||  ||||||||||||||||||| || |||||| | |    
T  8198660 aagttggccctttaagttttttccgtaccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaacaatttaggggatttcagatcttaaaaatgtaagttagttg 8198561  T
Q  463 ggacct-aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaata 515  Q
    |  ||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  8198560 gagcctaaaagtttcaattaaataacttaaa--acctaagtgttaagaaaaata 8198509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 264 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 8203519 - 8203269
Alignment:
Q  264 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 363  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||| ||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  8203519 taaattataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtc-tttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaat 8203421  T
Q  364 aagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg 462  Q
    ||||||| |||||||        ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| || ||  ||||||||||||||||||| || |||||| | |    
T  8203420 aagttggccctttaagttttttccgtaccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaacaatttaggggatttcagatcttaaaaatgtaagttagttg 8203321  T
Q  463 ggacct-aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaata 515  Q
    |  ||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  8203320 gagcctaaaagtttcaattaaataacttaaa--acctaagtgttaagaaaaata 8203269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 264 - 347
Target Start/End: Original strand, 45385838 - 45385921
Alignment:
Q  264 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaa 347  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||||  | |||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  45385838 taaattacaccataggtcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaagtttttttcgtaccacttacgtcctttaa 45385921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 264 - 378
Target Start/End: Original strand, 4923428 - 4923542
Alignment:
Q  264 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 363  Q
    |||||||||||  | |||| ||||||| |||| || ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||  |||| |||||| |||| |||     
T  4923428 taaattacaccggatgtctcttaagttttttaattataataaattgatcatttatgttttttccgtaccatttaggttttttacgttaataaattgtaat 4923527  T
Q  364 aagttggtcctttaa 378  Q
    |||||  ||||||||    
T  4923528 aagttaatcctttaa 4923542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 176 - 243
Target Start/End: Original strand, 8265959 - 8266027
Alignment:
Q  176 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatt-tttgtagtttagttaagaaccatacaaaaaa 243  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  8265959 taacaaaatttgagaaaattataaatttaaagaaattgtatgtagttaagttaagaatcatacgaaaaa 8266027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 283 - 378
Target Start/End: Original strand, 42053964 - 42054059
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 378  Q
    |||||||||||||||| ||| || || ||| |||||||||| |   || ||||||||| |||||||||  |||||| ||||||||| |||||||||    
T  42053964 tttaagttatttagttataataagttaatcctttaagttttgtttatatcacttaggttctttaagttgtttaattttaacaagttagtcctttaa 42054059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 438 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 6739554 - 6739472
Alignment:
Q  438 agatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagtt-acaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 519  Q
    ||||||||||| || |||||||| | | | ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||  |||||||||||    
T  6739554 agatcttaaaaatgtaagttattagaggcttaaagtttacaattaaataacttaaatgacctaaatgttacaaaaaatactta 6739472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 283 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 3289531 - 3289442
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 372  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  ||| ||||||  || ||||| | |||||||| |||||||||||||    
T  3289531 tttaaattatttaattgtaataaattggtcttttaagttttttttgtatcacttaaatcttttaattgaattaattgtaacaagttggtc 3289442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 474 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 42054102 - 42054042
Alignment:
Q  474 tacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 534  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||| || |||||||||||| |  |||||||||||    
T  42054102 tacaattaaataacttaaagaacctaagtgataggaaaaatacttaaaggactaacttgtt 42054042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 266 - 332
Target Start/End: Original strand, 4558680 - 4558745
Alignment:
Q  266 aattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtacc 332  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||| ||||||    
T  4558680 aattacacgataattctcttaagttatttaattgtaataaattggtc-tttaagtttttttcgtacc 4558745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 453 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 4923607 - 4923553
Alignment:
Q  453 aagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgtta 506  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  4923607 aagttattcggaacctaaaagttgcaattaaataacttaaagtacctaagtgtta 4923553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 283 - 341
Target Start/End: Original strand, 8198419 - 8198477
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtc 341  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8198419 tttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccacttaggtc 8198477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 283 - 341
Target Start/End: Original strand, 8203179 - 8203237
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtc 341  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8203179 tttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccacttaggtc 8203237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 262 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 32546538 - 32546464
Alignment:
Q  262 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtt-ttttacgtaccactta 337  Q
    |||||||||||||| | ||  |||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  32546538 gttaaattacaccagaggt--tttaagttttttaatcgtaataaattgatcatttaagttatttttcgtaccactta 32546464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 88; Significance: 7e-42; HSPs: 21)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 277 - 519
Target Start/End: Original strand, 16419591 - 16419837
Alignment:
Q  277 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac---gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcc 373  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| ||||     |||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||     
T  16419591 aagtcctttaagttatttaattgtaacaaattgatcattgaagtattttcttttgtaccaattagatcatttaagttaattaattgtaacaagttggtca 16419690  T
Q  374 tttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-g 472  Q
    |||||       |||||||||| | |||| |||| |||||||| |||| || ||||||||||| |||||||| || || |||||||| ||| |||||| |    
T  16419691 tttaagttttttcgtaccaatttgatcctttaagttatttaaccgtaacaatttgagggattttagatcttagaaatgtaagttatttggggcctaaaag 16419790  T
Q  473 ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 519  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  16419791 tttcaattaaataacttaaaagacctaagtgttacgacaaatactta 16419837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 391 - 518
Target Start/End: Original strand, 196111 - 196238
Alignment:
Q  391 caattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactt 489  Q
    |||||||||||| |||| || ||||| |||| || |||||| |||||| ||||||||| || ||||||||| || | | |||||||||||||||||||||    
T  196111 caattaggtcctttaagttacttaaccgtaacaatttgaggtatttcatatcttaaaaatgtaagttattcagggcttaaaagttacaattaaataactt 196210  T
Q  490 aaacgacctaagtgttatgaaaaatactt 518  Q
    ||| ||||||||||||  |||| ||||||    
T  196211 aaa-gacctaagtgtttcgaaatatactt 196238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 264 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 12458504 - 12458392
Alignment:
Q  264 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 362  Q
    |||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||| || ||| |  |||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  12458504 taaattacactagaagtcctttaagttatttaattgtaacaatttggtactttaagttttttcccgtacttcttaggtcctttaagttaataaattaaaa 12458405  T
Q  363 caagttggtcctt 375  Q
    |||||||||||||    
T  12458404 caagttggtcctt 12458392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 283 - 421
