View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6711_low_2 (Length: 644)

Name: NF6711_low_2
Description: NF6711
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6711_low_2
NF6711_low_2
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (2-632)||(1983368-1983998)
chr1 (2-632)||(1976002-1976632)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (2-632)||(27161235-27161871)
chr2 (67-623)||(23720136-23720706)
chr2 (219-623)||(22910094-22910507)
chr2 (2-160)||(22910500-22910664)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (2-632)||(20956317-20956953)
[»] scaffold0313 (2 HSPs)
scaffold0313 (2-632)||(3859-4512)
scaffold0313 (2-632)||(18016-18669)
[»] scaffold0764 (1 HSPs)
scaffold0764 (2-632)||(2098-2755)
[»] scaffold0059 (2 HSPs)
scaffold0059 (279-628)||(41906-42264)
scaffold0059 (139-196)||(42347-42404)
[»] scaffold1531 (1 HSPs)
scaffold1531 (2-65)||(1622-1685)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (571-611)||(9326551-9326591)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 523; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 523; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 1983998 - 1983368
Alignment:
Q  2 atgaaatggatcctcaagattttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatatggaagatccaagcacagatttgcatgtgtaccaagatgc 101  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1983998 atgaaatggatcctcaagagtttgagcaagctgataatcaaactggctttgatctaaatatggaagatcctagcacagatttgcatgtgtaccaagatgc 1983899  T
Q  102 acagcctgaaaacaatgaggaagtgcaagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaattcctgcaatcatagttcagaatgttcagacaaatgcatct 201  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1983898 acaacctgaaaacaatgaggaagtgcaagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaattcctgcaatcatagttcagaatgttcagacaaatgcatct 1983799  T
Q  202 gctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcacttccctctgatgaagttcacctcatggctcaac 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1983798 gctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcacttccctctgatgaagttcaccttatggctcaac 1983699  T
Q  302 aaactcctcaaaatcaaaatctgaatttttccacttctaccatggaatcagaagttggaaaattctttgtttctcctttgctcactccaagtgtactacc 401  Q
    |||| || |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  1983698 aaaccccacaaaatcaaaatctgaatttctccgcttctaccatggaatcagaagttggaaaattttttgtttctcctttgctcactccaagtgtattgcc 1983599  T
Q  402 ttctccaatcacaaacaaaaccactagcaagctgcctaacattcctgacctttttgaatctttggatacctttgttaccaaagatggtccttccaaggaa 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  1983598 ttctccaatcacaaacaaaaccactagcaagctgcctaacattcctgacctttttgaatctctggatacgtttgttaccaaagatggtcattctaaggaa 1983499  T
Q  502 aaggctgaagcatctgctcctactccctctgtcaaaccatccaaagctaagaaaatggctgccagagctcttagagtctccaccaagactcataagattg 601  Q
    || | |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  1983498 aaagttgaagcttctgctcctgctccctctgtcaaaccatccaaagctgagaaaatggctgccagggcacttagggtctccaccaaaactcataagattg 1983399  T
Q  602 cctgtgtgctagccaagtggaccattgatgt 632  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  1983398 cctgcgtgctagctaagtggaccattgatgt 1983368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 499; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 1976632 - 1976002
Alignment:
Q  2 atgaaatggatcctcaagattttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatatggaagatccaagcacagatttgcatgtgtaccaagatgc 101  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1976632 atgaaatggatcctcaagagtttgagcaagctgataatcaaactggctttgatctaaatatggaagatcctagcacagatttgcatgtgtaccaagatgc 1976533  T
Q  102 acagcctgaaaacaatgaggaagtgcaagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaattcctgcaatcatagttcagaatgttcagacaaatgcatct 201  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1976532 acaacctgaaaacaatgaggaagtgcaagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcctgcaatcacagttcagaatgttcagacaaatgcatct 1976433  T
Q  202 gctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcacttccctctgatgaagttcacctcatggctcaac 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1976432 gctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcacttccctctgatgaagttcaccttatggctcaac 1976333  T
