View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6727_high_2 (Length: 758)

Name: NF6727_high_2
Description: NF6727
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6727_high_2
NF6727_high_2
[»] chr6 (17 HSPs)
chr6 (1-738)||(2982392-2983135)
chr6 (1-738)||(2951468-2952205)
chr6 (1-754)||(3003574-3004333)
chr6 (1-738)||(2926686-2927432)
chr6 (1-733)||(2964008-2964776)
chr6 (1-420)||(2934125-2934544)
chr6 (1-420)||(2997530-2997949)
chr6 (192-738)||(2973730-2974279)
chr6 (508-758)||(2937502-2937752)
chr6 (1-412)||(2659141-2659555)
chr6 (444-757)||(2934577-2934890)
chr6 (483-758)||(2658771-2659052)
chr6 (627-754)||(2929470-2929597)
chr6 (480-726)||(2997191-2997452)
chr6 (627-758)||(2978408-2978538)
chr6 (1-141)||(2972524-2972666)
chr6 (671-739)||(2954546-2954614)
[»] scaffold0024 (3 HSPs)
scaffold0024 (1-758)||(35028-35779)
scaffold0024 (671-733)||(44742-44804)
scaffold0024 (634-675)||(45120-45161)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (1-299)||(3338707-3339005)
chr7 (628-758)||(3339187-3339317)
chr7 (539-576)||(3339092-3339129)
chr7 (365-397)||(3339059-3339091)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (484-739)||(49618436-49618697)
chr3 (627-758)||(49613597-49613728)
chr3 (182-303)||(49618102-49618223)
chr3 (367-420)||(49618306-49618359)
chr3 (21-91)||(49612955-49613025)
chr3 (518-551)||(49613494-49613527)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 457; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 457; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 738
Target Start/End: Original strand, 2982392 - 2983135
Alignment:
Q  1 atctacaaggtcccctctgttattcgcagcctcaacgaaaacacatacacccccaaagccgtttccattggcccctttcaccacggtcacccat------ 94  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |           
T  2982392 atctacaaggtcccctctgttattcgcacagtcaacgaaaacgcatacacccccaatgtcgtttccattggcccctttcaccacggtcacctaggcctcc 2982491  T
Q  95 atctcgaaaacatggaacgtgagaaactctttcacttaaaagcttttgtccaacgaaccgaggcatctttaaatgacttacttagcaacatagattttat 194  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||  |  || || |||||| |||    
T  2982492 atctccaaaacatggaacgtcagaagctcattcacttcaaagcttttcttcaacgaaccgaggcatctttaaacgacttggtctgctacgtagattctat 2982591  T
Q  195 cttatcagatttcaaacactgttattctgaagccctaaaattttctcatgataaacttgttaagttaatcttagtcgattccgcttttataattcaactt 294  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2982592 cttatctgatttcaaacactgttattctgaacccctaccattttctcataatgaacttgttaagttaatcttaatcgattccgcttttataattcaactt 2982691  T
Q  295 ttttggagaaactattatggtgaggttctctttccaccttggttagaaaatcttataaaatatgatgtactgttacttgaaaatcagcttccctttttcg 394  Q
    ||||||||||| |||||||||| || |||||||| |||||||||| ||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2982692 ttttggagaaaatattatggtggggctctctttcaaccttggttaaaaagtcttatattatatgatgtactgttacttgaaaatcagcttccctttttcg 2982791  T
Q  395 ttattgaaaaaatttacagtctttcaagttccatatacaaaagtgttccttcttttcttgaactcactatccattactttcaacatttcaataaatcgaa 494  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | || |||||||| ||    
T  2982792 ttattgaaaaaatttacagtcgttcatgttccatatacaaaagtgttccttcttttcttgaactcactatccattactttaaaaaattgaataaatcaaa 2982891  T
Q  495 cttgtatttagatgatggtcatattagtataagtcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcatcatcctattgaaagtcggccgagtagagtc 594  Q
     |||| ||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2982892 attgtcttttgataatggtgatattagtataaggcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcggccgagtagagtc 2982991  T
Q  595 gacatcgacaaacggataatacatataccgactgcaaccgagttgtttgaagctggggttaggtttcaagtgaacactaaaagtgagtgtttatatgact 694  Q
     | ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||  ||||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  2982992 aagatcgaaaaacggataatacatatacagactgcaactcagttggtagaagctggagttaggtttcaagtgaaaactaaaagtaagtgtttatatgact 2983091  T
Q  695 tgaggttttcaggaggagttcttcaaattcctcaattaacagtt 738  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  2983092 tgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaatagtt 2983135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 738
Target Start/End: Original strand, 2951468 - 2952205
Alignment:
Q  1 atctacaaggtcccctctgttattcgcagcctcaacgaaaacacatacacccccaaagccgtttccattggcccctttcaccacggtcacccatatctcg 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| | |||| || || ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||     
T  2951468 atctacaaggtcccctatgttattcgcaggcacaacaaagacgcatacacccccaaggtcgtttccattggcccctttcaccatggtcacccccagctcc 2951567  T
Q  101 aaaacatggaacgtgagaaactctttcacttaaaagcttttgtccaacgaaccgaggcatctttaaatgacttacttagcaacatagattttatcttatc 200  Q
    ||||||||||| || |||||||| || |||| || | |||| ||||| ||||| |||||| |||||| |||||| ||  | ||||||| | |||||||||    