Target Start/End: Original strand, 33547750 - 33547889
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttt-tttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 381  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||| |||  || ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||       
T  33547750 tttaagttatttaattgtaacaaattggtcctttaagtttatttttgttccacttatgtcctttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaagtt 33547849  T
Q  382 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaa 421  Q
        | ||||| ||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  33547850 ttttcataccatttaggtcctttaagttatttaattgtaa 33547889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 386 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 17411270 - 17411121
Alignment:
Q  386 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgg-gacctaaagttacaattaaat 484  Q
    ||||||||||| || || |||| |||||||  |||| || ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||  || |||||||||||||    
T  17411270 cgtaccaattatgtactttaagttatttaatcgtaataatttgggggatttcagatcttaaaaatgtaagttattcggagactaaacgttacaattaaat 17411171  T
Q  485 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 534  Q
    |||| ||| ||| || || ||| |||||||| ||| |  |||||||||||    
T  17411170 aactcaaaagacttatgtattacgaaaaatatttaaaagactaacttgtt 17411121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 392 - 516
Target Start/End: Original strand, 28477384 - 28477509
Alignment:
Q  392 aattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactta 490  Q
    |||||||| || |||| |||| |||||||| || ||  | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||| |||    
T  28477384 aattaggttctttaagttattgaactgtaataatttaggcgattttagatcttaaaaatgtaagttattcggggcctaaaaattacgattaaataattta 28477483  T
Q  491 aacgacctaagtgttatgaaaaatac 516  Q
    ||  |||||| |||||||||||||||    
T  28477484 aagaacctaactgttatgaaaaatac 28477509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 392 - 516
Target Start/End: Original strand, 29789836 - 29789961
Alignment:
Q  392 aattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactta 490  Q
    |||||||| || |||| |||| |||||||| || ||  | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||| |||    
T  29789836 aattaggttctttaagttattgaactgtaataatttaggcgattttagatcttaaaattgtaagttattcggggcctaaaaattacgattaaataattta 29789935  T
Q  491 aacgacctaagtgttatgaaaaatac 516  Q
    ||  |||||| |||||||||||||||    
T  29789936 aagaacctaactgttatgaaaaatac 29789961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 345 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 7004390 - 7004200
Alignment:
Q  345 taagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnnnnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatct 443  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||        | ||||||||||||| || |||| |||||||| |||| || |||||  |||| ||||||    
T  7004390 taagtttattaattataacaagttgatcctttatgttttctctgtaccaattaggttctttaagttatttaaccgtaacaatttgagaaattttagatct 7004291  T
Q  444 taaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 534  Q
    ||||| |  ||||||||| ||   |||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||||| ||  ||||||||||| |  |||||||||||    
T  7004290 taaaagtataagttattcagggtttaaatgttgcaattaaataacttaaa-gacataagtgatacaaaaaatacttaaaggactaacttgtt 7004200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 552 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 17411131 - 17411089
Alignment:
Q  552 actaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgata 594  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17411131 actaacttgttacaattaaataacttaaatgacgtaagtgata 17411089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 282 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 10544376 - 10544282
Alignment:
Q  282 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 378  Q
    ||||||||||||||  ||||| |||||||   |||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| || |||||    
T  10544376 ttttaagttatttatctgtaacaaattgac--tttaagtttttttcgtactagttagatccattaagttaattaattataataagttgatcatttaa 10544282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 404 - 500
Target Start/End: Original strand, 32548138 - 32548235
Alignment:
Q  404 taagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaa 500  Q
    |||| |||||||| |||| || ||| || |||| | ||||||||| || ||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32548138 taagttatttaaccgtaacaatttgcggtattttaaatcttaaaaatgtaagctattcgggatctaaaagttacaattaaataacttaaaggacctaa 32548235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 314 - 370
Target Start/End: Original strand, 7202300 - 7202356
Alignment:
Q  314 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttgg 370  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  7202300 tttaagtttttttcgtaccatttaggtcctttatgttaattaattgtaacatgttgg 7202356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 430 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 33547933 - 33547849
Alignment:
Q  430 gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaa 513  Q
    ||||||||||| ||||||| |  ||||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||    
T  33547933 gggatttcagaccttaaaaatttaagttattcgaaacttaaaagttacaattaaataacttaaaggacctaaatggtatgaaaaa 33547849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 386 - 491
Target Start/End: Original strand, 7202313 - 7202419
Alignment:
Q  386 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaat 484  Q
    ||||||| ||||||||| || | || |||| ||||| |  ||| | ||||| ||||||||||| |  |||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  7202313 cgtaccatttaggtcctttatgttaattaattgtaacatgttgggagattttagatcttaaaaatttaagttattcggggcctaaaagttacaattaaat 7202412  T
Q  485 aacttaa 491  Q
    |||||||    
T  7202413 aacttaa 7202419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 438 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 10544210 - 10544136
Alignment:
Q  438 agatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaa 511  Q
    ||||||||||| || || ||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  10544210 agatcttaaaaatgtaaattattcaagacctaaaagttacaattaactaacttaaatgacctaagtgttacgaaa 10544136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 392 - 492
Target Start/End: Original strand, 29693282 - 29693383
Alignment:
Q  392 aattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactta 490  Q
    |||||||| || |||| |||| |||||||| || ||  | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| |||    
T  29693282 aattaggttctttaagttattgaactgtaataatttaggcgattttagatcttaaaaatgtaagttattcgggtcctaaaagttacgattaaataattta 29693381  T
Q  491 aa 492  Q
    ||    
T  29693382 aa 29693383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 281 - 378
Target Start/End: Original strand, 31314513 - 31314609
Alignment:
Q  281 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 378  Q
    ||||| ||||||||| || ||| || |||||||||||||||||||  ||| |||||| ||  ||||||||| ||||||||||||| || ||| |||||    
T  31314513 cttttgagttatttaattataacaagttgatcatttaagttttttcagtatcacttatgt-ttttaagttatttaattataacaaattagtcatttaa 31314609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 552 - 595
Target Start/End: Original strand, 196244 - 196287
Alignment:
Q  552 actaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 595  Q
    ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196244 actaaattattacaattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 196287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 409 - 503
Target Start/End: Original strand, 9405267 - 9405362
Alignment:
Q  409 tatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggaccta-aagttacaattaaataacttaaacgacctaagtg 503  Q
    |||||||| |||| || |||||| |||||||||||||||| |   |||||||||| |  || || |||||||||||||||||||| || |||||||    
T  9405267 tatttaaccgtaacaatttgaggaatttcagatcttaaaaattttagttattcggcatttataaattacaattaaataacttaaaggatctaagtg 9405362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 283 - 356
Target Start/End: Original strand, 196063 - 196135
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 356  Q
    ||||| ||| ||| |||||| |||||||| |||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  196063 tttaaattaattaattgtaacaaattgat-atttaagttttttcagtatcaattaggtcctttaagttacttaa 196135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 337 - 378
Target Start/End: Original strand, 33547744 - 33547785
Alignment:
