View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6704_low_12 (Length: 293)

Name: NF6704_low_12
Description: NF6704
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6704_low_12
NF6704_low_12
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-291)||(24264281-24264571)
chr7 (1-291)||(16881766-16882056)
chr7 (1-291)||(21641529-21641819)
chr7 (19-291)||(12404827-12405099)
chr7 (1-287)||(18410496-18410782)
chr7 (1-287)||(21985758-21986044)
chr7 (2-287)||(24272862-24273151)
chr7 (1-287)||(9188107-9188393)
chr7 (12-284)||(3321697-3321969)
chr7 (12-284)||(7073051-7073323)
chr7 (12-284)||(25403657-25403929)
chr7 (12-284)||(25408414-25408686)
chr7 (15-272)||(5071509-5071756)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (1-291)||(18857415-18857705)
chr4 (1-287)||(3791095-3791381)
chr4 (1-287)||(16626954-16627240)
chr4 (1-287)||(5144749-5145033)
chr4 (98-291)||(9227359-9227552)
chr4 (40-284)||(15315317-15315561)
chr4 (40-284)||(4568343-4568587)
chr4 (12-104)||(16637341-16637433)
chr4 (1-39)||(9227542-9227580)
chr4 (232-284)||(16637161-16637213)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (1-291)||(17267-17557)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (1-291)||(10687222-10687512)
chr8 (1-291)||(35742228-35742518)
chr8 (1-291)||(33035891-33036181)
chr8 (1-291)||(18868628-18868918)
chr8 (1-287)||(26298221-26298507)
chr8 (1-287)||(26311478-26311764)
chr8 (1-287)||(26401312-26401598)
chr8 (12-284)||(4814135-4814407)
chr8 (12-284)||(16754169-16754441)
chr8 (12-284)||(28330895-28331167)
chr8 (40-284)||(28893764-28894008)
chr8 (12-284)||(25682907-25683179)
chr8 (29-137)||(40827427-40827535)
chr8 (120-291)||(40827254-40827425)
chr8 (40-104)||(15947842-15947906)
chr8 (133-284)||(21040430-21040581)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (1-291)||(33769878-33770168)
chr5 (1-291)||(31399950-31400240)
chr5 (4-291)||(28805680-28805967)
chr5 (1-291)||(27446662-27446952)
chr5 (1-291)||(37559551-37559841)
chr5 (1-291)||(43593960-43594250)
chr5 (1-291)||(43626754-43627044)
chr5 (1-278)||(28833898-28834175)
chr5 (1-287)||(24558546-24558832)
chr5 (1-287)||(24599578-24599864)
chr5 (12-291)||(25450750-25451029)
chr5 (54-287)||(31301224-31301457)
chr5 (74-222)||(30102726-30102874)
chr5 (193-287)||(31333674-31333768)
chr5 (87-222)||(28664136-28664275)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (1-291)||(14740530-14740820)
chr6 (1-291)||(33334034-33334324)
chr6 (102-287)||(24434276-24434460)
chr6 (12-284)||(13881739-13882011)
chr6 (12-284)||(35202972-35203244)
chr6 (40-284)||(17691789-17692033)
chr6 (42-284)||(25944669-25944911)
chr6 (1-105)||(24714632-24714730)
chr6 (47-284)||(22347917-22348156)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (1-291)||(32477179-32477469)
chr3 (1-291)||(8513933-8514223)
chr3 (1-291)||(22171266-22171556)
chr3 (4-291)||(2675178-2675465)
chr3 (1-287)||(1307710-1307996)
chr3 (1-286)||(16256908-16257193)
chr3 (36-287)||(3326488-3326739)
chr3 (12-284)||(54191508-54191780)
chr3 (12-284)||(10095715-10095987)
chr3 (12-284)||(10900009-10900281)
chr3 (12-284)||(10202601-10202873)
chr3 (12-284)||(16460464-16460736)
chr3 (12-284)||(47879798-47880070)
chr3 (12-284)||(10609682-10609954)
chr3 (12-203)||(22623034-22623225)
[»] scaffold0259 (1 HSPs)
scaffold0259 (1-287)||(347-633)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (1-291)||(19346117-19346407)
chr2 (1-287)||(39484596-39484882)
chr2 (1-287)||(39486173-39486459)
chr2 (1-286)||(31057797-31058082)
chr2 (13-287)||(31134546-31134819)
chr2 (12-284)||(22714143-22714415)
chr2 (12-284)||(39685247-39685519)
chr2 (12-284)||(2739205-2739477)
chr2 (12-284)||(20051671-20051942)
chr2 (40-101)||(17942004-17942065)
chr2 (187-284)||(17935084-17935181)
chr2 (130-206)||(27568379-27568455)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (13-291)||(41395102-41395380)
chr1 (1-287)||(47701999-47702285)
chr1 (1-243)||(47101013-47101255)
chr1 (12-284)||(9524728-9525000)
chr1 (181-287)||(13599886-13599992)
chr1 (40-284)||(2396192-2396436)
chr1 (14-119)||(34689683-34689788)
chr1 (14-119)||(34694211-34694316)
chr1 (1-170)||(7155149-7155317)
chr1 (231-268)||(13599844-13599881)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (29-287)||(33906-34164)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (181-287)||(7683-7789)
scaffold0006 (231-268)||(7641-7678)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (121-281)||(161-321)
[»] scaffold0559 (1 HSPs)
scaffold0559 (120-291)||(4830-5001)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 291; Significance: 1e-163; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 24264571 - 24264281
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24264571 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 24264472  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24264471 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 24264372  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24264371 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 24264281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Original strand, 16881766 - 16882056
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16881766 gaatcatacccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 16881865  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16881866 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 16881965  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16881966 catttgttccaactcaagattgaattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 16882056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Original strand, 21641529 - 21641819
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21641529 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 21641628  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21641629 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 21641728  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21641729 catttgttccaactcaagattgaattgattcacgatagtcataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 21641819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 19 - 291
Target Start/End: Original strand, 12404827 - 12405099
Alignment:
Q  19 acaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttag 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12404827 acaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggcttttcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttag 12404926  T
Q  119 acttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaag 218  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12404927 acttgtcctccataaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaag 12405026  T
Q  219 attgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12405027 attgaattgattcacaatagccataactatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 12405099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Original strand, 18410496 - 18410782
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18410496 gaatcatatccgcttctcacaaagccggtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 18410595  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  18410596 tcaaaagacataccttagacttgtcgtccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcaatcttcacatc 18410695  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18410696 catttgttccaactcaagattgaattgattcacgatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 18410782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Original strand, 21985758 - 21986044
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21985758 gaatcatacccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaattcatgaaaccgacgatagcattgcctagggctttgcttcaaccgatacaaagatttct 21985857  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    | |||| ||| |||||||||||||| | || ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21985858 ttaaaaaacataccttagacttgtctttcaaaaaaccttctggtttctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 21985957  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21985958 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctc 21986044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 2 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 24273151 - 24272862
Alignment:
Q  2 aatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttctt 101  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24273151 aatcatatccgcttctcataaaaccggtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctaagactttacttcaacccatacaaagatttctt 24273052  T
Q  102 caaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatcc 201  Q
    ||| ||| | |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24273051 caatagatataccttagacttgtcctccacaaaatcttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaagtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatcc 24272952  T
Q  202 atttgttccaac----tcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 287  Q
    ||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24272951 atttgttccaactcgatcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctc 24272862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 9188393 - 9188107
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||  || |||| |||||||| | ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  9188393 gaatcatatctgcttctcacaaaaccgatcttcaaaagaaattcatcaaacttacaatacaattgcctatgactttgtttcaatccatacaaagatttct 9188294  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9188293 ttaaaagacataccttagacttgtcctccacaaaaccttccgtttgctccatgtagattgtctcttcaagatcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 9188194  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  9188193 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcactaccagtgaaaagatctc 9188107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 12 - 284