T  2951568 aaaacatggaaagtcagaaactcatttacttcaaggattttctccaaagaaccaaggcatgtttaaacgacttagttgtctacatagaatctatcttatc 2951667  T
Q  201 agatttcaaacactgttattctgaagccctaaaattttctcatgataaacttgttaagttaatcttagtcgattccgcttttataattcaacttttttgg 300  Q
     |||||||||   |||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2951668 tgatttcaaaagttgttattctgaaaccctaccattttctcatgatgaacttgttaagttaatcttaatcgattccgcttttataattcaacttttttgg 2951767  T
Q  301 agaaactattatggtgaggttctctttccaccttggttagaaaatcttataaaatatgatgtactgttacttgaaaatcagcttccctttttcgttattg 400  Q
    | |  || |||||  | ||  ||||||  |||||||||||  | |  ||||| | | ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2951768 acatcctgttatgaaggggagctctttaaaccttggttaggtactggtataatacacgatttatggttacttgaaaatcagcttccctttttcgttattg 2951867  T
Q  401 aaaaaatttacagtctttc--------aagttccatatacaaaagtgttcc-ttcttttcttgaactcactatccattactttcaacatttcaataaatc 491  Q
    |||||||||||||||||||        | ||||| ||| ||  | || ||| |||||||||| |||||||||| ||||| |||    ||| |||||||||    
T  2951868 aaaaaatttacagtctttcattgactaatgttcc-tat-cacta-tgatccattcttttcttaaactcactattcattattttggttattacaataaatc 2951964  T
Q  492 gaacttgtatttagatgatggtcatattagtataagtcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcatcatcctattgaaagtcggccgagtaga 591  Q
     || ||| |||| ||| | ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2951965 aaaattggattttgataagggtgatattagtataaggcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcggccgagtaga 2952064  T
Q  592 gtcgacatcgacaaacggataatacatataccgactgcaaccgagttgtttgaagctggggttaggtttcaagtgaacactaaaagtgagtgtttatatg 691  Q
    || |   | |   || |||||| |||| |||||| |||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||  ||    
T  2952065 gttg---tag---aatggataaaacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttg 2952158  T
Q  692 acttgaggttttcaggaggagttcttcaaattcctcaattaacagtt 738  Q
    ||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  2952159 acttgaggttttcggaaggagttcttgaaattcctcaattaaaagtt 2952205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 754
Target Start/End: Complemental strand, 3004333 - 3003574
Alignment:
Q  1 atctacaaggtcccctctgttattcgcagcctcaacgaaaacacatacacccccaaagccgtttccattggcccctttcaccacggtcacccatatctcg 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| | |||| || || ||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||     
T  3004333 atctacaaggtcccctatgttattcgcagacacaacaaagacgcatacacccccactgtcgtttccattggcccctttcaccacggtcacccccagctcc 3004234  T
Q  101 aaaacatggaacgtgagaaactctttcacttaaaagcttttgtccaacgaaccgaggcatctttaaatgacttacttagcaacatagattttatcttatc 200  Q
    |||||||||||  | |||||||| || |||| || | |||| ||||| ||||| |||||| |||||| |||||| |  || ||||||| | | |||||||    
T  3004233 aaaacatggaaaatcagaaactcatttacttcaaggattttctccaaagaaccaaggcatgtttaaacgacttagtctgctacatagaatctgtcttatc 3004134  T
Q  201 agatttcaaacactgttattctgaagccctaaaattttctcatgataaacttgttaagttaatcttagtcgattccgcttttataattcaacttttttgg 300  Q
     ||||||||||  |||||||| ||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3004133 tgatttcaaacgttgttattccgaaaccctaccattttctcatgatgaacttgttaagttaatcttaatcgattccgcttttataattcaacttttttgg 3004034  T
Q  301 agaaactattatg---gtgag---gttctctttccaccttggttagaaaatcttataaaatatgatgtactgttacttgaaaatcagcttccctttttcg 394  Q
    ||| |||||||||   ||  |    ||||||||  |||||||||||| |||  ||||| | | ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3004033 agatactattatgatcgtcggtgcattctctttaaaccttggttagataatggtataagaaacgatttatggttacttgaaaatcagcttccctttttcg 3003934  T
Q  395 ttattgaaaaaatttacagtctttc--------aagttccatatacaaaagtgttcc-ttcttttcttgaactcactatccattactttcaacatttcaa 485  Q
    |||||||||||||||||||||||||        | |||||   ||| |   || ||| |||||||||| |||||||||| ||||| |||    ||| |||    
T  3003933 ttattgaaaaaatttacagtctttcattgactaatgttcc---taccactatgatccattcttttcttaaactcactattcattattttggttattacaa 3003837  T
Q  486 taaatcgaacttgtatttagatgatggtcatattagtataagtcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcatcatcctattgaaagtcggccg 585  Q
    |||||| || ||| |||| ||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3003836 taaatcaaaattggattttgataagggtgatattagtataagtcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcggccg 3003737  T
Q  586 agtagagtcgacatcgacaaacggataatacatataccgactgcaaccgagttgtttgaagctggggttaggtttcaagtgaacactaaaagtgagtgtt 685  Q
    ||||||||| | |      || |||| | ||||  ||||| |||||| |||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||    
T  3003736 agtagagtc-aga-----gaatggatgaaacatccaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttagatttaaagtgaacactgaaagtaagtgtt 3003643  T
Q  686 tatatgacttgaggttttcaggaggagttcttcaaattcctcaattaacagttgccaattggaccgaaa 754  Q
    ||  ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  ||||||  ||| ||||||||    
T  3003642 tacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattattagttgcggattcgaccgaaa 3003574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 738