Q  337 aggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 378  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||    
T  33547744 aggtcctttaagttatttaattgtaacaaattggtcctttaa 33547785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 86; Significance: 1e-40; HSPs: 24)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 654 - 842
Target Start/End: Original strand, 16840857 - 16841060
Alignment:
Q  654 gctctttaaagtatgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaatgtt------attttcttcatttcaggtgtat----ttttaa 743  Q
    ||||||||||||||| | | |||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||      ||||||||||||||||||||||    ||||||    
T  16840857 gctctttaaagtatggatagttgacgaagtctaagtctccgcttctaaatacatttaatgttgttattattttcttcatttcaggtgtatatatttttaa 16840956  T
Q  744 gcacattactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatct------tatcacaacttgaaataagattccaactttcgtgctaattacgttcaaaa 837  Q
    ||| |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||      |||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  16840957 gcaaattattcattgtgattggtacttaaatgaatttgttatcttattaatatcacaacttgcaataagattccaac-ttagtgctaattacgttcaaaa 16841055  T
Q  838 agtct 842  Q
    |||||    
T  16841056 agtct 16841060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 68 - 241
Target Start/End: Original strand, 16840622 - 16840796
Alignment:
Q  68 accaattataaaggtggtctaccgtagaactcacgagtagagtatcga-tatccgatgacatctgatactttttctttttatatgctcaatgcattttct 166  Q
    |||| ||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||  | |||||||||||||||||||||| | | ||||||||    
T  16840622 accacttataaaagtggtttactttagaactcacgagtagagtatcaaatatcttatgacacttaatactttttctttttatatgcttagtacattttct 16840721  T
Q  167 tttgtgctgtaacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgtagtttagttaagaaccatacaaaa 241  Q
    | | || | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  16840722 tatttgttataacaaactttgaataaattatagatttaaagaaatttttgtagtttagttaaaaactataaaaaa 16840796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 403 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 22519518 - 22519386
Alignment:
Q  403 ctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaag 501  Q
    ||||| |||||||| |||  || ||| ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22519518 ctaagttatttaaccgtagcaatttgggggatttcagatcttaaaaatgtaagttatttgggacctaaaagttacaattaaataacttaaaggacctaag 22519419  T
Q  502 tgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 534  Q
    ||||| |||||||||||| |  |||||||||||    
T  22519418 tgttacgaaaaatacttaaaggactaacttgtt 22519386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 283 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 31095377 - 31095124
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatc-atttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 381  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  || | |||| || ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||||  |||| |||       
T  31095377 tttaagttatttaattgtaataaatttgtccacttaaattattttcgtaccatttaggtcttttaagttaattagttgtaacaagttaatcctataagtt 31095278  T
Q  382 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaatt 480  Q
        | ||||||| ||||| | |||||||||| ||  ||  || ||   |||||||||||||||||| || |||||||||  |||||||| |||||||||    
T  31095277 ttttcctaccaataaggtcatttaagctattttaccatatcaatttttaggatttcagatcttaaaaatgtaagttattcaagacctaaaagttacaatt 31095178  T
Q  481 aaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 534  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||  || |||||||| || | |||||||||    
T  31095177 aaataacttaaagaacctaagtgttacaaacaatacttaaatgattaacttgtt 31095124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 264 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 22519921 - 22519807
Alignment:
Q  264 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 362  Q
    |||||||||||| | |||||| || ||||||| |||||| |||||| || || ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22519921 taaattacaccagaggtctttaaa-ttatttaattgtaacaaattggtccttaaagtttttttccgtaccacttaggtcttttaagttaattaattataa 22519823  T
Q  363 caagttggtcctttaa 378  Q
    ||||||| ||||||||    
T  22519822 caagttgatcctttaa 22519807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 283 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 48194483 - 48194394
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 372  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  48194483 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgtttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaacaagttggtc 48194394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 404 - 534
Target Start/End: Original strand, 49291205 - 49291335
Alignment:
Q  404 taagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtg 503  Q
    |||| |||||||  |||| || || ||| |||||||||||| ||| || |||||| |||||    |||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||    
T  49291205 taagttatttaatcgtaacaatttcaggaatttcagatcttcaaaatgtaagttactcgggtttaaaagttacaattaaataacttaaaagacttaaatg 49291304  T
Q  504 ttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 534  Q
    |||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  49291305 ttataaaaaatacttaaatgactaacttgtt 49291335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 264 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 33618010 - 33617920
Alignment:
Q  264 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 356  Q
    |||||||||| | | ||| ||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33618010 taaattacacaagaggtcatttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagttttt--cgtaccgcttaggtcctttaagttaattaa 33617920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 283 - 519
Target Start/End: Original strand, 20141745 - 20141983
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagt-tttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 381  Q
    ||||||||||||| |||||| || | | |  ||||||| |||||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| || |        
T  20141745 tttaagttatttaattgtaataagtaggttctttaagtctttttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttggtctttaagttt 20141844  T
Q  382 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgaggg-atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaat 479  Q
        ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||  || ||| ||| |||||||    
T  20141845 tattcgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaataatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattatgggcctaaaaattacaat 20141944  T
Q  480 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 519  Q
    |||| |||||||| ||| ||||  ||| ||||||||||||    
T  20141945 taaacaacttaaa-gacttaagcattacgaaaaatactta 20141983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 371
Target Start/End: Original strand, 22889586 - 22889674
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 371  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||| || || |||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  22889586 tttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaacaagttggt 22889674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 371
Target Start/End: Original strand, 22941250 - 22941338
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 371  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||| || || |||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  22941250 tttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaacaagttggt 22941338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 554 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 31095132 - 31095092
Alignment:
Q  554 taacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgata 594  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31095132 taacttgttataattaaataacttaaaggacgtaagtgata 31095092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 283 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 53769861 - 53769786
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 358  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  53769861 tttaaattatttaattgtaataaattaatcatttaagtatttttcataccacttaggtcttttaaattatttaatt 53769786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 262 - 368
Target Start/End: Original strand, 2323266 - 2323372
Alignment:
Q  262 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 361  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||   | ||||||||||||  ||||||  ||| || || ||||||||||||| ||    