Target Start/End: Original strand, 3321697 - 3321969
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacac 111  Q
    ||||||||||||||| | ||| |  || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||     
T  3321697 gcttctcacaaaaccagcctttactaggaactcatcaaaccgacgataccattgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacat 3321796  T
Q  112 accttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttcca 211  Q
    || || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| |    
T  3321797 acttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttcta 3321896  T
Q  212 actcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    |||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3321897 actcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagat 3321969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 12 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 7073323 - 7073051
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacac 111  Q
    ||||||||||||||| | ||| |  || ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||| |||||||||| | ||||    
T  7073323 gcttctcacaaaaccagcctttactaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaatccatacaaatatttcttcaacaaacac 7073224  T
Q  112 accttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttcca 211  Q
    || || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| |    
T  7073223 acttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttcta 7073124  T
Q  212 actcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    |||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7073123 actcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagat 7073051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 12 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 25403929 - 25403657
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacac 111  Q
    ||||||||||||||| | ||| |  || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||  ||||||||||| | ||||    
T  25403929 gcttctcacaaaaccagcctttactaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacatggatttcttcaacaaacac 25403830  T
Q  112 accttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttcca 211  Q
    || || |  ||||| || || |||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| |    
T  25403829 acttttgtattgtcttctacgaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttcta 25403730  T
Q  212 actcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    |||||||||   |    || | ||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25403729 actcaagatcatacatgttaataatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagat 25403657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 12 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 25408686 - 25408414
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacac 111  Q
    ||||||||||||||| | ||| |  || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| | ||||    
T  25408686 gcttctcacaaaaccagcctttactaggaactcatcaaaccgacgataccactgcctaggactttgcttcaacccatacatggatttcttcaacaaacac 25408587  T
Q  112 accttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttcca 211  Q
    || || |  ||||| || || |||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| |    
T  25408586 acttttgtattgtcttctacgaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttcta 25408487  T
Q  212 actcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    |||||||||   |    || | ||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  25408486 actcaagatcatacatgttaataatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccgatgaaaagat 25408414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 15 - 272
Target Start/End: Original strand, 5071509 - 5071756
Alignment:
Q  15 tctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacacc 114  Q
    |||||||||||| ||| || ||||||||| ||||||| ||| |   ||||  || |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |    
T  5071509 tctcacaaaaccagtcatcgaaagaaacttatcaaactgacaacgtcattttcttgggctttgtttcaaccaatacaaatatttcttcaaaagacacatc 5071608  T
Q  115 ttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaact 214  Q
    ||||||||||| ||      ||| || |||||| ||||   || | |||||| ||| |  |||||||||||   | ||||||| ||||||||||||||||    
T  5071609 ttagacttgtcttc------accctctggttgcaccat---gagtctctcttaaagctttccatgtaagaacatgatcttcacgtccatttgttccaact 5071699  T
Q  215 caagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccac 272  Q
    |  ||||  || |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5071700 c-ggattatatcgattcacaatcgctataagtatccttatggaacaatgtttcaccac 5071756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 291; Significance: 1e-163; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Original strand, 18857415 - 18857705
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18857415 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 18857514  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18857515 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 18857614  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18857615 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 18857705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 3791381 - 3791095
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3791381 gaatcatatccgcttcttacaaaaccggtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttacttcaacccatacaaagatttct 3791282  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3791281 tcaaaagacataccttagacttgtcctccaaaaaaccttccggttgctccatgtagattttctcttcaaggtcaccatgtaacaaagcggtcttcacatc 3791182  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3791181 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctc 3791095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 243; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 16627240 - 16626954
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16627240 gaatcatatccgcttctcaaaaaatcggtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgccttgggctttgcttcaacccatacaaagatttct 16627141  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16627140 tcaaaagacataccttagacttgtcctctacaaaaccttccagttgctccatgtagattgtcttttcaaggtcaccatgtaagaaaacggtcttcacatc 16627041  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  16627040 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccatcggtgagaagatctc 16626954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Original strand, 5144749 - 5145033
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5144749 gaatcttatccgcttctcacaaaaccgggcttcaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcccagggatttgcttcaacccatacaaagatttct 5144848  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    | |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5144849 ttaaaagacataccttagacttgtctttcacaaaaccttccggttgctccatgt--attgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcagtcttcacatc 5144946  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 287  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5144947 catttgttcaaactcaagattgaattgattcacaataaccataagtatcgttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctc 5145033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 98 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 9227552 - 9227359
Alignment:
Q  98 tcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcac 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9227552 tcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttctagttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcac 9227453  T
Q  198 atccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  9227452 atccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccactggtgaaaagatctcgttg 9227359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 40 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 15315561 - 15315317
Alignment:
Q  40 aactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaacctt 139  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||    || || || || |||||||    
T  15315561 aactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttctattatcttctacgaaacctt 15315462  T
Q  140 ccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagc 239  Q
    | ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||||| ||    
T  15315461 ctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgc 15315362  T
Q  240 cataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15315361 cataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagat 15315317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 40 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 4568587 - 4568343
Alignment:
Q  40 aactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaacctt 139  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||| || |  || || || || |||||||    
T  4568587 aactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaatatttcttcaacaaacacacttttgtattatcttctacgaaacctt 4568488  T
Q  140 ccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagc 239  Q
    | ||||| | ||| |||||  | ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||||| ||    
T  4568487 ctggttgttgcatatagatattttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgc 4568388  T
Q  240 cataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||    
T  4568387 cataagtacccttatagaacaatgttttatcaccggtgaaaagat 4568343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 12 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 16637433 - 16637341
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaa 104  Q