Target Start/End: Original strand, 2926686 - 2927432
Alignment:
Q  1 atctacaaggtcccctctgttattcgcagcctcaacgaaaacacatacacccccaaagccgtttccattggcccctttcaccacggtcacccatatctcg 100  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||| | |||| || || ||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||  | |||     
T  2926686 atctataaggtcccctatgttattcgcagacacaacaaagacgcatacacccccaaggtcgtttctattggcccctttcaccacggtcaaccccagctcc 2926785  T
Q  101 aaaacatggaacgtgagaaactctttcacttaaaagcttttgtccaacgaaccgaggcatctttaaatgacttacttagcaacatagattttatcttatc 200  Q
    ||||||||||| || |||||||| || |||| || | |||| ||||| ||||| |||||| |||||| |||||| |  || ||||||| | |||||||||    
T  2926786 aaaacatggaaagtcagaaactcatttacttcaaggattttctccaaagaaccaaggcatgtttaaacgacttagtcggctacatagaatctatcttatc 2926885  T
Q  201 agatttcaaacactgttattctgaagccctaaaattttctcatgataaacttgttaagttaatcttagtcgattccgcttttataattcaacttttttgg 300  Q
     ||||||||||  |||||||| ||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2926886 tgatttcaaacgttgttattccgaaaccctaccattttctcatgatgaacttgttaagttaatcttaatcaattccgcttttataattcaacttttttgg 2926985  T
Q  301 agaaactattatggtgaggttctctttccaccttggttagaaaatcttataaaatatgatgtactgttacttgaaaatcagcttccctttttcgttattg 400  Q
    | |  |||||| |  | |  |||||||  |||||||||||| |||  ||||| | | ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2926986 acatcctattacgaagggtgtctctttaaaccttggttagataatggtataagacacgatttatggttacttgaaaatcagcttccctttttcgttattg 2927085  T
Q  401 aaaaaatttacagtctttc--------aagttccatatacaaaagtgttcc-ttcttttcttgaactcactatccattactttcaacatttcaataaatc 491  Q
    |||||||||||||||||||        | |||||   ||| |   || ||| |||||||||| |||||||||| ||||| |||    ||| |||||||||    
T  2927086 aaaaaatttacagtctttcattgactaatgttcc---taccactatgatccattcttttcttaaactcactattcattattttggttattacaataaatc 2927182  T
Q  492 gaacttgtatttagatgatggtcatattagtataagtcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcatcatcctattgaaagtcggccgagtaga 591  Q
     || ||| |||| ||| | ||| |||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2927183 aaaattgaattttgataagggtgatattattataaggcacttcactgatctgattcggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcggccgagtaga 2927282  T
Q  592 gtcgacatcgacaaacg---gataatacatataccgactgcaaccgagttgtttgaagctggggttaggtttcaagtgaacactaaaagtgagtgtttat 688  Q
    | |    ||  |  | |   ||||| |||| |||||| |||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||     
T  2927283 gaccgggtctgcctagggatgataaaacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttac 2927382  T
Q  689 atgacttgaggttttcaggaggagttcttcaaattcctcaattaacagtt 738  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  2927383 ttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagtt 2927432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 733
Target Start/End: Original strand, 2964008 - 2964776
Alignment:
Q  1 atctacaaggtcccctctgttattcgcagcctcaacgaaaacacatacacccccaaagccgtttccattggcccctttcaccacggtcacccatatc--- 97  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||  | |       
T  2964008 atctacaaggtcccctctgatattcgcacactcaacgaaaacgcatacacccccaagttcgtttccatcggcccctttcaccacggtcacccccaccccc 2964107  T
Q  98 ---tcgaaaacatggaacgtgagaaactctttcacttaaaagcttttgtccaacgaaccgaggcatctttaaatgacttacttagcaacatagattttat 194  Q
       || |||||||||||||  | |||||| || |||| |||| |||| |||||||||||||| || ||||||| ||  |  |   | ||||||||  |||    
T  2964108 agatccaaaacatggaacgacaaaaactcatttacttcaaagattttctccaacgaaccgagacaactttaaacgaaatggtctactacatagatgctat 2964207  T
Q  195 cttatcagatttcaaacactgttattctgaagccctaaaattttctcatgataaacttgttaagttaatcttagtcgattccgcttttataattcaactt 294  Q
    |||||| |||||||||  ||||||||| ||| | |||  ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||| | |||||||||| |||||    
T  2964208 cttatctgatttcaaatgctgttattccgaaactctaccattttctcatgatgaacttgtcaagttaatcttaatcgattctggttttataattgaactt 2964307  T
Q  295 ttttggagaaactattatggtg------------aggttctctttccaccttggttagaaaatcttataaaatatgatgtactgttacttgaaaatcagc 382  Q
    ||||| |||  |||||||| ||            |  |||||| |  |||||||||| |   |  ||||| ||  ||| || ||||||||||||||||||    
T  2964308 ttttgcagatcctattatgatgttcggtgcattaatattctctctataccttggttatatgttggtataagatcagatttaatgttacttgaaaatcagc 2964407  T
Q  383 ttccctttttcgttattgaaaaaatttacagtctttca---agttccatatacaaaagtgttcct---------------tcttttcttgaactcactat 464  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| | | |    |||||||||               ||||||||| |||||||||     
T  2964408 ttccctatttcgttattgaaaaaatttacagtctttcattgagttctacaaatgctagtgttcctaacactaacatcccttcttttcttaaactcactac 2964507  T
Q  465 ccattactttcaacatttcaataaatcgaacttgtatttagatgatggtcatattagtataagtcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcat 564  Q
