View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6745_low_18 (Length: 427)

Name: NF6745_low_18
Description: NF6745
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6745_low_18
NF6745_low_18
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (22-423)||(16509-16910)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (22-427)||(18858062-18858467)
chr4 (22-427)||(9226597-9227002)
chr4 (26-423)||(16626193-16626589)
chr4 (26-424)||(5145398-5145796)
chr4 (162-416)||(4567590-4567841)
chr4 (158-416)||(15314567-15314823)
chr4 (161-416)||(47564964-47565216)
chr4 (170-416)||(36769841-36770084)
chr4 (314-414)||(16634744-16634844)
chr4 (161-284)||(16634856-16634976)
chr4 (109-137)||(33655986-33656014)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (22-423)||(10686464-10686865)
chr8 (22-427)||(35742875-35743280)
chr8 (22-427)||(18867866-18868271)
chr8 (29-423)||(26298875-26299260)
chr8 (161-416)||(28893015-28893267)
chr8 (161-416)||(4814904-4815156)
chr8 (161-416)||(16754938-16755190)
chr8 (171-416)||(25682563-25682805)
chr8 (161-416)||(21039682-21039933)
chr8 (161-416)||(28330146-28330398)
chr8 (161-416)||(15946914-15947166)
chr8 (26-86)||(26400887-26400947)
chr8 (346-426)||(8758173-8758253)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (22-423)||(24263523-24263924)
chr7 (22-427)||(16882413-16882818)
chr7 (22-424)||(21986406-21986808)
chr7 (29-423)||(18411150-18411544)
chr7 (29-423)||(9187345-9187739)
chr7 (30-342)||(24272181-24272493)
chr7 (37-298)||(21642191-21642449)
chr7 (293-423)||(21643794-21643924)
chr7 (161-416)||(3322466-3322718)
chr7 (161-416)||(25407665-25407917)
chr7 (161-423)||(44012209-44012467)
chr7 (163-416)||(7072302-7072552)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (22-423)||(43594607-43595008)
chr5 (22-423)||(43627401-43627802)
chr5 (22-423)||(27447309-27447710)
chr5 (22-427)||(31399188-31399593)
chr5 (22-427)||(33788842-33789247)
chr5 (22-423)||(37558802-37559194)
chr5 (26-425)||(28835792-28836190)
chr5 (26-427)||(24557780-24558181)
chr5 (26-427)||(24598812-24599213)
chr5 (22-275)||(28805070-28805323)
chr5 (161-416)||(25447738-25447991)
chr5 (383-419)||(29103928-29103964)
chr5 (383-419)||(29267742-29267778)
chr5 (202-310)||(31301980-31302088)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (23-423)||(14739772-14740172)
chr6 (22-427)||(33333272-33333677)
chr6 (26-426)||(24433517-24433917)
chr6 (161-416)||(25943920-25944172)
chr6 (161-416)||(35203741-35203993)
chr6 (161-416)||(13880990-13881242)
chr6 (158-414)||(17692527-17692783)
chr6 (161-416)||(22348653-22348901)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (22-427)||(19346764-19347169)
chr2 (154-423)||(25393504-25393773)
chr2 (26-375)||(39485469-39485808)
chr2 (26-278)||(31058448-31058700)
chr2 (26-267)||(39485239-39485468)
chr2 (100-424)||(31133776-31134100)
chr2 (161-416)||(2738456-2738708)
chr2 (161-416)||(17934335-17934587)
chr2 (161-416)||(22714912-22715164)
chr2 (161-416)||(39684498-39684750)
chr2 (161-416)||(20052439-20052690)
chr2 (266-416)||(45569641-45569791)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (22-427)||(8514580-8514985)
chr3 (22-427)||(32477826-32478231)
chr3 (22-402)||(22170529-22170909)
chr3 (29-423)||(1308364-1308758)
chr3 (22-425)||(2674418-2674821)
chr3 (26-427)||(3325734-3326123)
chr3 (116-299)||(18144876-18145059)
chr3 (161-416)||(10610451-10610703)
chr3 (161-416)||(16459715-16459967)
chr3 (161-416)||(6305562-6305814)
chr3 (161-416)||(10096484-10096736)
chr3 (161-416)||(54190759-54191011)
chr3 (163-416)||(22623659-22623909)
chr3 (161-416)||(10203370-10203622)
chr3 (161-416)||(10899260-10899512)
chr3 (161-416)||(29911631-29911883)
chr3 (161-416)||(47880566-47880818)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (29-426)||(1-398)
scaffold0006 (26-426)||(8154-8554)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (22-423)||(41395737-41396126)
chr1 (29-307)||(19369001-19369279)
chr1 (161-416)||(2396933-2397185)
chr1 (161-416)||(9523979-9524231)
[»] scaffold0078 (2 HSPs)
scaffold0078 (231-427)||(34705-34901)
scaffold0078 (42-192)||(34544-34697)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (161-416)||(822-1074)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (161-416)||(18577-18829)


Alignment Details
Target: scaffold0197 (Bit Score: 382; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 16910 - 16509
Alignment:
Q  22 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 121  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16910 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 16811  T
Q  122 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16810 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 16711  T
Q  222 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16710 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 16611  T
Q  322 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16610 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 16511  T
Q  422 at 423  Q
    ||    
T  16510 at 16509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 382; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 427
Target Start/End: Original strand, 18858062 - 18858467
Alignment:
Q  22 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 121  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858062 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 18858161  T
Q  122 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858162 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 18858261  T
Q  222 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858262 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 18858361  T
Q  322 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858362 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 18858461  T
Q  422 attccc 427  Q
    ||||||    
T  18858462 attccc 18858467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 9227002 - 9226597
Alignment:
Q  22 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 121  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9227002 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatctttttcttcttcatttggaagctccacctcaaat 9226903  T
Q  122 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226902 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgggtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 9226803  T
Q  222 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226802 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 9226703  T
Q  322 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226702 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 9226603  T
Q  422 attccc 427  Q
    ||||||    
T  9226602 attccc 9226597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 26 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 16626589 - 16626193
Alignment:
Q  26 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 125  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16626589 tcaggatccactaccggttgagttccactagtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcatcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 16626490  T
Q  126 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 225  Q
    ||| ||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  16626489 tttcctccaccattgtttacagtactagagtctctaggtcttt-cacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttt 16626391  T
Q  226 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16626390 tgatcctccactagattccaatttccacaactcgtaacccttcagaccttccggataaccaatgaagatacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 16626291  T
Q  326 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctat 423  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16626290 tgcttgatatgcgcatatgtcaaagctcagaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctat 16626193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 26 - 424
Target Start/End: Original strand, 5145398 - 5145796
Alignment:
Q  26 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 125  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5145398 tcaggatccactaccggttgagttccacttgtatctgatgtcgaagcttcatcttctacatcatcttcttcttcacttggaagctccacctcaaactgag 5145497  T
Q  126 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 225  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |    
T  5145498 tttcctccaccattgtttccggtaccaaagtctctaggtctttacacttcatccctatacgggtctcatcaaaggtaatatccctactaatcaagacttt 5145597  T
Q  226 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5145598 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttctggataacgaataaagacacatttcaaagctctagtctcaagcttgtct 5145697  T
Q  326 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatt 424  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5145698 ttcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtagtctgccggtttcccattccatacttccataggtgtcttgaagtctatt 5145796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 162 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 4567841 - 4567590
Alignment:
Q  162 ggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgta 261  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   ||||    
T  4567841 ggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctgta 4567745  T
Q  262 ccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacc 361  Q
     || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||| ||  ||| ||| ||| |||| ||||||||||||||     
T  4567744 acctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaact 4567645  T
Q  362 ttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
    ||||||   ||||||||||| | | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4567644 ttcaaattagagtagtctgccgatctcccactccaaacctccataggtgtcttga 4567590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 158 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 15314823 - 15314567
Alignment:
Q  158 tctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaact 257  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||       
T  15314823 tctaggtctttgcacttcatccccatgtgggtctcatcaaaaataacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtc 15314727  T