    ||||||||||||||| | ||| | ||| |||||||||||| |||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  16637433 gcttctcacaaaaccagcctttacaaggaactcatcaaacagacgataccactgccttggactttgattcaatccatacaaagatttcttcaa 16637341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 39
Target Start/End: Complemental strand, 9227580 - 9227542
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaaga 39  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9227580 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaaga 9227542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 232 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 16637213 - 16637161
Alignment:
Q  232 acaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  16637213 acaatcgccataagtacccttattgaacaatgttttaccaccgctgaaaagat 16637161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 17557 - 17267
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17557 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 17458  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17457 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 17358  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17357 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 17267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 10687512 - 10687222
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10687512 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 10687413  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10687412 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 10687313  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10687312 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 10687222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Original strand, 35742228 - 35742518
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35742228 gaatcatatccgcttctcacaaaactggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 35742327  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35742328 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 35742427  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35742428 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 35742518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 33036181 - 33035891
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33036181 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 33036082  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33036081 tcaaaagacacaccttggacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 33035982  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33035981 catttgttccaactcaagattgaattgattcacgatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 33035891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 18868918 - 18868628
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18868918 gaatcatatccccttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacctatacaaagatttct 18868819  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868818 tcaaaagacacaccttggacttgtcctccacagaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 18868719  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868718 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 18868628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 263; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Original strand, 26298221 - 26298507
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26298221 gaatcatatccgcttctcacaaaactggtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 26298320  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26298321 tcaaaagacataccttagacttgtcctccacaaaacctttcggttgctccatgtagattgtctctttaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 26298420  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26298421 catttgttccaactcaagattgaattgattcacgatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 26298507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 263; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Original strand, 26311478 - 26311764
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26311478 gaatcatatccgcttctcacaaaactggtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 26311577  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26311578 tcaaaagacataccttagacttgtcctccacaaaacctttcggttgctccatgtagattgtctctttaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 26311677  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26311678 catttgttccaactcaagattgaattgattcacgatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 26311764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 26401598 - 26401312
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26401598 gaatcatatccgcttctcacaaaactggtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaactcatacaaagatttct 26401499  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26401498 tcaaaagacataccttagacttgtcctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccttgtaagaaagcggtcttcacatc 26401399  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  26401398 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaatatctc 26401312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 12 - 284
Target Start/End: Original strand, 4814135 - 4814407
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacac 111  Q
    ||||||||||||||| | ||| |  || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  4814135 gcttctcacaaaaccagcctttactaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacac 4814234  T
Q  112 accttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttcca 211  Q
    || || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| |    
T  4814235 acttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttcta 4814334  T
Q  212 actcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    |||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4814335 actcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagat 4814407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 12 - 284
Target Start/End: Original strand, 16754169 - 16754441
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacac 111  Q
    ||||||||||||||| | ||| |  || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  16754169 gcttctcacaaaaccagcctttactaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacac 16754268  T
Q  112 accttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttcca 211  Q
    || || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| |    
T  16754269 acttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttcta 16754368  T
Q  212 actcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    |||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  16754369 actcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttactaccggtgaaaagat 16754441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 12 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 28331167 - 28330895
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacac 111  Q
    ||||||||||||||| | ||| |  || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  28331167 gcttctcacaaaaccagcctttactaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacac 28331068  T
Q  112 accttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttcca 211  Q
    || || |  ||||| || |||||||||||  |||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| |    
T  28331067 acttttgtattgtcttctacaaaaccttctagttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttcta 28330968  T
Q  212 actcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    ||||||||||  |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  28330967 actcaagattatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttactaccggtgaaaagat 28330895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 40 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 28894008 - 28893764
Alignment:
Q  40 aactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaacctt 139  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || | ||||||||    
T  28894008 aactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctataaaacctt 28893909  T
Q  140 ccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagc 239  Q
    | ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || || |||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||||| ||    
T  28893908 ctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcagtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgc 28893809  T
Q  240 cataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28893808 cataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagat 28893764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 12 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 25683179 - 25682907
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacac 111  Q
    ||||||||||||||| | ||| |  || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  25683179 gcttctcacaaaaccagcctttactaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacac 25683080  T
Q  112 accttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttcca 211  Q
    || || |  ||||| || |||||||||||  |||  | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| |    
T  25683079 acttttgtattgtcttctacaaaaccttctagttattgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttcta 25682980  T
Q  212 actcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
     ||||||||   |    || ||||| |||||||||| | |||| |||||||| || |||||||||||||||||    
T  25682979 gctcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacctttatagaacaatgctttaccaccggtgaaaagat 25682907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 29 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 40827535 - 40827427
Alignment:
Q  29 tcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctc 128  Q