Q  302 aaactcctcaaaatcaaaatctgaatttttccacttctaccatggaatcagaagttggaaaattctttgtttctcctttgctcactccaagtgtactacc 401  Q
    |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  1976332 aaaccccacaaaatcaaaatctgaatttctccacttctaccatggaatcagaagttggaaaattttttgtttctcctttgctcactccaagtgtattgcc 1976233  T
Q  402 ttctccaatcacaaacaaaaccactagcaagctgcctaacattcctgacctttttgaatctttggatacctttgttaccaaagatggtccttccaaggaa 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||     
T  1976232 ttctccaatcacaaacaaaaccactagcaagctgcctaacattcctgacctttttgaatctctggatacgtttgttaccaaagatggtctttctaaggat 1976133  T
Q  502 aaggctgaagcatctgctcctactccctctgtcaaaccatccaaagctaagaaaatggctgccagagctcttagagtctccaccaagactcataagattg 601  Q
    || | |||| | ||||||||| |||||||| |||||  |||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  1976132 aatgttgaatcttctgctcctgctccctctttcaaattatccaaagctgagaaaatggctgccagggcacttagggtctccaccaaaactcataagattg 1976033  T
Q  602 cctgtgtgctagccaagtggaccattgatgt 632  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  1976032 cctgcgtgctagctaagtggaccattgatgt 1976002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 482; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 482; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 27161871 - 27161235
Alignment:
Q  2 atgaaatggatcctcaagattttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatatggaagatccaagcacagatttgcatgtgtaccaagatgc 101  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  27161871 atgaaatggagcctcaagagtttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatgtggaagatccaagctcagatgtgaatgtgtaccaagatgc 27161772  T
Q  102 acagcctgaaaacaatgaggaagtgc------aagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaattcctgcaatcatagttcagaatgttcagacaaat 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||      ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27161771 acagcctgaaaacaatgaggaagtgcttcaggaagctcacgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcctgcaatcacagttcagaatgttcagacaaat 27161672  T
Q  196 gcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcacttccctctgatgaagttcacctcatgg 295  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27161671 gcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcacttccctctgatgaagttcacctcatgg 27161572  T
Q  296 ctcaacaaactcctcaaaatcaaaatctgaatttttccacttctaccatggaatcagaagttggaaaattctttgtttctcctttgctcactccaagtgt 395  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27161571 ctcaacaaacccctcaaaatcaaaatctgaatttctccacttctaccatggaatcagaagttggaaaattctttgtttctcctctgctcactccaagtgt 27161472  T
Q  396 actaccttctccaatcacaaacaaaaccactagcaagctgcctaacattcctgacctttttgaatctttggatacctttgttaccaaagatggtccttcc 495  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  27161471 attgccttctccaatcacaaacaaaaccactagcaagctgcctaacattcctgacctttttgaatctctggatacgtttgttaccaaagatggtccttct 27161372  T
Q  496 aaggaaaaggctgaagcatctgctcctactccctctgtcaaaccatccaaagctaagaaaatggctgccagagctcttagagtctccaccaagactcata 595  Q
    ||||| |||| |||| ||||||||||| |||||||   ||||  |||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||    
T  27161371 aaggacaaggttgaaacatctgctcctgctccctccaccaaaatatccaaagctgagaaaatggctgccagggcacttagggtctccaccaaaactcata 27161272  T
Q  596 agattgcctgtgtgctagccaagtggaccattgatgt 632  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  27161271 agattgcctgcgtgctagctaagtggaccattgatgt 27161235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 67 - 623
Target Start/End: Original strand, 23720136 - 23720706
Alignment:
Q  67 gatccaagcacagatttgcatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgc------aagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaa 160  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||      ||| || ||||||||||||| ||||||||||||    
T  23720136 gatccaagctcagatttaaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggatgtgcttcaggaagatcgtgaaatgattcagaaacttcaagaaa 23720235  T
Q  161 ttcctgcaatcatagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatc 260  Q
