View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6708_low_1 (Length: 793)

Name: NF6708_low_1
Description: NF6708
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6708_low_1
NF6708_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (16-778)||(31589372-31590138)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 742; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 742; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 778
Target Start/End: Complemental strand, 31590138 - 31589372
Alignment:
Q  16 acatcacaactgccttctgactctattctctcagtgacgagcagtagattttctgattggcaggaaacaaagtggtacgcaacaggccatcagagtggtg 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31590138 acatcacaactgccttctgactctattctctcagtgacgagcagtagattttctgattggcaggaaacaaagtggtacgcaacaggccatcagagtggtg 31590039  T
Q  116 ctgtcaaagtgtggcaaatggttcactgctctgacccagatagctctctcagcaaatcaggtgcaggtgggttcagagtgttaaaccttggtgcaaaaga 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31590038 ctgtcaaagtgtggcaaatggttcactgctctgacccagatagctctctcagcaaatcaggtgcaagtgggttcagagtgttaaaccttggtgcaaaaga 31589939  T
Q  216 gccagaatacagattgatcctacgcaaggtactcaagttccataagcatccggttactgctcttcatctcacaatcgatctgaagcagttattaagtggg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31589938 gccagaatacagattgatcctacgcaaggtactcaagttccataagcatccggttactgctcttcatctcacaatcgatctgaagcagttattaagtggg 31589839  T
Q  316 gattcaggagggcatttgctttcctggacactgcctgatgagagtctgcgaggttcattaaatcaggggtgaagcctgtgaatgataattaattgtgctg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31589838 gattcaggagggcatttgctttcctggacactgcctgatgagagtctgcgaggttcattaaatcaggggtgaagcctgtgaatgataattaattgtgctg 31589739  T
Q  416 actttggcttttgaccagcctttattgttgaatcctaacattggcttctgatggatctcaattgttgaaagacgggttcatgttcctaattagcgaaaat 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31589738 actttggcttttgaccagcctttattgttgaatcctaacattggcttctgatggatctcaattgttgaaagacgggttcatgttcctaattagcgaaaat 31589639  T
Q  516 tacaaaagaatgctggtcggattgaaacagggcaaacaaggttgacaaagaaaagacgagaccacaccacatgcagagagctaactaagctttatgcgtg 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31589638 tacaaaagaatgctggtcggattgaaacagggcaaacaaggttgacaaagaaaagacgagaccacaccacatgcagagagctaactaagctttatgcgtg 31589539  T
Q  616 aagaataccgtgt----aatttgtaggtgaagcatcaatcagtgaagaaagctgggtgctaagtggaaaaggagaaaacaaatgttgcctgcggttttgt 711  Q
    ||||||||| |||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31589538 aagaataccatgtgttcaatttgtaggtgaagcatcaatcagtgaagaaagctgggtgctaagtggaaaaggagaaaacaaatgttgcctgcggttttgt 31589439  T
Q  712 atttttggtgactggcggacaatattttgattttgccaagagagatcttctgttctttctttgatgt 778  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31589438 atttttggtgactggcggacaatattttgattttgccaagagagatcttctgttctttctttgatgt 31589372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University