      |||| ||| |  ||| ||||||||| || ||| |||| ||| | ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2964508 tgattattttgattattacaataaatcaaaattggattttgataagggtgatattagtataaggcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcaa 2964607  T
Q  565 catcctattgaaagtcggccgagtagagtcgacatcgacaaacggataatacatataccgactgcaaccgagttgtttgaagctggggttaggtttcaag 664  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||| |||||||||| |||| | |||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||    
T  2964608 catcctattgaaaatcggccgagtagagacaacatcaacaaacagataatacatctacctagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaag 2964707  T
Q  665 tgaacactaaaagtgagtgtttatatgacttgaggttttcaggaggagttcttcaaattcctcaattaa 733  Q
    |||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  2964708 tgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaa 2964776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 420
Target Start/End: Original strand, 2934125 - 2934544
Alignment:
Q  1 atctacaaggtcccctctgttattcgcagcctcaacgaaaacacatacacccccaaagccgtttccattggcccctttcaccacggtcacccatatctcg 100  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||||| | |||| || || ||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||     
T  2934125 atctataaggtcccttatgttattcgcagacacaacaaagacgcatacacccccactgtcgtttccattggcccctttcaccacggtcacccccagctcc 2934224  T
Q  101 aaaacatggaacgtgagaaactctttcacttaaaagcttttgtccaacgaaccgaggcatctttaaatgacttacttagcaacatagattttatcttatc 200  Q
    ||||||||||| || |||||||| || |||| || | |||| ||||| ||||| |||||| |||||| |||||| |  || ||||||| | |||||||||    
T  2934225 aaaacatggaaagtcagaaactcatttacttcaaggattttctccaaagaaccaaggcatgtttaaacgacttagtctgctacatagaatctatcttatc 2934324  T
Q  201 agatttcaaacactgttattctgaagccctaaaattttctcatgataaacttgttaagttaatcttagtcgattccgcttttataattcaacttttttgg 300  Q
     ||||||||||  |||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2934325 tgatttcaaacgttgttattctgaaaccctaccattttctcatgatgaacttgttaagttaattttaatagattccgcttttataattcaacttttttgg 2934424  T
Q  301 agaaactattatggtgaggttctctttccaccttggttagaaaatcttataaaatatgatgtactgttacttgaaaatcagcttccctttttcgttattg 400  Q
    ||| |||||||||  | |  |||||||  ||||| |||||| | |  ||||| | | ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2934425 agagactattatgaagggcgtctctttaaacctttgttagatactggtataacagacgatttaatgttacttgaaaatcagcttccctttttcgttattg 2934524  T
Q  401 aaaaaatttacagtctttca 420  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  2934525 aaaaaatttacagtctttca 2934544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 160; E-Value: 7e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 2997949 - 2997530
Alignment:
Q  1 atctacaaggtcccctctgttattcgcagcctcaacgaaaacacatacacccccaaagccgtttccattggcccctttcaccacggtcacccatatctcg 100  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||  ||||||| | || ||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||     
T  2997949 atctacaaggtcccctctaaaattcgcaaactcaacgcagacgcatacacccccactgtcgtttccattggcccctttcaccatggtcatccacagctcc 2997850  T
Q  101 aaaacatggaacgtgagaaactctttcacttaaaagcttttgtccaacgaaccgaggcatctttaaatgacttacttagcaacatagattttatcttatc 200  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||| |  || || |||||| |||||||||    
T  2997849 aaaacatggaacctcagaaactcattcacttcaaagcttttctccaacgaactgaggcatgtttaaatgacttagtatgctacgtagattctatcttatc 2997750  T
Q  201 agatttcaaacactgttattctgaagccctaaaattttctcatgataaacttgttaagttaatcttagtcgattccgcttttataattcaacttttttgg 300  Q
      |||||||||  |||||||| ||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| | |    
T  2997749 taatttcaaacgttgttattccgaaaccctaccattttctcatgatgaacttgttaagttaatcttaatcgattccggttttataattgaacttttcttg 2997650  T
Q  301 agaaactattatggtgaggttctctttccaccttggttagaaaatcttataaaatatgatgtactgttacttgaaaatcagcttccctttttcgttattg 400  Q
    ||| || | ||||||| | || |||||  || |||||| ||  ||  ||||| |    || || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2997649 agataccactatggtgggtttgtctttgaactttggttcgatgatggtataacaacaaatttaatgttacttgaaaatcaacttccctttttcgttattg 2997550  T
Q  401 aaaaaatttacagtctttca 420  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  2997549 aaaaaatttacagtctttca 2997530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 155; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 192 - 738
Target Start/End: Original strand, 2973730 - 2974279
Alignment:
Q  192 tatcttatcagatttcaaacactgttattctgaagccctaaaattttctcatgataaacttgttaagttaatcttagtcgattccgcttttataattcaa 291  Q
    ||||||||| |||||||||  |||||||||  || |||||  ||||||||||  | |||||||||||||||| ||| | ||||||| |||||||||| ||    
T  2973730 tatcttatctgatttcaaaggctgttattccaaaaccctatcattttctcatattgaacttgttaagttaattttaatggattccggttttataattgaa 2973829  T
Q  292 cttttttggagaaactattatggtgaggttctctttccaccttggttagaaaatcttataaaatatgatgtactgttacttgaaaatcagcttccctttt 391  Q