     |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| || ||||||||||||||    
T  23720236 atcctgcaatcatagttcataatgctcagaaaaatgcaactgctgaacctagcttgcctcaggagaatgaaatgtcagttgaccccattcctcaagcatc 23720335  T
Q  261 aggatcacttccctctgatgaagttcacctcatggctcaacaaactcctcaa---aatcaaaatctgaatttttccacttctaccatggaatcagaagtt 357  Q
    |||||| || ||||||| ||||||||| |||||||||||| | |||||||||   || | |||||| ||  | |||||||| ||||||||||||||||||    
T  23720336 aggatctctgccctctgctgaagttcagctcatggctcaatagactcctcaacaaaacccaaatctaaacctctccacttccaccatggaatcagaagtt 23720435  T
Q  358 ggaaaattctttgtttctcctttgctcactccaagtgtactaccttct------ccaatcacaaacaaaaccactagcaagctgcctaacattcctgacc 451  Q
    |||||||||||||| | |||| ||| || ||||| |||  | ||||||      |||||||||||||||| |||  ||||  ||||||||||||||||||    
T  23720436 ggaaaattctttgtgt-tcctctgcccattccaaatgtgttgccttctccaccaccaatcacaaacaaaaacacaggcaaattgcctaacattcctgacc 23720534  T
Q  452 tttttgaatctttggatacctttgttaccaaagatggtccttccaaggaaaaggctgaagcatctgctcctactccctctgtcaaaccatccaaagctaa 551  Q
    | ||||||||| || |||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||   |||||||| | |||| |    
T  23720535 tctttgaatctctgtatacttttgttaccaaatatggtccttctaaggaaaaggttgaagcatttgctcctgctccctctcctaaaccatctagagctga 23720634  T
Q  552 gaaaatggctgccagagctcttagagtctccaccaagactcataagattgcctgtgtgctagccaagtggac 623  Q
    | ||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  23720635 ggaaatggctgccatggctcttagagtcttcaccaagactcataagattgcctgcgtgctagctaattggac 23720706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 219 - 623
Target Start/End: Complemental strand, 22910507 - 22910094
Alignment:
Q  219 tcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcacttccctctgatgaagttcacctcatggctcaacaaactcctcaa---aat 315  Q
    |||||| ||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||| |||||||||||  | |||||||||   ||     
T  22910507 tcaagaaaatgaaatgtcagttgaccccattcctcaagcatcaggatctctgccctctgctgaagttcagctcatggctcactagactcctcaacaaaac 22910408  T
Q  316 caaaatctgaatttttccacttctaccatggaatcagaagttggaaaattctttgtttctcctttgctcactccaagtgtactaccttctcca------a 409  Q
    | |||||| || || |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||  | |||||| |||  ||||||||||| ||||||||||||      |    
T  22910407 ccaaatctaaacttctccatttccaccatggaatcagaagttggaaaatttttgatgtctcctctgcctactccaagtgtgctaccttctccaccaccaa 22910308  T
Q  410 tcacaaacaaaaccactagcaagctgcctaacattcctgacctttttgaatctttggatacctttgttaccaaagatggtccttccaaggaaaaggctga 509  Q
    |||||||||||| |||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||    
T  22910307 tcacaaacaaaaacacaggcaagttgcctaacattcctgacctctttgaatctctggatacttttgttaccaaatatggtccttctaaggaaaaggttga 22910208  T
Q  510 agcatctgctcctactccctctgtcaaaccatccaaagctaagaaaatggctgccagagctcttagagtctccaccaagactcataagattgcctgtgtg 609  Q
    ||||||||||||| ||||||||   |||||||||| |||||||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  22910207 agcatctgctcctgctccctctcctaaaccatccatagctaagaaaatggatgtcatggctcttagagtctccaccaagactcataagattgcatgcgtg 22910108  T
Q  610 ctagccaagtggac 623  Q
    ||||| || |||||    
T  22910107 ctagctaactggac 22910094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 2 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 22910664 - 22910500
Alignment:
Q  2 atgaaatggatcctcaagattttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatatggaagatccaagcacagatttgcatgtgtaccaagatgc 101  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  22910664 atgaaatggattctcaagaaattgagcaagctgaaaaccaaactggctttgatctaaatgtggaggatccaagctcatatttgaatgtgtaccaagatgc 22910565  T
Q  102 acagcctgaaaacaatgaggaagt------gcaagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaa 160  Q
    ||| ||||||||||||||||||||      | |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22910564 acaacctgaaaacaatgaggaagtgtttcaggaagctcattaaatgattcaggaacttcaagaaa 22910500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 470; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 470; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 632
Target Start/End: Original strand, 20956317 - 20956953