Q  258 tgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaa 357  Q
    |||| || ||||||||||| |||||||  ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| | | | || |||||||||||    
T  15314726 tgtaacctttcacaccttcaggataactcatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagaaaacgctaaagctccgaa 15314627  T
Q  358 aaccttcaaagaggagtagt-ctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
    ||| |||||    ||||||| || | ||| |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  15314626 aactttcaagttagagtagtcctaccggtctcccactccaaacatccataggtgtcttga 15314567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 47565216 - 47564964
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |  | | |||||||| ||   | |||||  |||||||  ||||    
T  47565216 aggtctttgcacttcattcacatgcgggtctcatcaaaagtaacatctctacttataataaattttgatccttca---ggttccatcttccacagtttgt 47565120  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||| ||  |   ||| ||| |||| |||||||| |||||    
T  47565119 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctagcatgagcaaatgctaaagctccaaaaac 47565020  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     ||||||   ||||||||||  ||| |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  47565019 tttcaaattagagtagtctgtcggtctcccactccaaacgtccataggtgtcttga 47564964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 170 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 36770084 - 36769841
Alignment:
Q  170 cacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttca 269  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||  ||||| || ||||    
T  36770084 cacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtttgtaacctttca 36769988  T
Q  270 caccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaaga 369  Q
    ||||||| | |||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  |||||  |||| ||  ||| ||  ||| |||| |||||||| ||||| ||||||      
T  36769987 caccttcagaataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtatgtcctgtctgacataagcaaatgctaaagctccaaaaactttcaaatt 36769888  T
Q  370 ggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     ||||||| | | ||| |||||||||| || | ||||||||||||||    
T  36769887 agagtagtttcccggtctcccactccaaacattcataggtgtcttga 36769841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 314 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 16634844 - 16634744
Alignment:
Q  314 tcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtct 413  Q
    ||||| ||||| || |||| ||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||   ||||||| ||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  16634844 tcaagtttgtcctgtttgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttcaaattagagtagtttgccggtctcccactccaaacctccataggtgtct 16634745  T
Q  414 t 414  Q
    |    
T  16634744 t 16634744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 161 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 16634976 - 16634856
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||| |  | | ||||||||   |||| |||||  |||||||  ||||    
T  16634976 aggtctttgcacttcatccccatacgggcctcatcaaaagtaacatccatgcttataataaattttgatcct---ctaggttccatcttccacagtttgt 16634880  T
Q  261 accccttcacaccttccggataac 284  Q
    | || ||||||||||| |||||||    
T  16634879 aacctttcacaccttcaggataac 16634856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 109 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 33656014 - 33655986
Alignment:
Q  109 ctccacctcaaactgagttttctccacca 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33656014 ctccacctcaaactgagttttctccacca 33655986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 378; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 10686865 - 10686464
Alignment:
Q  22 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 121  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686865 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 10686766  T
Q  122 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686765 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 10686666  T
Q  222 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686665 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 10686566  T
Q  322 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686565 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 10686466  T
Q  422 at 423  Q
    ||    
T  10686465 at 10686464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 427
Target Start/End: Original strand, 35742875 - 35743280
Alignment:
Q  22 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 121  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35742875 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 35742974  T
Q  122 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35742975 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccattcgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 35743074  T
Q  222 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 321  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743075 ctcttgatcttccactagattccaatttccacaacttatatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 35743174  T
Q  322 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743175 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 35743274  T
Q  422 attccc 427  Q
    ||||||    
T  35743275 attccc 35743280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 18868271 - 18867866
Alignment:
Q  22 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 121  Q
    |||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868271 atactccggatccactactggttgagttccacttgtatctgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 18868172  T
Q  122 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18868171 tgagttttctccaccatagtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaaga 18868072  T
Q  222 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868071 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 18867972  T
Q  322 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18867971 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacattcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 18867872  T
Q  422 attccc 427  Q
    ||||||    
T  18867871 attccc 18867866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 29 - 423
Target Start/End: Original strand, 26298875 - 26299260
Alignment:
Q  29 ggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 128  Q
    ||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26298875 ggatccactaccggttgtgttccacttgtattcgatgttgaagcttcatc---------ttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 26298965  T
Q  129 tctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttga 228  Q
    | |||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  26298966 tatccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttga 26299065  T
Q  229 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26299066 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 26299165  T
Q  329 ttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctat 423  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26299166 ttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctat 26299260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 28893267 - 28893015
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   |||    
T  28893267 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctgt 28893171  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||||||    
T  28893170 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaaac 28893071  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28893070 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 28893015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Original strand, 4814904 - 4815156
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  4814904 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 4815000  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | |  ||||||| ||| ||    
T  4815001 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgttaaagctctgaagac 4815100  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4815101 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 4815156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Original strand, 16754938 - 16755190
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  16754938 aggtctttgcacttcatccccattcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttattataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 16755034  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  16755035 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 16755134  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  16755135 tttcaagttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttga 16755190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 171 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 25682805 - 25682563
Alignment:
Q  171 acttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcac 270  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | || || |||||    
T  25682805 acttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctataacctttcac 25682709  T
Q  271 accttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagag 370  Q
    ||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || |||||        
T  25682708 accttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctttagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagtta 25682609  T
Q  371 gagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25682608 gagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 25682563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 21039933 - 21039682
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||| ||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||  ||||    
T  21039933 aggtctttgcacttcatccccatgcggatcttatcaaaagtaacatacctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtttgt 21039837  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| ||||||| ||||||    
T  21039836 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaag-ttgtcttgtctgacatgagcaaatgctaaagctctgaaaac 21039738  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||| | ||| ||||||| || |||||||||||||||||||    