    | ||| | ||||  || || ||  |  | ||||||   |||||||||| | |||  ||||  ||  ||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  2973830 catttattgagatcctgttgtgaaggtgatctcttaaaaccttggttatataatgatatatcatcagatttattgttacttgaaaatcagcttccctttt 2973929  T
Q  392 tcgttattgaaaaaatttacagtctttcaa-----gttccatatacaaaagtgttcc-ttcttttcttgaactcactatccattactttcaacatttcaa 485  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||      |||||  | || |   || ||| |||||||||| ||||||||||   ||||||||||  ||||||    
T  2973930 tcgttattgaaaaaatttacagtatttcattgactgttcctaacacta---tgatccattcttttcttaaactcactattgcttactttcaatgtttcaa 2974026  T
Q  486 taaatcgaacttgtatttagatgatggtcatattagtataagtcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcatcatcctattgaaagtcggccg 585  Q
    |||| | || |||  ||| ||| |   | ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||    
T  2974027 taaaccaaaattgggttttgataacaatgatattagtataatgcacttcaatgatctgattaggatatttcatttgaaacatcctattgaaagtaggccg 2974126  T
Q  586 agtagagtcgacatcgacaaacggataatacatataccgactgcaaccgagttgtttgaagctggggttaggtttcaagtgaacactaaaagtgagtgtt 685  Q
    |||||||   | |||||  |||  ||||||||| |||||| |||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  2974127 agtagagagcagatcgatgaacaaataatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgaatgtt 2974226  T
Q  686 tatatgacttgaggttttcaggaggagttcttcaaattcctcaattaacagtt 738  Q
    || |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2974227 tacatgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagtt 2974279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 508 - 758
Target Start/End: Original strand, 2937502 - 2937752
Alignment:
Q  508 gatggtcatattagtataagtcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcatcatcctattgaaagtcggccgagtagagtcgacatcgacaaac 607  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||| |||    
T  2937502 gatggtgatattagtataagtcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcggccgagtagagaagcgatcgacgaac 2937601  T
Q  608 ggataatacatataccgactgcaaccgagttgtttgaagctggggttaggtttcaagtgaacactaaaagtgagtgtttatatgacttgaggttttcagg 707  Q
     |||||||||| |||||| |||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||||  ||||||||| ||||||||    
T  2937602 agataatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaattgtttacttgacttgagattttcagg 2937701  T
Q  708 aggagttcttcaaattcctcaattaacagttgccaattggaccgaaatttt 758  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||    
T  2937702 aggagttcttgaaattcctcaattaacagttgaggattcgaccgaaatttt 2937752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 125; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 2659555 - 2659141
Alignment:
Q  1 atctacaaggtcccctctgttattcgcagcctcaacgaaaacacatacacccccaaagccgtttccattggcccctttcaccacggtcacccatatctcg 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||  ||||||||||||    |||||||||||||||||||||||| | ||||||  | |||     
T  2659555 atctacaaggtcccctctgctattcgcacactcaacgaaaaagcatacacccccactctcgtttccattggcccctttcaccatgatcacccccagctcc 2659456  T
Q  101 aaaacatggaacgtgagaaactctttcacttaaaagcttttgtccaacgaaccgaggcatctttaaatgacttacttagcaacatagattttatcttatc 200  Q
    |||||||||||||| | |||||| || |||| ||||||||| ||||||||||| | |||| |||| |   |||  | ||||||||| | | || ||||||    
T  2659455 aaaacatggaacgtcacaaactcatttacttgaaagcttttctccaacgaaccaatgcatgtttagacaccttggtcagcaacataaaatctaacttatc 2659356  T
Q  201 agatttcaaacactgttattctgaagccctaaaattttctcatgataaacttgttaagttaatcttagtcgattccgcttttataattcaacttttttgg 300  Q
       |||||||   |||||||| ||| |||||  ||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  2659355 tcgtttcaaaagttgttattccgaaaccctaccattttctgataatgaacttgttaagttaatcttaatcgattcctgttttataattcaacttttttgg 2659256  T
Q  301 agaaactattatggtga---ggttctctttccaccttggttagaaaatcttataaaatatgatgtactgttacttgaaaatcagcttccctttttcgtta 397  Q
    | | ||||||||| |||   | |||| |||  ||||||||||||  ||  ||||  ||  ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2659255 acatactattatgatgatgggtttctatttaaaccttggttagatgatggtatagcattagatttattgttacttgaaaatcagcttccctttttcgtta 2659156  T
Q  398 ttgaaaaaatttaca 412  Q
    ||||| |||||||||    
T  2659155 ttgaagaaatttaca 2659141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 118; E-Value: 8e-60
Query Start/End: Original strand, 444 - 757
Target Start/End: Original strand, 2934577 - 2934890
Alignment:
Q  444 ttcttttcttgaactcactatccattactttcaacatttcaataaatcgaacttgtatttagatgatggtcatattagtataagtcacttcactgatctg 543  Q
    ||||||||||  ||||||||| ||||| |||    ||| ||||||||| || ||| |||| ||| | ||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2934577 ttcttttcttagactcactattcattattttggttattacaataaatcaaaattggattttgataagggtgatattagtataaggcacttcactgatctg 2934676  T
Q  544 attaggatatttcatttgcatcatcctattgaaagtcggccgagtagagtcgacatcgacaaacggataatacatataccgactgcaaccgagttgtttg 643  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    ||||| ||| ||  |||  | ||||   |||||| || ||||| |    