T  2323266 gttaaattacatcaaaagtcctttaaattatttaattgtaacaaattagccctttaagtttttttggtaccatgtagttctttcaagttaattaattgta 2323365  T
Q  362 acaagtt 368  Q
    |||||||    
T  2323366 acaagtt 2323372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 277 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 42676883 - 42676809
Alignment:
Q  277 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagtta 351  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| || || ||| |||| ||||||| |||| |||||||||| |||||||||    
T  42676883 aagtcttttaagttaattaattgtaacaagttaatcctttatgtttttttcgtatcacttaggtcatttaagtta 42676809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 469 - 534
Target Start/End: Original strand, 51580077 - 51580140
Alignment:
Q  469 aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 534  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||    
T  51580077 aaagttacaattaaataacgtaaa-gacctaaatgttacgaaaaatactta-agaactaacttgtt 51580140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 285 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 34013861 - 34013780
Alignment:
Q  285 taagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 368  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||  ||||| | ||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  34013861 taagttatttaattgtaacaaattaatcatttaa--ttttttcatactacttaagtcctttaaattaattaaatataataagtt 34013780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 288 - 363
Target Start/End: Original strand, 22519373 - 22519448
Alignment:
Q  288 gttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 363  Q
    |||||||| |||||| || ||  || ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22519373 gttatttaattgtaacaagttagtcctttaagtatttttcgtaacacttaggtcctttaagttatttaattgtaac 22519448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 282 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 34717660 - 34717567
Alignment:
Q  282 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 377  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||  | ||||||||||||| |||| ||| || ||| ||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||    
T  34717660 ttttaagttatttaattgtaataaatttgt-atttaagtttttt-cgtatcacctaagtcttttaagttaattaattgaaacaagtttgtctttta 34717567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 327 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 40070360 - 40070309
Alignment:
Q  327 cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 378  Q
    |||| ||||||| || |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  40070360 cgtatcacttagatcatttaagttaattaaatataacaagttgatcctttaa 40070309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 314 - 368
Target Start/End: Original strand, 31095078 - 31095131
Alignment:
Q  314 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 368  Q
    |||||||||||| | || |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31095078 tttaagtttttt-catatcacttacgtcctttaagttatttaattataacaagtt 31095131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 477 - 519
Target Start/End: Original strand, 53769786 - 53769828
Alignment:
Q  477 aattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 519  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  53769786 aattaaataatttaaaagacctaagtggtatgaaaaatactta 53769828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 337 - 378
Target Start/End: Original strand, 22519313 - 22519354
Alignment:
Q  337 aggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 378  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||    
T  22519313 aggtcctttaagttagttaattataacatgctggtcctttaa 22519354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 314 - 375
Target Start/End: Original strand, 48194179 - 48194239
Alignment:
Q  314 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 375  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||| | ||||||||||||||||    
T  48194179 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaactgtaacaagttggtcctt 48194239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 84; Significance: 2e-39; HSPs: 24)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 264 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 41331439 - 41331168
Alignment:
Q  264 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 363  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||    
T  41331439 taaattatatcataagtcatttaagttatttaattgtaataaattgatcatttaagtttttctcgtaccacctagctcatttaagttaataaattataac 41331340  T
Q  364 aagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg 462  Q
    |||||||| ||||||         |||||||| ||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||||||  ||||| ||||| |  ||||||||||    
T  41331339 aagttggttctttaagtttttcatgtaccaatgaggtcatttaagttatttaaccgtaacaattttggggattctagatcctaaaaattgaagttattcg 41331240  T
Q  463 ggacct-aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 534  Q
      |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |  |||||||||||    
T  41331239 atacctaaaagttataattaaataacttaaa-gacctaagtgctatgaaaaatatttaaactactaacttgtt 41331168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 264 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 18128632 - 18128375
Alignment:
Q  264 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcattt-aagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 362  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| |||||||  ||||| |||||| || ||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  18128632 taaattacaccataggtcctttaaattatttaaatgtaataaattggtccttttaagtttttt-cgtactacttaggttctttaagttaattaattgtaa 18128534  T
Q  363 caagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattc 461  Q
     |||||||| ||||||        ||||| |||||| |||| |||| ||||||||  ||| || |||  | |||||||||||||||| || |||||||||    
T  18128533 taagttggtgctttaattttttttcgtacgaattagatcctttaagttatttaaccataacaatttggcgaatttcagatcttaaaaatgtaagttattc 18128434  T
Q  462 -gggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 519  Q
      ||    ||||||||||||||| || ||||| || |||||||||| ||| ||||||||    
T  18128433 aaggtttaaaagttacaattaaaaaatttaaaggatctaagtgttacgaagaatactta 18128375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 282 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 30552040 - 30551947
Alignment:
Q  282 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 375  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  30552040 ttttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaacaagttggtcctt 30551947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 282 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 6589651 - 6589558
Alignment:
Q  282 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 375  Q
    |||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  6589651 ttttaagtaatttaattgtaataaattgatcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaataagttggtcctt 6589558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 279 - 358
Target Start/End: Original strand, 12422044 - 12422123
Alignment:
Q  279 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 358  Q
    ||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12422044 gtcttttaagttattaaattgtaataaattggtcatttaagtttttttcataccacttaggtcctttaagtaaattaatt 12422123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 262 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 32804736 - 32804629
Alignment:
Q  262 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 361  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||| | ||| ||||| ||| ||||||||||||||||  |    
T  32804736 gttaaattacaccacaagtcttttaggatatttaattgtaataaattgatcttttaggtttttttcatacaacttaagtcatttaagttaattaattgca 32804637  T
Q  362 acaagttg 369  Q
    ||||||||    
T  32804636 acaagttg 32804629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 283 - 371
Target Start/End: Original strand, 1532197 - 1532285
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 371  Q
    ||||||||||||| |||||| || |||||||||||  ||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  1532197 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacattttttttgtacctcttaggtcctttaagttatttaactataacaagttggt 1532285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 272 - 460
Target Start/End: Original strand, 20389633 - 20389822
Alignment:
Q  272 accataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttgg 370  Q
    |||||| |||||||||||||||||  ||||| ||| |  |  ||||||||||||  ||||| |||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20389633 accataggtcttttaagttatttaaatgtaacaaagtagttctttaagttttttttcgtactacttagatgctttaagttaattaattgtaacaagttgg 20389732  T
