View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6705_low_2 (Length: 410)

Name: NF6705_low_2
Description: NF6705
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6705_low_2
NF6705_low_2
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (7-383)||(7519468-7519844)
chr6 (57-383)||(7528839-7529165)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (59-383)||(4231679-4232003)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (59-383)||(43066424-43066748)
chr1 (59-383)||(43045206-43045530)
chr1 (59-383)||(43045659-43045983)
chr1 (59-383)||(43084087-43084411)
chr1 (78-383)||(3300961-3301266)
chr1 (59-383)||(45993241-45993565)
chr1 (59-381)||(45983463-45983779)
chr1 (146-364)||(38137628-38137846)
chr1 (146-383)||(7890793-7891030)
chr1 (126-365)||(7888546-7888785)
chr1 (143-383)||(40034449-40034687)
chr1 (170-363)||(43076558-43076750)
chr1 (126-383)||(51291895-51292151)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (59-364)||(16349351-16349656)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (59-383)||(34691039-34691361)
chr2 (59-383)||(34713451-34713773)
chr2 (240-367)||(16232567-16232694)
chr2 (105-352)||(33861094-33861341)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (146-367)||(1846691-1846912)
chr8 (186-367)||(4620029-4620210)
chr8 (240-367)||(4787275-4787402)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 345; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 7519844 - 7519468
Alignment:
Q  7 aacataaaaatcatatcatagtaaagttcacacaaatctaacactagaagtttaccttgttacaacaacagatcatctgcttcactccaagagtaaaagc 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7519844 aacataaaaatcatatcatagtaaagttcacacaaatctagcactagaagtttaccttgttacaacaacagatcatctgcttcactccaagagtaaatgc 7519745  T
Q  107 gagaagagcgtgctcacgagtctgtccatccttagagataccagcttcaaaaccaccagtggtggagtcaatgataaggacagcacaatcagcctgggag 206  Q
     |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7519744 aagaagagcatgctcacgggtctgtccatccttagagataccagcttcaaaaccaccagtggtggagtcaatgataaggacagcacaatcagcctgggag 7519645  T
Q  207 gttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtccaggagcatcaatgactgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaatgcaatatcaa 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7519644 gttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtccgggagcatcaatgactgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaaagcaatatcaa 7519545  T
Q  307 tggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtcaagaacccatgcgtacttgaatgacctcttgttcatctca 383  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7519544 tggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtcaagaacccatgcgtacttgaaagacctcttgttcatctca 7519468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 57 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 7529165 - 7528839
Alignment:
Q  57 tttaccttgttacaacaacagatcatctgcttcactccaagagtaaaagcgagaagagcgtgctcacgagtctgtccatccttagagataccagcttcaa 156  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7529165 tttaccttgttacaacaacagatcatctgcttcactccaagagtaaatgcaagaagagcgtgctcacgggtctgtccatccttagagataccagcttcaa 7529066  T
Q  157 aaccaccagtggtggagtcaatgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtccaggagcatcaat 256  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7529065 aaccaccagtggtggagtcaatgataagcacggcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtccgggagcatcaat 7528966  T
Q  257 gactgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaatgcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtcaagaacccatgcg 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  7528965 gactgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaaggcaatatcgatggtaattcctctttcacgctcagccttaagtttgtcaagaacccatgca 7528866  T
Q  357 tacttgaatgacctcttgttcatctca 383  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||    
T  7528865 tacttgaatgaacgcttgttcatctca 7528839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 165; Significance: 4e-88; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 59 - 383
Target Start/End: Original strand, 4231679 - 4232003
Alignment:
Q  59 taccttgttacaacaacagatcatctgcttcactccaagagtaaaagcgagaagagcgtgctcacgagtctgtccatccttagagataccagcttcaaaa 158  Q
    ||||||||| || || |||||||| ||| |||| |||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||    
T  4231679 taccttgttgcagcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgagtctgaccatccttggaaataccagcttcaaaa 4231778  T
Q  159 ccaccagtggtggagtcaatgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtccaggagcatcaatga 258  Q
    |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |  |||||||| ||||||||||    
T  4231779 ccaccagtggtggaatcaatgatgagaacagcacaatcagcttgggatgtaccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccaggggcatcaatga 4231878  T
Q  259 ctgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaatgcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtcaagaacccatgcgta 358  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||| ||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||    
T  4231879 cagtgcagtagtacttagtggtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagaacccaagcata 4231978  T
Q  359 cttgaatgacctcttgttcatctca 383  Q
    ||| ||||| | |||||||||||||    
T  4231979 cttaaatgaacgcttgttcatctca 4232003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 59 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 43066748 - 43066424
Alignment:
Q  59 taccttgttacaacaacagatcatctgcttcactccaagagtaaaagcgagaagagcgtgctcacgagtctgtccatccttagagataccagcttcaaaa 158  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  43066748 taccttgttgcaacagcagatcatttgcttcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgggtctgaccatccttagaaataccggcttcaaaa 43066649  T
Q  159 ccaccagtggtggagtcaatgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtccaggagcatcaatga 258  Q
    |||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| |  ||||| || ||||| ||||    
T  43066648 ccaccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcgatga 43066549  T
Q  259 ctgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaatgcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtcaagaacccatgcgta 358  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  ||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||    
T  43066548 cagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaagaacccaggcata 43066449  T
Q  359 cttgaatgacctcttgttcatctca 383  Q
    ||||||||| | |||||||||||||    
T  43066448 cttgaatgaacgcttgttcatctca 43066424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 59 - 383
Target Start/End: Original strand, 43045206 - 43045530
Alignment:
Q  59 taccttgttacaacaacagatcatctgcttcactccaagagtaaaagcgagaagagcgtgctcacgagtctgtccatccttagagataccagcttcaaaa 158  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  43045206 taccttgttgcaacagcagatcatttgcttcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgggtctgaccatccttagaaataccggcttcaaaa 43045305  T
Q  159 ccaccagtggtggagtcaatgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtccaggagcatcaatga 258  Q
    |||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| |  ||||| || ||||| ||||    
T  43045306 ccaccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcgatga 43045405  T
Q  259 ctgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaatgcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtcaagaacccatgcgta 358  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  ||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||    
T  43045406 cagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaaggacccaggcata 43045505  T
Q  359 cttgaatgacctcttgttcatctca 383  Q
    ||||||||| | |||||||||||||    
T  43045506 cttgaatgaacgcttgttcatctca 43045530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 59 - 383
Target Start/End: Original strand, 43045659 - 43045983
Alignment:
Q  59 taccttgttacaacaacagatcatctgcttcactccaagagtaaaagcgagaagagcgtgctcacgagtctgtccatccttagagataccagcttcaaaa 158  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  43045659 taccttgttgcaacagcagatcatttgcttcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgggtctgaccatccttagaaataccggcttcaaaa 43045758  T
Q  159 ccaccagtggtggagtcaatgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtccaggagcatcaatga 258  Q