T  2934677 attaggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcggccgagtagagacatgttcgacgaacagaagataagtctacccggtgcaactgaattgttag 2934776  T
Q  644 aagctggggttaggtttcaagtgaacactaaaagtgagtgtttatatgacttgaggttttcaggaggagttcttcaaattcctcaattaacagttgccaa 743  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||| | |    
T  2934777 aagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacggttgacga 2934876  T
Q  744 ttggaccgaaattt 757  Q
    | |||| |||||||    
T  2934877 taggactgaaattt 2934890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 483 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 2659052 - 2658771
Alignment:
Q  483 caataaatcgaacttgtatttagatgatggtcatattagtataagtcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcatcatcctattgaaagtcgg 582  Q
    ||||||||| ||||||| ||| ||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||     
T  2659052 caataaatcaaacttgttttttgataatggtgatattagtataatgcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacttcctattgaaattcga 2658953  T
Q  583 ccgagtagagtcgacatcgacaaacggataatacatataccgactgcaaccgagttgtttgaagctggggttaggtttcaagtgaacactaaaagtgagt 682  Q
    |||||||    ||  | |||| ||||||| |||||| |||||| |||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| |||    
T  2658952 ccgagtaataacgcgaccgacgaacggatgatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgagcactaaaagtaagt 2658853  T
Q  683 gtttatatgacttgaggttt------tcaggaggagttcttcaaattcctcaattaacagttgccaattggaccgaaatttt 758  Q
    |||||  |||||||||||||      ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| | || |||| ||||||||    
T  2658852 gtttacttgacttgaggttttcaaaatcaggaggagttcttgaaattcctcaattaacggttgacgataggactgaaatttt 2658771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 627 - 754
Target Start/End: Original strand, 2929470 - 2929597
Alignment:
Q  627 tgcaaccgagttgtttgaagctggggttaggtttcaagtgaacactaaaagtgagtgtttatatgacttgaggttttcaggaggagttcttcaaattcct 726  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2929470 tgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtaagtgtttacttgacttaaggttttcaggaggagttcttgaaattcct 2929569  T
Q  727 caattaacagttgccaattggaccgaaa 754  Q
    ||||||||||||||  || |||||||||    
T  2929570 caattaacagttgcagatgggaccgaaa 2929597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 480 - 726
Target Start/End: Complemental strand, 2997452 - 2997191
Alignment:
Q  480 tttcaataaatcgaacttgtatttagatgatggtcatattagtataagtcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcatcatcctattgaaagt 579  Q
    |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||| |    
T  2997452 tttcaataaatcaaacttgttttttgatgatggtgatattagtataaggcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatccctttgaaaat 2997353  T
Q  580 cggccgagtaga---------------gtcgacatcgacaaacggataatacatataccgactgcaaccgagttgtttgaagctggggttaggtttcaag 664  Q
    |||||| |||||                || ||||||   || ||||  ||||| |||| | |||||| |||||||| |||||||| |||| |||| |||    
T  2997352 cggccgggtagaattgatatcaaggatatcaacatcggtgaatggatgttacatctaccaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaag 2997253  T
Q  665 tgaacactaaaagtgagtgtttatatgacttgaggttttcaggaggagttcttcaaattcct 726  Q
    |||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||    
T  2997252 tgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggagaagttcttgaaattcct 2997191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 627 - 758
Target Start/End: Original strand, 2978408 - 2978538
Alignment:
Q  627 tgcaaccgagttgtttgaagctggggttaggtttcaagtgaacactaaaagtgagtgtttatatgacttgaggttttcaggaggagttcttcaaattcct 726  Q
    |||||| || ||||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  2978408 tgcaactgaattgttagaagctgga-ttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttgatttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 2978506  T
Q  727 caattaacagttgccaattggaccgaaatttt 758  Q
    ||||||| |||||   || |||||||||||||    
T  2978507 caattaagagttgaggatgggaccgaaatttt 2978538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 141
Target Start/End: Original strand, 2972524 - 2972666
Alignment:
Q  1 atctacaaggtcccctctgttattcgcagcctcaacgaaaa--cacatacacccccaaagccgtttccattggcccctttcaccacggtcacccatatct 98  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||  ||||||||| |  || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||  |  | ||    
T  2972524 atctacaaggtcccctctaaaattcgcaaactcaacgaagaggcatatacactcccaaagtcgtttccattggcccctttcaccacgttcaaacccagct 2972623  T
Q  99 cgaaaacatggaacgtgagaaactctttcacttaaaagctttt 141  Q
    | |||||||||||||| | |||||| || |||| |||||||||    
T  2972624 ccaaaacatggaacgtcacaaactcatttacttcaaagctttt 2972666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 671 - 739
Target Start/End: Original strand, 2954546 - 2954614
Alignment:
