View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6746_low_1 (Length: 720)

Name: NF6746_low_1
Description: NF6746
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6746_low_1
NF6746_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-710)||(33009026-33009716)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 636; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 636; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 33009716 - 33009026
Alignment:
Q  19 atttctgctccgaatagttaagcttggaacagtttcctttgacggcgagcacgagcatattctaaccggttgataagacatggcctgaaaacatgaaagg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33009716 atttctgctccgaatagttaagcttggaacagtttcctttgatggcgagcacgagcatattctaaccggttgataagacatggcctgaaaacatgaaagg 33009617  T
Q  119 tatatctcaccttacaaattacaactcaattttataatatctcacattcaaatcagtcaagtctacccaagtaacaaagtttatcaagattatttgagct 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33009616 tatatctcaccttacaaattacaactcaattttataatatctcacattcaaatcagtcaagtctacccaagtaacaaagtttatcaagattatttgagct 33009517  T
Q  219 acggaccagtaggttagggagtaagtagggttgacaatgattatctatctacatccgctttttcaaattgttgtttgtcatccactattcacctcgtaca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33009516 acggaccagtaggttagggagtaagtagggttgacaatgattatctatctacatccgctttttcaaattgttgtttgtcatccactattcacctcgtaca 33009417  T
Q  319 aatgatatatgtgcatactcctcatccatgttggtatcctctatacgagtatttaacatattttgaagcataccccgctacaagagtattaattagcata 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33009416 aatgatatatgtgcatactcctcatccatgttggtatcctctatacgagtatttaacatattttgaagcataccccgctacaagagtattaattagcata 33009317  T
Q  419 ttttgaattatatgcgtgtatttgttgatatcattttgacaacacaaaattactaaatcatatcataaacaaaaaattcagggaattaggttatggtttg 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33009316 ttttgaattatatgcgtgtatttgttgatatcattttgacaacacaaaattactgaatcatatcgtaaacaaaaaattcagggaattaggttatggtttg 33009217  T
Q  519 tcagaaagttacattcatttctatacgattaatttacgggtaccggcactagtatatacaannnnnnnnngtcatcctataacatatgttgataatctca 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||  |||||||||||||||||    
T  33009216 tcagaaagttacattcatttctatacgattaatttacgggtaccggcactagtatatacaa-ttttttttgtcatcctatagtatatgttgataatctca 33009118  T
Q  619 catcaaattttaggacaagaaaaaagagaagagagtttacctttttaattttaggtcttgaatttgattgaacaatgggcaatggaaccttc 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33009117 catcaaattttaggacaagaaaaaagacaagagagtttacctttttaattttaggtcttgaatttgattgaacaatgggcaatggaaccttc 33009026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University