    |||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| |  ||||| || ||||| ||||    
T  43045759 ccaccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcgatga 43045858  T
Q  259 ctgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaatgcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtcaagaacccatgcgta 358  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  ||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||    
T  43045859 cagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaaggacccaggcata 43045958  T
Q  359 cttgaatgacctcttgttcatctca 383  Q
    ||||||||| | |||||||||||||    
T  43045959 cttgaatgaacgcttgttcatctca 43045983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 59 - 383
Target Start/End: Original strand, 43084087 - 43084411
Alignment:
Q  59 taccttgttacaacaacagatcatctgcttcactccaagagtaaaagcgagaagagcgtgctcacgagtctgtccatccttagagataccagcttcaaaa 158  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  43084087 taccttgttgcaacagcagatcatttgcttcacaccaagagtgaaagcaaggagagcatgttcacgggtctgaccatccttagaaataccggcttcaaaa 43084186  T
Q  159 ccaccagtggtggagtcaatgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtccaggagcatcaatga 258  Q
    |||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| |  ||||| || ||||| ||||    
T  43084187 ccaccagtagtggaatcaatgatgagaacggcacaatcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcgatga 43084286  T
Q  259 ctgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaatgcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtcaagaacccatgcgta 358  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  ||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||    
T  43084287 cagtgcagtagtacttggttgtctcaaacttccagagagcaatgtcaatggtgatacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaaggacccaggcata 43084386  T
Q  359 cttgaatgacctcttgttcatctca 383  Q
    ||||||||| | |||||||||||||    
T  43084387 cttgaatgaacgcttgttcatctca 43084411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 78 - 383
Target Start/End: Original strand, 3300961 - 3301266
Alignment:
Q  78 atcatctgcttcactccaagagtaaaagcgagaagagcgtgctcacgagtctgtccatccttagagataccagcttcaaaaccaccagtggtggagtcaa 177  Q
    ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||    
T  3300961 atcatttgcttcacaccaagagtgaaagcaagaagagcgtgttcacgggtctgcccatcctttgatataccggcttcaaaaccaccggtagtggaatcaa 3301060  T
Q  178 tgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtccaggagcatcaatgactgtgcagtagtacttggt 277  Q
    |||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |  ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  3301061 tgatcagaacagcacaatcagcttgggatgttccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgacagtgcagtagtacttagt 3301160  T
Q  278 ggtctcaaatttccacaatgcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtcaagaacccatgcgtacttgaatgacctcttgttc 377  Q
     |||||||| |||||||  ||||| ||||| || || ||||||||||  |||||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||| | |||||||    
T  3301161 agtctcaaacttccacagagcaatgtcaattgtgatacctctttcacattcagccttgagcttgtcgagcacccaagcatacttgaatgaacgcttgttc 3301260  T
Q  378 atctca 383  Q
    ||||||    
T  3301261 atctca 3301266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 59 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 45993565 - 45993241
Alignment:
Q  59 taccttgttacaacaacagatcatctgcttcactccaagagtaaaagcgagaagagcgtgctcacgagtctgtccatccttagagataccagcttcaaaa 158  Q
    ||||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||| || || |||||||| || ||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||    
T  45993565 taccttgttgcagcaacagatcatttgattcacaccaagagtgaaggcaagaagagcatgttcacgagtctgaccatcctttgaaataccggcttcaaaa 45993466  T
Q  159 ccaccagtggtggagtcaatgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtccaggagcatcaatga 258  Q
    |||| ||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| || || || ||||||||||| |||||||| |  ||||| |  ||||||||||    
T  45993465 ccacgagtagtggaatcaatgatgagaacagcacaatcagcttgggacgtcccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccggaggcatcaatga 45993366  T
Q  259 ctgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaatgcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtcaagaacccatgcgta 358  Q