Q  671 ctaaaagtgagtgtttatatgacttgaggttttcaggaggagttcttcaaattcctcaattaacagttg 739  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||  | ||||||||  |||||||||||||| |||||    
T  2954546 ctaaaagtgagtgtttacttgacttgaggttttcacaacgagttcttggaattcctcaattaagagttg 2954614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 3)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 758
Target Start/End: Complemental strand, 35779 - 35028
Alignment:
Q  1 atctacaaggtcccctctgttattcgcagcctcaacgaaaacacatacacccccaaagccgtttccattggcccctttcaccacggtcacccatatctcg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  | ||| ||| || |||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||     
T  35779 atctacaaggtcccctctgttattcgcaaacacaatgaagacgcatacacccctaatttcgtttccattggcccctttcaccacggtcacccccagctca 35680  T
Q  101 aaaacatggaacgtgagaaactctttcacttaaaagcttttgtccaacgaaccgaggcatctttaaatgacttacttagcaacatagattttatcttatc 200  Q
    |||||||||||||| | |||||| || |||| |||| |||| ||||||||||| | ||||||||||    |||  | ||| ||||| ||| |||||||||    
T  35679 aaaacatggaacgtcacaaactcatttacttcaaagattttctccaacgaaccaatgcatctttaagcatcttgatcagcgacatatattctatcttatc 35580  T
Q  201 agatttcaaacactgttattctgaagccctaaaattttctcatgataaa---cttgttaagttaatcttagtcgattccgcttttataattcaacttttt 297  Q
     |||||||||   |||||||| ||| |||||  |||| |||| ||| ||   |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35579 tgatttcaaatgttgttattcggaaaccctatcatttcctcaggatgaagaacttgttaagttaatcttaatcgattccggttttataattcaacttttt 35480  T
Q  298 tggagaaactattatggtgaggttctctttccaccttggttagaaaatcttataaaatatgatgtactgttacttgaaaatcagcttccctttttcgtta 397  Q
    |||| |   |||| |    | | | || |   ||||||||||||   |  ||||| ||  ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35479 tggaaa---tattttaagaaagatttcctagaaccttggttagatgctggtataagatcagatttattgttacttgaaaatcagcttccctttttcgtta 35383  T
Q  398 ttgaaaaaatttacagtctttca---agttccatatacaaaagtgttccttcttttcttgaactcactatccattactttcaacatttcaataaatcgaa 494  Q
    |||||||||||||| |||||||    |||||    |||||| |      |||||||||||||||||||||  |||| |||||| |||||||| |||| ||    
T  35382 ttgaaaaaatttacggtctttcgtggagttc----tacaaatgg-----ttcttttcttgaactcactattaattattttcaatatttcaatcaatcaaa 35292  T
Q  495 cttgtatttagatgatggtcatattagtataagtcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcatcatcctattgaaagtcggccgagtagagtc 594  Q
     |||  ||| ||| ||  |  |    | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||| |    
T  35291 attggtttttgataataatagtcagtgcataaggcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaaagtcagccaagtagagac 35192  T
Q  595 gacatcgacaaacggataatacatataccgactgcaaccgagttgtttgaagctggggttaggtttcaagtgaacactaaaagtgagtgtttatatgact 694  Q
     | |||||| ||| |||||||||| |||||| ||||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||  |||||    
T  35191 aagatcgacgaacagataatacatctaccgagtgcaactcagttgttagaagctggagttaggtttcaagtgaagcctaaaagtgagtgtttacttgact 35092  T
Q  695 tgaggttttcaggaggagttcttcaaattcctcaattaacagttgccaattggaccgaaatttt 758  Q
    || ||||||| | |||||| ||| ||||||||| ||||  |||||   || |||||||||||||    
T  35091 tggggttttcggaaggagtgcttgaaattcctcgattagaagttgaggatgggaccgaaatttt 35028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 671 - 733
Target Start/End: Complemental strand, 44804 - 44742
Alignment:
Q  671 ctaaaagtgagtgtttatatgacttgaggttttcaggaggagttcttcaaattcctcaattaa 733  Q
    |||||||||||||||||  ||| ||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||    
T  44804 ctaaaagtgagtgtttacttgatttgaggttttcagaaagagttcttgaaattcctcaattaa 44742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 634 - 675
Target Start/End: Complemental strand, 45161 - 45120
Alignment:
Q  634 gagttgtttgaagctggggttaggtttcaagtgaacactaaa 675  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  45161 gagttgttagaagctggagttaggtttcaagtgaccactaaa 45120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 107; Significance: 3e-53; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 299
Target Start/End: Original strand, 3338707 - 3339005
Alignment:
Q  1 atctacaaggtcccctctgttattcgcagcctcaacgaaaacacatacacccccaaagccgtttccattggcccctttcaccacggtcacccatatctcg 100  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||  | ||| ||| || |||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||| |  |    |||     
T  3338707 atctacaaagtaccctctgttattcgcaaacacaatgaagacgcatacacccctaagttcgtttccattggcccctttcaccacggtaaaacccgactct 3338806  T
Q  101 aaaacatggaacgtgagaaactctttcacttaaaagcttttgtccaacgaaccgaggcatctttaaatgacttacttagcaacatagattttatcttatc 200  Q
    |||||||||||||| | |||||| || |||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||  |   | || |||| | ||||||| |    
T  3338807 aaaacatggaacgtcacaaactcatttacttcaaagcttttctccaacgaaccgaggcatgtttaaaagacttggtcttctacgtagagtctatcttacc 3338906  T
Q  201 agatttcaaacactgttattctgaagccctaaaattttctcatgataaacttgttaagttaatcttagtcgattccgcttttataattcaacttttttg 299  Q