T  21039737 attcaagttagagtagtctaccggtctcccactacaaacctccataggtgtcttga 21039682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 28330398 - 28330146
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  28330398 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcattaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 28330302  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||  |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  28330301 aacctttcacacctttaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 28330202  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  28330201 tttcaagttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttga 28330146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 15947166 - 15946914
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||     ||  |  ||| |||||||||    
T  15947166 aggtttttgcacttcatactcatacgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccatg---ttttatcttcaacaacttgt 15947070  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || |||||||||||  |||||||||| || ||||| |||| | ||||||  ||||| ||||| || |||| | | ||| |||| ||||||||||||||    
T  15947069 aacctttcacaccttcaagataaccaataaaaacacacttcacaactctagcatcaagtttgtcatgtttgacacgtgcaaatgctaaagctccgaaaac 15946970  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||||   || |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  15946969 tttcaagttagagtagtctggcagtctcccactccaaacatccataggtgtcttga 15946914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 26 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 26400947 - 26400887
Alignment:
Q  26 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacat 86  Q
    |||||||||| |||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26400947 tcaggatccactactggttgagttccacttgtattcgatgtcgaagcttcatcttctacat 26400887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 346 - 426
Target Start/End: Original strand, 8758173 - 8758253
Alignment:
Q  346 caaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcc 426  Q
    ||||||||| |||||||| | |   |||| ||| |||||| ||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||    
T  8758173 caaagctccaaaaacctttatatttgagtggtcagctggtctcccactccataccttcacaggtgtcttaaagtttattcc 8758253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 378; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 24263924 - 24263523
Alignment:
Q  22 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 121  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263924 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 24263825  T
Q  122 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263824 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 24263725  T
Q  222 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263724 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 24263625  T
Q  322 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263624 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 24263525  T
Q  422 at 423  Q
    ||    
T  24263524 at 24263523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 427
Target Start/End: Original strand, 16882413 - 16882818
Alignment:
Q  22 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 121  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882413 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 16882512  T
Q  122 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 221  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16882513 tgagttctctccaccatagtttccggtacttgagtctctaagtctttacacttcatccccatctgggtctcatcgaaggtaacatccctacttatcaaga 16882612  T
Q  222 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 321  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882613 ctcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 16882712  T
Q  322 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882713 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 16882812  T
Q  422 attccc 427  Q
    ||||||    
T  16882813 attccc 16882818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 424
Target Start/End: Original strand, 21986406 - 21986808
Alignment:
Q  22 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 121  Q
    |||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21986406 atactcaggatccactatcggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 21986505  T
Q  122 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21986506 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgagtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 21986605  T
Q  222 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21986606 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccagataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 21986705  T
Q  322 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 421  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21986706 gtcttgcttgatatgtgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagatgagtagtctgccgatttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtct 21986805  T
Q  422 att 424  Q
    |||    
T  21986806 att 21986808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 423
Target Start/End: Original strand, 18411150 - 18411544
Alignment:
Q  29 ggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 128  Q
    ||||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18411150 ggatccactacgggttgagttccacttgtatccaatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaattgagttt 18411249  T
Q  129 tctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttga 228  Q
    |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  18411250 tctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttga 18411349  T
Q  229 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 328  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18411350 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataacaaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 18411449  T
Q  329 ttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctat 423  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18411450 ttgatatgcgcatatgtcaaagctccaaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctat 18411544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 9187739 - 9187345
Alignment:
Q  29 ggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 128  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9187739 ggatccactaccggttgagttccacttgtatccgacgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctctacctcaaactgagttt 9187640  T
Q  129 tctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttga 228  Q
    |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||    
T  9187639 tctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttactcttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccatactaatcaagacttttga 9187540  T
Q  229 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 328  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9187539 tcctccactagattccaatttccacagcttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 9187440  T
Q  329 ttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctat 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9187439 ttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaaccttcaaagatgagtagtttgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctat 9187345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 30 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 24272493 - 24272181
Alignment:
Q  30 gatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagtttt 129  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24272493 gatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcatcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagtttt 24272394  T
Q  130 ctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgat 229  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||    
T  24272393 ctccaccattgtttccggtacttaagtctttaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttaat 24272294  T
Q  230 cctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgct 329  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24272293 cctcaactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaatcttgtcttgct 24272194  T
Q  330 tgatatgcgcata 342  Q
    |||||||||||||    
T  24272193 tgatatgcgcata 24272181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 37 - 298
Target Start/End: Original strand, 21642191 - 21642449
Alignment:
Q  37 taccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccacc 136  Q
    |||| |||||||| || ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21642191 taccggttgagtttcatttgtatc-gatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccacc 21642289  T
Q  137 atagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccac 236  Q
    ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||     
T  21642290 at--tttccggtactaaagtctctaggtctttacacatcatccccatacgggtctcatcgaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccaa 21642387  T
Q  237 tagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacat 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21642388 tagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacat 21642449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 293 - 423
Target Start/End: Original strand, 21643794 - 21643924
Alignment:
Q  293 acacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccac 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||    
T  21643794 acacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatcagccggtttcccac 21643893  T
Q  393 tccatacctccataggtgtcttgaagtctat 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21643894 tccatacctccataggtgtcttgaagtctat 21643924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Original strand, 3322466 - 3322718
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  3322466 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 3322562  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| ||||  |||||||  ||||| ||||||||| ||||||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  3322563 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcaccgctctagcatcaagtttgtcttgcctgatatgggcaaacgctaaagctccgaagac 3322662  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3322663 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 3322718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 25407917 - 25407665