Q  371 tcctttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttatt 460  Q
    || || |        ||||| |||||| |||| |||| ||||||||||||| || |||  | |||| ||||||||||| || ||||||||    
T  20389733 tctttaagtttttttcgtacgaattagatcctttaagttatttaactgtaacaatttggcgaattttagatcttaaaaatgtaagttatt 20389822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 283 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 28003434 - 28003341
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 378  Q
    ||||| ||||||| |||||| || |||||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  28003434 tttaaattatttaattgtaacaagttgatcgtt-aagtttttt-cgtaccaattaggtcctttaagttaattaaatgtaacaagttgatcctttaa 28003341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 433 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 48447402 - 48447315
Alignment:
Q  433 atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 519  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||||  || | |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||    
T  48447402 attttagatcttaaaaatgtaagttattttgggcataaaagttacaattaaataacttaaaggacctaagcgttacgaaaaatactta 48447315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 283 - 376
Target Start/End: Original strand, 5755594 - 5755685
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 376  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||  | ||||| |||||  |||||||||||  || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5755594 tttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaatttttt--cgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtccttt 5755685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 430 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 12264890 - 12264801
Alignment:
Q  430 gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 519  Q
    ||||||||| ||||| ||| || |||||||||  | || ||||||||| ||||||||||| || |||||||||| || ||||||||||||    
T  12264890 gggatttcaaatctttaaaatgtaagttattcatggccaaaagttacacttaaataacttgaaagacctaagtggtacgaaaaatactta 12264801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 440 - 519
Target Start/End: Original strand, 12422262 - 12422342
Alignment:
Q  440 atcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 519  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||  || ||||||||    
T  12422262 atcttaaaagtataagttattcgggacctaaaagttacaattaaataacttaaaggatttaagtgttacaaacaatactta 12422342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 262 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 12422455 - 12422352
Alignment:
Q  262 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 361  Q
    |||||||||||||  || |  ||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||  ||| |||||| ||| ||||||||| |||||| ||    
T  12422455 gttaaattacaccggaatttctttaagttatttaattgtaacaaattcatcctttaagtttttt-tgtatcacttacgtcttttaagttatttaatttta 12422357  T
Q  362 acaag 366  Q
    |||||    
T  12422356 acaag 12422352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 262 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 21921164 - 21920965
Alignment:
Q  262 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 361  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||  | |||  ||||  |||||||||||||||   ||||||||| || ||||||||||||||| | ||    
T  21921164 gttaaattacatcataagtcatttaagttatttaactataactaatttgtcatttaagtttttt-tttaccacttatgt-ctttaagttaattaactgta 21921067  T
Q  362 acaagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttatt 460  Q
    |||||||| |  |||||        ||||| ||||||||||| |||| ||||||||  ||| || ||| || |||| ||| ||||||| || ||||||||    
T  21921066 acaagttgtttatttaagttttttccgtactaattaggtcctttaagttatttaaccataaaaatttggggaattttagaccttaaaaatgtaagttatt 21920967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 468 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 28002330 - 28002279
Alignment:
Q  468 taaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 519  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||| ||||||    
T  28002330 taaagttacaattaaacaacttaaaggacctaagtggtatgaaaagtactta 28002279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 297 - 362
Target Start/End: Original strand, 32918529 - 32918595
Alignment:
Q  297 ttgtaagaaattgatcatttaagtttt-ttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 362  Q
    |||||| ||||||||| ||| |||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32918529 ttgtaataaattgatcttttgagttttatttcgtatcacttagctcctttaagttaattaattataa 32918595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 314 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 1532501 - 1532441
Alignment:
Q  314 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 375  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  1532501 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 1532441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 282 - 358
Target Start/End: Original strand, 6586862 - 6586938
Alignment:
Q  282 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 358  Q
    |||||||| ||||| |||||| |||||||||  |||| ||||||  |||| ||||||||| ||||||||||| ||||    
T  6586862 ttttaagtaatttaattgtaataaattgatctcttaaatttttttggtactacttaggtcatttaagttaatcaatt 6586938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 473 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 32857890 - 32857850
Alignment:
Q  473 ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaa 513  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  32857890 ttacaattaaataacttaaaagacctaagtgttacgaaaaa 32857850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 176 - 211
Target Start/End: Original strand, 21595127 - 21595162
Alignment:
Q  176 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaat 211  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21595127 taacaaactttgaaaaaattatgaatttaaagaaat 21595162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 284 - 363
Target Start/End: Original strand, 48447283 - 48447362
Alignment:
Q  284 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 363  Q
    |||||||||||| |||||| |||||  |  ||||||| |||| |||| | |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  48447283 ttaagttatttaattgtaacaaattagtactttaagtatttttcgtaacgcttaggtcctttaagttatttaattgtaac 48447362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 557 - 595
Target Start/End: Original strand, 12422352 - 12422390
Alignment:
Q  557 cttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 595  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12422352 cttgttaaaattaaataacttaaaagacgtaagtgatac 12422390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 320 - 377
Target Start/End: Original strand, 5762696 - 5762753
Alignment:
Q  320 ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 377  Q
    |||||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  5762696 ttttttccgtaccacttaggtaatatatgttaattaattgtaacaagttggttcttta 5762753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0591 (Bit Score: 66; Significance: 1e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0591
Description:

Target: scaffold0591; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 262 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 4003 - 3866
Alignment:
Q  262 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 361  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| | ||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||    
T  4003 gttaaattacaccagaagtcatttatgttatttaattgtaataaattgatcatttaagttattttcctaccactgaggt-ctttaagttaattgattgta 3905  T
Q  362 acaagttggtcctttaannnnnnncgtaccaattaggtc 400  Q
    |||||||||||||||||       |||||||||||||||    
T  3904 acaagttggtcctttaagttttttcgtaccaattaggtc 3866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 63; Significance: 6e-27; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 283 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 2277295 - 2277209
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 369  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2277295 tttaagttatttaattgtaacaaattgatcctttaagttttttttgtaccacttaggtcctttaagttaattaattgtaacaagttg 2277209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 282 - 362
Target Start/End: Original strand, 27532989 - 27533069
Alignment:
Q  282 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 362  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  27532989 ttttaagttatttaattgtaataaattgatcttttaagttttttatgtaccacttacgtcctttaagttatttaattataa 27533069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 299 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 37064768 - 37064689