Alignment:
Q  2 atgaaatggatcctcaagattttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatatggaagatccaagcacagatttgcatgtgtaccaagatgc 101  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  20956317 atgaaatggagcctcaaggttttgagcaagctgaaaatcaaactggccttgatctaaatgtggaagatccaagctcagatgtgaatgtgtaccaagatgc 20956416  T
Q  102 acagcctgaaaacaatgaggaagtgc------aagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaattcctgcaatcatagttcagaatgttcagacaaat 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||      ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20956417 acagcctgaaaacaatgaggaagtgcttcaggaagctcacgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcctgcaatcacagttcagaatgttcagacaaat 20956516  T
Q  196 gcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcacttccctctgatgaagttcacctcatgg 295  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20956517 gcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcacttccctctgatgaagttcacctcatgg 20956616  T
Q  296 ctcaacaaactcctcaaaatcaaaatctgaatttttccacttctaccatggaatcagaagttggaaaattctttgtttctcctttgctcactccaagtgt 395  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20956617 ctcaacaaacccctcaaaatcaaaatctgaatttctccacttctaccatggaatcagaagttggaaaattctttgtttctcctctgctcactccaagtgt 20956716  T
Q  396 actaccttctccaatcacaaacaaaaccactagcaagctgcctaacattcctgacctttttgaatctttggatacctttgttaccaaagatggtccttcc 495  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  20956717 attgccttctccaatcacaaacaaaaccactagcaagctgcctaacattcctgacctttttgaatctctggatacgtttgttaccaaagatggtccttct 20956816  T
Q  496 aaggaaaaggctgaagcatctgctcctactccctctgtcaaaccatccaaagctaagaaaatggctgccagagctcttagagtctccaccaagactcata 595  Q
    ||| | |||| |||| ||||||||||| |||||||   ||||  ||||||| || |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||    
T  20956817 aagaacaaggttgaaacatctgctcctgctccctccaccaaaatatccaaaactgagaaaatggctgccagggcacttagggtctccaccaaaactcata 20956916  T
Q  596 agattgcctgtgtgctagccaagtggaccattgatgt 632  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  20956917 agattgcctgcgtgctagctaagtggaccattgatgt 20956953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313 (Bit Score: 435; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0313
Description:

Target: scaffold0313; HSP #1
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 632
Target Start/End: Original strand, 3859 - 4512
Alignment:
Q  2 atgaaatggatcctcaagattttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatatggaagatccaagcacagatttgcatgtgtaccaagatgc 101  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  3859 atgaaatggagcctcaagagtttgagcaagctgaaaatcaaactggctttaatctaaatgtggaagatccaagctcagatgtgaatgtgtaccaagatgc 3958  T
Q  102 acagcctgaaaacaatgaggaagtgc------aagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaattcctgcaatcatagttcagaatgttcagacaaat 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||      ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3959 acagcctgaaaacaatgaggaagtgcttcaggaagctcacgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcctgcaatcacagttcagaatgttcagacaaat 4058  T
Q  196 gcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcacttccctctgatgaagttcacctcatgg 295  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4059 gcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagttgatcctattcctcaagcatcaggatcacttccctctgatgaagttcacctcatgg 4158  T
Q  296 ctcaacaaactcctcaaaatcaaaatctgaatttttccacttctaccatggaatcagaagttggaaaattctttgtttctcctttgctcactccaagtgt 395  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4159 ctcaacaaacccctcaaaatcaaaatctgaatttctccacttctaccatggaatcagaagttggaaaattctttgtttctcctctgctcactccaagtgt 4258  T
Q  396 actaccttctccaatcacaaacaaaaccac-----------------tagcaagctgcctaacattcctgacctttttgaatctttggatacctttgtta 478  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||                 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  4259 attgccttctccaatcacaaacaaaaccactagcaagctgcctaacatagcaagctgcctaacattcctgacctttttgaatctctggatacgtttgtta 4358  T