    | ||||||  ||||||| | |||||||| ||| |||| | | | ||||| || || |||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| || ||    
T  45993365 cagtgcagctgtacttgtttgtctcaaacttcgacaaagaactgtcaattgtgatacctctttcacgctcagtcttgagcttgtcaagcacccaagcata 45993266  T
Q  359 cttgaatgacctcttgttcatctca 383  Q
    ||||||||| | |||| ||||||||    
T  45993265 cttgaatgaacgcttgatcatctca 45993241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 59 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 45983779 - 45983463
Alignment:
Q  59 taccttgttacaacaacagatcatctgcttcactccaagagtaaaagcgagaagagcgtgctcacgagtctgtccatccttagagataccagcttcaaaa 158  Q
    ||||||||| || || |||||||| || ||||| |||||||| || || |||||||| || ||||| ||||| |||| |      ||||| |||||||||    
T  45983779 taccttgttgcagcagcagatcatttgattcacaccaagagtgaaggcaagaagagcatgttcacgggtctgaccattc------ataccggcttcaaaa 45983686  T
Q  159 ccaccagtggtggagtcaatgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtccaggagcatcaatga 258  Q
    |||||||| ||||| |||||||  || |||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| |  ||||| || ||||||||||    
T  45983685 ccaccagtagtggaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggacgttccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatga 45983586  T
Q  259 ctgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaatgcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtcaagaacccatgcgta 358  Q
    | ||||||| ||||||| | |||||||| ||| |||  | ||| ||||| ||||  ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||    
T  45983585 cagtgcagttgtacttgtttgtctcaaacttcgacagggtaatgtcaattgtaacacctctttcacgttcagccttgagcttgtcaagcacccaagcata 45983486  T
Q  359 cttgaatgacctcttgttcatct 381  Q
    ||||||||| | |||||||||||    
T  45983485 cttgaatgaacgcttgttcatct 45983463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 146 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 38137846 - 38137628
Alignment:
Q  146 accagcttcaaaaccaccagtggtggagtcaatgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtcca 245  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||| |||||||  || |||||||| ||||| ||||| || || |||||||||||||| |||||||| |  |||||     
T  38137846 accagcttcaaaactaccagttgtggaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggacgtcccggtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccg 38137747  T
Q  246 ggagcatcaatgactgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaatgcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtcaa 345  Q
    || ||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||  |||  | ||| ||||| || || |||||||||||||| ||||| |||||||| |    
T  38137746 ggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggtagtctcaaactttgacagagaaatgtcaatagtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcga 38137647  T
Q  346 gaacccatgcgtacttgaa 364  Q
    | ||||| || ||||||||    
T  38137646 gcacccaagcatacttgaa 38137628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 146 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 7891030 - 7890793
Alignment:
Q  146 accagcttcaaaaccaccagtggtggagtcaatgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtcca 245  Q
    |||||| ||||||||||||   || || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| | |||||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||    
T  7891030 accagcgtcaaaaccaccaagtgtagaatcaatgataagaacagcacagtcagcttcggacgctccagtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtcca 7890931  T
Q  246 ggagcatcaatgactgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaatgcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtcaa 345  Q
    || ||||||||||  ||||||  | | ||||| |||||||| |||||||  | ||| ||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  7890930 ggggcatcaatgagagtgcagcggaagttggttgtctcaaacttccacagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaa 7890831  T
Q  346 gaacccatgcgtacttgaatgacctcttgttcatctca 383  Q
    | ||||| || |||||||||||   | |||||||||||    
T  7890830 gcacccaagcatacttgaatgaatgcctgttcatctca 7890793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 126 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 7888785 - 7888546
