View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6731_low_1 (Length: 945)

Name: NF6731_low_1
Description: NF6731
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6731_low_1
NF6731_low_1
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (1-911)||(43010593-43011500)
chr2 (1-911)||(43012890-43013797)
chr2 (1-935)||(25202991-25203934)
chr2 (133-505)||(35075039-35075411)
chr2 (696-935)||(35074796-35075035)
chr2 (1-61)||(35075408-35075468)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-911)||(25675868-25676775)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-935)||(15090175-15091117)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 799; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 799; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 911
Target Start/End: Complemental strand, 43011500 - 43010593
Alignment:
Q  1 tgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgccttgatagtcga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43011500 tgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgccttgatagtcga 43011401  T
Q  101 aacgcannnnnnnctcaacccaatcaatgcatgtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaactcaaaaagcat 200  Q
    ||||||       |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43011400 aacgcatttttttctcaacccaatcgatgcaagtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaactcaaaaagcat 43011301  T
Q  201 aacatctatctcacattcaaccccttgaacagaaataattacaccatggcattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaatctgatacgtcta 300  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43011300 aacatctatctcccattcaaccccttgaacagaaataattacaccatgacattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaatctgatacgtcta 43011201  T
Q  301 acaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcagcaccggtatct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43011200 acaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcagcaccggtatct 43011101  T
Q  401 ccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaagcctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagtcagcacattcaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43011100 ccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaaacctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagtcagcacattcaa 43011001  T
Q  501 ttgcaactcttctgcacctgtgtccaca---tcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccataacactcaaattt 597  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43011000 ttgcaactcttctgcacctgtgtccacatcttcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccataacactcaaattt 43010901  T
Q  598 ttatctggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacatagtccttttttacgacggtcagcaatctcctgtgaagacagactccgca 697  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  43010900 ttatccggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacagagtcctttttgacgacggtcagcaatctcttgtgaagacagactccgca 43010801  T
Q  698 cattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccaccagtggattttcctccactgtt 797  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| | ||   ||||||||||||||    
T  43010800 cattcttgtcacgccaatttgcagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtg---cacgattg---tttcctccactgtt 43010707  T
Q  798 tcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttgttaccaaaaacg 897  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43010706 tcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaatcataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttgttaccaaaaacg 43010607  T
Q  898 ggtcgagatagtga 911  Q
    ||||||||||||||    
T  43010606 ggtcgagatagtga 43010593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 795; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 911
Target Start/End: Complemental strand, 43013797 - 43012890
Alignment:
Q  1 tgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgccttgatagtcga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013797 tgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgccttgatagtcga 43013698  T
Q  101 aacgcannnnnnnctcaacccaatcaatgcatgtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaactcaaaaagcat 200  Q
    ||||||       |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013697 aacgcatttttttctcaacccaatcgatgcaagtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaactcaaaaagcat 43013598  T
Q  201 aacatctatctcacattcaaccccttgaacagaaataattacaccatggcattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaatctgatacgtcta 300  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013597 aacatctatctcccattcaaccccttgaacagaaataattacaccatgacattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaatctgatacgtcta 43013498  T
Q  301 acaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcagcaccggtatct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013497 acaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcagcaccggtatct 43013398  T
Q  401 ccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaagcctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagtcagcacattcaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013397 ccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaaacctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagtcagcacattcaa 43013298  T
Q  501 ttgcaactcttctgcacctgtgtccaca---tcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccataacactcaaattt 597  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013297 ttgcaactcttctgcacctgtgtccacatcttcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccataacactcaaattt 43013198  T
Q  598 ttatctggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacatagtccttttttacgacggtcagcaatctcctgtgaagacagactccgca 697  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  43013197 ttatccggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacagagtcctttttgacgacggtcagcaatctcttgtgaagacagactccgca 43013098  T
Q  698 cattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccaccagtggattttcctccactgtt 797  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||| | ||   ||||||||||||||    
T  43013097 cattcttgtcacgccaatttgcagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacatttcacgtg---cacgattg---tttcctccactgtt 43013004  T