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||   ||| |||||  |||||||   | |    
T  25407917 aggtctttgcacttcatccccatgtgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataatttttgatcctc---taggttccatcttccacagtctat 25407821  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || ||||||||||||||    
T  25407820 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaac 25407721  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||| |  || |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25407720 tttcaagttagagtagtctacccgtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 25407665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 161 - 423
Target Start/End: Original strand, 44012209 - 44012467
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||| |   || |||||  |||||||  ||||    
T  44012209 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatccttc---aggttccatcttccacagtttgt 44012305  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||| ||  ||| ||| ||| |||| |||||||| |||||    
T  44012306 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctgacatgagcaaatgctaaagctcc-aaaac 44012404  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctat 423  Q
     ||||||   ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| || |||||    
T  44012405 tttcaaattagagtagtctgccggtctcccactccaaacctctataagtgtcttcaaatctat 44012467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 163 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 7072552 - 7072302
Alignment:
Q  163 gtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtac 262  Q
    |||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||| |||   | |||||  |||||||   | ||     
T  7072552 gtctttgcacttcatctccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatccacca---ggttccatcttccacagtctataa 7072456  T
Q  263 cccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacct 362  Q
    || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| |||| ||||||||||| || |    
T  7072455 cctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaatgctaaagctccgaagactt 7072356  T
Q  363 tcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
    ||||    ||||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7072355 tcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 7072302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 378; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 423
Target Start/End: Original strand, 43594607 - 43595008
Alignment:
Q  22 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 121  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594607 atactcaggatccactaccggttgagttccactagtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 43594706  T
Q  122 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594707 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttgcacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 43594806  T
Q  222 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594807 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 43594906  T
Q  322 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594907 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 43595006  T
Q  422 at 423  Q
    ||    
T  43595007 at 43595008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 423
Target Start/End: Original strand, 43627401 - 43627802
Alignment:
Q  22 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 121  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627401 atactcaggatccactaccggttgagttccactagtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 43627500  T
Q  122 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627501 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttgcacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 43627600  T
Q  222 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627601 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 43627700  T
Q  322 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627701 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 43627800  T
Q  422 at 423  Q
    ||    
T  43627801 at 43627802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 423
Target Start/End: Original strand, 27447309 - 27447710
Alignment:
Q  22 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 121  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447309 atactcaggatccactaccggttgagttccactagtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 27447408  T
Q  122 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27447409 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatcctcatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagg 27447508  T
Q  222 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447509 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 27447608  T
Q  322 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447609 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 27447708  T
Q  422 at 423  Q
    ||    
T  27447709 at 27447710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 31399593 - 31399188
Alignment:
Q  22 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 121  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399593 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 31399494  T
Q  122 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399493 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaagtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 31399394  T
Q  222 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 321  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399393 ctcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 31399294  T
Q  322 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399293 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaattcgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 31399194  T
Q  422 attccc 427  Q
    ||||||    
T  31399193 attccc 31399188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 427
Target Start/End: Original strand, 33788842 - 33789247
Alignment:
Q  22 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 121  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33788842 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 33788941  T
Q  122 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33788942 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 33789041  T
Q  222 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 321  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33789042 ctcttgatcttccactagattccaatttccacaacttatatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 33789141  T
Q  322 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33789142 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccaccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 33789241  T
Q  422 attccc 427  Q
    ||||||    
T  33789242 attccc 33789247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 37559194 - 37558802
Alignment:
Q  22 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 121  Q
    ||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37559194 atacttaggatccaccaccggttgagttccacttgtatccgatatcgaagcttcatcttct---------tcttcttcatttggaagctccacctcaaac 37559104  T
Q  122 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37559103 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcacga 37559004  T
Q  222 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37559003 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 37558904  T
Q  322 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37558903 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccaccggtttcccactccatacctccataagtgtcttgaagtct 37558804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 26 - 425
Target Start/End: Original strand, 28835792 - 28836190
Alignment:
Q  26 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 125  Q
    |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28835792 tcaggatccactaccggttgagtttcacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcatttttttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 28835891  T
Q  126 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 225  Q
    ||| ||||||||| |||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  28835892 tttcctccaccattgttttcggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttt 28835991  T
Q  226 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28835992 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttctcaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 28836091  T
Q  326 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattc 425  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28836092 tgcttgatatacgcatatg-caaagctccgaaaaccatcaaagatgagtaatctaccggtttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattc 28836190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 26 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 24558181 - 24557780
Alignment:
Q  26 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 125  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| |||     
T  24558181 tcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttcttcatcatctttatcttcatttggaagctccacctcaaaatgat 24558082  T
Q  126 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 225  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |    
T  24558081 tttcctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgagtctcatcaaaggtaacgtccctgctaatcaagacttt 24557982  T
Q  226 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24557981 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 24557882  T
Q  326 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattc 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  24557881 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaaccttcaatgatgagtaatctgccggtttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtttattc 24557782  T
Q  426 cc 427  Q
    ||    
T  24557781 cc 24557780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 26 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 24599213 - 24598812