Alignment:
Q  299 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 378  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37064768 gtaataaattaatcaattaagtttttttcgcaccacttaagtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 37064689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 264 - 366
Target Start/End: Original strand, 15907689 - 15907790
Alignment:
Q  264 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 363  Q
    |||||||||||| || || ||||||||||||| |||| | |||||| || |||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  15907689 taaattacaccagaaatcctttaagttatttacttgtgataaattggtc-tttaagtttttttcgtaccacttatattctttaagttaattaattataac 15907787  T
Q  364 aag 366  Q
    |||    
T  15907788 aag 15907790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 264 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 15908058 - 15907944
Alignment:
Q  264 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 363  Q
    |||||||||||| || || |||||| ||||||  ||||| |||||  | ||||||||||||| | ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  15908058 taaattacaccaaaaatcctttaagatatttaactgtaataaattagttatttaagtttttttcataccacttaggttttttaggttaattaattataac 15907959  T
Q  364 aagttggtcctttaa 378  Q
    |||||| ||||||||    
T  15907958 aagttgatcctttaa 15907944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 282 - 534
Target Start/End: Original strand, 2510015 - 2510263
Alignment:
Q  282 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaag-ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaann 380  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| |  |||| | |||||| | |||||||||||||    |||||||||||||  ||||| ||| ||||||||      
T  2510015 ttttaagttatttaattgtaataaattggt--tttatgttttttttcataccacttaggtc----aagttaattaattgcaacaaattgttcctttaagt 2510108  T
Q  381 nnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg-ggacctaaagttacaat 479  Q
         ||||| |||||| |||| |||| || |||| || || || ||||| ||||||| || |||||| || |||||||||| || |  ||| ||||| |    
T  2510109 ttttccgtacaaattagatcctttaagttacttaattgcaacaatttgagagatttcatattttaaaaatgtaagttattcgtggtctaaaaattacact 2510208  T
Q  480 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 534  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||  ||||||| ||| | ||||||||||||    
T  2510209 taaataacttaaaggagctaagtgttacaaaaaataattaaagaactaacttgtt 2510263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 264 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 12807748 - 12807666
Alignment:
Q  264 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtccttta 346  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||||||| |||| | ||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  12807748 taaattacaccagagatcttttaagttatttaattgttataaattgattttttaaattttttacataccacttaggtccttta 12807666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 404 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 3807000 - 3806871
Alignment:
Q  404 taagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtg 503  Q
    |||| ||||||||||||| || |||||  |||||| ||||||||| || |||||| || || |  ||| ||| |||||||||| | ||| ||||||||||    
T  3807000 taagttatttaactgtaacaa-ttgagatatttcatatcttaaaaatgtaagttactcagggctaaaaattataattaaataattaaaaggacctaagtg 3806902  T
Q  504 ttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 534  Q
     || |||||||||||| || |||||||||||    
T  3806901 ctacgaaaaatacttaaatgactaacttgtt 3806871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 549 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 18080645 - 18080600
Alignment:
Q  549 ataactaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgata 594  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18080645 ataactaacttattacaattaaataacttaaatgacgtaagtgata 18080600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 279 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 32566969 - 32566875
Alignment:
Q  279 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 375  Q
    ||||||||||||||||  || ||||||||||||| |||| |  ||||| |||| | ||||||| |||||||| ||||||| ||||||| | ||||||    
T  32566969 gtcttttaagttattttattataagaaattgatcctttagg--ttttatgtactatttaggtcatttaagtttattaattgtaacaagctagtcctt 32566875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 281 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 2967794 - 2967707
Alignment:
Q  281 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 369  Q
    ||||||||||||||| |  ||| |||||| |  |||||||||||| | | | |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2967794 cttttaagttatttaatcctaacaaattgttt-tttaagtttttttccttctacttagatcctttaaattaattaattataacaagttg 2967707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 283 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 3807091 - 3806998
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 378  Q
    ||||| ||||||| | |||| |||||| || | |||||||||||  ||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||    
T  3807091 tttaaattatttaatagtaacaaattggtcctctaagtttttta--tacaacttatgtcttttaagttaattaattttaacaagttagtactttaa 3806998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 387 - 519
Target Start/End: Original strand, 12189869 - 12190002
Alignment:
Q  387 gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattga-gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaat 484  Q
    |||||||||||||| | |||| ||||||||||| | ||||| | || |||||||||||| |||  | ||| |||| |||  || ||||||||||||||||    
T  12189869 gtaccaattaggtcatttaagttatttaactgt-acaaattaacggaatttcagatcttgaaaacgtaagatattaggggtctaaaagttacaattaaat 12189967  T
Q  485 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 519  Q
    || |||||  ||||||||||||   ||||||||||    
T  12189968 aaattaaagaacctaagtgttacagaaaatactta 12190002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 387 - 519
Target Start/End: Original strand, 12434297 - 12434430
Alignment:
Q  387 gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattga-gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaat 484  Q
    |||||||||||||| | |||| ||||||||||| | ||||| | || |||||||||||| |||  | ||| |||| |||  || ||||||||||||||||    
T  12434297 gtaccaattaggtcatttaagttatttaactgt-acaaattaacggaatttcagatcttgaaaacgtaagatattaggggtctaaaagttacaattaaat 12434395  T
Q  485 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 519  Q
    || |||||  ||||||||||||   ||||||||||    
T  12434396 aaattaaagaacctaagtgttacagaaaatactta 12434430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 299 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 45445210 - 45445141
Alignment:
Q  299 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 369  Q
    |||| |||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||    
T  45445210 gtaataaattggtcgtttaagtttttt-cgtaccaattaggtcctgtaaattatttaatcataacaagttg 45445141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 260 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 41216 - 41123
Alignment:
Q  260 atgttaaattacaccataag-tcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaa 352  Q
    ||||||||||||||||  || || ||||| ||||||| |||||| |||||  || ||||||||||||  |||||||||| ||  ||||||||||    
T  41216 atgttaaattacaccaagagatcctttaaattatttaattgtaacaaattagtcctttaagttttttgtgtaccacttatgttatttaagttaa 41123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 469 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 8453163 - 8453098
Alignment:
Q  469 aaagttacaattaaataacttaaacg-acctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgt 533  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | |  |||||||||||| ||||||||| || ||||||||||    
T  8453163 aaagttacaatcaaataacttaaaaggatgtaagtgttatgagaaatacttaaatgactaacttgt 8453098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 311 - 356
Target Start/End: Original strand, 32566724 - 32566769
Alignment:
Q  311 tcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 356  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  32566724 tcatttaagtttttttcgtgccacttaagtcctttaagttatttaa 32566769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 22)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 283 - 519
Target Start/End: Original strand, 363615 - 363853
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagt-tttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 381  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| | |  ||||||| |||||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||       
