View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6738_low_1 (Length: 782)

Name: NF6738_low_1
Description: NF6738
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6738_low_1
NF6738_low_1
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (77-777)||(5196940-5197641)
chr4 (77-782)||(5174194-5174894)
chr4 (77-782)||(5215080-5215786)
chr4 (77-782)||(4840628-4841328)
chr4 (77-782)||(5183536-5184242)
chr4 (27-782)||(4855078-4855834)
chr4 (77-777)||(5161258-5161961)
chr4 (404-770)||(7143411-7143776)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (406-444)||(32745008-32745046)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (406-444)||(4912000-4912038)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 498; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 498; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 77 - 777
Target Start/End: Complemental strand, 5197641 - 5196940
Alignment:
Q  77 taaagataaatattacaatatccaaatatt-gagactccacataaagtttcaacaggtgctatggacattcctcaacacaatggaaaagttggaaaaaat 175  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||| || || |||| ||||||||||||||||||| |||    
T  5197641 taaatataaaaattacaatatgcaaatatttgagactccacataatgtttcaacaggaactatggccactcttcaatacaatggaaaagttggaaagaat 5197542  T
Q  176 ctacgcataaacttgctgatgtaataaaaccaagccatacgccaacgtggattgatgcacaagactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatg 275  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5197541 ctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatgcgccaacgtggattgatgcacaacactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatg 5197442  T
Q  276 ctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgccattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactt 375  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||| |||| ||||| |||||||||| ||||| |||| || ||||||||||||||||||    
T  5197441 ctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccacaccagtttcctcttcttcattgtcattggattgggatgatggtggaggctcgacacgttcacactt 5197342  T
Q  376 ttgattgaggagtggtccacaaagactaggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttg 475  Q
    | || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5197341 tcgactgaggagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttatcctcatcaaagtttgcaaactggcctatactaggtggtgttccagaaaggttg 5197242  T
Q  476 ttgtatgaaagattgaaggttgacaaaaagttcagctgggttagttcattaggtatcttaccacacaagttattgtatgataagtcaagactctctattt 575  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5197241 ttgtatgacacattgaaggttgacaaaaagtttagctgggttagttcattgggtatcttaccactcaagtcattgtatgataagtcaagactctctattt 5197142  T
Q  576 cggtaagattggaaaatttgattggaataggacctgacaagttattatgtgatagattcaaggctctaatttgtggaaggtctccaatttgagaagggat 675  Q
     ||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  5197141 gggtaagatttgaaaaagtgattggaatgggacctgacaagtgattatgtgatagattcaaggctctaatttgttgtaggtctccaatttgagaagggat 5197042  T
Q  676 gacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatattctttagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttctgaactcccct 775  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  5197041 gacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatattctctagaactttacccttgtaaaagtattcatagtgctttgttctgaactccact 5196942  T
Q  776 tc 777  Q
    ||    
T  5196941 tc 5196940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 476; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 77 - 782
Target Start/End: Complemental strand, 5174894 - 5174194
Alignment:
Q  77 taaagataaatattacaatatccaaatatt-gagactccacataaagtttcaacaggtgctatggacattcctcaacacaatggaaaagttggaaaaaat 175  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||      |||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||    
T  5174894 taaaggtaaaaattacaatatccaaatatttgagactccacataaagtttaaac------tatggacactcttcaatacaatggaaaagttggaaaaaat 5174801  T
Q  176 ctacgcataaacttgctgatgtaataaaaccaagccatacgccaacgtggattgatgcacaagactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatg 275  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| | |||||||||||||||||    
T  5174800 ctacgcataaacttactgatataataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcacaaaactgttatgagggccaacaatattgttatgtaagatg 5174701  T
Q  276 ctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgccattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactt 375  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||    
T  5174700 ctgtgaaactccaataaaaagttatcatgtccaccatggtttccttttctccgtcgtcattggattgtgatgatgctgaagactcgacatgttcacactt 5174601  T
Q  376 ttgattgaggagtggtccacaaagactaggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttg 475  Q
    | |||||| || |||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||  | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5174600 tcgattgacgaatggtccacaaagaccaggattacctatgtagttttcctcaacaaagcctccaaattgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttg 5174501  T
Q  476 ttgtatgaaagattgaaggttgacaaaaagttcagctgggttagttcattaggtatcttaccacacaagttattgtatgataagtcaagactctctattt 575  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5174500 ttgtatgacacattgaaggttgacaaaaagtttagctgggttagttcattgggtatcttaccactcaagtcattgtatgataagtcaagactctctattt 5174401  T
Q  576 cggtaagattggaaaatttgattggaataggacctgacaagttattatgtgatagattcaaggctctaatttgtggaaggtctccaatttgagaagggat 675  Q
