View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6726_high_4 (Length: 457)

Name: NF6726_high_4
Description: NF6726
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6726_high_4
NF6726_high_4
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (1-437)||(38220582-38221018)
chr4 (2-380)||(38243431-38243809)
chr4 (1-380)||(38238492-38238871)
chr4 (1-380)||(38226963-38227342)
chr4 (1-376)||(38214540-38214915)
chr4 (1-418)||(38248578-38248995)
chr4 (1-380)||(38253693-38254072)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (18-367)||(17455210-17455559)
chr6 (8-367)||(17434100-17434459)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (239-336)||(21546676-21546773)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 417; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 437
Target Start/End: Original strand, 38220582 - 38221018
Alignment:
Q  1 tatatatcttagcaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaatcttccttcaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  38220582 tatatatcttagcaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggacgctcaaaaccttccttcaa 38220681  T
Q  101 cttgcactgtttagagtcataacaacataagaaacctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattataaagctcacac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38220682 cttgcactgtttagagtcataacaacataagaaacctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatcaactgtaacattataaagctcacac 38220781  T
Q  201 ttgcactcagtacaccctaacttatcctccacgccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38220782 ttgcactcagtacaccctaacttatcctccacgccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcag 38220881  T
Q  301 gattacctatctctataccaaaaggatccggaatatcagttgccgtccctcgtgtttcagatccaagcccaaagtattgtttatttatactttcctcgca 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  38220882 gattacctatctctataccaaaaggatccggaatatcagtcgccgtccctcgtgtttcagatccaagcccaaagtattgtttatttatactttcctggca 38220981  T
Q  401 tataccactgttccttaccataatattatcagaattt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38220982 tataccactgttccttaccataatattatcagaattt 38221018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 2 - 380
Target Start/End: Original strand, 38243431 - 38243809
Alignment:
Q  2 atatatcttagcaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaatcttccttcaac 101  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38243431 atatatcttaagaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaaccttccttcaac 38243530  T
Q  102 ttgcactgtttagagtcataacaacataagaaacctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattataaagctcacact 201  Q
    ||||||||| || | ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  38243531 ttgcactgtgtacaatcataacaacataaccaacctcctttataatctggccttatagaccttccatattcatccaccgtaacattataaagctcgcact 38243630  T
Q  202 tgcactcagtacaccctaacttatcctccacgccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcagg 301  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || |||| |||| | |||||  ||||||||| || |||||||||    
T  38243631 tacactcagtgcaccctaacttatcctctacgccacgtgtatcaatggcatgaacattaagcacccatttatcctcggacccttctgaaacctctgcagg 38243730  T
Q  302 attacctatctctataccaaaaggatccggaatatcagttgccgtccctcgtgtttcagatccaagcccaaagtattgt 380  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  38243731 attacctatctctataccaaaaggatccggaatatctgttgctgttcctcgtgtttcggatccaatgccaaagtattgt 38243809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 1 - 380
Target Start/End: Original strand, 38238492 - 38238871
Alignment:
Q  1 tatatatcttagcaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaatcttccttcaa 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38238492 tatatatcttaacaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaaccttccttcaa 38238591  T
Q  101 cttgcactgtttagagtcataacaacataagaaacctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattataaagctcacac 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38238592 cttgcactgtttagaatcataacaacataacaaacctcctttataatctggcctaatagaccttccatattcatccactgtaacattataaagctcacac 38238691  T
Q  201 ttgcactcagtacaccctaacttatcctccacgccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcag 300  Q
    || |||||||| |||||||| |||||||    ||| |||||||| ||||||||||| || |||| |||| | || | | ||||||||||||||||| |||    
T  38238692 ttacactcagtgcaccctaatttatcctttgtgcctcgcgtatcgatggcatgaacattaagcaaccatttttcgtgaaacccttctggaatctcttcag 38238791  T
Q  301 gattacctatctctataccaaaaggatccggaatatcagttgccgtccctcgtgtttcagatccaagcccaaagtattgt 380  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  38238792 gattgcctatctctataccgaaaggatccggaatatcggtcgccgttccacgtgtttcggatccaaggccaaagtattgt 38238871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 380
