View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6708_low_34 (Length: 279)

Name: NF6708_low_34
Description: NF6708
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6708_low_34
NF6708_low_34
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (67-257)||(22580914-22581104)
chr7 (76-245)||(7678763-7678933)
chr7 (13-69)||(22581368-22581424)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (68-242)||(3755664-3755838)
chr8 (68-237)||(2601762-2601929)
chr8 (221-257)||(17782341-17782376)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (93-242)||(11421771-11421920)
chr6 (68-193)||(33670526-33670651)
chr6 (76-257)||(23256364-23256544)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (68-244)||(53976856-53977022)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (156-245)||(450481-450569)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (85-182)||(112188-112286)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (113-237)||(9450929-9451052)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (166-238)||(4664634-4664706)
chr2 (76-237)||(28447832-28447997)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (71-237)||(16117586-16117752)
chr5 (166-257)||(26454335-26454427)
chr5 (162-257)||(25632714-25632807)
[»] scaffold0321 (1 HSPs)
scaffold0321 (71-180)||(13887-13995)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 67 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 22581104 - 22580914
Alignment:
Q  67 attgagtttcttgagaagcaagtcctctctcaaacccaaacaacctaatgataaaatctagcaaaaatgtaactaacttcataacaaacaaaattaactt 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22581104 attgagtttcttgagaagcaagtcctctctcaaaccctaacaacctaatgataaaatctagcaaaaatgtaactaacttcataacaaacaaaattaactt 22581005  T
Q  167 gattactatgtgatcttaaccaaacaaccttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaaactaacatcctcccttaatt 257  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22581004 gattactatgtgatcttaaccaaacaaccttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaaactaacatcctcccttaatt 22580914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 76 - 245
Target Start/End: Original strand, 7678763 - 7678933
Alignment:
Q  76 cttgagaagcaagtcctctctcaaacccaaacaacctaatgataaaatctagcaaaa-atgtaactaacttcataacaaacaaaattaacttgattacta 174  Q
    |||||||| |||||| ||||  |||||| || ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7678763 cttgagaaacaagtcatctccaaaaccctaataacctaatgctaaaatctagcaaaaaatgtaactaacttcataacaaacaaaactaacttgattacta 7678862  T
Q  175 tgtgatcttaaccaaacaaccttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaaactaacat 245  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7678863 tgtgatcttaaccaaacaaacttgattaagtcacaaatcacttattctaacttgaattaacaaactaacat 7678933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 13 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 22581424 - 22581368
Alignment:
Q  13 gacatcaaagctttcaagttaatgtttcgtctttgaatttgtatgcatccgttaatt 69  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22581424 gacatcaaagctttgaagttaatgtttcgtctttgaatttgtatgcatcggttaatt 22581368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 68 - 242
Target Start/End: Original strand, 3755664 - 3755838
Alignment:
Q  68 ttgagtttcttgagaagcaagtcctctctcaaacccaaacaacctaatgataaaatctagcaaaaatgtaactaacttcataacaaacaaaattaacttg 167  Q
    ||||||| |||||||| |||||  |||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||    
T  3755664 ttgagttgcttgagaaacaagtgatctctcaaaccctaagaacctaatgctaaaatctagcaaaaatgtaacgaacttcataataaacaaaactaacttg 3755763  T
Q  168 attactatgtgatcttaaccaaacaaccttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaaactaa 242  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3755764 attactatgtcatcttaaccaaacaaacttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaaactaa 3755838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 68 - 237
Target Start/End: Original strand, 2601762 - 2601929
Alignment:
Q  68 ttgagtttcttgagaagcaagtcctctctcaaacccaaacaacctaatgataaaatctagcaaaaatgtaactaacttcataacaaacaaaattaacttg 167  Q
    ||||||| || ||||| |||||| |||||||||||  ||||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||    
T  2601762 ttgagttgctcgagaaacaagtcatctctcaaaccttaacaacctagtgctaaaaattagcaaaaatgtaactaactt-tcaacaaacaaaactaacttg 2601860  T
Q  168 attactatgtgatcttaaccaaacaaccttg-attaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaa 237  Q