Alignment:
Q  26 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 125  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| |||     
T  24599213 tcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttcttcatcatctttatcttcatttggaagctccacctcaaaatgat 24599114  T
Q  126 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 225  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |    
T  24599113 tttcctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgagtctcatcaaaggtaacgtccctgctaatcaagacttt 24599014  T
Q  226 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24599013 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 24598914  T
Q  326 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattc 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  24598913 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaaccttcaatgatgagtaatctgccggtttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtttattc 24598814  T
Q  426 cc 427  Q
    ||    
T  24598813 cc 24598812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 22 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 28805323 - 28805070
Alignment:
Q  22 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 121  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805323 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 28805224  T
Q  122 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805223 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatcctcatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 28805124  T
Q  222 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacacctt 275  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805123 ctcttgatcctccactagatttcaatttccacaacttgtaccccttcacacctt 28805070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 25447991 - 25447738
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||| ||   | |||||  |||||||   | |    
T  25447991 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatccttca---ggttccatcttccacagtctat 25447895  T
Q  261 accccttcacaccttcc-ggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaa 359  Q
    | || |||||||||| | |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |||||||||||||    
T  25447894 aacctttcacacctttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaa 25447795  T
Q  360 ccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
    | |||||    ||||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25447794 ctttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 25447738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 383 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 29103964 - 29103928
Alignment:
Q  383 ggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagt 419  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  29103964 ggtttcccacttcatacctccataggtctcttgaagt 29103928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 383 - 419
Target Start/End: Original strand, 29267742 - 29267778
Alignment:
Q  383 ggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagt 419  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  29267742 ggtttcccacttcatacctccataggtctcttgaagt 29267778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 202 - 310
Target Start/End: Original strand, 31301980 - 31302088
Alignment:
Q  202 aacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttc 301  Q
    ||||||||||||||| | |||||  ||| |||||| ||||||| | ||||||| |||||| || | || ||| ||  ||||||| |  ||||||||||||    
T  31301980 aacatccctacttataatgactcccgatactccaccagattcccacttccacatcttgtaaccatgcagaccctctagataacccagtaagacacatttc 31302079  T
Q  302 aaagctcta 310  Q
    | |||||||    
T  31302080 acagctcta 31302088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 14740172 - 14739772
Alignment:
Q  23 tactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaact 122  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14740172 tactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcgtcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaact 14740073  T
Q  123 gagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagac 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14740072 gagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctttaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagac 14739973  T
Q  223 tcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttg 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14739972 tcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttg 14739873  T
Q  323 tcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtcta 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14739872 tcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtcta 14739773  T
Q  423 t 423  Q
    |    
T  14739772 t 14739772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 33333677 - 33333272
Alignment:
Q  22 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 121  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333677 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 33333578  T
Q  122 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 221  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333577 tgagttctctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 33333478  T
Q  222 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 321  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333477 ctcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttcctgataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 33333378  T
Q  322 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33333377 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtatcttgaagtct 33333278  T
Q  422 attccc 427  Q
    ||||||    
T  33333277 attccc 33333272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 26 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 24433917 - 24433517
Alignment:
Q  26 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 125  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  | || | ||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  24433917 tcaggatccactaccagttgagttccacttgtattcgatgttgaagcttcatcttcctcgtcatttttctcttcatgtggaagctccacctcaaattgag 24433818  T
Q  126 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 225  Q
    ||| |||||||   ||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  24433817 tttcctccacccatgtttccggtactaaagtctctaggtctttagacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttt 24433718  T
Q  226 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 325  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  24433717 tgatcctccactagattcaaatttacacaacttgtaacccttcacaccttccagataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtat 24433618  T
Q  326 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattc 425  Q
    || |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||| ||||||   || ||||| ||||||||||||||||    
T  24433617 tgattgatatgcgcatatgtcaaaactccgaaaaccttcaaagatgagtaaattgctggtttcccgctccatttttcaataggcgtcttgaagtctattc 24433518  T
Q  426 c 426  Q
    |    
T  24433517 c 24433517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 25944172 - 25943920
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   |||    
T  25944172 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctgt 25944076  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | |||||||| ||||||||  ||||| |||||| |  | | ||| ||| |||| ||||||||||||||    
T  25944075 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacatttcacagctctagcatcaagtttgtctagtctcacatgagcaaatgctaaagctccgaaaac 25943976  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25943975 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 25943920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Original strand, 35203741 - 35203993
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  35203741 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 35203837  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  35203838 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 35203937  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35203938 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 35203993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 13881242 - 13880990
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  13881242 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 13881146  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  13881145 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 13881046  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13881045 tttcaagttagagtagtctgccggtgtcccactccaaacctccataggtgtcttga 13880990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 158 - 414
Target Start/End: Original strand, 17692527 - 17692783
Alignment:
Q  158 tctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccc---tacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccaca 254  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||   | ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||    
T  17692527 tctaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatcccccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccaca 17692623  T
Q  255 acttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctcc 354  Q
    || |||| || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||||||   ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || ||||| ||    
T  17692624 acctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctaacatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagcccc 17692723  T
Q  355 gaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtctt 414  Q
    |||||| |||||    ||||||||| | ||| |||||||||| ||||||||| |||||||    
T  17692724 gaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccatatgtgtctt 17692783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Original strand, 22348653 - 22348901
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||   |||    
T  22348653 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtctgt 22348749  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||  ||||||||  | || ||||  |||| ||||||||  ||||| || |||||  ||| ||| | | |||| ||||||||||||||    
