View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6708_low_14 (Length: 414)

Name: NF6708_low_14
Description: NF6708
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6708_low_14
NF6708_low_14
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-382)||(42401355-42401736)
chr2 (20-238)||(16324177-16324395)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-371)||(18092340-18092710)
chr5 (1-231)||(31468534-31468764)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (1-382)||(37152003-37152384)
chr3 (1-382)||(39463807-39464188)
chr3 (1-346)||(21788836-21789181)
chr3 (1-378)||(15462749-15463127)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-273)||(2960906-2961178)
chr6 (276-375)||(2960510-2960609)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 350; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 382
Target Start/End: Original strand, 42401355 - 42401736
Alignment:
Q  1 tgtaatgagtttgatggagagaagggaatccgagtagcaagctaattcctctattcccattgaaaccgccatgagtaagccttgatgaagagcagtgagt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42401355 tgtaatgaggttgatggagagaagggaatccgagtagcaagctaattcctctattcccattgaaaccgccatgagtaagccttgatgaagagcagtgagt 42401454  T
Q  101 tcagctagcaggatgtctgtcgaatccggaatgaagccagagagaccagcgaggtaggctccaccattgtttcgaatgatacctccgaatcccgcacgga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||    
T  42401455 tcagctagcaggatgtctgtcgaatccggaatgaagccagagaaaccagcgaggtaggctccaccattgtttcgaaagatacctccgaaccccgcatgga 42401554  T
Q  201 ttggtgttccgaggcagcttccgtccacattgagaatgctacaattattattattttgattccatttaaccatgcgatctggagggatgatattgttcct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42401555 ttggtgttccgaggcagcttccgtccacattgagaatgctacaattattattattttgattccatttaaccatgcgatcgggagggatgatattgttcct 42401654  T
Q  301 cttgaaacatgtctcaatgatgttgacagaatcgttgatacagtagctgatccgagttaaaggccaagtttcattgctgatg 382  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42401655 cttgaaacatgtctcaatgatgttgacagaatcgttaatacggtagctgatccgagttaaaggccaagtttcattgctgatg 42401736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 20 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 16324395 - 16324177
Alignment:
Q  20 agaagggaatccgagtagcaagctaattcctctattcccattgaaaccgccatgagtaagccttgatgaagagcagtgagttcagctagcaggatgtctg 119  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||  | | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16324395 agaagcgagtccgagtagcaagctaactcttctattcccatttcagctgccatgattaagccttgatgaagagcagtgagttcagctaacaggatgtctg 16324296  T
Q  120 tcgaatccggaatgaagccagagagaccagcgaggtaggctccaccattgtttcgaatgatacctccgaatcccgcacggattggtgttccgaggcagct 219  Q
    |||| ||||  || || || |||  |||||  |||||  | ||| | ||||||||||  |||||||||||||| || || ||||| |||||||| || ||    
T  16324295 tcgattccgagataaaaccggagtaaccagataggtaaccaccaacgttgtttcgaaaaatacctccgaatccagctcgaattggagttccgagacaact 16324196  T
Q  220 tccgtccacattgagaatg 238  Q
     ||||| ||||||||||||    
T  16324195 gccgtctacattgagaatg 16324177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 18092710 - 18092340
Alignment:
Q  1 tgtaatgagtttgatggagagaagggaatccgagtagcaagctaattcctctattcccattgaaaccgccatgagtaagccttgatgaagagcagtgagt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18092710 tgtaatgaggttgatggagagaagggaatccgagtagcaagctaattcctctattcccattgaaaccgccatgagtaagccttgatgaagagcagtgagt 18092611  T
Q  101 tcagctagcaggatgtctgtcgaatccggaatgaagccagagagaccagcgaggtaggctccaccattgtttcgaatgatacctccgaatcccgcacgga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  18092610 tcagctagcaggatgtctgtcgaatccggaatgaagccagagaaaccagcgaggtaggctccaccattgtttggaaagatacatccgaaccccgcacgga 18092511  T
Q  201 ttggtgttccgaggcagcttccgtccacattgagaatgctacaattattattattttgattccatttaaccatgcgatctggagggatgatattgttcct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18092510 ttggtgttccgaggcagcttccgtccacattgagaatgctacaattattattattttgattccatttaaccatgcgatcgggagggatgatattgttcct 18092411  T