Target Start/End: Original strand, 38226963 - 38227342
Alignment:
Q  1 tatatatcttagcaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaatcttccttcaa 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38226963 tatatatcttaacaggcactataaaatcatcccaatcaacccattttacagtgtatcttaggtagagacttctctttggaccctcaaaaccttccttcaa 38227062  T
Q  101 cttgcactgtttagagtcataacaacataagaaacctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattataaagctcacac 200  Q
    |||||| ||| ||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  38227063 cttgcattgtgtatggtcataacaacataacaaacctcctttataatctggcccaatagaccttccatattcatccactgtaacattataaaggtcgcac 38227162  T
Q  201 ttgcactcagtacaccctaacttatcctccacgccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcag 300  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||||| || |||| |||| | |||||| |||||| |||||||||| |||    
T  38227163 ttgcactcagtgcaccctaatttatcctctgcgcctcgcgtatcaatggcatgaacattaagcaaccatttatcctcaaacccttgtggaatctcttcag 38227262  T
Q  301 gattacctatctctataccaaaaggatccggaatatcagttgccgtccctcgtgtttcagatccaagcccaaagtattgt 380  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  38227263 gattacctatctctataccgaaaggatctggaatatctgttgtcgttcctcgtgtttctgacccaagtccaaagtattgt 38227342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 376
Target Start/End: Original strand, 38214540 - 38214915
Alignment:
Q  1 tatatatcttagcaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaatcttccttcaa 100  Q
    ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  38214540 tatatatcttcacaggcacaataaaatcatcccaatcgacccattttacagtgtatcttagatagagacttctctttggcccctcaaaaccttccttcaa 38214639  T
Q  101 cttgcactgtttagagtcataacaacataagaaacctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattataaagctcacac 200  Q
     || |||||| || | |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38214640 tttacactgtgtataatcataacaacataacaaacctccttcataatctgacctaatagaccttccatattcatccactgtaacattataaagctcacac 38214739  T
Q  201 ttgcactcagtacaccctaacttatcctccacgccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcag 300  Q
    || ||||| || |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| || | || |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  38214740 ttacactcggtgcaccctaacttatcctctgcgccgcgcgtatcgatggcatgaacattaaccaaccatttctcctcaaacccttctggaatctcttcag 38214839  T
Q  301 gattacctatctctataccaaaaggatccggaatatcagttgccgtccctcgtgtttcagatccaagcccaaagta 376  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  38214840 gattacctatctctataccaaaaggatccggaatatctgttgctgttcctcgtgtttcggatccaaggccaaagta 38214915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 418
Target Start/End: Original strand, 38248578 - 38248995
Alignment:
Q  1 tatatatcttagcaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaatcttccttcaa 100  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||||| ||||||||||| || || || ||| ||||||||||    
T  38248578 tatatatcttaacgggcactataaaatcatcccaatcaacccactttactgtgcatcttaagtaaaggcttctcttaggtccttcgaaaccttccttcaa 38248677  T
Q  101 cttgcactgtttagagtcataacaacataagaaacctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattataaagctcacac 200  Q
    ||||||| || |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38248678 cttgcaccgtgtagaatcataacaacataacaaacctcctttataatctggcctaatagattttccatactcatccactgtaacattataaaggtcacac 38248777  T
Q  201 ttgcactcagtacaccctaacttatcctccacgccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcag 300  Q
    || || ||||| |||||||| ||||||||   ||| |||||||| ||||||||||| || |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  38248778 ttacattcagtgcaccctaatttatcctctgtgccacgcgtatcgatggcatgaacattaagcaaccatttctcctcaaacccttctggaatctcttcag 38248877  T
Q  301 gattacctatctctataccaaaaggatccggaatatcagttgccgtccctcgtgtttcagatccaagcccaaagtattgtttatttatactttcctcgca 400  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||  | |  || || ||| |||    
T  38248878 gactacctgtctctataccaaaaggatctggaatatctgttgtcgttcctcgtgtttctgatccaaggccaaagtattgtggaatggtatttccctggca 38248977  T
Q  401 tataccactgttccttac 418  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  38248978 tatgccactgttccttac 38248995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 380
Target Start/End: Original strand, 38253693 - 38254072
Alignment:
Q  1 tatatatcttagcaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaatcttccttcaa 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38253693 tatatatcttaacaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttcactgtgtatcttaagtagaggtttctctttggaccctcaaaaccttccttcaa 38253792  T