    |||||||| |||  |||| ||||||| |||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  2601861 attactatatga--ttaatcaaacaaacttgaattaaatcactaatcaattatgctaacttgaattaacaa 2601929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 221 - 257
Target Start/End: Original strand, 17782341 - 17782376
Alignment:
Q  221 ctaacttgaattaacaaactaacatcctcccttaatt 257  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17782341 ctaacttgaattaacaa-ctaacatcctcccttaatt 17782376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 122; Significance: 1e-62; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 93 - 242
Target Start/End: Original strand, 11421771 - 11421920
Alignment:
Q  93 ctctcaaacccaaacaacctaatgataaaatctagcaaaaatgtaactaacttcataacaaacaaaattaacttgattactatgtgatcttaaccaaaca 192  Q
    |||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11421771 ctctcaaatcctaacaacctaatgctaaaatctagcaaaaatgtaactaacttcataacaaacaaaactaacttgattactatgtgatcttaaccaaaca 11421870  T
Q  193 accttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaaactaa 242  Q
    | | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11421871 aacatgattaagtcactaatcacttgttctaacttgaattaacaaactaa 11421920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 68 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 33670651 - 33670526
Alignment:
Q  68 ttgagtttcttgagaagcaagtcctctctcaaacccaaacaacctaatgataaaatctagcaaaaatgtaactaacttcataacaaacaaaattaacttg 167  Q
    ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  33670651 ttgagttgcttgagaaacaagtcatctctcaaaccctaacaacataatgctaaaatctagcaaaaatgtaactaatttcataacaaacaaaactaacttg 33670552  T
Q  168 attactatgtgatcttaaccaaacaa 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  33670551 attactatgtgatcttaaccaaacaa 33670526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 76 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 23256544 - 23256364
Alignment:
Q  76 cttgagaagcaagtcctctctcaaacccaaacaacctaatgataaaatctagcaaaaat-gtaactaacttcataacaaacaa-aattaacttgattact 173  Q
    |||||||| |||||| ||||||||| || ||| |||| ||| ||||||||||||||||  ||||| ||||  ||||| ||| | ||  |||||| ||||     
T  23256544 cttgagaaacaagtcatctctcaaaacctaactaccttatgctaaaatctagcaaaaacagtaacaaacta-ataaccaactataagcaacttggttaca 23256446  T
Q  174 atgtgatcttaaccaaacaa-ccttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaaactaacatcctcccttaatt 257  Q
    ||||| | |||||||||||| ||||||||||  |||||||||  ||| |||||||||||||  |||| |||||||||||||||||    
T  23256445 atgtgtt-ttaaccaaacaagccttgattaaaacactaatcaactatactaacttgaatta--aaaccaacatcctcccttaatt 23256364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 98; Significance: 3e-48; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 68 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 53977022 - 53976856
Alignment:
Q  68 ttgagtttcttgagaagcaagtcctctctcaaacccaaacaacctaatgataaaatctagcaaaaatgtaactaacttcataacaaacaaaattaacttg 167  Q
    ||||||| | |||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||     
T  53977022 ttgagttgcatgagaaacaagtcatctctcaaaccctaacaacctaatgctaaaatctagca----------taacttcataacaaacaaaattaactta 53976933  T
Q  168 attactatgtgatcttaaccaaacaaccttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaaactaaca 244  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  53976932 attagtatgtgatcttaaccaaacaaacttgattaagtcactaatcatttattctaacttgaattaataaactaaca 53976856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 74; Significance: 5e-34; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 156 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 450569 - 450481
Alignment:
Q  156 aaaattaacttgattactatgtgatcttaaccaaacaaccttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaaactaacat 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  450569 aaaattaacttgattactatgtgatcttaagcaaacaaa-ttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaaactaacat 450481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 59; Significance: 5e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 85 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 112286 - 112188
Alignment:
Q  85 caagtcctctctcaaacccaaacaacctaatgataaaatctagcaaaaa-tgtaactaacttcataacaaacaaaattaacttgattactatgtgatct 182  Q