    ||||||||| |||||||||||||  || |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| |  || |||||||||||||||    
T  40827535 tcttcaaaataaactcatcaaactaacaataccatttcctagggctttgcttcaacctatagaaagatatcttcaaaatatgcaacttagacttgtcctc 40827436  T
Q  129 cacaaaacc 137  Q
    |||||||||    
T  40827435 cacaaaacc 40827427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 120 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 40827425 - 40827254
Alignment:
Q  120 cttgtcctccacaaaacc--ttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaa 217  Q
    ||||||||||||||||||  ||||  ||||||||| ||||||||||||||||  |  ||||||||| |  |  ||||||||||||||| |||||| ||||    
T  40827425 cttgtcctccacaaaacccattcc--ttgctccatttagattgtctcttcaaaatatccatgtaaggacacaatcttcacatccatttattccaaatcaa 40827328  T
Q  218 gattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    ||||| ||| ||| |  |||  |||||||| ||||||  |||||||||| | ||| ||||| || |||| ||||    
T  40827327 gattgtattcattgaatataaacataagtacccttattaaacaatgttttaacactggtgagaaaatcttgttg 40827254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 40 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 15947906 - 15947842
Alignment:
Q  40 aactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaa 104  Q
    ||||||||||||||| || |||| ||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  15947906 aactcatcaaaccgaagaaaccactgccttggactttgcttcaacctatagaaagatttcttcaa 15947842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 133 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 21040581 - 21040430
Alignment:
Q  133 aaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattca 232  Q
    |||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| |||||  |||||||||   |    || |    
T  21040581 aaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttcttactcaagatcatacatgttaa 21040482  T
Q  233 caatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    ||||  ||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21040481 caatctccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagat 21040430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Original strand, 33769878 - 33770168
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33769878 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 33769977  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33769978 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 33770077  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33770078 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 33770168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 31400240 - 31399950
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31400240 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 31400141  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31400140 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 31400041  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31400040 catttgttccaactcaagatcgaattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 31399950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 4 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 28805967 - 28805680
Alignment:
Q  4 tcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttca 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805967 tcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcgtcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttca 28805868  T
Q  104 aaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccat 203  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28805867 aaagacgcaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtattcacatccat 28805768  T
Q  204 ttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805767 ttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 28805680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Original strand, 27446662 - 27446952
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27446662 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaattcatcaaaacgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 27446761  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27446762 ttaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 27446861  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27446862 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 27446952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 37559841 - 37559551
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37559841 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 37559742  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37559741 tcaaaagacacgccttagacttgtcctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 37559642  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37559641 catttgttccaactcaagattgaattaattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 37559551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 263; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Original strand, 43593960 - 43594250
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43593960 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaattcatcaaaacgacgataccattgcgtagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 43594059  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594060 ttaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 43594159  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43594160 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagtcataaatatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 43594250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 263; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Original strand, 43626754 - 43627044
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43626754 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaattcatcaaaacgacgataccattgcgtagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 43626853  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43626854 ttaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 43626953  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43626954 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagtcataaatatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 43627044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 1 - 278
Target Start/End: Original strand, 28833898 - 28834175
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28833898 gaatcatatccgcttctcacaaaatcggtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgatatcattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 28833997  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    |||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28833998 tcaaaagatataccttagacttgtcatccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 28834097  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtga 278  Q
     ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28834098 tatttgttccaaattaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtga 28834175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 24558832 - 24558546
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |    
T  24558832 gaatcatatccgcttctcacaaaatcgatcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttggttcaacccatataaagatttat 24558733  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||    
T  24558732 tcaaaagacataccttagacttgtcctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtaaccgtgtaagaaagcggtctttacatc 24558633  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24558632 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctc 24558546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 24599864 - 24599578
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |    
T  24599864 gaatcatatccgcttctcacaaaatcgatcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttggttcaacccatataaagatttat 24599765  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||    
T  24599764 tcaaaagacataccttagacttgtcctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtaaccgtgtaagaaagcggtctttacatc 24599665  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24599664 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctc 24599578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 12 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 25451029 - 25450750
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacac 111  Q
    ||||||||||||||| | ||| |  || |||| |||||||||||||||||| | ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  25451029 gcttctcacaaaaccagcctttactaggaactaatcaaaccgacgataccactaccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacac 25450930  T
Q  112 accttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttcca 211  Q
    || || |  ||||| || ||||||||||| ||||  | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| |    
T  25450929 acttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttattgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttcta 25450830  T
Q  212 actcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    |||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  25450829 actcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcgttg 25450750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 54 - 287
Target Start/End: Original strand, 31301224 - 31301457
Alignment:
Q  54 acgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatg 153  Q
    |||||| |||||||| ||  |||| |||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| ||  ||||   ||    
T  31301224 acgatatcattgccttggattttgtttcaattcttacaatgatttcttcaaaagacacaccttagatttgtcttccataaaacctttcgaatgctttgtg 31301323  T
Q  154 tagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatcctta 253  Q
    |||||||||| || ||||   ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||  || |||| | | |||||| |||    