     ||||||||||  |||||||| |||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3338907 tgatttcaaacgttgttattcggaattcctaacattttctgatgataaacttgttaagttaatcttaatcgattccggttttataattcaacttttttg 3339005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 628 - 758
Target Start/End: Original strand, 3339187 - 3339317
Alignment:
Q  628 gcaaccgagttgtttgaagctggggttaggtttcaagtgaacactaaaagtgagtgtttatatgacttgaggttttcaggaggagttcttcaaattcctc 727  Q
    ||||| |||||||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  3339187 gcaactgagttgttagaagcaggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttggcttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctc 3339286  T
Q  728 aattaacagttgccaattggaccgaaatttt 758  Q
    |||||||||||| | || |||||||||||||    
T  3339287 aattaacagttgacgatgggaccgaaatttt 3339317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 539 - 576
Target Start/End: Original strand, 3339092 - 3339129
Alignment:
Q  539 atctgattaggatatttcatttgcatcatcctattgaa 576  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3339092 atctgattaggatatttcatttgcaacatcctattgaa 3339129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 365 - 397
Target Start/End: Original strand, 3339059 - 3339091
Alignment:
Q  365 tgttacttgaaaatcagcttccctttttcgtta 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3339059 tgttacttgaaaatcagcttccctttttcgtta 3339091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 83; Significance: 6e-39; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 484 - 739
Target Start/End: Original strand, 49618436 - 49618697
Alignment:
Q  484 aataaatcgaacttgtatttagatgatggtcatattagtataagtcacttcactgatctgattaggatatttcatttgcatcatcctattgaaagtcggc 583  Q
    |||||||| || ||| |||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | ||    
T  49618436 aataaatcaaaattggattttgatgacggtgatattagtataaggcacttcactgatctgattaggatatttcatttggaacatcctattgaaaggcagc 49618535  T
Q  584 cgagtagagtc------gacatcgacaaacggataatacatataccgactgcaaccgagttgtttgaagctggggttaggtttcaagtgaacactaaaag 677  Q
    || ||||| ||      ||| ||||||||   || ||| || |||| |   | || |||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||     
T  49618536 cgggtagaatcatcatggacttcgacaaatctatgatatatctacccagcaccactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaac 49618635  T
Q  678 tgagtgtttatatgacttgaggttttcaggaggagttcttcaaattcctcaattaacagttg 739  Q
    |   ||||||  ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  49618636 tacatgtttacttgacttgaggttttccggacgagttcttgaaattcctcaattaagagttg 49618697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 627 - 758
Target Start/End: Original strand, 49613597 - 49613728
Alignment:
Q  627 tgcaaccgagttgtttgaagctggggttaggtttcaagtgaacactaaaagtgagtgtttatatgacttgaggttttcaggaggagttcttcaaattcct 726  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| | |||||| ||||||||    
T  49613597 tgcaactgagttgttagaagctggggtgaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttgatttgaggttttcaggacgggttcttgaaattcct 49613696  T
Q  727 caattaacagttgccaattggaccgaaatttt 758  Q
    ||||| | |||||   ||||||| ||||||||    
T  49613697 caattgaaagttgaggattggactgaaatttt 49613728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 182 - 303
Target Start/End: Original strand, 49618102 - 49618223
Alignment:
Q  182 acatagattttatcttatcagatttcaaacactgttattctgaagccctaaaattttctcatgataaacttgttaagttaatcttagtcgattccgcttt 281  Q
    |||||||||  ||||||||  ||||||| |||| ||||||  || ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||| | |||||||  ||    
T  49618102 acatagattccatcttatctcatttcaatcactcttattccaaaaccctacaatttactcatgatgaatttgttaagttaatcttaattgattccgggtt 49618201  T
Q  282 tataattcaacttttttggaga 303  Q
     |||||| | ||||| ||||||    
T  49618202 cataattgagcttttctggaga 49618223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 367 - 420
Target Start/End: Original strand, 49618306 - 49618359
Alignment:
Q  367 ttacttgaaaatcagcttccctttttcgttattgaaaaaatttacagtctttca 420  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  49618306 ttacttcaaaatcagcttccctatttcgttattgaaaatatttacattctttca 49618359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 21 - 91
Target Start/End: Original strand, 49612955 - 49613025
Alignment:
Q  21 tattcgcagcctcaacgaaaacacatacacccccaaagccgtttccattggcccctttcaccacggtcacc 91  Q
    ||||||||| ||||||  | || ||||||||||||||| | ||||||||||||| || |||||| ||||||    
T  49612955 tattcgcagtctcaacccagacgcatacacccccaaagtcatttccattggccctttccaccacagtcacc 49613025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 518 - 551
Target Start/End: Original strand, 49613494 - 49613527
Alignment:
Q  518 ttagtataagtcacttcactgatctgattaggat 551  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  49613494 ttagtataaggcacttcactgatctgattaggat 49613527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University