     ||||||||| |||||  |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  5174400 gggtaagatttgaaaaagtgattggaatgggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctctaatttgttgtaggtctccaatttgagaagggat 5174301  T
Q  676 gacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatattctttagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttctgaactcccct 775  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  5174300 gacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatattctctagaactatacccttgtaagagtattcattgtgctttgttctgaactccact 5174201  T
Q  776 tcaaatt 782  Q
    |||||||    
T  5174200 tcaaatt 5174194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 467; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 77 - 782
Target Start/End: Complemental strand, 5215786 - 5215080
Alignment:
Q  77 taaagataaatattacaatatccaaatatt-gagactccacataaagtttcaacaggtgctatggacattcctcaacacaatggaaaagttggaaaaaat 175  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| | |||||||||||||    |  |||| || |||| |||||||||| |||||||||| |    
T  5215786 taaatataaaaattacaatatccaaatatttgagacttcacttgaagtttcaacaggaataacagacactcttcaatacaatggaaacgttggaaaaatt 5215687  T
Q  176 ctacgcataaacttgctgatgtaataaaaccaagccatacgccaacgtggattgatgcacaagactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatg 275  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5215686 ttacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgacgcacaacactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatg 5215587  T
Q  276 ctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgccattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactt 375  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5215586 ctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgtcattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactt 5215487  T
Q  376 ttgattgaggagtggtccacaaagactaggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttg 475  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5215486 ttgatagaggagtggtccacaaagaccgggattacctctgtaactgtcctcatcaaaacctccaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaagttg 5215387  T
Q  476 ttgtatgaaagattgaaggttgacaaaaagttcagctgggttagttcattaggtatcttaccacacaagttattgtatgataagtcaagactctctattt 575  Q
    |||||||| | |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5215386 ttgtatgatacattgaaggttgataaaaagttcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaaggctctctattt 5215287  T
Q  576 cggtaagattggaaaatttgattggaataggacctgacaagttattatgtgatagattcaaggctctaatttgtggaaggtctccaatttgagaagggat 675  Q
     ||||||||| |||||  | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||||    
T  5215286 gggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgataggttcaaggctctaacttgttgaaggtgaccaatttgagaagggat 5215187  T
Q  676 gacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatattctttagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttctgaactcccct 775  Q
    || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |     
T  5215186 gagacctgttaggttattccatgataaatccaatccagtcatattctctagaactttacccttgtaaaagtattcatagtgctttgttctgaactccacc 5215087  T
Q  776 tcaaatt 782  Q
    |||||||    
T  5215086 tcaaatt 5215080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 452; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 77 - 782
Target Start/End: Original strand, 4840628 - 4841328
Alignment:
Q  77 taaagataaatattacaatatccaaatattg-agactccacataaagtttcaacaggtgctatggacattcctcaacacaatggaaaagttggaaaaaat 175  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||      |||||||| || | || |||||||||||||||||||||||    
T  4840628 taaagataaaaattacaatatccaaatattttagactccacataaagtttaaac------tatggacactctttaatacaatggaaaagttggaaaaaat 4840721  T
Q  176 ctacgcataaacttgctgatgtaataaaaccaagccatacgccaacgtggattgatgcacaagactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatg 275  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | |||||||||||||||||    
T  4840722 ctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcacaacactgttatgaaggctaacaatattgttatgtaagatg 4840821  T
Q  276 ctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgccattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactt 375  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||    
T  4840822 ctgtgaaactccaataaaaagttatcatgtccaccatggtttccttttctccgtcgtcattggattgtgatgatgctgaagactcgacatgttcacactt 4840921  T
Q  376 ttgattgaggagtggtccacaaagactaggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttg 475  Q
    | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||  | |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4840922 tcgattgaggaatggtccacaaagaccaggattacctatgtagttttcctcaacaaagcctccaaattgtcctgtactaggtggtgttccagagaggttg 4841021  T
Q  476 ttgtatgaaagattgaaggttgacaaaaagttcagctgggttagttcattaggtatcttaccacacaagttattgtatgataagtcaagactctctattt 575  Q
    |||||||| | ||||||| ||   |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4841022 ttgtatgacacattgaagatttctaaaaagttcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaagactctctattt 4841121  T
Q  576 cggtaagattggaaaatttgattggaataggacctgacaagttattatgtgatagattcaaggctctaatttgtggaaggtctccaatttgagaagggat 675  Q
     ||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||    