T  31301324 tagattgtctttttaaggggtccatgtaagaatgcggcattcacatccatttgttccaactcaatattgtattgataaacgatagtcgtgagtatcttta 31301423  T
Q  254 tggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 287  Q
    |||||||||||||  | |||||||| ||||||||    
T  31301424 tggaacaatgtttttctaccggtgagaagatctc 31301457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 74 - 222
Target Start/End: Original strand, 30102726 - 30102874
Alignment:
Q  74 tttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtc 173  Q
    |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |||| || ||||| ||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  30102726 tttgtttcaactcatacaaatatttcttcaaaagacccaccgtagatttatcctctacaaaaccttttggttgctctatgtaaattgtctcttcaaggtc 30102825  T
Q  174 accatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattg 222  Q
     |||||||||||| | || | |  |||||||||||||||||||| ||||    
T  30102826 tccatgtaagaaaaccgtttacgtatccatttgttccaactcaaaattg 30102874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 193 - 287
Target Start/End: Original strand, 31333674 - 31333768
Alignment:
Q  193 ttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 287  Q
    |||||||| |||||||||||||||| || | ||||||| || |||| | | |||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  31333674 ttcacatcaatttgttccaactcaatatcgtattgattaacgatagtcgtgagtatctttatggaacaatgtttttccaccggtgaaaagatctc 31333768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 87 - 222
Target Start/End: Original strand, 28664136 - 28664275
Alignment:
Q  87 atacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaa---aacct-tccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaa 182  Q
    |||||| ||||| |||||| || | ||||||||||| ||||| ||||   || || || |||||||||||||||||| | |||||||||| |  ||||      
T  28664136 atacaatgatttattcaaatgaaataccttagacttttcctctacaattaaatctctctggttgctccatgtagattttttcttcaaggtaaagatgttg 28664235  T
Q  183 gaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattg 222  Q
    |||  || ||||||||||||| |||| ||||| |||||||    
T  28664236 gaacacgctcttcacatccatgtgtttcaacttaagattg 28664275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 14740820 - 14740530
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14740820 gaatcatatccgcttctcacaaaactggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 14740721  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14740720 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 14740621  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14740620 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 14740530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 33334324 - 33334034
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33334324 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaactgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccgtacaaagatttct 33334225  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33334224 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgttccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 33334125  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33334124 catctgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 33334034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 102 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 24434460 - 24434276
Alignment:
Q  102 caaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatcc 201  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  |||||| ||||| |||| |||||| |||||| ||| |||||| |||||  |||||||||||||||| |||| |    
T  24434460 caaaagacataccttagacttgtccaacacaaa-ccttcaggtttctccatatagattttcttttcaagatcaccgagtaagaaagcggtctttacatgc 24434362  T
Q  202 atttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 287  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  24434361 atttgttccaactcaaggttgaattgattcacaataaccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaatatctc 24434276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 12 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 13882011 - 13881739
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacac 111  Q
    ||||||||||||||| | ||| |  || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  13882011 gcttctcacaaaaccagcctttactaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacac 13881912  T
Q  112 accttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttcca 211  Q
    || || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| |    
T  13881911 acttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttcta 13881812  T
Q  212 actcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    |||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13881811 actcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagat 13881739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 12 - 284
Target Start/End: Original strand, 35202972 - 35203244
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacac 111  Q
    ||||||||||||||| | ||| |  || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  35202972 gcttctcacaaaaccagcctttactaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacac 35203071  T
Q  112 accttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttcca 211  Q
    || || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| |    
T  35203072 acttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttcta 35203171  T
Q  212 actcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    |||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35203172 actcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagat 35203244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 40 - 284
Target Start/End: Original strand, 17691789 - 17692033
Alignment:
Q  40 aactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaacctt 139  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  || || || || |||||||    
T  17691789 aactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaataaacacacttttgtattatcttctacgaaacctt 17691888  T
Q  140 ccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagc 239  Q
    | ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||||| ||    
T  17691889 ctggttgttgcatatagatggtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgc 17691988  T
Q  240 cataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17691989 cataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagat 17692033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 42 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 25944911 - 25944669
Alignment:
Q  42 ctcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttcc 141  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||| || | |||||| || |  ||||| || |||||||||||     
T  25944911 ctcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccgtacaaaaatttcttaaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaaaccttct 25944812  T
Q  142 ggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagat-tgaattgattcacaatagcc 240  Q
    ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   || || || ||||| |||    
T  25944811 ggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatatgttctaactcaagatcataaatg-ttaacaatcgcc 25944713  T
Q  241 ataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25944712 ataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagat 25944669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 105
Target Start/End: Original strand, 24714632 - 24714730
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24714632 gaatcatagccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacga------tgcctagggctttgcttcaatccatacaaagatttct 24714725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 47 - 284
Target Start/End: Original strand, 22347917 - 22348156
Alignment:
Q  47 caaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttg 146  Q
    |||||||||||||||  ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||| || |  || || || || |||||||| |||||    
T  22347917 caaaccgacgatacctctgccttggactttgcttcaacccatacaaatatttcttcaacaaacacacttttgtattatcttctacgaaaccttctggttg 22348016  T
Q  147 ctcc--atgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataa 244  Q
     | |  || ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||||| | |||||    
T  22348017 ttgcatatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgtcataa 22348116  T
Q  245 gtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    ||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22348117 gtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagat 22348156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Original strand, 32477179 - 32477469
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32477179 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 32477278  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32477279 tcaaaagacacaccttagacttgtcctctacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 32477378  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32477379 catttgttccaactcaagattgaattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 32477469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Original strand, 8513933 - 8514223
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8513933 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagtgctttgcttcaacccatacaaagatttct 8514032  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514033 tcaaaagacacaccttagacttgtcctctacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 8514132  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514133 catttgttccaactcaagattgaattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 8514223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 22171556 - 22171266
