View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6731_low_4 (Length: 740)

Name: NF6731_low_4
Description: NF6731
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6731_low_4
NF6731_low_4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (13-722)||(47215928-47216643)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 604; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 604; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 722
Target Start/End: Complemental strand, 47216643 - 47215928
Alignment:
Q  13 atggacatcattctaagtttggcccagccaatgttgtgtttgtactaaagaatattctattccaatggccaattaagtcttggcagatatatgtgatact 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47216643 atggacatcattctaagtttggcccagccaatgttgtgtttgtactaaagaatattctattccaatggccaattaagtcttggcagatatatgtgatact 47216544  T
Q  113 attagataagaatccttaagatttaaaaggacccttttgacaacatagttcacaactactttcctttctaatcatcattccttcctcctaatggttctaa 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47216543 attagataagaatccttaagatttaaaagcacccttttgacaacatagtttacaactactttcctttctaatcatcattccttcctcctaatggttctaa 47216444  T
Q  213 ttataatcattaaa-----cactgaagttatgcatatctatctaacttcaaagattaaccaataaattgtggggtctacggtacgcaacttaagttttgt 307  Q
    ||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47216443 ttataatcattaaattaaacactgaagttatgcatatctatctaacttcaaagattaaccaatacactgtggggtctacggtacgcaacttaagttttgt 47216344  T
Q  308 gtacagatacacaaatagtcaaaaattaaagtcaagatggtaggacgaatggacaaaacactccaaacgaattgcttcaaggggaggcatttgattgttt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||    
T  47216343 gtacagatacacaaatagtcaaaaattaaagtcaagatggtaggatgaatggacaaaacactccaaacgactggcttcaaggtgaggcatttgattgttt 47216244  T
Q  408 ----tactggttggattgtcagttgttgaccgaagcatgactgtcgaagtgaatttcataaatacaaggtaaggttttccgaactacgataagagtgtta 503  Q
        |||||||||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  47216243 gttttactggttggattgtcagttg---accgaagcatgacagtcgaagtgaatttcataaaaacaaggtaaggttttccgaactacgataagagtgcta 47216147  T
Q  504 gatcattatacgaactaagcttaaattgtttacagatgttatttatagtgttggaaagaattagaagcaaactaatattattggatcttaacaaagaaca 603  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47216146 gatcattatccgaactaagcttaaattgtttacagatgttatttatagtgttggaaagaattagaagcaaactaatattattggatcttaacaaagaaca 47216047  T
Q  604 taaataatatcaatcagtcagaatcacaatctcataccggacacactaaaatctttatagtaaagctcatcttaactttaccattttgaacggttgataa 703  Q
    | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47216046 ttaacaatataaatcagtcagaatcacaatctcataccggacacactaaaatctttatagtaaagctcatcttaactttaccattttgaacggttgataa 47215947  T
Q  704 aattgaatgtgacatcttg 722  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  47215946 aattgaatgagacatcttg 47215928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University