Q  101 cttgcactgtttagagtcataacaacataagaaacctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattataaagctcacac 200  Q
    ||||||| || ||   |||||||||||||| | ||||||||||||||| | |||||  |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  38253793 cttgcaccgtgtatgatcataacaacataacatacctcctttataatcaggccttacagaccttccgtactcatccaccgtaacattataaagctcgcac 38253892  T
Q  201 ttgcactcagtacaccctaacttatcctccacgccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcag 300  Q
    || ||||| || |||||||||||||||||  | || || ||||| ||||||||||| || | ||||||| |||| ||| |||||||||||| ||||||||    
T  38253893 ttacactcggtgcaccctaacttatcctctgcacctcgtgtatcgatggcatgaacattaaccatccatttctcatcaaacccttctggaacctctgcag 38253992  T
Q  301 gattacctatctctataccaaaaggatccggaatatcagttgccgtccctcgtgtttcagatccaagcccaaagtattgt 380  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||    || |||| |||||| |||||||| ||||||||||||    
T  38253993 gattacctacctctataccaaaagggtccggaatatctgtcagtgttcctcttgtttcggatccaaggccaaagtattgt 38254072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 150; Significance: 4e-79; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 18 - 367
Target Start/End: Original strand, 17455210 - 17455559
Alignment:
Q  18 actataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaatcttccttcaacttgcactgtttagagt 117  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |   ||||| | |  || || ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| ||| ||   |    
T  17455210 actataaattcatcccaatcaacccatttgattttgtatttcagataaagacttctctttggtcccttaaaaccttccttcaacttgcattgtgtattat 17455309  T
Q  118 cataacaacataagaaacctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattataaagctcacacttgcactcagtacaccc 217  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| |||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17455310 cataacaacatgacaaacctcctttataatcagacattaaaggccttccatattcatccactgtaacattataaagctcacacttgcactcagtgcaccc 17455409  T
Q  218 taacttatcctccacgccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcaggattacctatctctata 317  Q
    || ||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||  || | || |||| |||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||| ||||| |||    
T  17455410 tagcttatcctctacgccacgtgtatcgatggcatgaatattaaacaaccatttctcctcaaacccttctggaatttctgttggattacccatctccata 17455509  T
Q  318 ccaaaaggatccggaatatcagttgccgtccctcgtgtttcagatccaag 367  Q
    |||||||||||||||||||| || |  || ||||||||||| ||||||||    
T  17455510 ccaaaaggatccggaatatcggtcggtgttcctcgtgtttctgatccaag 17455559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 8 - 367
Target Start/End: Original strand, 17434100 - 17434459
Alignment:
Q  8 cttagcaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaatcttccttcaacttgcac 107  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |   ||||| | |  ||||| ||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||     
T  17434100 cttaacaggcactataaaatcatcccaatcaatccatttgattttgtatttcagatagagacttctctttggtccctcaaaacctaccttcaacttgcat 17434199  T
Q  108 tgtttagagtcataacaacataagaaacctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattataaagctcacacttgcact 207  Q
    ||| ||   |||| |||||||   | ||| |||||||||||| | ||||  |  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  17434200 tgtgtattatcatgacaacatttcataccccctttataatctaaacttaaaggtcttccatattcatccactgttacattataaagctcacacttgcatt 17434299  T
Q  208 cagtacaccctaacttatcctccacgccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcaggattacc 307  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||  || | || |||  |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17434300 cagtgcaccctaacttatcctctacgccacgtgtatcgatggcatgaatattaaacaaccacttctcctcaaacccttctggaatatctgcaggattacc 17434399  T
Q  308 tatctctataccaaaaggatccggaatatcagttgccgtccctcgtgtttcagatccaag 367  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| ||||||||||| ||||||||    
T  17434400 tatctctataccaaaaggatctggaatgtcagtcggcgttcctcgtgtttcggatccaag 17434459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000007; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 239 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 21546773 - 21546676
Alignment:
Q  239 cgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaatat 336  Q
    ||||||||| |||||||| || | || |||| ||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||| |  ||||||||| |||| || |||||||    
T  21546773 cgtatcaattgcatgaacattgatcaaccatttctccacatacccttttggaatttcagcaggattaccaacttctataccataagggtctggaatat 21546676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University