T  22348750 aacctttcacaccttaaggataacc--taaatacac--ttcacagctctagcatcaagtttatcttgtctgacatgagaaaatgctaaagctccgaaaac 22348845  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
    ||||||    |||||| || ||||| |||||||||| | |||||||||||||||||    
T  22348846 cttcaagttagagtagcctactggtctcccactccaaatctccataggtgtcttga 22348901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 366; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 427
Target Start/End: Original strand, 19346764 - 19347169
Alignment:
Q  22 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 121  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346764 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 19346863  T
Q  122 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346864 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 19346963  T
Q  222 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 321  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346964 ctcttgatcttccactagattccaattttcacaacttatatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 19347063  T
Q  322 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19347064 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 19347163  T
Q  422 attccc 427  Q
    ||||||    
T  19347164 attccc 19347169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 154 - 423
Target Start/End: Original strand, 25393504 - 25393773
Alignment:
Q  154 agtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccac 253  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25393504 agtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccac 25393603  T
Q  254 aacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctc 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25393604 aacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgtgcatatgccaaagctc 25393703  T
Q  354 cgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctat 423  Q
    || ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25393704 cgtaaaccttcaaagatgagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctat 25393773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 26 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 39485808 - 39485469
Alignment:
Q  26 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 125  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  39485808 tcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcatcttcttcttcatttcgaagctccatctcaaactgag 39485709  T
Q  126 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 225  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||          ||| ||| | ||||||||| |    
T  39485708 tttcctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttgcacttcatcctcatacggttctcat----------atctctattaatcaagacttt 39485619  T
Q  226 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39485618 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 39485519  T
Q  326 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagta 375  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39485518 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagta 39485469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 26 - 278
Target Start/End: Original strand, 31058448 - 31058700
Alignment:
Q  26 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 125  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31058448 tcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcatctttttcttcatttggaagctccacctcaaattgag 31058547  T
Q  126 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 225  Q
    ||| ||||||||| ||||| | | ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |    
T  31058548 tttcctccaccattgtttctgatgctaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatacctactaatcaagacttt 31058647  T
Q  226 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccg 278  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31058648 tgaccctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccg 31058700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 26 - 267
Target Start/End: Original strand, 39485239 - 39485468
Alignment:
Q  26 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 125  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39485239 tcaggatccactaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatctt------------cttcttcatttggaagctccacctcaaattgag 39485326  T
Q  126 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 225  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | |    
T  39485327 ttttctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcattcccatacatgtctcatcaaaggtaacatctctactaatcaagatttt 39485426  T
Q  226 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtacccctt 267  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39485427 tgatccttcactagattccaatttccacaacttgtaaccctt 39485468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 100 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 31134100 - 31133776
Alignment:
Q  100 atttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaag 199  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| ||  | ||||  ||  || ||||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||||||||     
T  31134100 atttggaagctccgcctcaaattgagtttcctctacacttgtttgtggctctagagtctctaggtcttttaactttatcctcatacgggtctcatcaaaa 31134001  T
Q  200 gtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatt 299  Q
    ||||| ||| | |||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |  | |||||  || |||||||||||||||| |||||    
T  31134000 gtaacgtccttgcttatcatcgctcttgatcctcatatagattccaatttccacaacttgtaactgtgcacacgctctggataaccaatgaagaaacatt 31133901  T
Q  300 tcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatac 399  Q
    ||| | ||| ||  ||||||||||||| ||||||||||  ||| || |||||  |||||| ||||||||  ||||||||| | |  ||||||||| || |    
T  31133900 tcacaactccagcatcaagcttgtcttacttgatatgcagatacgctaaagcctcgaaaatcttcaaagttgagtagtcttccgacttcccactctatgc 31133801  T
Q  400 ctccataggtgtcttgaagtctatt 424  Q
    ||  || |||||||| |||||||||    
T  31133800 ctttattggtgtcttaaagtctatt 31133776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 2738708 - 2738456
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  2738708 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 2738612  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||| ||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  2738611 aacctttctcaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 2738512  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||||| | | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2738511 tttcaagttagagtagtctgccgatctcccactccaaacctccataggtgtcttga 2738456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 17934587 - 17934335
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| ||   |||| |||||  |||||||   |||    
T  17934587 aggtctttgcacttcatccccatacgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattct---ctaggttccatcttccacagtctgt 17934491  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |  |||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| ||||||||||| ||    
T  17934490 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacatatctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgggcaaatgctaaagctccgaagac 17934391  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17934390 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 17934335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Original strand, 22714912 - 22715164
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||   |||    
T  22714912 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtctgt 22715008  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| | | | || ||||||||||||||    
T  22715009 aacctttcacaccttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgaatgacatgagaaaacgctaaagctccgaaaac 22715108  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  22715109 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtgttga 22715164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 39684750 - 39684498
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  39684750 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 39684654  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  39684653 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 39684554  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||| | ||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  39684553 tttcaagttagagtagtcttccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttga 39684498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Original strand, 20052439 - 20052690
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  ||||||    |||    
T  20052439 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacggtctgt 20052535  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || ||||||| ||||||    
T  20052536 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctc-gaaaac 20052634  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20052635 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 20052690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 266 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 45569791 - 45569641
Alignment:
Q  266 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 365  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||||||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  45569791 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgatatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 45569692  T
Q  366 aagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
    |    ||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  45569691 agttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttga 45569641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 362; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 427
Target Start/End: Original strand, 8514580 - 8514985
Alignment:
Q  22 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 121  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514580 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 8514679  T
Q  122 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 221  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8514680 tgagttctctccaccatagtttccggtacttgagtctctaagtctttacacttcatccccatccgggtctcatcgaaggtaacatccctacttatcaaga 8514779  T