Alignment:
Q  126 gtctgtccatccttagagataccagcttcaaaaccaccagtggtggagtcaatgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttct 225  Q
    ||||| ||||||||| | | ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| |  || |  || || ||||||||||    
T  7888785 gtctgaccatccttacaaaaaccggcttcaaaaccaccagttgtggaatcaatgatgagaacagcacaatcagcttcagacgccccggtgatcatgttct 7888686  T
Q  226 tgatgaaatcacgatgtccaggagcatcaatgactgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaatgcaatatcaatggtaattcctctttcacg 325  Q
    |||||||||| |  ||||| || ||||||||||  |||||| ||||  |||| |||| ||| ||||| |  | ||| ||||| || || |||||||||||    
T  7888685 tgatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagcagtagctggttgtctgaaacttccaaagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacg 7888586  T
Q  326 ctcagccttaagcttgtcaagaacccatgcgtacttgaat 365  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||| || |||||||||    
T  7888585 ctcagccttgagtttgtcaagcacccaagcatacttgaat 7888546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 143 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 40034687 - 40034449
Alignment:
Q  143 gataccagcttcaaaaccaccagtggtggagtcaatgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgt 242  Q
    ||||||||  ||||||| ||||||  |||| |||||||| || |||||||| |||||  |||| || || || | ||||||||||||||||||    |||    
T  40034687 gataccagtctcaaaactaccagttctggaatcaatgatgagaacagcacagtcagctagggacgtgccggttaacatgttcttgatgaaatctg--tgt 40034590  T
Q  243 ccaggagcatcaatgactgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaatgcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgt 342  Q
    || || || |||||||  ||||||| ||| ||||| |||||||| ||  |||  | ||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||||    
T  40034589 ccgggggcgtcaatgagagtgcagtggtatttggttgtctcaaacttggacatggaaatatcaattgtaacacctctttcacgctcagccttgagcttgt 40034490  T
Q  343 caagaacccatgcgtacttgaatgacctcttgttcatctca 383  Q
    |||| ||||| || ||||||||||| | |||||||||||||    
T  40034489 caagtacccaagcatacttgaatgagcgcttgttcatctca 40034449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 170 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 43076750 - 43076558
Alignment:
Q  170 ggagtcaatgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtccaggagcatcaatgactgtgcagtag 269  Q
    |||||||| |||||| | |||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||     ||||| ||  ||||||||||   |||| ||    
T  43076750 ggagtcaaggataagaagagcacaatcagcttgggacgtcccagtgatcatgttcttaatgaaattcttgtgtcccgggacatcaatgacaacgcagcag 43076651  T
Q  270 tacttggtggtctcaaatttccacaatgcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtcaagaacccatgcgtacttga 363  Q
    | ||| || |||||||| ||||| |  | ||| |||||||| || ||||||||||| |||||| | ||||||||||| | ||| || |||||||    
T  43076650 ttctttgttgtctcaaacttccagagagaaatctcaatggt-atacctctttcacgttcagccctgagcttgtcaaggatccaggcatacttga 43076558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 383
Target Start/End: Original strand, 51291895 - 51292151
Alignment:
Q  126 gtctgtccatccttagagataccagcttcaaaaccaccagtggtggagtcaatgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttct 225  Q
    ||||| |||||||||||   |||||||||||| || ||||| ||||| |||| ||| || | | |||| ||||| ||| | |  || |  ||||||||||    
T  51291895 gtctgaccatccttagaataaccagcttcaaacccgccagttgtggaatcaaggatgagaataacacagtcagcttggaacggcccggcgatcatgttct 51291994  T
Q  226 tgatgaaatcacgatgtccaggagcatcaatgactgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaatgcaatatcaatggtaattcctctttcacg 325  Q
    | |||||||  | |||||| || ||||||||||  ||||| ||||||||| | || ||||| ||  | |  | ||| ||||| || || |||||||||||    
T  51291995 taatgaaattcccatgtccgggggcatcaatgagagtgcaatagtacttgattgt-tcaaacttggatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacg 51292093  T
Q  326 ctcagccttaagcttgtcaagaacccatgcgtacttgaatgacctcttgttcatctca 383  Q
    ||||||||| | ||||||||| ||||| || ||| ||||||| | | |||||||||||    
T  51292094 ctcagccttgaacttgtcaagcacccaagcatacgtgaatgaacgcatgttcatctca 51292151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 59 - 364
Target Start/End: Original strand, 16349351 - 16349656
Alignment:
Q  59 taccttgttacaacaacagatcatctgcttcactccaagagtaaaagcgagaagagcgtgctcacgagtctgtccatccttagagataccagcttcaaaa 158  Q
    ||||||||| || || |||||||| ||||| || |||||||   ||||  | ||||| || |||||  |||| ||||  || || ||||| ||| |||||    
T  16349351 taccttgttgcagcagcagatcatttgcttgacaccaagagagtaagcatggagagcatgttcacggatctgaccattattggaaataccggctccaaaa 16349450  T
Q  159 ccaccagtggtggagtcaatgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtccaggagcatcaatga 258  Q
    ||| |||  ||||| |||| |||||| | |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |  ||||| || ||||||||||    
T  16349451 ccagcaggagtggaatcaacgataagaagagcacaatcagcttgggatgtcccagtaatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggggcatcaatga 16349550  T
Q  259 ctgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaatgcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtcaagaacccatgcgta 358  Q
      ||||||  ||||||||| |||||||| ||| |||  | | | ||||| || || |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| || ||    
T  16349551 tagtgcagcggtacttggttgtctcaaaattcaacatagaattgtcaattgtgatacctctttcgcgctcagccttgagtttgtcaagaacccacgcata 16349650  T
Q  359 cttgaa 364  Q
    ||||||    
T  16349651 cttgaa 16349656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 59 - 383
Target Start/End: Original strand, 34691039 - 34691361
Alignment:
Q  59 taccttgttacaacaacagatcatctgcttcactccaagagtaaaagcgagaagagcgtgctcacgagtctgtccatccttagagataccagcttcaaaa 158  Q
    ||||||||| || || |||||||| ||| |||| |||||||| || || |||||||| || || |  ||||| |||| ||||||   |||||||   |||    
T  34691039 taccttgttgcagcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgaaggcaagaagagcatgttcccaggtctgaccattcttagaccaaccagctcgcaaa 34691138  T
Q  159 ccaccagtggtggagtcaatgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtccaggagcatcaatga 258  Q
    || | ||| || || |||||||  || |||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||| |||||||| |  ||||| |||||||||||||    
T  34691139 cctctagtagtcgaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggaggtcccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggagcatcaatga 34691238  T
Q  259 ctgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaatgcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtcaagaacccatgcgta 358  Q
      ||| || |||||||||| |||||||| || || |  | ||| ||||| || || ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || ||    
T  34691239 gagtgaagcagtacttggttgtctcaaacttgcata--gaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagcgttgagcttgtcaagcacccaagcata 34691336  T
Q  359 cttgaatgacctcttgttcatctca 383  Q
    ||||||||| | ||| |||||||||    
T  34691337 cttgaatgaacgcttcttcatctca 34691361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 59 - 383
Target Start/End: Original strand, 34713451 - 34713773
Alignment:
Q  59 taccttgttacaacaacagatcatctgcttcactccaagagtaaaagcgagaagagcgtgctcacgagtctgtccatccttagagataccagcttcaaaa 158  Q
    ||||||||| || || |||||||| ||| |||| |||||||| || || |||||||| || || |  ||||| |||| ||||||   |||||||   |||    
T  34713451 taccttgttgcagcagcagatcatttgcctcacaccaagagtgaaggcaagaagagcatgttcccaggtctgaccattcttagaccaaccagctcgcaaa 34713550  T
Q  159 ccaccagtggtggagtcaatgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtccaggagcatcaatga 258  Q
    || | ||| || || |||||||  || |||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||| |||||||| |  ||||| |||||||||||||    
T  34713551 cctctagtagtcgaatcaatgacgagaacagcacagtcagcttgggaggtcccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccgggagcatcaatga 34713650  T
Q  259 ctgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaatgcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtcaagaacccatgcgta 358  Q
      ||| || |||||||||| |||||||| || || |  | ||| ||||| || || ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || ||    
T  34713651 gagtgaagcagtacttggttgtctcaaacttgcata--gaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagcgttgagcttgtcaagcacccaagcata 34713748  T
Q  359 cttgaatgacctcttgttcatctca 383  Q
    ||||||||| | ||| |||||||||    
T  34713749 cttgaatgaacgcttcttcatctca 34713773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 240 - 367
Target Start/End: Original strand, 16232567 - 16232694
