View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6729_low_2 (Length: 983)

Name: NF6729_low_2
Description: NF6729
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6729_low_2
NF6729_low_2
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (69-963)||(34353323-34354222)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 800; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 800; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 69 - 963
Target Start/End: Original strand, 34353323 - 34354222
Alignment:
Q  69 agttgatttttgtcattccatataggtgggtcaccaaatgacccattgtattgccaaacatgcaacccaaaatgaggaaataaatgtagg---gataaga 165  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||    
T  34353323 agttgatttttgtcattccatataggtgggtcaccaaatgacccattgtattgccaaacatgcaacccaaaatgaggaaataaatgtaggatcgataaga 34353422  T
Q  166 aattaccaatgatttggattttggaagtcccgtatttttgtgtgctctcctttgtaagtgacctgactcatttgggtctttaattcttcaaaaatatctt 265  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34353423 aattaccaatgatttggattttggaagtcccgtatttttgtgtgctctcctttgtaagtgacctgactcatttgggtctttaattcttcaaaaatatctt 34353522  T
Q  266 attttattaacacaaaaaa--tactattttaaggaacgtttcaattaannnnnnnn-gttaactctctggtttttatggaaatggtgccccaataattca 362  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34353523 attttattaacacaaaaaaaatactattttaaggaacgtttcagttattttttttttgttaactctctggtttttatggaaatggtgccccaataattca 34353622  T
Q  363 aatttgtgatactcattaaacacttaagctaaattcacttgattgttgatttattaattttaaagaccaacttactcacgcatacaattacattacaatt 462  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34353623 aatttgtggaactcattaaacacttaagctaaattcacttgattgttgatttattaattttaaagaccaacttactcacgcatacaattacattacaatt 34353722  T
Q  463 gtagaatgaaatcgagaatttacttattgtttttgttaacaagttttaggatttactagtttattaggataccatagttttattttgtacttaagttacc 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34353723 gtagaatgaaatcgagaatttacttattgtttttgttaacaagttttaggatttactagtttattaggataccatagttttattttgtacttaagttacc 34353822  T
Q  563 aattacttttcacttgctttttcttcttctcttacatatgcctggctctacattatagagggatatgttttgggtgcattttatttcgagcataacgaca 662  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34353823 aattacttttcacttgctttttcttcttctcttacatatgcctggctctacattatagagggatatgttttgtgtgcattttatttcgagcataacgaca 34353922  T
Q  663 aatatcaactcattatcctttacatgtattttttcatatgatgtatatggacacaaagtgtttacgtgattggagtttgtcacgataatggagcttctca 762  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34353923 aatatcaactcattaccctttacatgtattttttcatatgatgtatatgga-acaaagtgtttacgtgattggagtttgtcacgataatggagcttctca 34354021  T
Q  763 ttttctacaatttgggtatgaaattagtggtgaaagatacataagagttagatttttcatttggccattgtgatcttggatatagaacgattcttaaggg 862  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34354022 ttttctacaatttgggtatgaaattagtggtgaaagatacacaagagttagatttttcatttggccattgtgatcttggatatagaacgattcttaaggg 34354121  T
Q  863 gtaagtggtggattatcaagaggtggaagcaaaagataaaatcagtgtttttggttcattttaagaaaggctaaagcctcattttgaagtattttttatt 962  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34354122 gtatgtggtggattatcaagacgtggaagcaaaagataaaatcagtgtttttggttcattttaagaaaggctaaagcctcattttgaagtattttttatt 34354221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University