Q  222 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 321  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514780 ctcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 8514879  T
Q  322 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514880 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 8514979  T
Q  422 attccc 427  Q
    ||||||    
T  8514980 attccc 8514985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 427
Target Start/End: Original strand, 32477826 - 32478231
Alignment:
Q  22 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 121  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32477826 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 32477925  T
Q  122 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 221  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32477926 tgagttctctccaccatagtttccggtacttgagtctctaagtctttacacttcatccccatccgggtctcatcgaaggtaacatccctacttatcaaga 32478025  T
Q  222 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 321  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32478026 ctcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 32478125  T
Q  322 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32478126 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 32478225  T
Q  422 attccc 427  Q
    ||||||    
T  32478226 attccc 32478231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 22170909 - 22170529
Alignment:
Q  22 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 121  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22170909 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttaatttggaagctccacctcaaac 22170810  T
Q  122 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22170809 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 22170710  T
Q  222 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22170709 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 22170610  T
Q  322 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctc 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  22170609 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctc 22170529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 423
Target Start/End: Original strand, 1308364 - 1308758
Alignment:
Q  29 ggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 128  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308364 ggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 1308463  T
Q  129 tctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttga 228  Q
    |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  1308464 tctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttga 1308563  T
Q  229 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308564 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 1308663  T
Q  329 ttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctat 423  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308664 ttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctat 1308758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 2674821 - 2674418
Alignment:
Q  22 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 121  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2674821 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 2674722  T
Q  122 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2674721 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaagtctttacacttcatccccattcgggtctcatcgaaggtaacatccctacttatcaaga 2674622  T
Q  222 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 321  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2674621 ctcttgatcttccactagattccaatttccacaactcttatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 2674522  T
Q  322 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  2674521 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtctagaagttt 2674422  T
Q  422 attc 425  Q
    ||||    
T  2674421 attc 2674418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 26 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 3326123 - 3325734
Alignment:
Q  26 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 125  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||           ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3326123 tcaggatccactaccggttgagttccacttgtatctgatgttgaagcttcatctt-----------tct-cttcatttggaagctccacctcaaattgag 3326036  T
Q  126 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 225  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  3326035 ttttctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttt 3325936  T
Q  226 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 325  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3325935 tgatcctccactagattccaattttcacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcatgtct 3325836  T
Q  326 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattc 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3325835 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaatcttctagtttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattc 3325736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 116 - 299
Target Start/End: Original strand, 18144876 - 18145059
Alignment:
Q  116 tcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactta 215  Q
    ||||||| ||||| |||| || | |||| |||| ||  ||||||||| |||||||||||||| | |||||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  18144876 tcaaactaagtttcctcctcccttgttttcggtgctaaagtctctagatctttacacttcattctcatacgtgtatcatcaaaggtaacgtccctactta 18144975  T
Q  216 tcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatt 299  Q
    |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18144976 tcaagacatttgatcctccaccagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatt 18145059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Original strand, 10610451 - 10610703
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   |||    
T  10610451 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctgt 10610547  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || ||||||||||||||    
T  10610548 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaac 10610647  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10610648 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 10610703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 16459967 - 16459715
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   |||    
T  16459967 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctgt 16459871  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||||||| | || ||||||||||||||    
T  16459870 aacctttcacaccttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcatgacatgcgcaaacgctaaagctccgaaaac 16459771  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  16459770 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtgttga 16459715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 6305814 - 6305562
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  6305814 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 6305718  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  6305717 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 6305618  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6305617 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 6305562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Original strand, 10096484 - 10096736
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  10096484 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 10096580  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  10096581 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 10096680  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10096681 tttcaagttagagtagtctgccggtgtcccactccaaacctccataggtgtcttga 10096736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 54191011 - 54190759
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   |||    
T  54191011 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctgt 54190915  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || ||||||||||||||    
T  54190914 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaac 54190815  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     || ||    ||||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  54190814 ttttaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 54190759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 163 - 416
Target Start/End: Original strand, 22623659 - 22623909
Alignment:
Q  163 gtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtac 262  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   ||||     
T  22623659 gtctttgcacttcatccccattcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttattataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctgtaa 22623755  T
Q  263 cccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacct 362  Q
    || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||||||||||| |    
T  22623756 cctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcatagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactt 22623855  T
Q  363 tcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
    ||||    ||||||||| | ||| |||||||||| | |||||||||||| ||||    
T  22623856 tcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaaactccataggtgttttga 22623909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Original strand, 10203370 - 10203622
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  10203370 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgtttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 10203466  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  10203467 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 10203566  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10203567 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 10203622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 10899512 - 10899260
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  10899512 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 10899416  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| ||||||| ||||||    