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171556 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtctttaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 22171457  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171456 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 22171357  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  22171356 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaaaatctcgttg 22171266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 268; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 4 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 2675465 - 2675178
Alignment:
Q  4 tcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttca 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2675465 tcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgaccataccattgcctaaggctttgcttcaacccatacaaagatttcttca 2675366  T
Q  104 aaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccat 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2675365 aaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccat 2675266  T
Q  204 ttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2675265 ttgttccaactcaagatcgaattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 2675178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Original strand, 1307710 - 1307996
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1307710 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 1307809  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1307810 tcaaaagacataccttagacttgtcctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttgaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 1307909  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1307910 catttgttccaactcaagattgaattgattcacgatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 1307996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 16256908 - 16257193
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16256908 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtctttaaaagaaattcatcaaatcgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 16257007  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16257008 tcaaaagacataccttagacttgtcctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 16257107  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatct 286  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16257108 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagtcataagtatccttatggtacaatgtttcaccaccggtgaaaatatct 16257193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 36 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 3326739 - 3326488
Alignment:
Q  36 aagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaa 135  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| || ||||||    
T  3326739 aagaaattcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacattccttagatttgtcttctacaaaa 3326640  T
Q  136 ccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaa 235  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3326639 ccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaa 3326540  T
Q  236 tagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 287  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  3326539 tagcgatatgtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtaagaagatctc 3326488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 12 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 54191780 - 54191508
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacac 111  Q
    ||||||||||||||| | ||| |  || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||     
T  54191780 gcttctcacaaaaccagcctttactaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacat 54191681  T
Q  112 accttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttcca 211  Q
    || || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| |    
T  54191680 acttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttcta 54191581  T
Q  212 actcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    |||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  54191580 actcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 54191508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 12 - 284
Target Start/End: Original strand, 10095715 - 10095987
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacac 111  Q
    ||||||||||||||| | ||| |  || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| || | ||||    
T  10095715 gcttctcacaaaaccagcctttactaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccgtacaaagatttcttgaacaaacac 10095814  T
Q  112 accttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttcca 211  Q
    || || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| |    
T  10095815 acttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttcta 10095914  T
Q  212 actcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    |||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10095915 actcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagat 10095987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 12 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 10900281 - 10900009
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacac 111  Q
    ||||||||||||||| | ||| |  || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  10900281 gcttctcacaaaaccagcctttactaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacac 10900182  T
Q  112 accttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttcca 211  Q
    || || |  ||||| |  || |||||||| ||||||| ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| |    
T  10900181 acttttgtattgtcttatacgaaaccttctggttgctgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttcta 10900082  T
Q  212 actcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    |||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10900081 actcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagat 10900009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 12 - 284
Target Start/End: Original strand, 10202601 - 10202873
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacac 111  Q
    ||||||||||||||| | ||| |  || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||| || | ||||    
T  10202601 gcttctcacaaaaccagcctttactaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccgtacaaatatttcttgaacaaacac 10202700  T
Q  112 accttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttcca 211  Q
    || || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| |    
T  10202701 acttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttcta 10202800  T
Q  212 actcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    |||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10202801 actcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagat 10202873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 12 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 16460736 - 16460464
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacac 111  Q
    ||||||||||||||| | ||| |  || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  16460736 gcttctcacaaaaccagcctttactaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacac 16460637  T
Q  112 accttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttcca 211  Q
    || || |  ||||| || ||||||||||  ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||| ||||||||||||||||| |    
T  16460636 acttttgtattgtcttctacaaaaccttatggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtattcacatccatttgttcta 16460537  T
Q  212 actcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    |||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  16460536 actcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttactaccggtgaaaagat 16460464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 12 - 284
Target Start/End: Original strand, 47879798 - 47880070
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacac 111  Q
    ||||||||||||||| | ||| |  || || ||||||| |||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  47879798 gcttctcacaaaaccagcctttactaggaattcatcaatccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacac 47879897  T
Q  112 accttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttcca 211  Q
    || || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| |    
T  47879898 acttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatatgttcta 47879997  T
Q  212 actcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    |||||||||   |   ||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  47879998 actcaagatcatacatattaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccatcggtgaaaagat 47880070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 12 - 284
Target Start/End: Original strand, 10609682 - 10609954
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacac 111  Q
    ||||||||||||||| | ||| |  || ||||||||||||||||||||||| | ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  10609682 gcttctcacaaaaccagcctttactaggaactcatcaaaccgacgataccactaccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaaaacaa 10609781  T
Q  112 accttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttcca 211  Q
    || || |  ||||| || || |||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || |||||||||||||||||| |||| |    
T  10609782 acttttgtattgtcttctacgaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccattcgttcta 10609881  T
Q  212 actcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    |||||||||   |    || |||||  ||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10609882 actcaagatcatacatgttaacaattaccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagat 10609954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 12 - 203
Target Start/End: Original strand, 22623034 - 22623225