Q  301 cttgaaacatgtctcaatgatgttgacagaatcgttgatacagtagctgatccgagttaaaggccaagttt 371  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18092410 cttgaaacatgtctcaatgatgttgacagaatcgttaatacggtagctgatccgagttaaaggccaagttt 18092340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 31468764 - 31468534
Alignment:
Q  1 tgtaatgagtttgatggagagaagggaatccgagtagcaagctaattcctctattcccattgaaaccgccatgagtaagccttgatgaagagcagtgagt 100  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| || |  |||||||||| ||| || ||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  31468764 tgtaatgagattgatggatagaagcgagtttgagtagcaagataactcttctattcccattgcagctgccatgagtaagccttgatgaagggcagtgagt 31468665  T
Q  101 tcagctagcaggatgtctgtcgaatccggaatgaagccagagagaccagcgaggtaggctccaccattgtttcgaatgatacctccgaatcccgcacgga 200  Q
    ||||||| ||  | ||| || || ||||| ||||| || |||  |||||  ||||| || ||| | ||||||||||  ||||||||||| || || ||||    
T  31468664 tcagctaacaaaacgtccgttgattccgggatgaaaccggagtaaccagataggtaagcaccaacgttgtttcgaaatatacctccgaacccagcccgga 31468565  T
Q  201 ttggtgttccgaggcagcttccgtccacatt 231  Q
    |||| |||||||| || || |||||||||||    
T  31468564 ttggggttccgagacaactgccgtccacatt 31468534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 37152384 - 37152003
Alignment:
Q  1 tgtaatgagtttgatggagagaagggaatccgagtagcaagctaattcctctattcccattgaaaccgccatgagtaagccttgatgaagagcagtgagt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  37152384 tgtaatgaggttgatggagagaagggagtccgagtagcaagctaattcctctattcccattgtagcagccatgagcaagccttgatgaagggcagtgagt 37152285  T
Q  101 tcagctagcaggatgtctgtcgaatccggaatgaagccagagagaccagcgaggtaggctccaccattgtttcgaatgatacctccgaatcccgcacgga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37152284 tcagctagcaggatgtctgtcgaatccggaatgaagccagagaagccagcgagttaggctccaacattgtttcgaatgatacctccgaaccccgcacgga 37152185  T
Q  201 ttggtgttccgaggcagcttccgtccacattgagaatgctacaattattattattttgattccatttaaccatgcgatctggagggatgatattgttcct 300  Q
    ||||||||||||| || || ||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  37152184 ttggtgttccgagacaactcccgtccacattaagaatgttacaaatattgttattttgattccattttaccatgcgatcgggagggatgatattgctcct 37152085  T
Q  301 cttgaaacatgtctcaatgatgttgacagaatcgttgatacagtagctgatccgagttaaaggccaagtttcattgctgatg 382  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37152084 cttgaaacatgtctggatgatgttgacagaatcgttgatgcggtagctgatccgagttaaaggccaagtttcattgctgatg 37152003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 39464188 - 39463807
Alignment:
Q  1 tgtaatgagtttgatggagagaagggaatccgagtagcaagctaattcctctattcccattgaaaccgccatgagtaagccttgatgaagagcagtgagt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  39464188 tgtaatgagattgatggagagaagggagtccgagtagcaagccagctcctctattcccattgcagcagccatgagtaagccttgatgaagggcattgagt 39464089  T
Q  101 tcagctagcaggatgtctgtcgaatccggaatgaagccagagagaccagcgaggtaggctccaccattgtttcgaatgatacctccgaatcccgcacgga 200  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||| || |||||||    
T  39464088 tcagctaacagaatgtctgtcgattccggaatgaagccagagaagccagagaggtaggcaccaacattgtttcaaatgatacctccgaacccagcacgga 39463989  T
Q  201 ttggtgttccgaggcagcttccgtccacattgagaatgctacaattattattattttgattccatttaaccatgcgatctggagggatgatattgttcct 300  Q
    ||||||||||||| || || ||||||||||| || |||  ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||| ||||    
T  39463988 ttggtgttccgagacaactcccgtccacattaaggatgtgacaatgattgttattttgattccattttaccatgcgatcgggagggatgacattgctcct 39463889  T
Q  301 cttgaaacatgtctcaatgatgttgacagaatcgttgatacagtagctgatccgagttaaaggccaagtttcattgctgatg 382  Q
    |||||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39463888 cttgaaacttgactcgatgacgttgacagaatcgttgatacggtagctgatcctagttaaaggccaagtttcattgctgatg 39463807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 21789181 - 21788836
Alignment:
Q  1 tgtaatgagtttgatggagagaagggaatccgagtagcaagctaattcctctattcccattgaaaccgccatgagtaagccttgatgaagagcagtgagt 100  Q