T  10899415 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaatgctaaagctctgaaaac 10899316  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     || ||    ||||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10899315 ttttaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 10899260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Original strand, 29911631 - 29911883
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  29911631 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 29911727  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| |     
T  29911728 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagcaaacgctaaagctccgaagat 29911827  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29911828 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 29911883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Original strand, 47880566 - 47880818
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    ||||||||| ||||||||  ||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  ||||| |   |||    
T  47880566 aggtctttatacttcatcttcatgcgggtctcatcaaaagtaacatccttgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccatagtctgt 47880662  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||| ||||| || ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||| ||  ||| ||  ||| |||| |||||||| |||||    
T  47880663 aacctttcacaccttcaggatatcccatgaaaatacacttcacagctctagaatcaagtttgtcctgtctgacataagcaaatgctaaagctccaaaaac 47880762  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     ||||||   ||||||||||| ||| |||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  47880763 tttcaaattagagtagtctgccggtctcccactccaaacctacataggtgtcttga 47880818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 426
Target Start/End: Original strand, 1 - 398
Alignment:
Q  29 ggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 128  Q
    ||||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1 ggatccactaccggttgagttccaattgtatccaatgttgaagcttcatcttctacatcatcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 100  T
Q  129 tctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttga 228  Q
     ||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  101 cctccaccattgtttctggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttga 200  T
Q  229 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  201 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 300  T
Q  329 ttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcc 426  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  301 ttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaatctgccgctttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattcc 398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 26 - 426
Target Start/End: Original strand, 8154 - 8554
Alignment:
Q  26 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 125  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8154 tcaggatccactaccggttgagttccaattgtatccaatgttgaagcttcatcttctacatcatcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 8253  T
Q  126 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 225  Q
    ||| |||||||||  |||  |||| |  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |    
T  8254 tttcctccaccattttttttggtattaaagtttctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaattaagacttt 8353  T
Q  226 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8354 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 8453  T
Q  326 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattc 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8454 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaatctgccgctttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattc 8553  T
Q  426 c 426  Q
    |    
T  8554 c 8554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 22 - 423
Target Start/End: Original strand, 41395737 - 41396126
Alignment:
Q  22 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 121  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41395737 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttccacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 41395836  T
Q  122 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 221  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||    
T  41395837 tgagttttctccaccatagtttctggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctactaactaaga 41395936  T
Q  222 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 321  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |             |||||    
T  41395937 ctcttgatcctcaactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcca------------cagctt 41396024  T
Q  322 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41396025 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgcgggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 41396124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 29 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 19369279 - 19369001
Alignment:
Q  29 ggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 128  Q
    ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19369279 ggatccactaccggttgagtttcacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcatcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 19369180  T
Q  129 tctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttga 228  Q
    |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  19369179 tctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttaatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttga 19369080  T
Q  229 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagct 307  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19369079 tcctccactagattctaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagct 19369001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Original strand, 2396933 - 2397185
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  2396933 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 2397029  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||| ||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||| ||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||    
T  2397030 aacctttcacactttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcctgcttgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaac 2397129  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  2397130 tttcaagttagagtagtctactggtctcccactccaaacctccataggtgttttga 2397185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 9524231 - 9523979
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  9524231 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 9524135  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  9524134 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 9524035  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9524034 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 9523979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 113; Significance: 4e-57; HSPs: 2)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 231 - 427
Target Start/End: Original strand, 34705 - 34901
Alignment:
Q  231 ctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgctt 330  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||    
T  34705 ctccaccagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcacagctctagccttaagcttgtcttgctt 34804  T
Q  331 gatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattccc 427  Q
    ||||||||||||||||||| ||  || |||||||| ||| ||||||     | |||||||||||||||| ||||||||| || |||||| |||||||    
T  34805 gatatgcgcatatgccaaatcttagagaaccttcatagatgagtagaacattagtttcccactccatacttccataggtatcctgaagtttattccc 34901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 42 - 192
Target Start/End: Original strand, 34544 - 34697
Alignment:
Q  42 gttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcat---ttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccat 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| |    
T  34544 gttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcctccacatcttcttcttcatcatcaattggaagctccacctcacacttagtttactccaccct 34643  T
Q  139 agtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctc 192  Q
     ||||||||| ||  ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| |||||    
T  34644 tgtttccggtgctaaagtctataggtctgtacactttatccccatacgtgtctc 34697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Original strand, 822 - 1074
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   |||    
T  822 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccttgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctgt 918  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| | ||||||||  ||||| ||||||||| | | ||| ||| | || ||||||||||||||    
T  919 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacattttacagctctagcatcaagtttgtcttgcctaacatgggcaaacgctaaagctccgaaaac 1018  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     |||||    ||||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1019 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 1074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 58; Significance: 3e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 161 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 18829 - 18577
Alignment:
Q  161 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 260  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||   | |    
T  18829 aggtctttgcacttcatccccatacgggtctcatcaaaagtgacatccctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtctat 18733  T
Q  261 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 360  Q
    | || |||||| |||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||| ||  | | ||| ||| | || ||||||||||||||    
T  18732 aacctttcacagcttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcctgtctaacatgggcaaacgctaaagctccgaaaac 18633  T
Q  361 cttcaaagaggagtagtctgctggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 416  Q
     ||||||   ||||||| ||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18632 tttcaaattagagtagtttgccggcctcccactccaaacctccataggtgtcttga 18577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University