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacac 111  Q
    ||||||||||||||| | ||| |  || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||     
T  22623034 gcttctcacaaaaccagcctttactaggaactcatcaaaccgacgataccattgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacat 22623133  T
Q  112 accttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccat 203  Q
    || || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || |||||||||||||||||    
T  22623134 acttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccat 22623225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0259 (Bit Score: 275; Significance: 1e-154; HSPs: 1)
Name: scaffold0259
Description:

Target: scaffold0259; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 633 - 347
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  633 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcgtcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 534  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  533 tcaaaagacacaccttagacttgtcttccacaaaaccttcaggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 434  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  433 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 275; Significance: 1e-154; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Original strand, 19346117 - 19346407
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  19346117 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagattttt 19346216  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19346217 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgttccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatataagaaagcggtcttcacatc 19346316  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  19346317 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 19346407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 243; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Original strand, 39484596 - 39484882
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39484596 gaatcatatctgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaattcataaaaacaacgataccattgcctaaggctttgcttcaacccatacaaagatttct 39484695  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39484696 tcaaaagacacaccttagacttgtcctctacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggttaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 39484795  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 287  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  39484796 catttgttctaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaatatctc 39484882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 39486459 - 39486173
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  39486459 gaatcatatccgcttctcacaaaaccagtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgatatcattgtctagggctttgcttcaacccatacaaagatatct 39486360  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  39486359 tcaaaagacatatcttagacttgtcctccacaaaaccttctggttactccatgtagattgtctcttcaaggtcaacatgtaagaaagcggtcttcacatc 39486260  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 287  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39486259 catttcttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctc 39486173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 31057797 - 31058082
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  31057797 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccatttcctagggttttgcttcaactcatacaaagatttct 31057896  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | |||||||||||    
T  31057897 tcaaaagacataccttagacttgtcctccacaaaaccttccaattgctccatgtagattgtctcttcatggtcagcatgtaagaaatcagtcttcacatc 31057996  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatct 286  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  31057997 catttgttccaacttaagattgaattgattcacaatggtcataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccgatgagaagatct 31058082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 13 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 31134819 - 31134546
Alignment:
Q  13 cttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacaca 112  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| || || || |||| || || ||||| |||||| |||||||  ||||||||||||||||||    
T  31134819 cttcttacaacaccggtcttcaaaagaaactcatcaaactgatga-actattgtcttggactttgtttcaacacatacaacaatttcttcaaaagacaca 31134721  T
Q  113 ccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaa 212  Q
     ||| ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||| |||||||||| |||||||| |||||| |||||||||| || |||||  | |||    
T  31134720 tcttggacttgtcctccataaaaccttccagtttctccatatagatcgtctcttcaatgtcaccatataagaaggcggtcttcatatacattttcttcaa 31134621  T
Q  213 ctcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 287  Q
    |||||||||| | |||||||   |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||    
T  31134620 ctcaagattgtaatgattcatggtagctataagtaaccttatggaacaatgcttcaccacatgtgaaaagatctc 31134546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 12 - 284
Target Start/End: Original strand, 22714143 - 22714415
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacac 111  Q
    ||||||||||||||| | ||| |  || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  22714143 gcttctcacaaaaccagcctttactaggaactcatcaaaccgacgataccaatgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacac 22714242  T
Q  112 accttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttcca 211  Q
    || || |  ||||| || ||||||||||  ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||| ||||||||||||||||| |    
T  22714243 acttttgtattgtcttctacaaaaccttatggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtattcacatccatttgttcta 22714342  T
Q  212 actcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    |||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  22714343 actcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttactaccggtgaaaagat 22714415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 12 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 39685519 - 39685247
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacac 111  Q
    ||||||||||||||| | ||| |  || ||||||||||||||||||||||| ||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  39685519 gcttctcacaaaaccagcctttactaggaactcatcaaaccgacgataccactgctttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacac 39685420  T
Q  112 accttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttcca 211  Q
    || || |  ||||| || ||||||| ||  ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| |    
T  39685419 acttttgtattgtcttctacaaaacgttatggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttcta 39685320  T
Q  212 actcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    ||||||||||  |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  39685319 actcaagattatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttactaccggtgaaaagat 39685247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 12 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 2739477 - 2739205
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacac 111  Q
    ||||||||||||||| | ||| |  || ||||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||   | | ||||    
T  2739477 gcttctcacaaaaccagcctttactaggaactcatcataccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttctattacaaacac 2739378  T
Q  112 accttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttcca 211  Q
    || || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || | ||||||||||||||||||||| |    
T  2739377 acttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgtggtcttcacatccatttgttcta 2739278  T
Q  212 actcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    |||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  2739277 actcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccagcggtgaaaagat 2739205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 12 - 284
Target Start/End: Original strand, 20051671 - 20051942
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacac 111  Q
    ||||||||||||||| | ||| |  || ||||||||||||||||||||| | ||||| || ||||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||    
T  20051671 gcttctcacaaaaccagcctttactaggaactcatcaaaccgacgatac-actgccttggactttgcttcaaccgatacaaagttttcttcaacaaacac 20051769  T
Q  112 accttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttcca 211  Q
    || || |  || || || || |||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| |    
T  20051770 actttggtattatcttctacgaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttcta 20051869  T
Q  212 actcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    |||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20051870 actcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagat 20051942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 40 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 17942065 - 17942004
Alignment:
Q  40 aactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttctt 101  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17942065 aactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttctt 17942004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 187 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 17935181 - 17935084
Alignment:
Q  187 gcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17935181 gcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagat 17935084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 130 - 206
Target Start/End: Original strand, 27568379 - 27568455
Alignment:
Q  130 acaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttg 206  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| ||||||   |||||||| ||||||| ||| ||||  || ||||||||||||||    