Alignment:
Q  240 tgtccaggagcatcaatgactgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaatgcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagct 339  Q
    ||||| || ||||||||||  |||||  |||||||||| |||||||| || ||||  | ||| ||||| || || |||||||||||||||||||| ||||    
T  16232567 tgtccgggggcatcaatgagggtgcaacagtacttggttgtctcaaacttgcacatggaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcagccttgagct 16232666  T
Q  340 tgtcaagaacccatgcgtacttgaatga 367  Q
    ||||||| ||||| || |||||||||||    
T  16232667 tgtcaagcacccaagcatacttgaatga 16232694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 105 - 352
Target Start/End: Original strand, 33861094 - 33861341
Alignment:
Q  105 gcgagaagagcgtgctcacgagtctgtccatccttagagataccagcttcaaaaccaccagtggtggagtcaatgataaggacagcacaatcagcctggg 204  Q
    |||||||| || || ||||| ||||| |||| |||||| | |||| |||||||||||||||  | ||| |||| |||||| | ||| |||||||| | ||    
T  33861094 gcgagaagggcatgttcacgggtctgaccatgcttagaaaaaccaacttcaaaaccaccaggagaggaatcaacgataagaagagcgcaatcagcatagg 33861193  T
Q  205 aggttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtccaggagcatcaatgactgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaatgcaatatc 304  Q
    | || ||| ||||||||||||| ||  |||| |  |||||||| ||||||||||| ||| |   ||||| | | |||||||| || | ||  | ||  ||    
T  33861194 atgtcccattaatcatgttcttaatataatccctgtgtccaggggcatcaatgacagtgtaccggtactggtttgtctcaaaattacgcatagaaacgtc 33861293  T
Q  305 aatggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtcaagaaccca 352  Q
    |||||  || |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  33861294 aatggagatacctctttcacgctcagcctcgagcttgtcaagaaccca 33861341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 146 - 367
Target Start/End: Original strand, 1846691 - 1846912
Alignment:
Q  146 accagcttcaaaaccaccagtggtggagtcaatgataaggacagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtcca 245  Q
    ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||| || ||||| ||||| | ||| | ||| || ||||||||||| |||||||| |  |||||     
T  1846691 accagcttcaaaaccaccaggtgtagagtcaatgataagaacggcacagtcagcttcggatgctccggtgatcatgttcttaatgaaatccctgtgtccg 1846790  T
Q  246 ggagcatcaatgactgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaatgcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtcaa 345  Q
    || ||||||||||  ||||||  | | ||||| |||||||| ||||| |  | ||| ||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  1846791 ggggcatcaatgagagtgcagaggaagttggttgtctcaaacttccatagagaaatgtcaattgtgatacctctttcacgctcggccttgagcttgtcaa 1846890  T
Q  346 gaacccatgcgtacttgaatga 367  Q
    | ||||| || |||||||||||    
T  1846891 gcacccaagcatacttgaatga 1846912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 186 - 367
Target Start/End: Original strand, 4620029 - 4620210
Alignment:
Q  186 acagcacaatcagcctgggaggttccagtaatcatgttcttgatgaaatcacgatgtccaggagcatcaatgactgtgcagtagtacttggtggtctcaa 285  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| |  ||||| || ||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||    
T  4620029 acagcacagtcagcttgggatgttccggtgatcatgttcttaatgaaatctctgtgtccgggggcatcaatgagagtgcagtagtacttggttgtctcaa 4620128  T
Q  286 atttccacaatgcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagcttgtcaagaacccatgcgtacttgaatga 367  Q
    | ||  |||  | ||| || || || || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||||||    
T  4620129 acttggacagagaaatgtcgattgtgatacctctttcacgctcagccttgagcttgtcaagcacccaagcatatttgaatga 4620210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 240 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 4787402 - 4787275
Alignment:
Q  240 tgtccaggagcatcaatgactgtgcagtagtacttggtggtctcaaatttccacaatgcaatatcaatggtaattcctctttcacgctcagccttaagct 339  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||||| ||  |||  | ||| ||||| ||    ||||||||||||||| |||| || |    
T  4787402 tgtccgggagcatcaatgacagtgcagttgtacttgtttgtctcaaacttggacatagaaatgtcaattgtggcacctctttcacgctcacccttgagtt 4787303  T
Q  340 tgtcaagaacccatgcgtacttgaatga 367  Q
    ||||||| ||||| || |||||||||||    
T  4787302 tgtcaagcacccaagcatacttgaatga 4787275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University