Q  798 tcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttgttaccaaaaacg 897  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43013003 tcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaatcataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttgttaccaaaaacg 43012904  T
Q  898 ggtcgagatagtga 911  Q
    ||||||||||||||    
T  43012903 ggtcgagatagtga 43012890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 566; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 935
Target Start/End: Original strand, 25202991 - 25203934
Alignment:
Q  1 tgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgccttgatagtcga 100  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  25202991 tgcaactaaccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaatacctatgatctcaatccattcaccctgatagtcga 25203090  T
Q  101 aacgcannnnnnnctcaacccaatcaatgcatgtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaactcaaaaagcat 200  Q
    ||| ||       |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  25203091 aacacatttttttctcaacccaatcgatgcaagtacatccaatttgtgtcagtcatgccatccccaatactagatcataaccgccctactcaaaaagcat 25203190  T
Q  201 aacatctatctcacattcaaccccttgaacagaaataattacaccatggcattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaatctgatacgtcta 300  Q
    |||||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||| |||   ||||| ||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  25203191 aacatctatctcccatttaaccacttgaagagaaataataacattgtggcactctcccatagtcggagctacatgttcgtcacccaatctgatatgtcta 25203290  T
Q  301 acaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcagcaccggtatct 400  Q
     |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25203291 gcaggagtctcggtaatgcgcaaacctaaagccaaacctatacaccttggcatgaaatttttgtttgctccactatcaaccaacatcagcaccggtatct 25203390  T
Q  401 ccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaagcctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagtcagcacattcaa 500  Q
    ||| |||| ||| ||| ||  ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| | || ||||||    
T  25203391 cccccactgtcctttgcaacttgatgcattgaggcatatcttgataatactcggtttgtctatcaaaagtcaacaaattttcaaaagttaacaaattcaa 25203490  T
Q  501 ttgcaactctt------ctgcacctgtgtccaca---tcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccataacactc 591  Q
    |||||||||||      |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  25203491 ttgcaactcttctgcacctgcacctgtgtccacatcttcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcggaatcatcctcaagcaccataacacgc 25203590  T
Q  592 aaatttttatctggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacatagtccttttttacgacggtcagcaatctcctgtgaagacagac 691  Q
    ||||||||||| | |||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  25203591 aaatttttatccgtacattgataacgaggatgatacgggcctccacatttaaaacagagtccttttttacgacggtcagcaatctcctgtgaagacagat 25203690  T
Q  692 tccgcacattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccaccagtggattttcctcc 791  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||  ||||| |||||||    
T  25203691 tcctcacattcttgtcacgccaatttccaatgttggtagtgtgtgttttgttttgtctaacattaaacattccacgcaaaccacctatggatcttcctcc 25203790  T
Q  792 actgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttgttacca 891  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  25203791 actgtttcctccaggaaaatgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgccctttctaccttcattttgtgtaacaaccttgttacca 25203890  T
Q  892 aaaacgggtcgagatagtgaaccatgtgatcttcgtgatgtcca 935  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  25203891 aaaacaggtcgagatagtgaaccatgtgaccttctcgatgtcca 25203934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 133 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 35075411 - 35075039
Alignment:
Q  133 gtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaactcaaaaagcataacatctatctcacattcaaccccttgaacag 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||     
T  35075411 gtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcccaactcaaaaagcttaagatctatctcccattcaaccccttgaacaa 35075312  T
Q  233 aaataattacaccatggcattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaatctgatacgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagc 332  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35075311 aattaataacaccatggcattctcccaaagttggagccacatgttcgtcacccaatctgatacgtctagcaggagtctcgataattcgcaaacccaaagc 35075212  T
Q  333 caaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcagcaccggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattga 432  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||    
T  35075211 caaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcaacaccgatatctccctcactgtcctttgaaacctgatgcattga 35075112  T
Q  433 agcctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagtcagcacattcaattgca 505  Q
    ||| |||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35075111 agcatatcttgataatactcagtgtgtctatcaaaagtaaacgcattttcaaaagtcaacacattcaattgca 35075039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 696 - 935
Target Start/End: Complemental strand, 35075035 - 35074796
Alignment:
Q  696 cacattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccaccagtggattttcctccactg 795  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  35075035 cacattcttgtcacgccaatttccagtgttggcagtgtgtgttttgttttgtcgaacattaaacattccacgtgcaccacctgtgaattttcctcaactg 35074936  T
Q  796 tttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttgttaccaaaaa 895  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35074935 tttcctccaagaaaacgatcatgattgtctttgttattatgaaccataacccgatcgccatttctaccttcattctgtgtgacaaccttgttaccaaaaa 35074836  T
Q  896 cgggtcgagatagtgaaccatgtgatcttcgtgatgtcca 935  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  35074835 tgggtcgagatagtgaaccatgtgaccttcgcgatgtcca 35074796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 35075468 - 35075408
Alignment:
Q  1 tgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtac 61  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35075468 tgcaactgaccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtac 35075408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 799; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 799; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 911