T  27568379 acaaaaccttcaggttgttccatatagattacttcttcaagttcaccatttaaaaaagttgttttcacatccatttg 27568455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 263; Significance: 1e-147; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 13 - 291
Target Start/End: Original strand, 41395102 - 41395380
Alignment:
Q  13 cttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacaca 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41395102 cttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttggttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacaca 41395201  T
Q  113 ccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaa 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41395202 ccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtgaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaa 41395301  T
Q  213 ctcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  41395302 ctcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtgaaaagttctcgttg 41395380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 243; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 47702285 - 47701999
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47702285 gaatcatatccgcttcttacaaaaccggtttccaaaagaaattcatcaaactgatgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 47702186  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47702185 tcaaaagacataccttagacttgttctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtattcacatc 47702086  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47702085 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctc 47701999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 47101255 - 47101013
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  47101255 gaatcatatccgcttctcacaaatccgatcttcaaaagaaattcatcaaaccgacgataccattgtctatggctttgcttcaacctatacaaagatttct 47101156  T
Q  101 tcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47101155 tcaaaagacataccttagacttgtcctccacaaaaccttccagttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatc 47101056  T
Q  201 catttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccata 243  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  47101055 catttgttccaactcaagattcaattgattcacaatagccata 47101013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 12 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 9525000 - 9524728
Alignment:
Q  12 gcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacac 111  Q
    ||||||||||||||| | ||| |  || ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  9525000 gcttctcacaaaaccagcctttactaggaactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacac 9524901  T
Q  112 accttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttcca 211  Q
    || || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||||||||| |    
T  9524900 acttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttcta 9524801  T
Q  212 actcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    |||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9524800 actcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagat 9524728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 181 - 287
Target Start/End: Original strand, 13599886 - 13599992
Alignment:
Q  181 aagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaa 280  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |    
T  13599886 aagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaataatgtttcaccactggtgaga 13599985  T
Q  281 agatctc 287  Q
    |||||||    
T  13599986 agatctc 13599992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 40 - 284
Target Start/End: Original strand, 2396192 - 2396436
Alignment:
Q  40 aactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaacctt 139  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  || || || || |||||||    
T  2396192 aactcatcaaaccgacgataccactgccttggactttgcttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattatcttctacgaaacctt 2396291  T
Q  140 ccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagc 239  Q
    | ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||||| ||    
T  2396292 ctggttgttgcatatagatagtttcttccaaatctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgc 2396391  T
Q  240 cataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagat 284  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  2396392 cataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgagaagat 2396436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 14 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 34689788 - 34689683
Alignment:
Q  14 ttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacac 113  Q
    ||||||||||||  || |||||||||||||||||||||| | || |||||| |||  |||| || |||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  34689788 ttctcacaaaacatgtgttcaaaagaaactcatcaaacccatgacaccatttccttaggctatgtttcaacacatacaaaggtttgttctaaagacacac 34689689  T
Q  114 cttaga 119  Q
    ||||||    
T  34689688 cttaga 34689683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 14 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 34694316 - 34694211
Alignment:
Q  14 ttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacac 113  Q
    ||||||||||||  || |||||||||||||||||||||| | || |||||| |||  |||| || |||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  34694316 ttctcacaaaacatgtgttcaaaagaaactcatcaaacccatgacaccatttccttaggctatgtttcaacacatacaaaggtttgttctaaagacacac 34694217  T
Q  114 cttaga 119  Q
    ||||||    
T  34694216 cttaga 34694211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 7155317 - 7155149
Alignment:
Q  1 gaatcatatccgcttctcacaaaaccggtcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaaga-tttc 99  Q
    |||||||||||  ||||| || ||||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||||||     |||||||| |||||  |||||||||| |||     
T  7155317 gaatcatatcc--ttctcccacaaccggtcttcaaaagaaatttctcaaactgacgataccattcatgtgggctttgtttcaaggcatacaaagattttt 7155220  T
Q  100 ttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaag 170  Q
    |||||||||||   ||||  ||| || | ||||||||||||  ||| ||||||||| ||| ||||||||||    
T  7155219 ttcaaaagacatgtcttaaccttatctttcacaaaaccttctagttactccatgtatattatctcttcaag 7155149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 231 - 268
Target Start/End: Original strand, 13599844 - 13599881
Alignment:
Q  231 cacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttca 268  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13599844 cacaatagccataagtatccttatggaataatgtttca 13599881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 29 - 287
Target Start/End: Original strand, 33906 - 34164
Alignment:
Q  29 tcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccattgcctagggctttgcttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctc 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33906 tcttcaaaagaaactcatcaaaccgacgataccatttcctaggactttgcttcaacccatacaaagatttctttaaaagacacaccttagacttgtcctc 34005  T
Q  129 cacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattga 228  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34006 cccaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaagggtaccatgtaagaaagcagtctttacatccatttgttccaactcaagattgaattga 34105  T
Q  229 ttcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 287  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34106 ttcacaatatccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaagatctc 34164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 181 - 287
Target Start/End: Original strand, 7683 - 7789
Alignment:
Q  181 aagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaa 280  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |    
T  7683 aagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaataatgtttcaccactggtgaga 7782  T
Q  281 agatctc 287  Q
    |||||||    
T  7783 agatctc 7789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 231 - 268
Target Start/End: Original strand, 7641 - 7678
Alignment:
Q  231 cacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttca 268  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7641 cacaatagccataagtatccttatggaataatgtttca 7678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 49; Significance: 5e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 121 - 281
Target Start/End: Original strand, 161 - 321
Alignment:
Q  121 ttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagat 220  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  161 ttgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagat 260  T
Q  221 tgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaa 281  Q
       |   ||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  261 catacatattaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaa 321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0559 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0559
Description:

Target: scaffold0559; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 120 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 5001 - 4830
Alignment:
Q  120 cttgtcctccacaaaacc--ttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaa 217  Q
    ||||||||||||||||||  ||||  ||||||||| ||||||||||||||||  |  ||||||||| |  |  ||||||||||||||| |||||| ||||    
T  5001 cttgtcctccacaaaacccattcc--ttgctccatttagattgtctcttcaaaatatccatgtaaggacacaatcttcacatccatttattccaaatcaa 4904  T
Q  218 gattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttg 291  Q
    ||||| ||| ||| |  |||  |||||||| ||||||  |||||||||| | ||| ||||| || |||| ||||    
T  4903 gattgtattcattgaatataaacataagtacccttattaaacaatgttttaacactggtgagaaaatcttgttg 4830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University