T  4841122 gggtaagatttgaaaaagtgattggaatgggacctgacaagtgattatgtgatagattcaaggctctaatttgttgtaggtctccaatttgggaagggat 4841221  T
Q  676 gacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatattctttagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttctgaactcccct 775  Q
     ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  4841222 aacacctgttaaattattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttctaaactccact 4841321  T
Q  776 tcaaatt 782  Q
    |||||||    
T  4841322 tcaaatt 4841328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 77 - 782
Target Start/End: Complemental strand, 5184242 - 5183536
Alignment:
Q  77 taaagataaatattacaatatccaaatattg-agactccacataaagtttcaacaggtgctatggacattcctcaacacaatggaaaagttggaaaaaat 175  Q
    |||| ||||| | |||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || |||| | |||||||||| |||||| |||    
T  5184242 taaatataaaaaatacagtatccaaatattttagactccacataaagtttcaacaggaactatggacactcatcaatataatggaaaagatggaaagaat 5184143  T
Q  176 ctacgcataaacttgctgatgtaataaaaccaagccatacgccaacgtggattgatgcacaagactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatg 275  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  5184142 ctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcccaacacagttatgaaggccaatagtattgtaatataagatg 5184043  T
Q  276 ctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgccattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactt 375  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5184042 ttatgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttgcttttctccattgtcattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactt 5183943  T
Q  376 ttgattgaggagtggtccacaaagactaggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttg 475  Q
    |||||| |||||| |||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5183942 ttgatttaggagttgtccgcaaagaccgggattacctctgtagttgtactcatcaaagtttgcaaattgtcttgtgctaggtggtgttccagaaaggttg 5183843  T
Q  476 ttgtatgaaagattgaaggttgacaaaaagttcagctgggttagttcattaggtatcttaccacacaagttattgtatgataagtcaagactctctattt 575  Q
    |||||||| | ||||||| ||   ||| || ||| || ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5183842 ttgtatgacacattgaagatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggaatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaaggctctctattt 5183743  T
Q  576 cggtaagattggaaaatttgattggaataggacctgacaagttattatgtgatagattcaaggctctaatttgtggaaggtctccaatttgagaagggat 675  Q
     |||||| || |||||  | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  5183742 gggtaagttttgaaaaagttattggaataggaccagacaagtaattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaatttgagaagggat 5183643  T
Q  676 gacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatattctttagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttctgaactcccct 775  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| | ||    
T  5183642 gacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatgatctttagaactatacccttgtaaaagtaatcatagtgctttgttctaaactgcact 5183543  T
Q  776 tcaaatt 782  Q
    |||||||    
T  5183542 tcaaatt 5183536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 782
Target Start/End: Original strand, 4855078 - 4855834
Alignment:
Q  27 aaaaggagttgaacatcaaatgtctcaacatcaaaatgtca-aaattata-ttaaagataaatattacaatatccaaatatt-gagactccacataaagt 123  Q
    |||||||| | || ||||||||||||| ||||||| ||||  |||||| | ||||| ||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  4855078 aaaaggagcttaaaatcaaatgtctcagcatcaaactgtctgaaattaaagttaaatataaaaattacaatacccaaatatttgagactccacataaagt 4855177  T
Q  124 ttcaacaggtgctatggacattcctcaacacaatggaaaagttggaaaaaatctacgcataaacttgctgatgtaataaaaccaagccatacgccaacgt 223  Q
    |||||||||| ||| ||||| || | || ||||||||||||||||||||||  |||  | |||||| || |||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  4855178 ttcaacaggtactacggacactctttaatacaatggaaaagttggaaaaaagatacctacaaacttactaatgtaataaaaccaggccaaacgccaacgt 4855277  T
Q  224 ggattgatgcacaagactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttcctttt 323  Q
    |||||||||||  | ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| ||    
T  4855278 ggattgatgca--acactgttatgaaggtcagtagtattgttatgtaagatggtgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctctt 4855375  T
Q  324 ctccattgccattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacacttttgattgaggagtggtccacaaagactaggattacctctgtagttgtc 423  Q
    || ||||| |||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||||||||| | | |||||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||    
T  4855376 cttcattgtcattggattgtgatgatggtgaagacttggcaccttcacactttcggtcgaggagtggtccacaaagatcgggattacctctgtagctgtc 4855475  T
Q  424 ctcatcaaagtttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgaaagattgaaggttgacaaaaagttcagctgggttagttca 523  Q
    ||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||  ||   ||| || ||| || ||||||||||    
T  4855476 ctcaatgaaggttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaatatttctaaagaggtcaacttggttagttca 4855575  T
Q  524 ttaggtatcttaccacacaagttattgtatgataagtcaagactctctatttcggtaagattggaaaatttgattggaataggacctgacaagttattat 623  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||| |||||  | |||||||||||||| ||||||| |||||    
T  4855576 taaggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaaggctttctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattat 4855675  T