Target Start/End: Original strand, 25675868 - 25676775
Alignment:
Q  1 tgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgccttgatagtcga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25675868 tgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgccttgatagtcga 25675967  T
Q  101 aacgcannnnnnnctcaacccaatcaatgcatgtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaactcaaaaagcat 200  Q
    ||||||       |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25675968 aacgcatttttttctcaacccaatcgatgcaagtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaactcaaaaagcat 25676067  T
Q  201 aacatctatctcacattcaaccccttgaacagaaataattacaccatggcattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaatctgatacgtcta 300  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25676068 aacatctatctcccattcaaccccttgaacagaaataattacaccatgacattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaatctgatacgtcta 25676167  T
Q  301 acaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcagcaccggtatct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25676168 acaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcagcaccggtatct 25676267  T
Q  401 ccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaagcctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagtcagcacattcaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25676268 ccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaaacctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagtcagcacattcaa 25676367  T
Q  501 ttgcaactcttctgcacctgtgtccaca---tcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccataacactcaaattt 597  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25676368 ttgcaactcttctgcacctgtgtccacatcttcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccataacactcaaattt 25676467  T
Q  598 ttatctggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacatagtccttttttacgacggtcagcaatctcctgtgaagacagactccgca 697  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25676468 ttatccggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacagagtcctttttgacgacggtcagcaatctcttgtgaagacagactccgca 25676567  T
Q  698 cattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccaccagtggattttcctccactgtt 797  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| | ||   ||||||||||||||    
T  25676568 cattcttgtcacgccaatttgcagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtg---cacgattg---tttcctccactgtt 25676661  T
Q  798 tcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttgttaccaaaaacg 897  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25676662 tcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaatcataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttgttaccaaaaacg 25676761  T
Q  898 ggtcgagatagtga 911  Q
    ||||||||||||||    
T  25676762 ggtcgagatagtga 25676775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 713; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 713; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 935
Target Start/End: Original strand, 15090175 - 15091117
Alignment:
Q  1 tgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggagtgcactctctagtacgaattcctctgatctctatccattcgccttgatagtcga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  15090175 tgcaactggccaaaatgattttcatcaacatagttttgtaatggattgcactct--agtacgaattcctctgatctcaatccattcaccctgatagtcga 15090272  T
Q  101 aacgcannnnnnn-------ctcaacccaatcaatgcatgtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcgcaactcaa 193  Q
    ||| |               |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15090273 aacactttttttttttttttctcaacccaatcgatgcaagtacatccaatttgtgtcagccatgccatccccaatactagatcataaccgcccaactcaa 15090372  T
Q  194 aaagcataacatctatctcacattcaaccccttgaacagaaataattacaccatggcattctcccaaagtcggaaccacatgtccgtcacccaatctgat 293  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| || | |||||||||||||||    
T  15090373 aaagcataatatctatctcccattcaaccccttgaacagaaataataacaccatggcattctcccaaagtcggagccacgtgactgtcacccaatctgat 15090472  T
Q  294 acgtctaacaggagtctcggtaattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcagcacc 393  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15090473 acgtctagcaggagtctcgataattcgcaaacccaaagccaaagctagacgccttgacatgaaatttttgtttgctccactgtcaaccaacatcagcacc 15090572  T
Q  394 ggtatctccctcactttcccttgaaatctgatgcattgaagcctatcttgataatactcggtttgtctatcaaaggtcaacgcattttcaaaagtcagca 493  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15090573 ggtatctccctcactgtcccttgaaacctgatgtattgaagcatatcttgataatactcggtttgtctatcaaaagtcaacgcattttcaaaagtcagca 15090672  T
Q  494 cattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccaca---tcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccataacact 590  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15090673 cattcaattgcaactcttctgcacctgtgtccacatcttcatcattcaacactcttacttcattttcatcttcagaatcatcctcaagcaccataacacg 15090772  T
Q  591 caaatttttatctggacattgatgacgtggatgatacggacctccacatttaaaacatagtccttttttacgacggtcagcaatctcctgtgaagacaga 690  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15090773 caaatttttatccggacattgatgacgaggatgatacgggcctccacatttaaaacagagtcctttttaacgacggtcagcaatctcctgtgaagacaga 15090872  T
Q  691 ctccgcacattcttgtcacgccaatttgaagtgttgatagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccaccagtggattttcctc 790  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15090873 ctcctcacattcttgtcacgccaatttccagtgttggcagtgtgtgttttgttttgtccaacattaaacattccacgtgcaccacctgtggattttcctc 15090972  T
Q  791 cactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgctatttctaccttcattctgtgtgacaactttgttacc 890  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  15090973 cactgtttcctccaggaaaacgatcacgattgtctttgttattacgaaccataacccaatcgccatttctaccttcattctgtgtgacaaccttgtaacc 15091072  T
Q  891 aaaaacgggtcgagatagtgaaccatgtgatcttcgtgatgtcca 935  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  15091073 aaaaacgggtcgagatagtgaaccatgtgaccttcgcgatgtcca 15091117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University