T  363615 tttaagttatttaattgtaataaataggttctttaagtctttttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttggtc-tttaagtt 363713  T
Q  382 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgaggg-atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaat 479  Q
        ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||| || |||||| ||||||||    
T  363714 ttttcgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaacaatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattctgggcctaaaagttacaat 363813  T
Q  480 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 519  Q
    |||| |||||||| ||| ||||  ||| ||||||||||||    
T  363814 taaacaacttaaatgacttaagcattacgaaaaatactta 363853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 284 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 47726693 - 47726457
Alignment:
Q  284 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnn 383  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| | ||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||  |  |||||| |||||||||||         
T  47726693 ttaagttattttattgtaataaattggt-atttaagtttttttcatatcacttaggtcatttaagttaattagctcgaacaagatggtcctttaagtttt 47726595  T
Q  384 nnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaatta 481  Q
        |||||||  ||||||| |  | ||||| ||  ||| || |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  47726594 tcttgtaccaacaaggtcctttgtgttattttaccttaacaatttgaggaatttcatatcttaaaaatgcaagttattcgggatctaaaagttacaatta 47726495  T
Q  482 aataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 519  Q
    |||||||||||  ||||||||||||  || ||||||||    
T  47726494 aataacttaaagcacctaagtgttacaaacaatactta 47726457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 284 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 47747999 - 47747763
Alignment:
Q  284 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnn 383  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| | ||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||  |  |||||| |||||||||||         
T  47747999 ttaagttattttattgtaataaattggt-atttaagtttttttcatatcacttaggtcatttaagttaattagctcgaacaagatggtcctttaagtttt 47747901  T
Q  384 nnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaatta 481  Q
        |||||||  ||||||| |  | ||||| ||  ||| || |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  47747900 tcttgtaccaacaaggtcctttgtgttattttaccttaacaatttgaggaatttcatatcttaaaaatgcaagttattcgggatctaaaagttacaatta 47747801  T
Q  482 aataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 519  Q
    |||||||||||  ||||||||||||  || ||||||||    
T  47747800 aataacttaaagcacctaagtgttacaaacaatactta 47747763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 282 - 375
Target Start/End: Original strand, 16554303 - 16554396
Alignment:
Q  282 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 375  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  16554303 ttttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaagtcatttaagttaatcaattgtaacaagttggtcctt 16554396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 388 - 518
Target Start/End: Original strand, 29954870 - 29955000
Alignment:
Q  388 taccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattc-gggacctaaagttacaattaaataa 486  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||| |||| || |||  | |||||| ||||||||| || ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||    
T  29954870 taccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaataatttggagaatttcatatcttaaaaatgtaagttattctgggactaaaagttacaattaaataa 29954969  T
Q  487 cttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactt 518  Q
    |||||| |||||||||| || | |||||||||    
T  29954970 cttaaa-gacctaagtggtacggaaaatactt 29955000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 283 - 372
Target Start/End: Original strand, 18470189 - 18470279
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 372  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  18470189 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgttttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaacaagttggtc 18470279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 283 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 802346 - 802251
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 378  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||| || |||||  ||||| |||||||||||  |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  802346 tttaagttatttaaatgtaataaattggtcctttaaacttttttcgtaccacttatatcctttgaattaattaattgtaacaagttggtcctttaa 802251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 264 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 12656474 - 12656368
Alignment:
Q  264 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 363  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||  ||||| |||||| |||||||||||   |||||||||||||||||| |||     
T  12656474 taaattacaccgaaagtcctttaagttatttaattgtaacatattgattttttaaatttttt-cgtaccacttaaaccctttaagttaattaattgtaat 12656376  T
Q  364 aagttggt 371  Q
    ||||||||    
T  12656375 aagttggt 12656368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 283 - 369
Target Start/End: Original strand, 16026108 - 16026194
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 369  Q
    ||||||||||||| |||||| || || ||||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||    
T  16026108 tttaagttatttaattgtaataagttaatcatttacatttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaataagttg 16026194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 262 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 11017075 - 11016877
Alignment:
Q  262 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcat-ttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattat 360  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| || ||| ||||| ||| | |||  |||||| | || |||||||||  ||||||||| |||||| |    
T  11017075 gttaaattacactatatgtcctttaagttatttaattataataaattaatcttcttattttttttgcatatcacttaggtgttttaagttatttaattgt 11016976  T
Q  361 aacaagttggtcctttaa--nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagtta 458  Q
    ||||||||| | ||||||         ||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||| || ||||| ||||| | ||||||||| || ||||||    
T  11016975 aacaagttgat-ctttaagttgtttttcgttccaattaggtcctttaaactatttaaccgtaacaatttgagagatttaaaatcttaaaaatgtaagtta 11016877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 453 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 26706274 - 26706207
Alignment:
Q  453 aagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 519  Q
    |||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||    
T  26706274 aagttattcgaggcctaaaagttacaattaaataacttaaagaacctaagtgttacgaaaactactta 26706207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 283 - 378
Target Start/End: Original strand, 46530163 - 46530258
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 378  Q
    ||||||||||||| |||| | ||| || |  ||||| | |||| || |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  46530163 tttaagttatttaattgtcacaaactggttctttaattctttttcgcaccacttaggtcttttaagttaattaattgtaacaagtttgccctttaa 46530258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 314 - 371
Target Start/End: Original strand, 48130213 - 48130268
Alignment:
Q  314 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 371  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48130213 tttaagtttttt--gtaccacttagatcatttaagttaattaattgtaacaagttggt 48130268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 277 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 48130516 - 48130428
Alignment:
Q  277 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaag 366  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |   ||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||    
T  48130516 aagtcctttaaattatttaattgtaataaattgattatttaagttttct-tttaccatttaggtcttttaagttaattacttgtaacaag 48130428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 264 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 363906 - 363806
Alignment:
Q  264 taaattacaccataagt-cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 362  Q
    |||||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| |||| ||||   |||| ||| ||||||||  |||||| |||    
T  363906 taaattacaccagatgttcttttaagttatttaattgtaagaaatttgtcatttaagtatttttcgtaatgcttaagtcatttaagttgtttaattgtaa 363807  T
Q  363 c 363  Q
    |    