    |||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  21789181 tgtaataagattgatggagagaagcgagtccgagtagcaagccaactcctctattcccattgcagcagccatgagtaagccttgatgaagggcagtgagt 21789082  T
Q  101 tcagctagcaggatgtctgtcgaatccggaatgaagccagagagaccagcgaggtaggctccaccattgtttcgaatgatacctccgaatcccgcacgga 200  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  21789081 tcagctaacagaatgtctgtcgattccggaatgaagccagagaagccagagaggtaggcaccaacattgtttcgaatgatacctccgaacccagcacgga 21788982  T
Q  201 ttggtgttccgaggcagcttccgtccacattgagaatgctacaattattattattttgattccatttaaccatgcgatctggagggatgatattgttcct 300  Q
    |||| |||||||| || || ||||||||||| || |||  ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||| ||||    
T  21788981 ttggagttccgagacaactcccgtccacattaaggatgtgacaatgattgttattttgattccattttaccatacgatcgggagggatgacattgctcct 21788882  T
Q  301 cttgaaacatgtctcaatgatgttgacagaatcgttgatacagtag 346  Q
    | |||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  21788881 catgaaacttgactcgatgacgttgacagaatcgttgatacggtag 21788836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 378
Target Start/End: Original strand, 15462749 - 15463127
Alignment:
Q  1 tgtaatgagtttgatggagagaagggaatccgagtagcaagctaattcctctattcccattgaaaccgccatgagtaagccttgatgaagagcagtgagt 100  Q
    |||||| || |||| ||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15462749 tgtaataagattgaaggagagaagcgagtccgagtagcaagccaactcctctattcccattgcagaagccatgagtaagccttgatgaagggcagtgagt 15462848  T
Q  101 tcagctagcaggatgtctgtcgaatccgg-aatgaagccagagagaccagcgaggtaggctccaccattgtttcgaatgatacctccgaatcccgcacgg 199  Q
    ||||||| | | ||||||||||| || || |||||||||||||| || || ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  15462849 tcagctaactgaatgtctgtcgattctggaaatgaagccagagaaacaagagaggtaggcaccaacattgtttcgaatgatacctccgaacccagcacgg 15462948  T
Q  200 attggtgttccgaggcagcttccgtccacattgagaatgctacaattattattattttgattccatttaaccatgcgatctggagggatgatattgttcc 299  Q
    ||||| |||||||| || ||  |||||||||| || |||  ||| | ||  ||||||||||||||| | ||||| | ||| |||||||||| |||  ||     
T  15462949 attggagttccgagacaactctcgtccacattaaggatgtgacattgatggttattttgattccatattaccatacaatcgggagggatgacattactct 15463048  T
Q  300 tcttgaaacatgtctcaatgatgttgacagaatcgttgatacagtagctgatccgagttaaaggccaagtttcattgct 378  Q
     | |||||| |  |||  ||| |||||||||||| || |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15463049 gcatgaaactttactcggtgacgttgacagaatcattaatacggtagctgatcctagttaaaggccaagtttcattgct 15463127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 2961178 - 2960906
Alignment:
Q  1 tgtaatgagtttgatggagagaagggaatccgagtagcaagctaattcctctattcccattgaaaccgccatgagtaagccttgatgaagagcagtgagt 100  Q
    |||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2961178 tgtaataagattgatggagagaagcgagtccgagtagcaagccaactcctctattcccattgcagcagccatgagtaagccttgatgaagggcagtgagt 2961079  T
Q  101 tcagctagcaggatgtctgtcgaatccggaatgaagccagagagaccagcgaggtaggctccaccattgtttcgaatgatacctccgaatcccgcacgga 200  Q
    ||||||  ||| ||||||||||| ||  ||||||| |||||||  | || ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||  |    
T  2961078 tcagctcacagaatgtctgtcgattctagaatgaaaccagagaacctagagaggtaggcaccaacattgtttcgaatgatacctccgaacccagcacata 2960979  T
Q  201 ttggtgttccgaggcagcttccgtccacattgagaatgctacaattattattattttgattccatttaaccat 273  Q
    |||| |||||||| || || ||||||||||| || |||  ||||| ||  ||||||||||||||||| |||||    
T  2960978 ttggagttccgagacaactcccgtccacattaaggatgtgacaatgatggttattttgattccattttaccat 2960906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 276 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 2960609 - 2960510
Alignment:
Q  276 gatctggagggatgatattgttcctcttgaaacatgtctcaatgatgttgacagaatcgttgatacagtagctgatccgagttaaaggccaagtttcatt 375  Q
    |||| |||||||||| |||  || || |||||| || ||||||||  |||||| |||| || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2960609 gatcgggagggatgacattactcttcatgaaacttgactcaatgacattgacataatcattaatacggtagctgatcctagttaaaggccaagtttcatt 2960510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University