    |||||| ||||  |||||| || ||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  112286 caagtcatctccaaaaccctaataacctaatgctaaaatctaacaaaaaatgtaactaacttcataacaaacaaaactaacttgattactatgtgatct 112188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 113 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 9451052 - 9450929
Alignment:
Q  113 aatgataaaatctagcaaaaatgtaactaacttcataacaaacaaaattaacttgattactatgtgatcttaaccaaacaaccttg-attaagtcactaa 211  Q
    |||| ||||| | ||||||| ||||||||||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||| |||||||    
T  9451052 aatgctaaaaacaagcaaaactgtaactaacttt-taacaaccaaaactaacttgattactatgtgat-ttaatcaaacaaacttgaattaaatcactaa 9450955  T
Q  212 tcacttattctaacttgaattaacaa 237  Q
    ||| |||| |||||||||| ||||||    
T  9450954 tcaattatgctaacttgaaataacaa 9450929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 166 - 238
Target Start/End: Original strand, 4664634 - 4664706
Alignment:
Q  166 tgattactatgtgatcttaaccaaacaaccttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaaa 238  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||  ||||||||||||||||||||||    
T  4664634 tgattactaagtgatcttaatcaaacaaccttgattaaatcactaaacagatattctaacttgaattaacaaa 4664706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 76 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 28447997 - 28447832
Alignment:
Q  76 cttgagaagcaagtcctctctcaaacccaaacaacctaatgataaaatctagcaaaaa-tgtaactaacttcataacaaacaaaat-----taacttgat 169  Q
    |||||||| |||||| |||| ||||||| ||| |||| ||| ||||| | |||||||  |||||| |||||  ||||||||||| |     |||||||||    
T  28447997 cttgagaaacaagtcatctcccaaaccctaactaccttatgctaaaagcaagcaaaatctgtaacaaacttt-taacaaacaaattaaaactaacttgat 28447899  T
Q  170 tactatgtgatcttaaccaaacaaccttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaa 237  Q
    |||||| |||| ||||||||  |  ||||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||||    
T  28447898 tactatatgat-ttaaccaacaagacttgattaaatcactaatcaactatactaacttgaattaacaa 28447832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 71 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 16117752 - 16117586
Alignment:
Q  71 agtttcttgagaagcaagtcctctctcaaacccaaacaacctaatgataaaatctagcaaaaatgtaactaacttcataacaaacaaaat-taacttgat 169  Q
    |||| |||||| | |||||| |||||||||||| ||| |||| ||| ||||||| |||||||  ||||| || ||  |||||||| |||| |||||||||    
T  16117752 agttgcttgaggaacaagtcatctctcaaaccccaactaccttatgctaaaatcaagcaaaaccgtaacaaagtt-ttaacaaactaaatctaacttgat 16117654  T
Q  170 tactatgtgatcttaaccaaacaa-ccttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaa 237  Q
    ||||||||||| ||||||||||||   |||||||| ||||||||||  ||  ||| |||||||||||||    
T  16117653 tactatgtgat-ttaaccaaacaagttttgattaaatcactaatcaactacactatcttgaattaacaa 16117586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 166 - 257
Target Start/End: Original strand, 26454335 - 26454427
Alignment:
Q  166 tgattactatgtgatcttaaccaaacaaccttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaatta-acaaactaacatcctcccttaatt 257  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||   |||| ||||||||| | ||||||||| |||||||||||   |||||||| |||||||||||||    
T  26454335 tgattactatgtgatcttaatcaaacagttttgactaagtcactgaacacttattcaaacttgaattattaaaactaacttcctcccttaatt 26454427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 162 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 25632807 - 25632714
Alignment:
Q  162 aacttgattactatgtgatcttaaccaaacaa-ccttgattaagtcactaatcacttattctaacttgaattaacaaactaacatcctcccttaatt 257  Q
    |||||| |||||||||| | |||||||||||| ||||||||||  |||||||||  ||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  25632807 aacttggttactatgtgtt-ttaaccaaacaagccttgattaaaacactaatcaactatactaacttgaatta--aaactaacatccttccttaatt 25632714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0321 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0321
Description:

Target: scaffold0321; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 71 - 180
Target Start/End: Original strand, 13887 - 13995
Alignment:
Q  71 agtttcttgagaagcaagtcctctctcaaacccaaacaacctaatgataaaatctagcaaaaatgtaactaacttcataacaaac-aaaattaacttgat 169  Q
    |||| |||||||| |||||| |||||||||||| ||  |||| ||| ||||| | ||||||| |||||| |||||  |||| ||| |||| |||||||||    
T  13887 agttgcttgagaaacaagtcatctctcaaaccctaattaccttatg-taaaaacaagcaaaactgtaacaaacttt-taacgaaccaaaactaacttgat 13984  T
Q  170 tactatgtgat 180  Q
    |||||||||||    
T  13985 tactatgtgat 13995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University