T  363806 c 363806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 299 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 26706432 - 26706353
Alignment:
Q  299 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtccttt-aagttaattaattataacaagttggtcctttaa 378  Q
    |||| ||||||||  |||||||||||| |||| || ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  26706432 gtaataaattgattctttaagtttttt-cgtatcatttaagtccttttaagttaattaattattacaagtttgtcctttaa 26706353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 264 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 46530517 - 46530411
Alignment:
Q  264 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatc-atttaag---ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatta 359  Q
    |||||||||||| | ||| ||| ||||||||| |||||| |||||| ||  ||||||   |||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||||     
T  46530517 taaattacaccagatgtcattttagttatttatttgtaacaaattgctctttttaagttttttttttcgtaccactcacgtcatttaagttaattaattg 46530418  T
Q  360 taacaag 366  Q
    |||||||    
T  46530417 taacaag 46530411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 176 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 2125168 - 2125101
Alignment:
Q  176 taacaaactttgaaaaaattataaatttaaagaaatttttgt-agtttagttaagaaccatacaaaaa 242  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  | || | |||||||||||||||||| ||||    
T  2125168 taacaaactttgagaaaattataaatttaaaaaaatcatggtgaatttagttaagaaccatacgaaaa 2125101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 473 - 519
Target Start/End: Original strand, 18470384 - 18470430
Alignment:
Q  473 ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 519  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||    
T  18470384 ttacaattaaataacttaaaggatctaagttgtatgaaaaatactta 18470430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 314 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 16026406 - 16026346
Alignment:
Q  314 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 375  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  16026406 tttaagtttttt-cgtacaacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 16026346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 314 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 18470495 - 18470439
Alignment:
Q  314 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 371  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  18470495 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggt 18470439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 386 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 47600648 - 47600499
Alignment:
Q  386 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaat 484  Q
    |||||||||| |||| | |||| |||||||  |||| |  ||| || ||||||||| |||||| |  |||| ||| ||| |||||| ||||||||||||     
T  47600648 cgtaccaatttggtcatttaagttatttaatcgtaaaagtttgtggtatttcagatgttaaaaattgaagtaatttgggtcctaaaagttacaattaaac 47600549  T
Q  485 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 534  Q
    ||||  || ||||||||  ||| |||||||||||| || ||||| |||||    
T  47600548 aactcgaaagacctaagcattacgaaaaatacttaaatgactaatttgtt 47600499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 53; Significance: 6e-21; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 287 - 522
Target Start/End: Original strand, 30534432 - 30534666
Alignment:
Q  287 agttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnnnn 385  Q
    ||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||   ||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||| || || |            
T  30534432 agttatttaattgtaa-aaattggtcttttaagtttttttttgtaccgcttaggtc-tttatgttaattaattgtaaaaagttgctctttaagttttttc 30534529  T
Q  386 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggaccta-aagttacaattaaat 484  Q
    |||||||| ||| || | |||| ||||||||||||| || |||||   ||| ||||||||||| || |||||||| ||| |||| |||||||||||||||    
T  30534530 cgtaccaactagctctt-taagttatttaactgtaacaatttgagatgttttagatcttaaaaatgtaagttatttggggcctacaagttacaattaaat 30534628  T
Q  485 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacat 522  Q
    || ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  30534629 aatttaaaagacctaagtcttacgaaaaatacttacat 30534666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 283 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 51265984 - 51265744
Alignment:
Q  283 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa--- 378  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||  |||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||       
T  51265984 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgttttttttcgtacctcttagatcctttaagttatttaactataacaagttggtctgttaagtt 51265885  T
Q  379 nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttaca 477  Q
           |||| || ||| ||| | |||| |||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||| |  ||||| |||  | | | ||| |||||    
T  51265884 tttttcccgtatcactta-gtcttttaagttatttaaccgtaacaatttgagagatttcagatcttaaaaatttaagtttttcaaggcttgaaatttaca 51265786  T
Q  478 attaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 519  Q
    ||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||    
T  51265785 attaaataacttaaaggatctaagttgtatgaaaaatactta 51265744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 314 - 471
Target Start/End: Original strand, 44291025 - 44291182
Alignment:
Q  314 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatt 412  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||| | |||||        ||||||||  |||| || |||| ||||    
T  44291025 tttaagtttttttcgtaccacttaagtcatttaagttaattagttgtaacaagttggccttttaagttttttccgtaccaacaaggt-ctttaagttatt 44291123  T
Q  413 taactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa 471  Q
    |||| |||| || ||  ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  44291124 taaccgtaacaattttggggattttagatcttaaaaatgtaagttattcgggacctaaa 44291182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 282 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 44291509 - 44291413
Alignment:
Q  282 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 378  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || | ||| ||||||  ||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||    
T  44291509 ttttaagttatttaattgtaacaaattggtcctctaaatttttttagtatcacttatgtcctttaagttatttaattgtaacaagttagtcctttaa 44291413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 264 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 48200471 - 48200367
Alignment:
Q  264 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 363  Q
    |||||||||| | || |||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||| |||||| |||| ||| ||||| |||||| ||| |||     
T  48200471 taaattacactagaaatcttttaacttatttaattgtaaagaattgatcatttaattttttttcgtaccgcttaagtcttttaaattaattgattgtaat 48200372  T
Q  364 aagtt 368  Q
    |||||    
T  48200371 aagtt 48200367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 314 - 375
Target Start/End: Original strand, 51265679 - 51265739
Alignment:
Q  314 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 375  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  51265679 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 51265739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 552 - 595
Target Start/End: Original strand, 44291420 - 44291463
Alignment:
Q  552 actaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 595  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  44291420 actaacttgttacaattaaataacttaaaggacataagtgatac 44291463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 453 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 50898948 - 50898882
Alignment:
Q  453 aagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 519  Q
    |||||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  50898948 aagttattcgagacgtaaaagttacaattaaacaacttaaat-acctaagtgttacgaaaaatactta 50898882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 264 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 1662357 - 1662257
Alignment:
Q  264 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 363  Q
    ||||||||| || | ||| |||||  |||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||   |||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||    
T  1662357 taaattacatcagaggtcctttaaagtatttaattgcaataaattgatcttttaagtttttt-tataccacttagatccattatgttaattaattgtaac 1662259  T
Q  364 aa 365  Q
    ||    
T  1662258 aa 1662257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University