Q  479 ccaaagatggtccttccaaggaaaaggctgaagcatctgctcctactccctctgtcaaaccatccaaagctaagaaaatggctgccagagctcttagagt 578  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||||| |||||||   ||||  |||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||    
T  4359 ccaaagatggtccttctaaggacaaggttgaaacatctgctcctgctccctccaccaaaatatccaaagctgagaaaatggctgccagggcacttagggt 4458  T
Q  579 ctccaccaagactcataagattgcctgtgtgctagccaagtggaccattgatgt 632  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  4459 ctccaccaaaactcataagattgcctgcgtgctagctaagtggaccattgatgt 4512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313; HSP #2
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 632
Target Start/End: Original strand, 18016 - 18669
Alignment:
Q  2 atgaaatggatcctcaagattttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatatggaagatccaagcacagatttgcatgtgtaccaagatgc 101  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  18016 atgaaatggagcctcaagagtttgagcaagctgaaaatcaaactggctttaatctaaatgtggaagatccaagctcagatgtgaatgtgtaccaagatgc 18115  T
Q  102 acagcctgaaaacaatgaggaagtgc------aagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaattcctgcaatcatagttcagaatgttcagacaaat 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||      ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18116 acagcctgaaaacaatgaggaagtgcttcaggaagctcacgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcctgcaatcacagttcagaatgttcagacaaat 18215  T
Q  196 gcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcacttccctctgatgaagttcacctcatgg 295  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18216 gcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagttgatcctattcctcaagcatcaggatcacttccctctgatgaagttcacctcatgg 18315  T
Q  296 ctcaacaaactcctcaaaatcaaaatctgaatttttccacttctaccatggaatcagaagttggaaaattctttgtttctcctttgctcactccaagtgt 395  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18316 ctcaacaaacccctcaaaatcaaaatctgaatttctccacttctaccatggaatcagaagttggaaaattctttgtttctcctctgctcactccaagtgt 18415  T
Q  396 actaccttctccaatcacaaacaaaaccac-----------------tagcaagctgcctaacattcctgacctttttgaatctttggatacctttgtta 478  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||                 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  18416 attgccttctccaatcacaaacaaaaccactagcaagctgcctaacatagcaagctgcctaacattcctgacctttttgaatctctggatacgtttgtta 18515  T
Q  479 ccaaagatggtccttccaaggaaaaggctgaagcatctgctcctactccctctgtcaaaccatccaaagctaagaaaatggctgccagagctcttagagt 578  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||||| |||||||   ||||  |||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||    
T  18516 ccaaagatggtccttctaaggacaaggttgaaacatctgctcctgctccctccaccaaaatatccaaagctgagaaaatggctgccagggcacttagggt 18615  T
Q  579 ctccaccaagactcataagattgcctgtgtgctagccaagtggaccattgatgt 632  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  18616 ctccaccaaaactcataagattgcctgcgtgctagctaagtggaccattgatgt 18669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0764 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0764
Description:

Target: scaffold0764; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 2755 - 2098
Alignment:
Q  2 atgaaatggatcctcaagattttgagcaagctgaaaat--caaactggctttgatctaaatatggaagatccaagcacagatttgcatgtgtaccaagat 99  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||   |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||    
T  2755 atgaaatggagcctcaagagtttgagcaagctgaaaaatacaaactggctttaatctaaatgtggaagatccaagctcagatgtgaatgtgtaccaagat 2656  T
Q  100 gcacagcctgaaaacaatgaggaagtgc------aagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaattcctgcaatcatagttcagaatgttcagacaa 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||      ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2655 gcacagcctgaaaacaatgaggaagtgcttcaggaagctcacgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcctgcaatcacagttcagaatgttcagacaa 2556  T
Q  194 atgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcacttccctctgatgaagttcacctcat 293  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2555 atgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagttgatcctattcctcaagcatcaggatcacttccctctgatgaagttcacctcat 2456  T