Q  624 gtgatagattcaaggctctaatttgtggaaggtctccaatttgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatattctt 723  Q
    ||||||| ||||||||||||| | || ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  4855676 gtgataggttcaaggctctaactggttgaaggtgaccaatttgagaagggatgacacctgttaggttattccatgataaatccaatccagtcatattctc 4855775  T
Q  724 tagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttctgaactccccttcaaatt 782  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4855776 tagaactttacccttgtaaaagtattcatagtgctttgttctgaactccacttcaaatt 4855834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 77 - 777
Target Start/End: Complemental strand, 5161961 - 5161258
Alignment:
Q  77 taaagataaatattacaatatccaaatatt-gagactccacataaagtttcaacaggtgctatggacattcctcaacacaatggaaaagttggaaaaaat 175  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||| || |||  ||||||||||||||||||||||     
T  5161961 taaatataaaaattacaatatccaaatatttgagactccacgtaaagtttcaacaggtactacgtacactcttcagtacaatggaaaagttggaaaaaaa 5161862  T
Q  176 ctacgcataaacttgctgatgtaataaaaccaagccatacgccaacgtggattgatgcacaagactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatg 275  Q
       ||   |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  5161861 aatcgtgcaaacttactaatgtaataaaaccaagccatacgccaacgagcattgatacacaacactgttacgaaggccaacaatattgttatgtaagatg 5161762  T
Q  276 ctgt-gaaac-tccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgccattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacac 373  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  5161761 ctgtagaaacctccaataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctcttcttcattgtcattggattgtgatgatggtgaagacttgacaccttcacac 5161662  T
Q  374 ttttgattgaggagtggtccacaaagactaggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggt 473  Q
    ||| | | |||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5161661 tttcggtcgaggagtgatccacaaagaccgggattacctctgtagctgtcctcaacgaaggttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggt 5161562  T
Q  474 tgttgtatgaaagattgaaggttgacaaaaagttcagctgggttagttcattaggtatcttaccacacaagttattgtatgataagtcaagactctctat 573  Q
    |||||||||| |  ||||||||||| |||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5161561 tgttgtatgacacgttgaaggttgataaaaaggtcaactgggttagctcataaggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaaggctctctat 5161462  T
Q  574 ttcggtaagattggaaaatttgattggaataggacctgacaagttattatgtgatagattcaaggctctaatttgtggaaggtctccaatttgagaaggg 673  Q
    |||||||||||| |||||  | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||  || |||| | ||||  |||||||||||||||    
T  5161461 ttcggtaagatttgaaaacgtaattggaataggacccgacaagtgattatgtgataggttcaaggctaaaacttgttgcaggtgcccaatttgagaaggg 5161362  T
Q  674 atgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatattctttagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttctgaactccc 773  Q
    ||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  5161361 atagtacctgttagcttgttgcatgataaatccaatccagtcattttctctaggactttacctttgtaaaagtaatcattgtgctttgttctgaactcca 5161262  T
Q  774 cttc 777  Q
    ||||    
T  5161261 cttc 5161258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 404 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 7143776 - 7143411
Alignment:
Q  404 ggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgaaagattgaaggttgacaaaa 503  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||  | | |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| |    | ||    
T  7143776 ggattacctctgtagttgtccttaacaaagcctccgat-tgtcctatactaggtggtgttccagaaaggttgttgtaagacacattgaagatatctataa 7143678  T
Q  504 agttcagctgggttagttcattaggtatcttaccacacaagttattgtatgataagtcaagactctctatttcggtaagattggaaaatttgattggaat 603  Q
    || |||  ||  |||||| |  || || |||||||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||    
T  7143677 aggtcaagtgacttagttgagaagctaccttaccattcaagttactctatgataagtcaagactctctatttgggtaagattggaaaaagtgattggaat 7143578  T
Q  604 aggacctgacaagttattatgtgatagattcaaggctctaatttgtggaaggtctccaatttgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaa 703  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |   | | | | |||||||| || |||||| ||||| |  ||||   ||||||||||||||    
T  7143577 aggacctgacaagtgattatgttatagattcaagactcgatggttttgcatgtctccaagttcagaaggtatgactctagttacgatattgcatgataaa 7143478  T
Q  704 tccaatccagtcatattctttagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttctgaact 770  Q
    ||||||||||||||  ||| ||| | |||| | | ||||||||| |||| || ||||||||| ||||    
T  7143477 tccaatccagtcatcatctctaggattttagcgtcgtaaaagtactcatagttctttgttctaaact 7143411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 406 - 444
Target Start/End: Original strand, 32745008 - 32745046
Alignment:
Q  406 attacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactg 444  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32745008 attacctctatagttgttctcatcaaagtttgcaaactg 32745046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 406 - 444
Target Start/End: Original strand, 4912000 - 4912038
Alignment:
Q  406 attacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactg 444  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4912000 attacctctatagttgttctcatcaaagtttgcaaactg 4912038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University