Q  294 ggctcaacaaactcct-caaaat-caaaatctgaatttttccacttctaccatggaatcagaagttggaaaattctttgtttctcctttgctcactccaa 391  Q
    |||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2455 ggctcaacaaacccctacaaaatacaaaatctgaatttctccacttctaccatggaatcagaagttggaaaattctttgtttctcctctgctcactccaa 2356  T
Q  392 gtgtactaccttctccaatcacaaacaaaaccac-----------------tagcaagctgcctaacattcctgacctttttgaatctttggataccttt 474  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||||||||||                 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  2355 gtgtattgccttctccaatcacaaacaaaaccactagcaagctgcctaacatagcaagctgcctaacattcctgacctttttgaatctctggatacgttt 2256  T
Q  475 gttaccaaagatggtccttccaaggaaaaggctgaagcatctgctcctactccctctgtcaaaccatccaaagctaagaaaatggctgccagagctctta 574  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||||| |||||||   ||||  |||||||||| |||||||||||||||| || ||||    
T  2255 gttaccaaagatggtccttctaaggacaaggttgaaacatctgctcctgctccctccaccaaaatatccaaagctgagaaaatggctgccagggcactta 2156  T
Q  575 gagtctccaccaagactcataagattgcctgtgtgctagccaagtggaccattgatgt 632  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  2155 gggtctccaccaaaactcataagattgcctgcgtgctagctaagtggaccattgatgt 2098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 90; Significance: 4e-43; HSPs: 2)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 279 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 42264 - 41906
Alignment:
Q  279 tgaagttcacctcatggctcaacaaactcctcaa---aatcaaaatctgaatttttccacttctaccatggaatcagaagttggaaaattctttgtttct 375  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| |||||||||   || | |||| | || || |||||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||||| |    
T  42264 tgaagttcagctcatggttcaacagactcctcaacaaaacccaaatttaaacttctccacttccacaatggaatctgaagttggaaagttttttgtttat 42165  T
Q  376 cctttgctcactccaagtgtactaccttctccaa------tcacaaacaaaaccactagcaagctgcctaacattcctgacctttttgaatctttggata 469  Q
    ||  ||| |||||||| ||| ||||||||||||       |||| |||||||  || ||||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||| | || |    
T  42164 ccactgcccactccaactgttctaccttctccaccaccattcaccaacaaaaatacaagcaagctgcctaacatcccttacctctttgactctcttgaca 42065  T
Q  470 cctttgttaccaaagatggtccttccaaggaaaaggctgaagcatctgctcctactccctctgtcaaaccatccaaagctaagaaaatggctgccagagc 569  Q
    | |||||||||||||| | | ||||||| ||||||| |||||  ||||||| | |||||||||  |||||||||| |||| ||||||||| || ||| ||    
T  42064 cttttgttaccaaagaagctacttccaaagaaaaggttgaagtctctgctcatgctccctctgcaaaaccatccagagctgagaaaatggttgtcagggc 41965  T
Q  570 tcttagagtctccaccaagactcataagattgcctgtgtgctagccaagtggaccattg 628  Q
    |||||| || ||||| ||||| ||||||| ||| |||||| |||| |||||||| ||||    
T  41964 tcttagggtttccactaagacccataagaatgcatgtgtgttagctaagtggactattg 41906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 139 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 42404 - 42347
Alignment:
Q  139 atgattcaggaacttcaagaaattcctgcaatcatagttcagaatgttcagacaaatg 196  Q
    |||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  42404 atgattcaggatattcaagaaaatcctgaaatcatagttcagaatgttcaaacaaatg 42347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1531 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold1531
Description:

Target: scaffold1531; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 65
Target Start/End: Original strand, 1622 - 1685
Alignment:
Q  2 atgaaatggatcctcaagattttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatatgga 65  Q
    ||||||||||| |||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1622 atgaaatggattctcaagaaattgagcaagctgataatcaaactggctttgatctaaatgtgga 1685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000009; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 571 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 9326591 - 9326551
Alignment:
Q  571 cttagagtctccaccaagactcataagattgcctgtgtgct 611  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  9326591 cttagagtctccaccaagactcacaaaattgcttgtgtgct 9326551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University